Nonconventional chemical inhibitors of microRNA: Therapeutic scope

Chemical Communications

Volumn 51, Issue 5, 2015, Pages 820-831

  Jayaraj, Gopal Gunanathan ^a,b   Nahar, Smita ^a,b   Maiti, Souvik ^a,c  

^a NATIONAL CHEMICAL LABORATORY   (India)

^b ACADEMY OF SCIENTIFIC AND INNOVATIVE RESEARCH ACSIR   (India)

^c NATIONAL CHEMICAL LABORATORY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE; LOCKED NUCLEIC ACID; MICRORNA; MOLECULAR LIBRARY;

ARTICLE; BINDING AFFINITY; CARDIOVASCULAR DISEASE; CELL PROLIFERATION; DISEASE ASSOCIATION; GENE SILENCING; GENETIC CONSERVATION; HUMAN; IMMUNOPATHOLOGY; MALIGNANT NEOPLASTIC DISEASE; NONHUMAN; PATHOPHYSIOLOGY; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REVERSE TRANSCRIPTION POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA STRUCTURE; UPREGULATION; VIRAL GENE DELIVERY SYSTEM; ANIMAL; ANTAGONISTS AND INHIBITORS; BIOSYNTHESIS; DISEASE; DRUG DEVELOPMENT; GENETICS; MOLECULAR LIBRARY; PHARMACOLOGY; PROCEDURES; THERAPEUTIC USE;

ANIMALS; DISEASE; DRUG DISCOVERY; HUMANS; MICRORNAS; SMALL MOLECULE LIBRARIES;

EID: 84919458533     PISSN: 13597345     EISSN: 1364548X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cc04514a     Document Type: Article

References (111)

1. G. Ruvkun Science 2001 294 797
2. D. P. Bartel Cell 2009 136 215
3. E. Wienholds R. H. Plasterk FEBS Lett. 2005 579 5911
4. A. K. Leung P. A. Sharp Mol. Cell 2010 40 205
5. J. T. Mendell E. N. Olson Cell 2012 148 1172
6. J. Krol I. Loedige W. Filipowicz Nat. Rev. Genet. 2010 11 597
7. J. Han Y. Lee K. H. Yeom J. W. Nam I. Heo J. K. Rhee S. Y. Sohn Y. Cho B. T. Zhang V. N. Kim Cell 2006 125 887
8. C. Okada E. Yamashita S. J. Lee S. Shibata J. Katahira A. Nakagawa Y. Yoneda T. Tsukihara Science 2009 326 1275
9. J. E. Park I. Heo Y. Tian D. K. Simanshu H. Chang D. Jee D. J. Patel V. N. Kim Nature 2011 475 201
10. V. N. Kim J. Han M. C. Siomi Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009 10 126
11. Y. Kim V. N. Kim Mol. Cell 2012 46 384
12. H. A. Meijer Y. W. Kong W. T. Lu A. Wilczynska R. V. Spriggs S. W. Robinson J. D. Godfrey A. E. Willis M. Bushell Science 2013 340 82
13. S. Djuranovic A. Nahvi R. Green Science 2012 336 237
14. M. Lu Q. Zhang M. Deng J. Miao Y. Guo W. Gao Q. Cui PLoS One 2008 3 e3420
15. B. Xie Q. Ding H. Han D. Wu Bioinformatics 2013 29 638
16. Q. Jiang Y. Wang Y. Hao L. Juan M. Teng X. Zhang M. Li G. Wang Y. Liu Nucleic Acids Res. 2009 37 D98
17. Y. Li C. Qiu J. Tu B. Geng J. Yang T. Jiang Q. Cui Nucleic Acids Res. 2014 42 D1070
18. A. Ruepp A. Kowarsch D. Schmidl F. Buggenthin B. Brauner I. Dunger G. Fobo G. Frishman C. Montrone F. J. Theis Genome Biol. 2010 11 R6
19. B. Vogelstein K. W. Kinzler Nat. Med. 2004 10 789
20. P. P. Medina M. Nolde F. J. Slack Nature 2010 467 86
21. J. Kota R. R. Chivukula K. A. O'Donnell E. A. Wentzel C. L. Montgomery H. W. Hwang T. C. Chang P. Vivekanandan M. Torbenson K. R. Clark J. R. Mendell J. T. Mendell Cell 2009 137 1005
22. R. Garzon G. Marcucci C. M. Croce Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 775
23. A. Boutla C. Delidakis M. Tabler Nucleic Acids Res. 2003 31 4973
24. G. Hutvagner M. J. Simard C. C. Mello P. D. Zamore PLoS Biol. 2004 2 E98
25. G. Meister M. Landthaler Y. Dorsett T. Tuschl RNA 2004 10 544
26. J. Krutzfeldt N. Rajewsky R. Braich K. G. Rajeev T. Tuschl M. Manoharan M. Stoffel Nature 2005 438 685
27. J. Stenvang A. Petri M. Lindow S. Obad S. Kauppinen Silence 2012 3 1
28. H. Kaur B. R. Babu S. Maiti Chem. Rev. 2007 107 4672
29. A. Valoczi C. Hornyik N. Varga J. Burgyan S. Kauppinen Z. Havelda Nucleic Acids Res. 2004 32 e175
30. W. P. Kloosterman E. Wienholds E. de Bruijn S. Kauppinen R. H. Plasterk Nat. Methods 2006 3 27
31. I. Naguibneva M. Ameyar-Zazoua N. Nonne A. Polesskaya S. Ait-Si-Ali R. Groisman M. Souidi L. L. Pritchard A. Harel-Bellan Biomed. Pharmacother. 2006 60 633
32. U. A. Orom S. Kauppinen A. H. Lund Gene 2006 372 137
33. J. Elmen M. Lindow A. Silahtaroglu M. Bak M. Christensen A. Lind-Thomsen M. Hedtjarn J. B. Hansen H. F. Hansen E. M. Straarup K. McCullagh P. Kearney S. Kauppinen Nucleic Acids Res. 2008 36 1153
34. J. Elmen M. Lindow S. Schutz M. Lawrence A. Petri S. Obad M. Lindholm M. Hedtjarn H. F. Hansen U. Berger S. Gullans P. Kearney P. Sarnow E. M. Straarup S. Kauppinen Nature 2008 452 896
35. C. Esau S. Davis S. F. Murray X. X. Yu S. K. Pandey M. Pear L. Watts S. L. Booten M. Graham R. McKay A. Subramaniam S. Propp B. A. Lollo S. Freier C. F. Bennett S. Bhanot B. P. Monia Cell Metab. 2006 3 87
36. C. L. Jopling M. Yi A. M. Lancaster S. M. Lemon P. Sarnow Science 2005 309 1577
37. R. E. Lanford E. S. Hildebrandt-Eriksen A. Petri R. Persson M. Lindow M. E. Munk S. Kauppinen H. Orum Science 2010 327 198
38. H. L. Janssen H. W. Reesink E. J. Lawitz S. Zeuzem M. Rodriguez-Torres K. Patel A. J. van der Meer A. K. Patick A. Chen Y. Zhou R. Persson B. D. King S. Kauppinen A. A. Levin M. R. Hodges N. Engl. J. Med. 2013 368 1685
39. L. F. Gebert M. A. Rebhan S. E. Crivelli R. Denzler M. Stoffel J. Hall Nucleic Acids Res. 2014 42 609
40. S. Obad C. O. dos Santos A. Petri M. Heidenblad O. Broom C. Ruse C. Fu M. Lindow J. Stenvang E. M. Straarup H. F. Hansen T. Koch D. Pappin G. J. Hannon S. Kauppinen Nat. Genet. 2011 43 371
41. M. Y. Shah G. A. Calin Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2014 5 537 548 10.1002/wrna.1229
42. H. Ling M. Fabbri G. A. Calin Nat. Rev. Drug Discovery 2013 12 847
43. E. van Rooij E. N. Olson Nat. Rev. Drug Discovery 2012 11 860
44. T. Thum EMBO Mol. Med. 2012 4 3
45. S. L. Ameres M. D. Horwich J. H. Hung J. Xu M. Ghildiyal Z. Weng P. D. Zamore Science 2010 328 1534
46. A. G. Torres M. M. Fabani E. Vigorito M. J. Gait RNA 2011 17 933
47. S. W. Santoro G. F. Joyce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 4262
48. V. M. Jadhav V. Scaria S. Maiti Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 2557
49. H. Kaur V. Scaria S. Maiti Biochemistry 2010 49 9449
50. H. Suryawanshi M. K. Lalwani S. Ramasamy R. Rana V. Scaria S. Sivasubbu S. Maiti ChemBioChem 2012 13 584
51. H. Tazawa N. Tsuchiya M. Izumiya H. Nakagama Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 15472
52. P. Trang J. F. Wiggins C. L. Daige C. Cho M. Omotola D. Brown J. B. Weidhaas A. G. Bader F. J. Slack Mol. Ther. 2011 19 1116
53. B. C. Bernardo X. M. Gao C. E. Winbanks E. J. Boey Y. K. Tham H. Kiriazis P. Gregorevic S. Obad S. Kauppinen X. J. Du R. C. Lin J. R. McMullen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 17615
54. A. Bouchie Nat. Biotechnol. 2013 31 577
55. D. Castanotto J. J. Rossi Nature 2009 457 426
56. E. R. Rayburn R. Zhang Drug Discovery Today 2008 13 513
57. C. L. Esposito S. Catuogno V. de Franciscis L. Cerchia Discovery Med. 2011 11 487
58. D. C. Swinney J. Anthony Nat. Rev. Drug Discovery 2011 10 507
59. J. P. Overington B. Al-Lazikani A. L. Hopkins Nat. Rev. Drug Discovery 2006 5 993
60. J. A. Cruz E. Westhof Cell 2009 136 604
61. J. R. Thomas P. J. Hergenrother Chem. Rev. 2008 108 1171
62. J. Krol K. Sobczak U. Wilczynska M. Drath A. Jasinska D. Kaczynska W. J. Krzyzosiak J. Biol. Chem. 2004 279 42230
63. X. Zhang Y. Zeng Nucleic Acids Res. 2010 38 7689
64. J. Starega-Roslan E. Koscianska P. Kozlowski W. J. Krzyzosiak Cell. Mol. Life Sci. 2011 68 2859
65. A. Deiters AAPS J. 2010 12 51
66. Y. Li C. He P. Jin Chem. Biol. 2010 17 584
67. S. Zhang L. Chen E. J. Jung G. A. Calin Clin. Pharmacol. Ther. 2010 87 754
68. B. D. Gooch P. A. Beal J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10603
69. M. Krishnamurthy K. Simon A. M. Orendt P. A. Beal Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 7044
70. B. P. Davies C. Arenz Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 5550
71. S. Neubacher C. M. Dojahn C. Arenz ChemBioChem 2011 12 2302
72. D. Bose G. G. Jayaraj S. Kumar S. Maiti ACS Chem. Biol. 2013 8 930
73. G. Shan Y. Li J. Zhang W. Li K. E. Szulwach R. Duan M. A. Faghihi A. M. Khalil L. Lu Z. Paroo A. W. Chan Z. Shi Q. Liu C. Wahlestedt C. He P. Jin Nat. Biotechnol. 2008 26 933
74. S. Melo A. Villanueva C. Moutinho V. Davalos R. Spizzo C. Ivan S. Rossi F. Setien O. Casanovas L. Simo-Riudalbas J. Carmona J. Carrere A. Vidal A. Aytes S. Puertas S. Ropero R. Kalluri C. M. Croce G. A. Calin M. Esteller Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 4394
75. K. Gumireddy D. D. Young X. Xiong J. B. Hogenesch Q. Huang A. Deiters Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 7482
76. D. D. Young C. M. Connelly C. Grohmann A. Deiters J. Am. Chem. Soc. 2010 132 7976
77. K. Watashi M. L. Yeung M. F. Starost R. S. Hosmane K. T. Jeang J. Biol. Chem. 2010 285 24707
78. G. S. Tan C. H. Chiu B. G. Garchow D. Metzler S. L. Diamond M. Kiriakidou ACS Chem. Biol. 2012 7 403
79. S. Chirayil R. Chirayil K. J. Luebke Nucleic Acids Res. 2009 37 5486
80. J. P. Diaz R. Chirayil S. Chirayil M. Tom K. J. Head K. J. Luebke RNA 2014 20 528
81. C. M. Connelly A. Deiters Methods Mol. Biol. 2014 1095 147
82. S. M. Paul D. S. Mytelka C. T. Dunwiddie C. C. Persinger B. H. Munos S. R. Lindborg A. L. Schacht Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 203
83. T. T. Ashburn K. B. Thor Nat. Rev. Drug Discovery 2004 3 673
84. D. Bose G. Jayaraj H. Suryawanshi P. Agarwala S. K. Pore R. Banerjee S. Maiti Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 1019
85. M. Maiti K. Nauwelaerts P. Herdewijn Bioorg. Med. Chem. Lett. 2012 22 1709
86. D. D. Vo C. Staedel L. Zehnacker R. Benhida F. Darfeuille M. Duca ACS Chem. Biol. 2014 9 711
87. S. P. Velagapudi S. M. Gallo M. D. Disney Nat. Chem. Biol. 2014 10 291
88. F. S. Liang W. A. Greenberg J. A. Hammond J. Hoffmann S. R. Head C. H. Wong Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 12311
89. M. Parisien F. Major Nature 2008 452 51
90. P. T. Lang S. R. Brozell S. Mukherjee E. F. Pettersen E. C. Meng V. Thomas R. C. Rizzo D. A. Case T. L. James I. D. Kuntz RNA 2009 15 1219
91. Z. Shi J. Zhang X. Qian L. Han K. Zhang L. Chen J. Liu Y. Ren M. Yang A. Zhang P. Pu C. Kang Cancer Res. 2013 73 5519
92. M. D. Disney L. P. Labuda D. J. Paul S. G. Poplawski A. Pushechnikov T. Tran S. P. Velagapudi M. Wu J. L. Childs-Disney J. Am. Chem. Soc. 2008 130 11185
93. S. P. Velagapudi S. J. Seedhouse M. D. Disney Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 3816
94. S. P. Velagapudi M. D. Disney Chem. Commun. 2014 50 3027
95. S. Nahar D. Bose S. Kumar Panja S. Saha S. Maiti Chem. Commun. 2014 50 4639
96. T. Hermann E. Westhof Curr. Opin. Biotechnol. 1998 9 66
97. G. A. Calin C. M. Croce Nat. Rev. Cancer 2006 6 857
98. H. S. Soifer J. J. Rossi P. Saetrom Mol. Ther. 2007 15 2070
99. C. M. Croce Nat. Rev. Genet. 2009 10 704
100. D. Sayed M. Abdellatif Physiol. Rev. 2011 91 827
101. M. R. Schneider Br. J. Dermatol. 2012 166 22
102. A. L. Jackson P. S. Linsley Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 57
103. Y. Fedorov A. King E. Anderson J. Karpilow D. Ilsley W. Marshall A. Khvorova Nat. Methods 2005 2 241
104. A. Kozomara S. Griffiths-Jones Nucleic Acids Res. 2014 42 D68
105. S. Djebali C. A. Davis A. Merkel A. Dobin T. Lassmann A. Mortazavi A. Tanzer J. Lagarde W. Lin F. Schlesinger C. Xue G. K. Marinov J. Khatun B. A. Williams C. Zaleski J. Rozowsky M. Roder F. Kokocinski R. F. Abdelhamid T. Alioto I. Antoshechkin M. T. Baer N. S. Bar P. Batut K. Bell I. Bell S. Chakrabortty X. Chen J. Chrast J. Curado T. Derrien J. Drenkow E. Dumais J. Dumais R. Duttagupta E. Falconnet M. Fastuca K. Fejes-Toth P. Ferreira S. Foissac M. J. Fullwood H. Gao D. Gonzalez A. Gordon H. Gunawardena C. Howald S. Jha R. Johnson P. Kapranov B. King C. Kingswood O. J. Luo E. Park K. Persaud J. B. Preall P. Ribeca B. Risk D. Robyr M. Sammeth L. Schaffer L. H. See A. Shahab J. Skancke A. M. Suzuki H. Takahashi H. Tilgner D. Trout N. Walters H. Wang J. Wrobel Y. Yu X. Ruan Y. Hayashizaki J. Harrow M. Gerstein T. Hubbard A. Reymond S. E. Antonarakis G. Hannon M. C. Giddings Y. Ruan B. Wold P. Carninci R. Guigo T. R. Gingeras Nature 2012 489 101
106. M. J. Hangauer I. W. Vaughn M. T. McManus PLoS Genet. 2013 9 e1003569
107. K. C. Wang H. Y. Chang Mol. Cell 2011 43 904
108. Y. Wan M. Kertesz R. C. Spitale E. Segal H. Y. Chang Nat. Rev. Genet. 2011 12 641
109. S. Diederichs Trends Genet. 2014 30 121
110. O. Wapinski H. Y. Chang Trends Cell Biol. 2011 21 354
111. T. R. Cech J. A. Steitz Cell 2014 157 77