From protein complexes to subunit backbone fragments: A multi-stage approach to native mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 23, 2013, Pages 11163-11173

  Belov, Mikhail E ^a,c   Damoc, Eugen ^a   Denisov, Eduard ^a   Compton, Philip D ^b   Horning, Stevan ^a   Makarov, Alexander A ^a   Kelleher, Neil L ^b  

^a THERMO FISHER SCIENTIFIC   (Germany)

^b NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

^c Spectroglyph LLC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HIGH MASS ACCURACIES; MULTISTAGE APPROACH; NATIVE MASS SPECTROMETRIES; PRECURSOR MONOMER; PROTEIN COMPLEXES; PROTEIN STRUCTURES; SEQUENTIAL DISSOCIATION; TWO-STEP FRAGMENTATION;

MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; MONOMERS;

PROTEINS;

GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B;

ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; PROTEIN SUBUNIT; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

MASS SPECTROMETRY; PHOSPHORYLASE B; PROTEIN SUBUNITS; PROTEOMICS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84889048480     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4029328     Document Type: Article

References (57)

1. Robinson, C. V.; Sali, A.; Baumeister, T. L. Nature 2007, 450, 973-982
2. Charbonnier, S.; Gallego, O.; Gavin, A. C. Biotechnol. Annu. Rev. 2008, 14, 1-28
3. Bader, S.; Kuhner, S.; Gavin, A. C. FEBS Lett. 2008, 582, 1220-1224
4. Ban, N.; Egelman, E. H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 207-209
5. Ganem, B.; Li, Y. T.; Henion, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6294-6296
6. Katta, V.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8534-8535
7. Loo, J. A. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 1-13
8. van der Heuvel, R. H.; Heck, A. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 519-526
9. Sharon, M.; Robinson, C. V. Annu. Rev. Biochem. 2007, 76, 167-193
10. Kocher, T.; Superti-Furga, G. Nat. Methods 2007, 4, 807-815
11. Heck, A. J. Nat. Methods 2008, 5, 927-933
12. Benesch, J. L.; Ruotolo, B. T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 641-649
13. Benesch, J. L.; Ruotolo, B. T.; Sobott, F.; Wildgoose, J.; Gilbert, A.; Bateman, R.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2009, 82, 1270-1274
14. Van den Heuvel, R. H. H.; van Dujin, E.; Mazon, H.; Synowsky, S. A.; Lorenzen, K.; Versluis, C.; Brouns, S. J. J.; Langridge, D.; van der Ooost, J.; Hoyes, J.; Heck, A. J. R. Anal. Chem. 2006, 78, 7473-7483
15. Wimberley, B. T.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M., Jr.; Morgan-Warren, R. J.; Carter, A. P.; Vonrhein, C.; Hartschk, T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 327-339
16. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 905-920
17. Zuiderweg, E. R. P. Biochemistry 2002, 41 (1) 1-7
18. Takeuchi, K.; Wagner, G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 109-117
19. Loquet, A.; Laage, S.; Gardiennet, C.; Elena, B.; Emsley, L.; Bockmann, A.; Lesage, A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 13, 10625-10632
20. Grishaev, A.; Wu, J.; Trewhella, J.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16621-16628
21. Mertens, H. D.; Svergun, D. J. J. Struct. Biol. 2010, 172, 128-141
22. Poliakov, A.; van Dujin, E.; Lander, G.; Fu, C. Y.; Johnson, J. E.; Prevelige, P. E., Jr.; Heck, A. J. J. Struct. Biol. 2007, 157, 371-383
23. Wilm, M.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 1-8
24. Breuker, K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18245-18152
25. Ruotolo, B. T.; Giles, K.; Campuzano, I.; Sandercock, A. M.; Bateman, R. H.; Robinson, C. V. Science 2005, 310, 1658-1661
26. Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L. P.; Sandercock, A. M.; Hyung, S.-J.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2008, 3, 1139-1152
27. Uetrecht, C.; Versluis, C.; Watts, N. R.; Wingfeld, P. T.; Steven, A. C.; Heck, A. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 6247-6251
28. van Duijn, E.; Barendregt, A.; Synowsky, S.; Vesluis, C.; Heck, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1452-1459
29. Giles, K.; Pringle, S. D.; Worthington, K. R.; Little, D.; Wildgoose, J. L.; Bateman, R. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2401-2414
30. Pringle, S. D.; Giles, S.; Wildgoose, J. L.; Williams, J. P.; Slade, S. E.; Thlassinos, K.; Bateman, R. H.; Bowers, M. T.; Scrivens, J. H. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 261, 1-12
31. Ueterecht, C.; Rose, R. J.; van Duijin, E.; Lorenzen, K.; Heck, A. J. R. Chem. Soc. Rev. 2009, 39, 1633-1655
32. Ueterecht, C.; Versluis, C.; Watts, N. R.; Roos, W. H.; Wuite, G. J. L.; Wingfeld, P. T.; Steven, A. C.; Heck, A. J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 9216-9220
33. Barrera, N.; Di Bartolo, N.; Booth, P. J.; Robinson, C. V. Science 2008, 321, 243-246
34. Rose, R. J.; Damoc, E.; Denisov, E.; Makarov, A. A.; Heck, A. J. R. Nat. Methods 2012, 9, 1084-1086
35. Kellie, J. F.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tran, J. C.; Tipton, J. D.; Norris, J. L.; Witkowski, C. E.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2012, 84, 209-215
36. Jennings, K. R. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 200, 479-493
37. Shukla, A. K.; Futrell, J. H. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1069-1090
38. Benesch, J. L. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 341-348
39. van Duijn, E.; Simmons, D. A.; van den Heuvel, R. H.; Bakkes, P. J.; van Heerikhuizen, H.; Heeren, R. M.; Robinson, C. V.; van der Vies, S. M.; Heck, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4694-4702
40. Lomeli, S. H.; Yin, S.; Ogorzalek Loo, R. R.; Loo, J. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 593-596
41. van Duijn, E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 971-978
42. Zhang, H.; Cui, W.; Wen, J.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1966-1968
43. Zubarev, R. A. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 12-16
44. Breuker, K.; Oh, H.; Lin, C.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14011-14016
45. Zhang, H.; Cui, W.; Gross, M. L.; Blankenship, R. E. FEBS Lett. 2013, 587, 1012-1020
46. Blackwell, A. E.; Dodds, E. D.; Bandarian, V.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2011, 83, 2862-2864
47. Belov, M. E.; Gorshkov, M. V.; Anderson, G. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 2271-2279
48. Belov, M. E.; Gorshkov, M. V.; Udseth, H. R.; Anderson, G. A.; Tolmachev, A. V.; Prior, D. C.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 19-23
49. Kim, T.; Park, M. Ion guide for mass spectrometers. U.S. Patent 8,222,597, July 17, 2012.
50. Mordehai, A.; Werlich, M. Ion funnel for mass spectrometry. U.S. Patent 8,324,565, December 4, 2012.
51. Belov, M. E.; Zhang, R.; Anderson, G. A.; Strittmatter, E.; Prior, D. C.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 4195-4205
52. Belov, M. E.; Clowers, B. H.; Prior, D. C.; Danielson, W. F.; Liyu, A. V.; Petritis, B. O.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2008, 80, 5873-5883
53. Olsen, J. V.; Schwartz, J. C.; Griep-Raming, J.; Nielsen, M. L.; Damoc, E.; Denisov, E.; Lange, O.; Remes, P.; Taylor, D.; Splendore, M.; Wouters, E. R.; Senko, M.; Makarov, A.; Mann, M.; Horning, S. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2759-2769
54. Quaite-Randall, E.; Joachimiak, A. Methods Mol. Biol. 2000, 140, 29-39
55. Han, X.; Jin, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109-112
56. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
57. Shaw, J. B.; Li, W.; Holden, D. D.; Zhang, Y.; Griep-Raming, J.; Fellers, R. T.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Brodbelt, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12646-12651