Structure, Energetics, and Dynamics of the Nucleic Acid Base Pairs: Nonempirical Ab Initio Calculations

Chemical Reviews

Volumn 99, Issue 11, 1999, Pages 3247-3276

  Hobza, Pavel ^a   Šponer, Jiří ^a  

^a J HEYROVSKÝ INSTITUTE OF PHYSICAL CHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000965687     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr9800255     Document Type: Article

References (275)

1. McCarty, M. The Transforming Principle; Norton: 1985.
2. Avery, O. T.; MacLeod, C. M.; McCarty, M. J. Exp. Med. 1944, 79, 137.
3. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
4. Soyfer, V. N.; Potaman, V. N. Triple-Helical Nucleic Acids; Springer: New York, 1996.
5. Gellert, G.; Lipsett, M. N.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1962, 48, 2013.
6. Zimmerman, S. B.; Cohen, G. H.; Davies, D. R. J. Mol. Biol. 1975, 92, 181.
7. Tougard, P.; Chantot, J.-F.; Guschlbauer, W. Biochim. Biophys. Acta 1973, 308, 9.
8. Wang, I.; Patel, D. J. Biochemistry 1992, 31, 8112.
9. Laughlan, G.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Moore, M. H.; Moody, P. C. E.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. Science 1994, 265, 520.
10. Phillips, K.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. J. Mol. Biol. 1997, 273, 171.
11. Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, H.-S.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. Biophys. J. 1992, 63, 751.
12. Kennard, O.; Hunter, W. N. Angew. Chem.; Int. Ed. Engl. 1991, 30, 1254.
13. Wahl, C.; Sundaralingam, M. Biopolymers 1997, 44, 45.
14. Niedle, S.; Nunn, C. Natur. Prod. Rep. 1998, 1.
15. Calladine, C. R.; Drew, H. R. J. Mol. Biol. 1986, 192, 907.
16. Sponer, J.; Kypr, J. J. Mol. Biol. 1991, 221, 761.
17. Hunter, C. A. J. Mol. Biol. 1993, 230, 1025.
18. Sponer, J.; Kypr, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1993, 11, 27.
19. Gorin, A. A.; Zhurkin, V. B.; Olson, V. K. J. Mol. Biol. 1995, 247, 34.
20. Suzuki, M.; Yagi, N. Nucl. Acid. Res. 1995, 23, 2083.
21. El Hassan, M. A.; Calladine, C. R. J. Mol. Biol. 1998, 282, 331.
22. (a) Yanagi, K.; Prive, G. G.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1991, 217, 201.
23. (b) Šponer, J.; Kypr, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1993, 11, 277.
24. Shui, X.; McFail-Isom, L.; Hu, G. G.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8341.
25. Wang, A. H. J.; Quigley, G. J.; Kolpack, F. J.; Crawford, J. L.; van Boom, J. H.; van der Marel, G. A.; Rich, A. Nature 1979, 282, 680.
26. Gessner, R. V.; Frederick; C. A.; Quigley, G. J.; Rich, A. H.; Wang, A. H.-J. J. Biol. Chem. 1989, 264, 7921.
27. Smith, F. W.; Feigon, J. Biochemistry 1993, 32, 8682.
28. Kettani, A.; Kumar, R. A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1995, 254, 638.
29. Nonin S.; Leroy, J. L. J. Mol. Biol. 1996, 261, 399.
30. Strahan, G. D.; Keniry, M. A.; Shafer, R. H. Biophys. J. 1998, 75, 968.
31. Gehring, K.; Leroy, J. L.; Gueron, M. Nature 1993, 363, 561.
32. Chen, L.; Cai, L.; Zhang, X.; Rich, A. Biochemistry 1994, 33, 13540.
33. Berger, I.; Egli, M.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12116.
34. (a) Hagerman, P. J. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 755.
35. (b) Diekmann, S.; Mazzarelli, J. M.; McLaughlin, L. W.; vonKitzing, E.; Travers, A. A. J. Mol. Biol. 1992, 225, 729.
36. (c) Koo, H.-S.; Wu, H.-M.; Crothers, D. M. Nature 1986, 320, 501.
37. (d) Bolshoy, A.; McNamara, P.; Harrington, R. E.; Trifonov, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2312.
38. (e) Olson, W. K.; Zhurkin, V. B. In Biological Structure and Dynamics, Proceedings of the Ninth Conversation; Sarma, R. H., Sarma, M. H., Eds.; Adenine Press: Schenectady, NY, 1996; p 341, and references therein.
39. Yanson, I. K.; Teplitsky, A. B.; Sukhodub, L. F. Biopolymers 1979, 18, 1149.
40. Desfrancois, C.; Abdoul-Carime, H.; Carles, S.; Periquet, V.; Schermann, J. P.; Smith, D. M. A.; Adamovicz, L. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11876.
41. Desfrancois, C.; Abdoul-Carime, H.; Schermann, J. P. J. Chem. Phys. 1998, 104, 7792.
42. Desfrancois, C.; Abdoul-Carime, H.; Schulz, C. P.; Schermann, J. P. Science 1995, 269, 1707.
43. Schnier P. D.; Klassen, J. S.; Striimatter, E. F.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9605.
44. Dey, M.; Grotenmeyer, J.; Schlag, E. W. Z. Naturforsch. A 1994, 49, 776.
45. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
46. York, D. M.; Yang, W.; Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5001.
47. Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. Chem. Phys. Lett. 1995, 243, 229.
48. Weerasinghe, S.; Smith, P. E.; Pettitt, B. M. Biochemistry 1995, 34, 16269.
49. Cheatham, T. E.; Miller, J. L.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193.
50. Feig, M.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1998, 75, 134.
51. (a) Spačková, N.; Berger, I.; Egli, M.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6147.
52. (b) Špačková, N.; Berger, I.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5519.
53. Soliva, R.; Laughton, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11226.
54. Auffinger, P.; Westhof, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 227 and references therein.
55. Shields, G. C.; Laughton, C. A. Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7463.
56. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4805.
57. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313.
58. Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 1998, 281, 675.
59. Cheatham, T. E., III; Brooks, B. R. Theor. Chem. Acc. 1998, 99, 279.
60. Cieplak, P. In The Encyclopedia of Comutational Chemistry, Schleyer, P.v. R., Allinger, N. L., Clark, T., Gasteiger, J., Kollman, P. A., Schaefer, H. F., III, Schreiner, P. R., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, 1998; p 1922.
61. Aida, M. J. Theor. Biol. 1988, 130, 327.
62. Nagata, C.; Aida, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1988, 179, 451.
63. Aida, M.; Nagata, C. Int. J. Quantum Chem. 1986, 29, 1253.
64. Hobza, P.; Sandorfy, C. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 1302.
65. Aida, M. J. Comput. Chem. 1988, 9, 362.
66. Czerminski, R.; Kwiatkowski, J. S.; Person, W. B.; Szczepaniak, K. J. Mol. Struct. 1989, 198, 297.
67. Anwander, E. H. S.; Probst, M. M.; Rode, B. M. Biopolymers 1990, 29, 757.
68. Colson, A. O.; Besler, B.; Close, D. M.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1991, 96, 661.
69. Colson, A. O.; Besler, B.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1991, 96, 9767.
70. Colson, A. O.; Besler, B.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1991, 97, 13852.
71. Florián, J.; Hrouda, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1457.
72. Šponer, J.; Hobza, P. Chem. Phys. 1996, 294, 5590.
73. Lewis, J. P.; Sankey, O. F. Biohys. J. 1994, 69, 1068.
74. Šponer, J.; Hobza, P.; Leszczynski, J. In Computational Chemistry. Reviews of Current Trends; Leszczynski, J., Ed.; World Scientific Publisher: Singapore, 1996; p 185.
75. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 14, 117.
76. Šponer, J.; Hobza, P. In The Encyclopedia of Computational Chemistry, Schleyer, P. v R., Allinger, N. L., Clark, T., Gasteiger, J., Kollman, P. A., Schaefer, H. F., III, Schreiner, P. R., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, 1998; p 777.
77. Leszczynski, J. Int. J. Quantum Chem.; Quantum Biol. Symp. 1992, 19, 43.
78. Šponer, J.; Hobza, P. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1994, 304, 35.
79. Šponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3161.
80. Bludský, O.; Šponer, J.; Leszczynski, J.; Špirko, V.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11042.
81. Šponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 706.
82. Gould, I. R.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2493.
83. Šponer, J.; Hobza, P.J. Biomol. Struct. Dyn. 1894, 12, 671.
84. Hobza, P.; Šponer, J.; Polášek, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 792.
85. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965.
86. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Comput. Chem. 1996, 17, 841.
87. Florián, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 18, 3010.
88. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Vetterl, V.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 695.
89. Sponer, J.; Florián, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 827.
90. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590.
91. Gadre, S. R.; Pundlik, S. S. J. Phys. Chem. B 1997, 101 3298.
92. Brameld, K.; Dasgupta, S.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4851.
93. Meyer, M.; Sühnel, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 15, 619.
94. Alhambra, C.; Luque, F. J.; Gago, F. Orozco, M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3846.
95. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9489.
96. Šponer, J.; Gabb, H. A.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biophys. J. 1997, 73, 76.
97. Florián, J.; Leszczynski, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1995, 12, 1055.
98. Cysewski, P. J. Chem. Soc.; Faraday Trans. 1998, 94, 3117.
99. Zhanpeisov, N.; Šponer, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2501.
100. Gray, D. M. Biopolymers 1997, 42, 783 and references therein.
101. SantaLucia, J., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1460.
102. Sartorius, J.; Schneider, H.-J. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1997, 2319 and references therein.
103. Newcomb, L. F.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4993.
104. Hobza, P.; Hubálek, F.; Kabeláč, M.; Mejzlík, P.; Šponer, J.; Vondrášek, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 257, 31.
105. Hobza, P.; Kabeláč, M.; Šponer, J.; Mejzlík, P.; Vondrášek, J. J. Comput. Chem. 1997, 97, 1136.
106. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 379.
107. Kratochvíl, M.; Engkvist, O.; Šponer, J.; Jungwirth, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6921.
108. Jansen, H. B.; Ross, P. Chem. Phys. Lett. 1969, 3, 140.
109. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
110. van Duijneveldt, F. B. In Molecular Interactions; Scheiner, S., Ed.; Wiley: New York, 1997; p 81.
111. Chalasinski, G.; Szczesniak, M. M. Chem. Rev. 1994, 94, 1723.
112. Urban, M.; Hobza, P. Theor. Chim. Acta 1975, 36, 215.
113. Gutowski, M.; Chalasinski, G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5540.
114. Cybulski, S. M.; Chalasinski, G. Chem. Phys. Lett. 1992, 197, 591.
115. van Duineveldt, F. B.; van Duineveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; van Lenthe, J. H. Chem. Rev. 1994, 94, 1873.
116. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11024.
117. Hobza, P.; Havlas, Z. Theor. Chem. Acc. 1998, 99, 372.
118. Paizs, B.; Salvador, P.; Duran, M.; Suhai, S. J. Comput. Chem. Submitted.
119. Famulari, A.; Raimondi, M.; Sironi, M.; Gianetti, E. Chem. Phys. 1998, 232, 275.
120. Famulari, A.; Specchio, R.; Sironi, M.; Raimondi, M. J. Chem. Phys. 1998, 108, 3296.
121. Hobza, P.; Bludský, O.; Suhai, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 3073.
122. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
123. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18790.
124. Čížek, J. Adv. Chem. Phys. 1969, 14, 35. Sinanoglu, O. J. Chem. Phys. 1962, 36, 706.
125. Čížek, J. Adv. Chem. Phys. 1969, 14, 35. Sinanoglu, O. J. Chem. Phys. 1962, 36, 706.
126. Nesbet, R. K. Adv. Chem. Phys. 1969, 14, 1.
127. Bartlett, R. J. Annu. Rev. Phys. Chem. 1981, 32, 359.
128. Urban, M.; Noga, J.; Cole, S. J.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 1985, 83, 4041.
129. (a) Raghavachari, K.; Trucks, G. W.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 479.
130. (b) Hobza, P.; Zahradník, R. Chem. Rev. 1988, 88, 871.
131. (a) Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. B. 1964, 864, 136.
132. (b) Khon, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. A. 1965, 140, 133.
133. Density Functional Methods in Chemistry; Labanowski, J., Andzelm, J., Eds.; Springer: New York, 1991. Johnsson, B. G.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5612.
134. Density Functional Methods in Chemistry; Labanowski, J., Andzelm, J., Eds.; Springer: New York, 1991. Johnsson, B. G.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5612.
135. Hobza, P.; Šponer, J.; Reschel, T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1315.
136. Kristyan, S.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1994, 229, 175.
137. Perez-Jordan, J. M.; Becke, A. D. Chem. Phys. Lett. 1995, 233, 134.
138. Ruiz, E.; Salahub, D. R.; Vela, A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1141.
139. Weselowski, T. A.; Parisel, O.; Ellinger, Y.; Weber, J. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7818.
140. Weselowski, T. A.; Ellinger, Y.; Weber, J. J. Chem. Phys. 1998, 108, 6078.
141. Carloni, P.; Andreoni, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17797.
142. Hutter, J.; Carloni, P.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8710.
143. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haughk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260.
144. Sanchez-Portal, D.; Ordejon, P.; Artacho, E.; Soler, J. M. Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 453 and references therein.
145. Gresh, N.; Garmer, D. R. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1481. Gresh, N. J. Comput. Chem. 1995, 16, 856. Åstrand, P. O.; Wallqvist, A.; Karlström G. J. Chem. Phys. 1994, 100, 1262. Engkvist, O.; Åstrand, P. O.; Karlström, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6950.
146. Gresh, N.; Garmer, D. R. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1481. Gresh, N. J. Comput. Chem. 1995, 16, 856. Åstrand, P. O.; Wallqvist, A.; Karlström G. J. Chem. Phys. 1994, 100, 1262. Engkvist, O.; Åstrand, P. O.; Karlström, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6950.
147. Gresh, N.; Garmer, D. R. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1481. Gresh, N. J. Comput. Chem. 1995, 16, 856. Åstrand, P. O.; Wallqvist, A.; Karlström G. J. Chem. Phys. 1994, 100, 1262. Engkvist, O.; Åstrand, P. O.; Karlström, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6950.
148. Gresh, N.; Garmer, D. R. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1481. Gresh, N. J. Comput. Chem. 1995, 16, 856. Åstrand, P. O.; Wallqvist, A.; Karlström G. J. Chem. Phys. 1994, 100, 1262. Engkvist, O.; Åstrand, P. O.; Karlström, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6950.
149. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4177.
150. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4177.
151. Wilson, E. B.; Decius, J. D.; Cross, P. C. Molecular Vibrations; McGraw-Hill: New York, 1955.
152. Špirko, V.; Šponer, J.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1472.
153. Cornell, W.D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. E.; Kollamn, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
154. Kwiatkowski, J. S.; Pullman, B. Adv. Heterocycl. Chem. 1975, 18, 199.
155. Colominas, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6811.
156. Schuerman, G. S.; Van Meervelt, L.; Loakes, D.; Brown, D. M.; Lin, P. K. T.; Moore, M. H.; Salisbury, S. J. Mol. Biol. 1998, 282, 1005.
157. Lippert, B.; Schollhorn, H.; Thewalt, U. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6616.
158. Pichierri, F.; Holtheinrich, D.; Zangrando, E.; Lippert, B.; Randaccio, L. J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 319.
159. Lippert, B. J. Chem. Soc. Dalton Tr. 1997, 3971.
160. (a) Metzger, S.; Lippert, B. Angew. Chem.; Int. Ed. Engl. 1996, 35, 1228.
161. (b) Zamora, F.; Kunsman, M.; Sabat, M.; Lippert, B. Inorg. Chem. 1997, 36, 1583.
162. (a) Cunane L. M.; Taylor, M. R. Acta Crystallogr. D 1997, 53, 765.
163. (b) Šponer, J.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Sabat, M.; Lippert, B.; Hobza, P. Manuscript in preparation.
164. Estrin, D. A.; Paglieri, L.; Corongiu, G. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5653.
165. Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 941.
166. Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3527.
167. Ha, T. K.; Keller, H. J.; Gunde, R.; Gunthard, H. H. J. Mol. Struct. 1996, 376, 375.
168. Ha, T. K.; Keller, H. J.; Gunde, R.; Gunthard, H. H. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 363, 161.
169. Broo, A.; Holmen, A. Chem. Phys. 1996, 211, 147.
170. Fogarasi, G.J. Mol. Struct. 1997, 413, 271.
171. Gould, I. R.; Burton, N. A.; Hall, H. J.; Hillier, I. H. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 331, 147.
172. Cysewski, P. J. Chem. Soc.; Faraday Trans. 1998, 94, 3117.
173. Morpurgo, S.; Bossa, M.; Morpurgo, G. O. Chem. Phys. Lett. 1997, 280, 233.
174. Boughton, J. W.; Pulay, P. Int. J. Quantum. Chem. 1993, 47, 49.
175. Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 1649.
176. Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2357.
177. Kobayashi, R. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 10813.
178. Leszczynski, J. In The Encyclopedia of Computational Chemisty, Schleyer, P. v. R., Allinger, N. L., Clark, T., Gasteiger, J., Kollman, P. A., Schaefer, H. F., III, Schreiner, P. R., Eds.; John Wiley & Sons: Chichester, 1998; p 2951.
179. Luque, F. J.; Lopez-Bes, J.-M.; Cemeli, J.; Aroztequi, M.; M. Orozco, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 06, 105 and references therein.
180. Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5024.
181. Alhambra, C.; Luque, F. J..; Esterlich, J.; Orozco, M. J. Org. Chem. 1995, 60, 966.
182. Orozco, M.; Hernandez, B.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5228.
183. Goodman, N. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10493.
184. Marsh, R. E.; Bierstedt, R.; Eichhorn, E. L. Acta Crystallogr. 1962, 15, 310.
185. Landridge, L.; Rich, A. Nature 1963, 198, 725.
186. Inman, R. B. J. Mol. Biol. 1964, 9, 624.
187. Povsic, T. J.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3059.
188. Rajagopal, P.; Feigon, J. Nature 1989, 339, 637.
189. Doronina, S. O.; Behr, J.-P. Chem. Soc. Rev. 1997, 26, 63.
190. Del Benne J. E. J. Phys. Chem. 1983, 87, 367.
191. Florián, J.; Baumruk, V.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5578.
192. (a) Lavalle, L.; Fresco, J. R. Nucleic Acid. Res. 1995, 23, 2692.
193. (b) Gallego, J.; Golden, E. B.; Stanley, D. E.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1039.
194. Wang, C.; Gao, H.; Gaffney, B. L.; Jones, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5486.
195. Gago, F. Methods: Companion Methods. Enzymol. 1998, 14, 277.
196. Gadre; S. R.; Pundlik; S. S. J. Phys. Chem. B, 1997, 101, 3298.
197. Soliva, R.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 980.
198. Basch, H.; Krauss, M.; Stevens, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7267.
199. Anwander, E. H. S.; Probst, M. M.; Rode, B. M. Biopolymers 1990, 29, 757.
200. Burda, J. V.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1998, 100, 7250.
201. Šponer, J.; Burda, J. V.; Mejzlik, P.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14, 613.
202. Burda, J. V.; Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9670.
203. Šponer, J.; Burda, J. V.; Sabat, M.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1998, 102, 5951.
204. Šponer, J.; Sabat, M.; Burda, J. V.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 139.
205. Gresh, N.; Stevens, W. J.; Krauss, M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 843.
206. Garmer, D. R.; Gresh, N. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3556.
207. Basch, H.; Garmer, D. R.; Jasien, P. G.; Krauss, M.; Stevens, W. J. Chem. Phys. Lett. 1989, 163, 514.
208. Jasien, P. G.; Fitzgerald, G. J. Chem. Phys. 1990, 93, 2554.
209. Bakalarski, G.; Grochowski, P.; Kwiatkowski, J. S.; Lesyng, B.; Leszczynski, J. Chem. Phys. 1996, 204, 301.
210. Johnson, R. C.; Power, T. D.; Holt, J. D.; Immaraporn, B.; Monat, J. E.; Sissoko, A. A.; Yanik, M. M.; Zagorodny, A. V.; Cybulski, S. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18875.
211. Shatzky-Schwartz, M.; Arbuckle, N.; Eisenstein, N. D.; Rabinovich, D.; Bareket-Samish, A.; Haran, T. E.; Luisi, B. F.; Shakked, Z. J. Mol. Biol. 1997, 267, 595 and references therein.
212. Kasimi, N. E.-B.; Thakkar, A. T. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 366, 185.
213. Hobza, P.; Šponer, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 8038.
214. Sevilla, M. D.; Besler, B.; Colson, A. O. J. Phys. Chem. 1995, 99, 106.
215. Oyler, N.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11122.
216. Colson, A.-O.; Besler, B.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9787.
217. Colson A.-O.; Sevilla, M. D. Int. J. Radiat. Biol. 1995, 67, 627.
218. Hutter, M.; Clark, T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7574.
219. Bertran, J.; Oliva, A.; Rodriquez-Santiago, L.; Sodupe, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8159.
220. Sugiyama, H.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7063.
221. Prat, F.; Houk, K. N.; Foote, C. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 845.
222. Nakatani, K. Okamoto, A.; Matsuno, T.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11219.
223. Saito, I.; Nakamura, T.; Nakatani, K.; Yoshioka, Y.; Yamaguchi, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12686.
224. Gould, I. R.; Hillier, I. H. Chem. Phys. Lett. 1989, 161, 185.
225. Riggs, N. V. Chem. Phys. Lett. 1991, 177, 447.
226. Šponer, J.; Burcl, R.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1994, 11, 1357.
227. Šponer, J.; Kypr, J. Int. J. Biol. Macromol. 1994, 16, 3.
228. Luisi, B.; Orozco, M.; Šponer, J.; Luque, F. J.; Shakked, Z. J. Mol. Biol. 1998, 279, 1123.
229. Kung, H. C.; Wang, K. Y.; Parker, S. A.; Goljer, I, Bolton, P. H. Magnet. Res. Chem. 1996, 34, S47.
230. Aamouche, A.; Ghomi, M.; Grajcar, L.; Baron, M. H.; Romain, F.; Baumruk, V.; Štěpánek, J.; Coulombeau, C.; Jobic, H.; Berthier, G. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 10063.
231. Larsen, N. W.; Hanses, E. L.; Nicolaisen, F. M. Chem. Phys. Lett. 1976, 43, 584.
232. Kydd, R. A.; Krueger, P. J. Chem. Phys. Lett. 1977, 49, 539.
233. Kydd, R. A.; Krueger, P. J. J. Chem. Phys. 1978, 69, 827.
234. McCarthy, W. J.; Lapinski, L.; Nowak, M. J.; Adamowicz, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 656.
235. Tatewaki, H.; Huzinaga, S. J. Chem. Phys. 1979, 71, 4339.
236. Hobza, P.; Sauer, J. Theor. Chim. Acta 1982, 61, 41.
237. Hobza, P.; Zahradník, R. Chem. Rev. 1988, 88, 871.
238. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Chem. Rev. 1994, 94, 1767.
239. Cambridge Convention J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 4, 627.
240. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 7.
241. Bouteiller, Y.; Behrouz, H. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6033.
242. Leclercq, J. M.; Allavena, M.; Bouteiller, Y. J. Chem. Phys. 1983, 78, 4606.
243. Zhanpeisov, N.; Leszczynski, J. Int. J. Quantum. Chem. 1998, 69, 37.
244. Zhanpeisov, N.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9109.
245. Zhanpeisov, N.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. In press.
246. Florián, J.; Šponer, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 884.
247. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3500.
248. Kroon-Batenburg, L. M. J.; van Duijneveldt, F. B. J. Mol. Struct. 1985, 121, 185.
249. Hobza, P.; Mehlhorn, A.; Čársky, P.; Zahradník, R.; Hobza, P. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1986, 138, 387.
250. Subramanian, V.; Sivanesan, D.; Ramasami, T. 1998, 290, 189.
251. Warshel, A. J. Phys. Chem. 1979, 83, 1640. Florián, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5583.
252. Warshel, A. J. Phys. Chem. 1979, 83, 1640. Florián, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5583.
253. Hobza, P.; Havlas, Z. Chem. Phys. Lett. 1999, 303, 447.
254. Shiskhin, O. V. J. Chem. Soc.; Chem. Commun. 1995, 1539.
255. Shiskhin, O. V.; Šponer, J.; Hobza, P. J. Mol. Struct. 1999, 477, 15.
256. Harrison, R. J.; Bartlett, R. J. Int. J. Quantum Chem.: QCS 1986, 20, 437.
257. Hobza, P.; Šponer, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 388, 115.
258. Šponer, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 263.
259. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18790.
260. Yang, M.; Alexander, M. H.; Werner, H.-J.; Bemish, R. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 10462.
261. Werner, H.-J. Unpublished data, 1994.
262. (a) Latajka, Z.; Bouteiller, Y.J. Chem. Phys. 1994, 101, 9793.
263. (b) Kieninger, M.; Suhai, S. Int. J. Quantum Chem. 1994, 52, 465.
264. Dudzianowski, A. T. J. Phys. Chem. 1996, 100, 4781.
265. Machado, M.; Ordejon, P.; Artacho, E.; Sanchez-Portal, D.; Soler, J. M. J. Phys. Chem. Submitted.
266. Elstner, M.; Porezag, D.; Seifert, G.; Frauenheim, Th. Th. Mater. Res. Soc. Symp. Proc. 1999, 538, 541.
267. (a) Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
268. (b) MacKerell, A. D., Jr.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946.
269. Maple, J. R.; Hwang, M.-J.; Stockfisch, T. P.; Dinur, U.; Waldman, M.; Ewig, C. S.; Hagler, A. T. J. Am. Chem. Soc. 1994, 115, 162. Hagler, A. T.; Ewig, C. S. Comput. Phys. Commun. 1994, 84, 131.
270. Maple, J. R.; Hwang, M.-J.; Stockfisch, T. P.; Dinur, U.; Waldman, M.; Ewig, C. S.; Hagler, A. T. J. Am. Chem. Soc. 1994, 115, 162. Hagler, A. T.; Ewig, C. S. Comput. Phys. Commun. 1994, 84, 131.
271. Pranata, J.; Wierschke, S. G.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2810.
272. Zhurkin, V. B.; Poltev, V. I.; Florentov, V. L. Mol. Biol. (USSR) 1980, 14, 1116.
273. Cech, T. R.; Damberger, S. H.; Gutell, R. R. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 273.
274. Grüne, M.; Fürste, J. P.; Klussmann, S.; Erdmann, V. A.; Brown, L. R. Nucleic Acid Res. 1996, 24, 2592.
275. Lietzke, S. E.; Barnes, C. L.; Berglund, J. A.; Kundrot, C. E. Structure 1996, 4, 917.