Quantifying amino acid conformational preferences and side-chain-side-chain interactions in β-hairpins

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 102, Issue 39, 2005, Pages 13737-13742

  Phillips, Scott T ^a   Piersanti, Giovanni ^a,b   Bartlett, Paul A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF URBINO   (Italy)

Author keywords

strand conformation; Peptide conformation; Peptidomimetic

Indexed keywords

AMINO ACID; PYRIDINE DERIVATIVE;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; BETA SHEET; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; MOLECULAR INTERACTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; QUANTITATIVE ANALYSIS; STRUCTURE ANALYSIS;

AMINO ACIDS; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 25444492025     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0506646102     Document Type: Article

References (39)

1. Baltzer, L., Nilsson, H. & Nilsson, J. (2001) Chem. Rev. 101, 3153-3163.
2. Lacroix, E., Kortemme, T., de la Paz, M. L. & Serrano, L. (1999) Curr. Opin. Struct. Biol. 9, 487-493.
3. Smith, C. K. & Regan, L. (1997) Acc. Chem. Res. 30, 153-161.
4. Cohen, F. E. & Kelly, J. W. (2003) Nature 426, 905-909.
5. Zhu, H. & Braun, W. (1999) Protein Sci. 8, 326-342.
6. Hutchinson, E. G., Sessions, R. B., Thornton, J. M. & Woolfson, D. N. (1998) Protein Sci. 7, 2287-2300.
7. Searle, M. S. (2001) J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2, 1011-1020.
8. Gellman, S. H. (1998) Curr. Opin. Chem. Biol. 2, 717-725.
9. Venkatraman, J, Shankaramma, S. C. & Balaram, P. (2001) Chem. Rev. 101, 3131-3152.
10. Nesloney, C. L. & Kelly, J. W. (1996) Bioorg. Med. Chem. 4, 739-766.
11. Otzen, D. E. & Fersht, A. R. (1995) Biochemistry 34, 5718-5724.
12. Minor, D. L., Jr., & Kim, P. S. (1994) Nature 367, 660-663.
13. Minor, D. L., Jr., & Kim, P. S. (1994) Nature 371, 264-267.
14. Smith, C. K. & Regan, L. (1995) Science 270, 980-982.
15. Kim, C. A. & Berg, J. M. (1993) Nature 362, 267-270.
16. Smith, C. K., Withka, J. M. & Regan, L. (1994) Biochemistry 33, 5510-5517.
17. Kotz, J. D., Bond, C. J. & Cochran, A. G. (2004) Eur. J. Biochem. 271, 1623-1629.
18. Distefano, M. D., Zhong, A. & Cochran, A. G. (2002) J. Mol. Biol. 322, 179-188.
19. Russell, S. J., Blandl, T., Skelton, N. J. & Cochran, A. G. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 388-395.
20. Espinosa, J. F., Syud, F. A. & Gellman, S. H. (2002) Protein Sci. 11, 1492-1505.
21. Santiveri, C. M., Rico, M. & Jiménez, M. A. (2000) Protein Sci. 9, 2151-2160.
22. Ramírez-Alvarado, M., Kortemme, T., Blanco, F. J. & Serrano, L. (1999) Bioorg. Med. Chem. 7, 93-103.
23. Syud, F. A., Espinosa, J. F. & Gellman, S. H. (1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 11577-11578.
24. Phillips, S. T., Blasdel, L. K. & Bartlett, P. A. (2005) J. Am. Chem. Soc. 127, 4193-4198.
25. Phillips, S. T., Rezac, M., Abel, U., Kossenjans, M. & Bartlett, P. A. (2002) J. Am. Chem. Soc. 124, 58-66.
26. Phillips, S. T., Blasdel, L. K. & Bartlett, P. A. (2005) J. Org. Chem. 70, 1865-1871.
27. Phillips, S. T., Piersanti, G., Rüth, M., Gubernator, N., van Lengerich, B. & Bartlett, P. A. (2004) Org. Lett. 6, 4483-4485.
28. Blankenmeyer-Menge, B., Nimtz, M. & Frank, R. (1990) Tetrahedron Lett. 31, 1701-1704.
29. Nielsen, J. & Lyngsø, L. O. (1996) Tetrahedron Lett. 37, 8439-8442.
30. Perczel, A., Park, K. & Fasman, G. D. (1992) Proteins Struct. Funct. Genet. 13, 57-69.
31. Bush, C. A., Sarkar, S. K. & Kopple, K. D. (1978) Biochemistry 17, 4951-4954.
32. Maynard, A. J., Sharman, G. J. & Searle, M. S. (1998) J. Am. Chem. Soc. 120, 1996-2007.
33. Searle, M. S., Griffiths-Jones, S. R. & Skinner-Smith, H. (1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 11615-11620.
34. Honda, S., Kobayashi, N. & Eisuke Munekata, E. (2000) J. Mol. Biol. 295, 269-278.
35. Espinosa, J. F. & Gellman, S. H. (2000) Angew. Chem. Int. Ed. 39, 2330-2332.
36. Cochran, A. G., Skelton, N. J. & Starovasnik, M. A. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 5578-5583.
37. Ciani, B., Jourdan, M. & Searle, M. S. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 9038-9047.
38. Street, A. G. & Mayo, S. L. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9074-9076.
39. Stanger, H. E., Syud, F. A., Espinosa, J. F., Giriat, I., Muir, T. & Gellman, S. H. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 12015-12020.