Nature of aryl-tyrosine interactions contribute to β-hairpin scaffold stability: NMR evidence for alternate ring geometry

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 6, 2015, Pages 4220-4230

  Makwana, Kamlesh Madhusudan ^a   Mahalakshmi, Radhakrishnan ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE EDUCATION AND RESEARCH BHOPAL   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

OLIGOPEPTIDE; SOLUTION AND SOLUBILITY; TYROSINE;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HEAT; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; SOLUTION AND SOLUBILITY;

CHEMISTRY; HOT TEMPERATURE; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SOLUTIONS; TYROSINE;

EID: 84964253128     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp04991h     Document Type: Article

References (69)

1. A. Thomas R. Meurisse B. Charloteaux R. Brasseur Proteins 2002 48 628 634
2. I. L. Budyak A. Zhuravleva L. M. Gierasch J. Mol. Biol. 2013 425 3522 3535
3. C. Nick Pace J. M. Scholtz G. R. Grimsley FEBS Lett. 2014 588 2177 2184
4. M. L. Waters Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 736 741
5. L. M. Espinoza-Fonseca Mol. BioSyst. 2012 8 237 246
6. R. Azriel E. Gazit J. Biol. Chem. 2001 276 34156 34161
7. E. Gazit FASEB J. 2002 16 77 83
8. J. D. Pham R. K. Spencer K. H. Chen J. S. Nowick J. Am. Chem. Soc. 2014 136 12682 12690
9. P. Marek A. Abedini B. Song M. Kanungo M. E. Johnson R. Gupta W. Zaman S. S. Wong D. P. Raleigh Biochemistry 2007 46 3255 3261
10. L. H. Tu D. P. Raleigh Biochemistry 2012 52 333 342
11. C. N. Pace G. Horn E. J. Hebert J. Bechert K. Shaw L. Urbanikova J. M. Scholtz J. Sevcik J. Mol. Biol. 2001 312 393 404
12. R. Chelli F. L. Gervasio P. Procacci V. Schettino J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6133 6143
13. R. Meurisse R. Brasseur A. Thomas Proteins 2004 54 478 490
14. L. Serrano M. Bycroft A. R. Fersht J. Mol. Biol. 1991 218 465 475
15. A. G. Cochran N. J. Skelton M. A. Starovasnik Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5578 5583
16. S. M. Butterfield W. J. Cooper M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2005 127 24 25
17. C. M. Santiveri M. A. Jimenez Biopolymers 2010 94 779 790
18. K. M. Makwana R. Mahalakshmi ChemBioChem 2014 15 2357 2360
19. P. Y. Chou G. D. Fasman Biochemistry 1974 13 211 222
20. G. Toth C. R. Watts R. F. Murphy S. Lovas Proteins 2001 43 373 381
21. C. M. Santiveri J. Santoro M. Rico M. A. Jimenez Protein Sci. 2004 13 1134 1147
22. S. T. Phillips G. Piersanti P. A. Bartlett Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13737 13742
23. I. L. Karle C. Das P. Balaram Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 3034 3037
24. C. X. Zhao P. L. Polavarapu C. Das P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2000 122 8228 8231
25. J. F. Espinosa F. A. Syud S. H. Gellman Protein Sci. 2002 11 1492 1505
26. R. M. Hughes M. L. Waters Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 514 524
27. R. Mahalakshmi S. Raghothama P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2006 128 1125 1138
28. L. Wu D. McElheny V. Setnicka J. Hilario T. A. Keiderling Proteins 2012 80 44 60
29. S. Aravinda U. S. Raghavender R. Rai V. V. Harini N. Shamala P. Balaram Org. Biomol. Chem. 2013 11 4220 4231
30. K. M. Makwana S. Raghothama R. Mahalakshmi Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 15321 15324
31. K. M. Makwana R. Mahalakshmi Org. Biomol. Chem. 2014 12 2053 2061
32. P. Guntert Methods Mol. Biol. 2004 278 353 378
33. The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.2r3pre, Schrödinger, LLC
34. E. L. Ulrich H. Akutsu J. F. Doreleijers Y. Harano Y. E. Ioannidis J. Lin M. Livny S. Mading D. Maziuk Z. Miller E. Nakatani C. F. Schulte D. E. Tolmie R. Kent Wenger H. Yao J. L. Markley Nucleic Acids Res. 2008 36 D402 D408
35. S. Russell A. G. Cochran J. Am. Chem. Soc. 2000 122 12600 12601
36. C. D. Tatko M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9372 9373
37. L. Wu D. McElheny T. Takekiyo T. A. Keiderling Biochemistry 2010 49 4705 4714
38. M. A. Jimenez Methods Mol. Biol. 2014 1216 15 52
39. A. J. Maynard G. J. Sharman M. S. Searle J. Am. Chem. Soc. 1998 120 1996 2007
40. R. Sonti R. Rai S. Ragothama P. Balaram J. Phys. Chem. B 2012 116 14207 14215
41. N. H. Andersen J. W. Neidigh S. M. Harris G. M. Lee Z. H. Liu H. Tong J. Am. Chem. Soc. 1997 119 8547 8561
42. S. Honda N. Kobayashi E. Munekata J. Mol. Biol. 2000 295 269 278
43. R. Huber Biochem. Soc. Trans. 1987 15 1009 1020
44. Y. Zhang B. Stec A. Godzik Structure 2007 15 1141 1147
45. A. Rajagopal S. Aravinda S. Raghothama N. Shamala P. Balaram Biopolymers 2012 98 185 194
46. H. Kaur G. P. Raghava FEBS Lett. 2004 564 47 57
47. U. Samanta D. Pal P. Chakrabarti Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1999 55 1421 1427
48. R. Mahalakshmi G. Shanmugam P. L. Polavarapu P. Balaram ChemBioChem 2005 6 2152 2158
49. L. Wu D. McElheny R. Huang T. A. Keiderling Biochemistry 2009 48 10362 10371
50. C. D. Andrew S. Bhattacharjee N. Kokkoni J. D. Hirst G. R. Jones A. J. Doig J. Am. Chem. Soc. 2002 124 12706 12714
51. K. Matsuo H. Hiramatsu K. Gekko H. Namatame M. Taniguchi R. W. Woody J. Phys. Chem. B 2014 118 2785 2795
52. R. W. Woody Biopolymers 1978 17 1451 1467
53. D. M. Chung Y. Dou P. Baldi J. S. Nowick J. Am. Chem. Soc. 2005 127 9998 9999
54. S. Enemark R. Rajagopalan Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 12442 12450
55. S. Enemark N. A. Kurniawan R. Rajagopalan Sci. Rep. 2012 2 649
56. R. B. Best J. Mittal Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 11087 11092
57. U. S. Raghavender J. Biomol. Struct. Dyn. 2013 31 1404 1410
58. A. Popp L. Wu T. A. Keiderling K. Hauser J. Phys. Chem. B 2014 118 14234 14242
59. Z. Yu S. Selvam H. Mao Biochemistry 2014 53 5978 5986
60. M. L. Waters Acc. Chem. Res. 2013 46 873
61. Z. Dauter M. Dauter A. M. Brzozowski S. Christensen T. V. Borchert L. Beier K. S. Wilson G. J. Davies Biochemistry 1999 38 8385 8392
62. C. Fernandez-Tornero R. Lopez E. Garcia G. Gimenez-Gallego A. Romero Nat. Struct. Biol. 2001 8 1020 1024
63. C. M. Santiveri M. Rico M. A. Jimenez Protein Sci. 2000 9 2151 2160
64. Q. Shao H. Wei Y. Q. Gao J. Mol. Biol. 2010 402 595 609
65. N. A. Kurniawan S. Enemark R. Rajagopalan J. Am. Chem. Soc. 2012 134 10200 10208
66. C. A. Jimenez-Cruz A. E. Garcia Phys. Chem. Chem. Phys. 2014 16 6422 6429
67. A. H. Armstrong J. Chen A. F. McKoy M. H. Hecht Biochemistry 2011 50 4058 4067
68. K. E. Marshall K. L. Morris D. Charlton N. O'Reilly L. Lewis H. Walden L. C. Serpell Biochemistry 2011 50 2061 2071
69. J. Adler H. A. Scheidt M. Kruger L. Thomas D. Huster Phys. Chem. Chem. Phys. 2014 16 7461 7471