Defining the stoichiometry and cargo load of viral and bacterial nanoparticles by orbitrap mass spectrometry

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 20, 2014, Pages 7295-7299

  Snijder, Joost ^a,b   Van De Waterbeemd, Michiel ^a,b   Damoc, Eugen ^c   Denisov, Eduard ^c   Grinfeld, Dmitry ^c   Bennett, Antonette ^d   Agbandje Mckenna, Mavis ^d   Makarov, Alexander ^a,c   Heck, Albert J R ^a,b  

^a UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

^b NETHERLANDS PROTEOMICS CENTRE   (Netherlands)

^c THERMO FISHER SCIENTIFIC   (Germany)

^d UNIVERSITY OF FLORIDA COLLEGE OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; NANOTECHNOLOGY; PROTEINS; STOCHASTIC SYSTEMS; STOICHIOMETRY; VIRUSES;

ADENO-ASSOCIATED VIRUS; CAPSID PROTEINS; CARGO PROTEINS; CHEMICAL BIOLOGY; HIGH-RESOLUTION MASS ANALYSIS; ORBITRAP MASS SPECTROMETRIES; SPLICE VARIANTS; VIRUS-LIKE PARTICLES;

NANOPARTICLES;

CAPSID PROTEIN; ENCAPSULIN; NANOPARTICLE; UNCLASSIFIED DRUG; BACTERIAL PROTEIN;

ADENO ASSOCIATED VIRUS; ARTICLE; BACTERIAL LOAD; CHEMICAL ANALYSIS; MASS SPECTROMETER; MASS SPECTROMETRY; NANOENGINEERING; NONHUMAN; STOICHIOMETRY; VIRUS CAPSID; VIRUS LIKE AGENT; VIRUS LOAD; BACTERIA; CHEMISTRY; DEPENDOPARVOVIRUS;

BACTERIA; BACTERIAL PROTEINS; CAPSID; DEPENDOVIRUS; MASS SPECTROMETRY; NANOPARTICLES;

EID: 84901008860     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja502616y     Document Type: Article

References (43)

1. Sharon, M. Science 2013, 340, 1059-1060
2. Snijder, J.; Rose, R. J.; Veesler, D.; Johnson, J. E.; Heck, A. J. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2013, 52, 4020-4023
3. Laganowsky, A.; Reading, E.; Hopper, J. T. S.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2013, 8, 639-651
4. Morgner, N.; Montenegro, F.; Barrera, N. P.; Robinson, C. V. J. Mol. Biol. 2012, 423, 1-13
5. Uetrecht, C.; Barbu, I. M.; Shoemaker, G. K.; Van Duijn, E.; Heck, A. J. R. Nat. Chem. 2011, 3, 126-132
6. Snijder, J.; Uetrecht, C.; Rose, R. J.; Sanchez-Eugenia, R.; Marti, G. A.; Agirre, J.; Guérin, D. M. A.; Wuite, G. J. L.; Heck, A. J. R.; Roos, W. H. Nat. Chem. 2013, 5, 502-509
7. Brasch, M.; De La Escosura, A.; Ma, Y.; Uetrecht, C.; Heck, A. J. R.; Torres, T.; Cornelissen, J. J. L. M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6878-6881
8. Fuerstenau, S. D.; Benner, W. H.; Thomas, J. J.; Brugidou, C.; Bothner, B.; Siuzdak, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 542-544
9. Tito, M. A.; Tars, K.; Valegard, K.; Hajdu, J.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3550-3551
10. Keifer, D. Z.; Pierson, E. E.; Hogan, J. A.; Bedwell, G. J.; Prevelige, P. E.; Jarrold, M. F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2014, 28, 483-488
11. Pierson, E. E.; Keifer, D. Z.; Selzer, L.; Lee, L. S.; Contino, N. C.; Wang, J. C. -.; Zlotnick, A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 3536-3541
12. ONeil, A.; Reichhardt, C.; Johnson, B.; Prevelige, P. E.; Douglas, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 7425-7428
13. Patterson, D. P.; Prevelige, P. E.; Douglas, T. ACS Nano 2012, 6, 5000-5009
14. Wörsdörfer, B.; Woycechowsky, K. J.; Hilvert, D. Science 2011, 331, 589-592
15. Vriezema, D. M.; Aragonès, M. C.; Elemans, J. A. A. W.; Cornelissen, J. J. L. M.; Rowan, A. E.; Nolte, R. J. M. Chem. Rev. 2005, 105, 1445-1489
16. Comellas-Aragonès, M.; Engelkamp, H.; Claessen, V. I.; Sommerdijk, N. A. J. M.; Rowan, A. E.; Christianen, P. C. M.; Maan, J. C.; Verduin, B. J. M.; Cornelissen, J. J. L. M.; Nolte, R. J. M. Nat. Nanotechnol. 2007, 2, 635-639
17. Benesch, J. L. P.; Ruotolo, B. T.; Sobott, F.; Wildgoose, J.; Gilbert, A.; Bateman, R.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2009, 81, 1270-1274
18. Chernushevich, I. V.; Thomson, B. A. Anal. Chem. 2004, 76, 1754-1760
19. Kozlovski, V. I.; Donald, L. J.; Collado, V. M.; Spicer, V.; Loboda, A. V.; Chernushevich, I. V.; Ens, W.; Standing, K. G. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 308, 118-125
20. Krutchinsky, A. N.; Chernushevich, I. V.; Spicer, V. L.; Ens, W.; Standing, K. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 569-579
21. Sobott, F.; Hernández, H.; McCammon, M. G.; Tito, M. A.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2002, 74, 1402-1407
22. Van Den Heuvel, R. H. H.; Van Duijn, E.; Mazon, H.; Synowsky, S. A.; Lorenzen, K.; Versluis, C.; Brouns, S. J. J.; Langridge, D.; Van Der Oost, J.; Hoyes, J.; Heck, A. J. R. Anal. Chem. 2006, 78, 7473-7483
23. Rose, R. J.; Damoc, E.; Denisov, E.; Makarov, A.; Heck, A. J. R. Nat. Methods 2012, 9, 1084-1086
24. Makarov, A. Anal. Chem. 2000, 72, 1156-1162
25. Zubarev, R. A.; Makarov, A. Anal. Chem. 2013, 85, 5288-5296
26. Belov, M. E.; Damoc, E.; Denisov, E.; Compton, P. D.; Horning, S.; Makarov, A. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2013, 85, 11163-11173
27. Rosati, S.; van den Bremer, E. T.; Schuurman, J.; Parren, P. W.; Kamerling, J. P.; Heck, A. J. MAbs 2013, 5, 917-924
28. Rosati, S.; Rose, R. J.; Thompson, N. J.; van Duijn, E.; Damoc, E.; Denisov, E.; Makarov, A.; Heck, A. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 12992-12996
29. Yang, Y.; Barendregt, A.; Kamerling, J. P.; Heck, A. J. Anal. Chem. 2013, 85, 12037-12045
30. Thompson, N. J.; Hendriks, L. J. A.; de Kruif, J.; Throsby, M.; Heck, A. J. R. MAbs 2014, 6, 197-203
31. Veesler, D.; Khayat, R.; Krishnamurthy, S.; Snijder, J.; Huang, R.; Heck, A. R.; Anand, G.; Johnson, J. Structure 2013, 22, 230-237
32. Sutter, M.; Boehringer, D.; Gutmann, S.; Günther, S.; Prangishvili, D.; Loessner, M. J.; Stetter, K. O.; Weber-Ban, E.; Ban, N. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 939-947
33. Rurup, W. F.; Snijder, J.; Koay, M. S. T.; Heck, A. J. R.; Cornelissen, J. J. L. M. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 3828-3832
34. Van Breukelen, B.; Barendregt, A.; Heck, A. J. R.; Van Den Heuvel, R. H. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 2490-2496
35. Agbandje-McKenna, M.; Kleinschmidt, J. Methods Mol. Biol. 2011, 807, 47-92
36. Mingozzi, F.; High, K. A. Nat. Rev. Genet. 2011, 12, 341-355
37. Melchiorri, D.; Pani, L.; Gasparini, P.; Cossu, G.; Ancans, J.; Borg, J. J.; Drai, C.; Fiedor, P.; Flory, E.; Hudson, I.; Leufkens, H. G.; Müller-Berghaus, J.; Narayanan, G.; Neugebauer, B.; Pokrotnieks, J.; Robert, J. -.; Salmonson, T.; Schneider, C. K. Nat. Rev. Drug Discovery 2013, 12, 719
38. Rose, J. A.; Maizel, J. V., Jr.; Inman, J. K.; Shatkin, A. J. J. Virol. 1971, 8, 766-770
39. Buller, R. M.; Rose, J. A. J. Virol. 1978, 25, 331-338
40. Johnson, F. B.; Ozer, H. L.; Hoggan, M. D. J. Virol. 1971, 8, 860-863
41. Makarov, A.; Denisov, E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1486-1495
42. Miller, E. B.; Gurda-Whitaker, B.; Govindasamy, L.; McKenna, R.; Zolotukhin, S.; Muzyczka, N.; Agbandje-McKenna, M. Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Cryst. Commun. 2006, 62, 1271-1274
43. Zolotukhin, S.; Potter, M.; Zolotukhin, I.; Sakai, Y.; Loiler, S.; Fraites, T. J., Jr.; Chiodo, V. A.; Phillipsberg, T.; Muzyczka, N.; Hauswirth, W. W.; Flotte, T. R.; Byrne, B. J.; Snyder, R. O. Methods 2002, 28, 158-167