Tandem Native Mass-Spectrometry on Antibody-Drug Conjugates and Submillion da Antibody-Antigen Protein Assemblies on an Orbitrap EMR Equipped with a High-Mass Quadrupole Mass Selector

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 12, 2015, Pages 6095-6102

  Dyachenko, Andrey ^a,b   Wang, Guanbo ^a,b   Belov, Mike ^c   Makarov, Alexander ^a,c   De Jong, Rob N ^d   Van Den Bremer, Ewald T J ^d   Parren, Paul W H I ^d,e   Heck, Albert J R ^a,b  

^a UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

^b NETHERLANDS PROTEOMICS CENTRE   (Netherlands)

^c THERMO FISHER SCIENTIFIC   (Germany)

^d GENMAB   (Netherlands)

^e LEIDEN UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; ANTIGENS; BINS; MASS SPECTROMETRY; STOICHIOMETRY;

ANTIBODY-ANTIGEN; ANTIBODY-DRUG CONJUGATES; ANTIGEN BINDING; CYSTEINE RESIDUES; NATIVE MASS SPECTROMETRIES; SPATIAL ARRANGEMENTS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; THERAPEUTIC ANTIBODIES;

ANTIBODIES;

ANTIBODY CONJUGATE; CAC10-VCMMAE; CD38 ANTIGEN;

ANTIGEN ANTIBODY REACTION; CHEMISTRY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANTIGEN-ANTIBODY REACTIONS; ANTIGENS, CD38; IMMUNOCONJUGATES; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84934889079     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b00788     Document Type: Article

References (49)

1. Beck, A.; Reichert, J. M. mAbs 2013, 6, 15-17
2. Chari, R. V. J.; Miller, M. L.; Widdison, W. C. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2014, 53, 3796-3827
3. Beck, A.; Haeuw, J.-F.; Wurch, T.; Goetsch, L.; Bailly, C.; Corvaïa, N. Discovery Med. 2010, 10, 329-339
4. Junutula, J. R.; Raab, H.; Clark, S.; Bhakta, S.; Leipold, D. D.; Weir, S.; Chen, Y.; Simpson, M.; Tsai, S. P.; Dennis, M. S.; Lu, Y.; Meng, Y. G.; Ng, C.; Yang, J.; Lee, C. C.; Duenas, E.; Gorrell, J.; Katta, V.; Kim, A.; McDorman, K.; Flagella, K.; Venook, R.; Ross, S.; Spencer, S. D.; Lee Wong, W.; Lowman, H. B.; Vandlen, R.; Sliwkowski, M. X.; Scheller, R. H.; Polakis, P.; Mallet, W. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 925-932
5. Bhakta, S.; Raab, H.; Junutula, J. R. Methods Mol. Biol. 2013, 1045, 189-203
6. Axup, J. Y.; Bajjuri, K. M.; Ritland, M.; Hutchins, B. M.; Kim, C. H.; Kazane, S. A.; Halder, R.; Forsyth, J. S.; Santidrian, A. F.; Stafin, K.; Lu, Y.; Tran, H.; Seller, A. J.; Biroc, S. L.; Szydlik, A.; Pinkstaff, J. K.; Tian, F.; Sinha, S. C.; Felding-Habermann, B.; Smider, V. V.; Schultz, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 16101-16106
7. Zhou, Q.; Stefano, J. E.; Manning, C.; Kyazike, J.; Chen, B.; Gianolio, D. A.; Park, A.; Busch, M.; Bird, J.; Zheng, X.; Simonds-Mannes, H.; Kim, J.; Gregory, R. C.; Miller, R. J.; Brondyk, W. H.; Dhal, P. K.; Pan, C. Q. Bioconjugate Chem. 2014, 25, 510-520
8. Wakankar, A.; Chen, Y.; Gokarn, Y.; Jacobson, F. S. mAbs 2011, 3, 161-172
9. Alley, S. C.; Anderson, K. E. Curr. Opin. Chem. Biol. 2013, 17, 406-411
10. Gautier, V.; Boumeester, A. J.; Lössl, P. Proteomics 2015, in press.
11. Valliere-Douglass, J. F.; Hengel, S. M.; Pan, L. Y. Mol. Pharm. 2014, 10.1021/mp500614p
12. Pan, L. Y.; Salas-Solano, O.; Valliere-Douglass, J. F. Anal. Chem. 2014, 86, 2657-2664
13. Queiroz, J. A.; Tomaz, C. T.; Cabral, J. M. S. J. Biotechnol. 2001, 87, 143-159
14. Haverick, M.; Mengisen, S.; Shameem, M.; Ambrogelly, A. mAbs 2014, 6, 852-858
15. Thompson, N. J.; Rosati, S.; Heck, A. J. R. Methods 2013, 1-7
16. Thompson, N. J.; Hendriks, L. J. a; de Kruif, J.; Throsby, M.; Heck, A. J. R. mAbs 2014, 6, 197-203
17. Valliere-Douglass, J. F.; McFee, W. A.; Salas-Solano, O. Anal. Chem. 2012, 84, 2843-2849
18. Hengel, S. M.; Sanderson, R.; Valliere-Douglass, J.; Nicholas, N.; Leiske, C.; Alley, S. C. Anal. Chem. 2014, 86, 3420-3425
19. Atmanene, C.; Wagner-Rousset, E.; Malissard, M.; Chol, B.; Robert, A.; Corvaïa, N.; Van Dorsselaer, A.; Beck, A.; Sanglier-Cianférani, S. Anal. Chem. 2009, 81, 6364-6373
20. Debaene, F.; Wagner-Rousset, E.; Colas, O.; Ayoub, D.; Corvaïa, N.; Van Dorsselaer, A.; Beck, A.; Cianférani, S. Anal. Chem. 2013, 85, 9785-9792
21. Rosati, S.; Yang, Y.; Barendregt, A.; Heck, A. J. R. Nat. Protoc. 2014, 9, 967-976
22. Debaene, F.; Boeuf, A.; Wagner-Rousset, E.; Colas, O.; Ayoub, D.; Corvaïa, N.; Van Dorsselaer, A.; Beck, A.; Cianférani, S. Anal. Chem. 2014, 86, 10674
23. Rosati, S.; van den Bremer, E. T.; Schuurman, J.; Parren, P. W.; Kamerling, J. P.; Heck, A. J. mAbs 2013, 5, 917-924
24. Marcoux, J.; Champion, T.; Colas, O.; Wagner-Rousset, E.; Corvaïa, N.; Van Dorsselaer, A.; Beck, A.; Cianférani, S. Protein Sci. 2015, 00, n/a-n/a
25. Belov, M. E.; Damoc, E.; Denisov, E.; Compton, P. D.; Horning, S.; Makarov, A. a; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2013, 85, 11163-11173
26. Rose, R. J.; Damoc, E.; Denisov, E.; Makarov, A.; Heck, A. J. R. Nat. Methods 2012, 9, 1084-1086
27. Snijder, J.; van de Waterbeemd, M.; Damoc, E.; Denisov, E.; Grinfeld, D.; Bennett, A.; Agbandje-McKenna, M.; Makarov, A.; Heck, A. J. R. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 7295-7299
28. Rose, R.; Damoc, E.; Denisov, E.; Makarov, A.; Heck, A. Nat. Methods 2012, 9, 2-6
29. Rosati, S.; Rose, R. J.; Thompson, N. J.; van Duijn, E.; Damoc, E.; Denisov, E.; Makarov, A.; Heck, A. J. R. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2012, 51, 12992-12996
30. Deng, C.; Pan, B.; OConnor, O. a. Clin. Cancer Res. 2013, 19, 22-27
31. Katz, J.; Janik, J. E.; Younes, A. Clin. Cancer Res. 2011, 17, 6428-6436
32. Hamblett, K.; Senter, P.; Chace, D. Clin. Cancer Res. 2004, 7063-7070
33. Janin-Bussat, M.-C.; Dillenbourg, M.; Corvaia, N.; Beck, A.; Klinguer-Hamour, C. J. Chromatogr. B 2015, 981-982, 9-13
34. Strop, P.; Liu, S.-H.; Dorywalska, M.; Delaria, K.; Dushin, R. G.; Tran, T.-T.; Ho, W.-H.; Farias, S.; Casas, M. G.; Abdiche, Y.; Zhou, D.; Chandrasekaran, R.; Samain, C.; Loo, C.; Rossi, A.; Rickert, M.; Krimm, S.; Wong, T.; Chin, S. M.; Yu, J.; Dilley, J.; Chaparro-Riggers, J.; Filzen, G. F.; ODonnell, C. J.; Wang, F.; Myers, J. S.; Pons, J.; Shelton, D. L.; Rajpal, A. Chem. Biol. 2013, 20, 161-167
35. Shen, B.-Q.; Xu, K.; Liu, L.; Raab, H.; Bhakta, S.; Kenrick, M.; Parsons-Reponte, K. L.; Tien, J.; Yu, S.-F.; Mai, E.; Li, D.; Tibbitts, J.; Baudys, J.; Saad, O. M.; Scales, S. J.; McDonald, P. J.; Hass, P. E.; Eigenbrot, C.; Nguyen, T.; Solis, W. A.; Fuji, R. N.; Flagella, K. M.; Patel, D.; Spencer, S. D.; Khawli, L. A.; Ebens, A.; Wong, W. L.; Vandlen, R.; Kaur, S.; Sliwkowski, M. X.; Scheller, R. H.; Polakis, P.; Junutula, J. R. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 184-189
36. Le, L. N.; Moore, J. M. R.; Ouyang, J.; Chen, X.; Nguyen, M. D. H.; Galush, W. J. Anal. Chem. 2012, 84, 7479-7486
37. Miller, P. E.; Denton, M. B. J. Chem. Educ. 1986, 63, 617
38. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 9528-9533
39. Shaw, J. B.; Li, W.; Holden, D. D.; Zhang, Y.; Griep-Raming, J.; Fellers, R. T.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Brodbelt, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12646-12651
40. Rose, R. J.; Labrijn, A. F.; van den Bremer, E. T. J.; Loverix, S.; Lasters, I.; van Berkel, P. H. C.; van de Winkel, J. G. J.; Schuurman, J.; Parren, P. W. H. I.; Heck, A. J. R. Structure 2011, 19, 1274-1282
41. Heck, A. J. R.; Van Den Heuvel, R. H. H. Mass Spectrom. Rev. 2004, 23, 368-389.
42. Rispens, T.; Davies, A. M.; Ooijevaar-de Heer, P.; Absalah, S.; Bende, O.; Sutton, B. J.; Vidarsson, G.; Aalberse, R. C. J. Biol. Chem. 2014, 289, 6098-6109
43. Liu, H.; Chumsae, C.; Gaza-Bulseco, G.; Hurkmans, K.; Radziejewski, C. H. Anal. Chem. 2010, 82, 5219-5226
44. Diebolder, C. a; Beurskens, F. J.; de Jong, R. N.; Koning, R. I.; Strumane, K.; Lindorfer, M. a; Voorhorst, M.; Ugurlar, D.; Rosati, S.; Heck, A. J. R.; van de Winkel, J. G. J.; Wilson, I. a; Koster, A. J.; Taylor, R. P.; Saphire, E. O.; Burton, D. R.; Schuurman, J.; Gros, P.; Parren, P. W. H. I. Science 2014, 343, 1260-1263
45. De Weers, M.; Tai, Y.-T.; van der Veer, M. S.; Bakker, J. M.; Vink, T.; Jacobs, D. C. H.; Oomen, L. a; Peipp, M.; Valerius, T.; Slootstra, J. W.; Mutis, T.; Bleeker, W. K.; Anderson, K. C.; Lokhorst, H. M.; van de Winkel, J. G. J.; Parren, P. W. H. I. J. Immunol. 2011, 186, 1840-1848
46. Snijder, J.; Uetrecht, C.; Rose, R. J.; Sanchez-Eugenia, R.; Marti, G. A.; Agirre, J.; Guérin, D. M. A.; Wuite, G. J. L.; Heck, A. J. R.; Roos, W. H. Nat. Chem. 2013, 5, 502-509
47. Snijder, J.; Heck, A. J. R. Annu. Rev. Anal. Chem. (Palo Alto. Calif) 2014, 7, 43-64
48. Lorenzen, K.; Vannini, A.; Cramer, P.; Heck, A. J. R. Structure 2007, 15, 1237-1245
49. Wortham, N. C.; Martinez, M.; Gordiyenko, Y.; Robinson, C. V.; Proud, C. G. FASEB J. 2014, 28, 2225-2237