Comparative analysis of cross strand aromatic-Phe interactions in designed peptide β-hairpins

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 12, Issue 13, 2014, Pages 2053-2061

  Makwana, Kamlesh Madhusudan ^a   Mahalakshmi, Radhakrishnan ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE EDUCATION AND RESEARCH BHOPAL   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALTERNATIVE STRUCTURE; AROMATIC AMINO ACID; AROMATIC INTERACTIONS; COMPARATIVE ANALYSIS; HYDROPHOBIC FORCES; INTERACTION ENERGIES; PROTEIN STRUCTURES; STABILIZING ELEMENTS;

AMINO ACIDS; AROMATIC COMPOUNDS; CHAINS; CHEMICAL SHIFT; HYDROGEN BONDS; ORGANIC SOLVENTS;

AROMATIZATION;

AROMATIC AMINO ACID; OLIGOPEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; ISOLATION AND PURIFICATION; SYNTHESIS;

AMINO ACIDS, AROMATIC; MOLECULAR STRUCTURE; OLIGOPEPTIDES;

EID: 84897696199     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3ob42247j     Document Type: Article

References (54)

1. J. Fernandez-Recio A. Vazquez C. Civera P. Sevilla J. Sancho J. Mol. Biol. 1997 267 184 197
2. R. Bhattacharyya U. Samanta P. Chakrabarti Protein Eng. 2002 15 91 100
3. S. M. Butterfield P. R. Patel M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9751 9755
4. L. K. Tsou C. D. Tatko M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14917 14921
5. A. J. Maynard G. J. Sharman M. S. Searle J. Am. Chem. Soc. 1998 120 1996 2007
6. C. D. Tatko M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9372 9373
7. B. Ciani M. Jourdan M. S. Searle J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9038 9047
8. C. D. Tatko M. L. Waters Protein Sci. 2004 13 2515 2522
9. C. D. Tatko M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2028 2034
10. R. S. Roy H. N. Gopi S. Raghothama R. D. Gilardi I. L. Karle P. Balaram Biopolymers 2005 80 787 799
11. R. M. Hughes M. L. Waters J. Am. Chem. Soc. 2006 128 13586 13591
12. R. Mahalakshmi S. Raghothama P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2006 128 1125 1138
13. A. G. Cochran N. J. Skelton M. A. Starovasnik Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5578 5583
14. M. L. Waters Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 736 741
15. S. E. Kiehna M. L. Waters Protein Sci. 2003 12 2657 2667
16. R. Rai S. Raghothama P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2675 2681
17. L. Eidenschink B. L. Kier K. N. Huggins N. H. Andersen Proteins 2009 75 308 322
18. C. M. Santiveri M. A. Jimenez Biopolymers 2010 94 779 790
19. L. Wu D. McElheny T. Takekiyo T. A. Keiderling Biochemistry 2010 49 4705 4714
20. C. M. Santiveri M. J. Perez de Vega R. Gonzalez-Muniz M. A. Jimenez Org. Biomol. Chem. 2011 9 5487 5492
21. Y. Mirassou C. M. Santiveri M. J. Perez de Vega R. Gonzalez-Muniz M. A. Jimenez ChemBioChem 2009 10 902 910
22. R. Chelli F. L. Gervasio P. Procacci V. Schettino J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6133 6143
23. E. Lanzarotti R. R. Biekofsky D. A. Estrin M. A. Marti A. G. Turjanski J. Chem. Inf. Model. 2011 51 1623 1633
24. M. L. Waters Biopolymers 2004 76 435 445
25. S. Aravinda U. S. Raghavender R. Rai V. V. Harini N. Shamala P. Balaram Org. Biomol. Chem. 2013 11 4220 4231
26. G. B. McGaughey M. Gagne A. K. Rappe J. Biol. Chem. 1998 273 15458 15463
27. S. K. Burley G. A. Petsko Science 1985 229 23 28
28. T. Takekiyo L. Wu Y. Yoshimura A. Shimizu T. A. Keiderling Biochemistry 2009 48 1543 1552
29. A. Rajagopal S. Aravinda S. Raghothama N. Shamala P. Balaram Biopolymers 2012 98 185 194
30. R. Sonti R. Rai S. Ragothama P. Balaram J. Phys. Chem. B 2012 116 14207 14215
31. S. Aravinda N. Shamala C. Das A. Sriranjini I. L. Karle P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5308 5315
32. J. Kyte R. F. Doolittle J. Mol. Biol. 1982 157 105 132
33. R. Wolfenden L. Andersson P. M. Cullis C. C. Southgate Biochemistry 1981 20 849 855
34. G. D. Rose R. Wolfenden Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993 22 381 415
35. J. Janin Nature 1979 277 491 492
36. S. Hwang Q. Shao H. Williams C. Hilty Y. Q. Gao J. Phys. Chem. B 2011 115 6653 6660
37. I. L. Karle C. Das P. Balaram Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 3034 3037
38. C. Das S. C. Shankaramma P. Balaram Chem.-Eur. J. 2001 7 840 847
39. A. Sengupta R. Mahalakshmi N. Shamala P. Balaram J. Pept. Res. 2005 65 113 129
40. R. Rai S. Raghothama R. Sridharan P. Balaram Biopolymers 2006 88 350 361
41. N. H. Andersen J. W. Neidigh S. M. Harris G. M. Lee Z. H. Liu H. Tong J. Am. Chem. Soc. 1997 119 8547 8561
42. R. Sonti H. N. Gopi U. Muddegowda S. Ragothama P. Balaram Chem.-Eur. J. 2013 19 5955 5965
43. P. Guntert Methods Mol. Biol. 2004 278 353 378
44. E. Yurtsever D. Yuret B. Erman J. Phys. Chem. A 2006 110 13933 13938
45. J. Singh J. M. Thornton FEBS Lett. 1985 191 1 6
46. C. X. Zhao P. L. Polavarapu C. Das P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2000 122 8228 8231
47. U. Samanta D. Pal P. Chakrabarti Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1999 55 1421 1427
48. K. M. Makwana S. Raghothama R. Mahalakshmi Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 15321 15324
49. A. G. Cochran R. T. Tong M. A. Starovasnik E. J. Park R. S. McDowell J. E. Theaker N. J. Skelton J. Am. Chem. Soc. 2001 123 625 632
50. S. J. Russell T. Blandl N. J. Skelton A. G. Cochran J. Am. Chem. Soc. 2003 125 388 395
51. M. Jager M. Dendle A. A. Fuller J. W. Kelly Protein Sci. 2007 16 2306 2313
52. The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.2r3pre, Schrödinger, LLC
53. R. Koradi M. Billeter K. Wuthrich J. Mol. Graphics 1996 14 51 55
54. E. L. Ulrich H. Akutsu J. F. Doreleijers Y. Harano Y. E. Ioannidis J. Lin M. Livny S. Mading D. Maziuk Z. Miller E. Nakatani C. F. Schulte D. E. Tolmie R. Kent Wenger H. Yao J. L. Markley Nucleic Acids Res. 2008 36 D402 D408