Exploration of the antagonist CP-376395 escape pathway for the corticotropin-releasing factor receptor 1 by random acceleration molecular dynamics simulations

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 7, 2014, Pages 1958-1967

  Bai, Qifeng ^a   Shi, Danfeng ^a   Zhang, Yang ^a   Liu, Huanxiang ^a   Yao, Xiaojun ^a,b  

^a LANZHOU UNIVERSITY   (China)

^b MACAU UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Macao)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

(3,6-DIMETHYL-2-(2,4,6-TRIMETHYLPHENOXY)PYRIDIN-4-YL)(1-ETHYLPROPYL)AMINE; AMINOPYRIDINE DERIVATIVE; CORTICOTROPIN RELEASING FACTOR RECEPTOR; CORTICOTROPIN RELEASING FACTOR RECEPTOR 1; PROTEIN BINDING;

ANTAGONISTS AND INHIBITORS; BINDING SITE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; THERMODYNAMICS;

AMINOPYRIDINES; BINDING SITES; HYDROGEN BONDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; RECEPTORS, CORTICOTROPIN-RELEASING HORMONE; THERMODYNAMICS;

EID: 84901828391     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00037d     Document Type: Article

References (63)

1. T. K. Attwood J. B. Findlay Protein Eng. 1994 7 195 203
2. L. F. Kolakowski Jr. Recept. Channels 1994 2 1 7
3. S. M. Foord T. I. Bonner R. R. Neubig E. M. Rosser J. P. Pin A. P. Davenport M. Spedding A. J. Harmar Pharmacol. Rev. 2005 57 279 288
4. K. Hollenstein J. Kean A. Bortolato R. K. Cheng A. S. Dore A. Jazayeri R. M. Cooke M. Weir F. H. Marshall Nature 2013 499 438 443
5. U. Gether Endocr. Rev. 2000 21 90 113
6. M. C. Lagerstrom H. B. Schioth Nat. Rev. Drug Discovery 2008 7 339 357
7. A. J. Venkatakrishnan X. Deupi G. Lebon C. G. Tate G. F. Schertler M. M. Babu Nature 2013 494 185 194
8. D. M. Rosenbaum S. G. Rasmussen B. K. Kobilka Nature 2009 459 356 363
9. S. G. Rasmussen B. T. DeVree Y. Zou A. C. Kruse K. Y. Chung T. S. Kobilka F. S. Thian P. S. Chae E. Pardon D. Calinski J. M. Mathiesen S. T. Shah J. A. Lyons M. Caffrey S. H. Gellman J. Steyaert G. Skiniotis W. I. Weis R. K. Sunahara B. K. Kobilka Nature 2011 477 549 555
10. D. M. Rosenbaum C. Zhang J. A. Lyons R. Holl D. Aragao D. H. Arlow S. G. Rasmussen H. J. Choi B. T. Devree R. K. Sunahara P. S. Chae S. H. Gellman R. O. Dror D. E. Shaw W. I. Weis M. Caffrey P. Gmeiner B. K. Kobilka Nature 2011 469 236 240
11. S. G. Rasmussen H. J. Choi J. J. Fung E. Pardon P. Casarosa P. S. Chae B. T. Devree D. M. Rosenbaum F. S. Thian T. S. Kobilka A. Schnapp I. Konetzki R. K. Sunahara S. H. Gellman A. Pautsch J. Steyaert W. I. Weis B. K. Kobilka Nature 2011 469 175 180
12. D. Wacker G. Fenalti M. A. Brown V. Katritch R. Abagyan V. Cherezov R. C. Stevens J. Am. Chem. Soc. 2010 132 11443 11445
13. V. Cherezov D. M. Rosenbaum M. A. Hanson S. G. Rasmussen F. S. Thian T. S. Kobilka H. J. Choi P. Kuhn W. I. Weis B. K. Kobilka R. C. Stevens Science 2007 318 1258 1265
14. C. Wang H. Wu V. Katritch G. W. Han X. P. Huang W. Liu F. Y. Siu B. L. Roth V. Cherezov R. C. Stevens Nature 2013 497 338 343
15. M. H. Perrin W. W. Vale Anal. N. Y. Acad. Sci. 1999 885 312 328
16. T. L. Bale W. W. Vale Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2004 44 525 557
17. C. F. Hemley A. McCluskey P. A. Keller Curr. Drug Targets 2007 8 105 115
18. C. W. Liaw D. E. Grigoriadis T. W. Lovenberg E. B. De Souza R. A. Maki Mol. Endocrinol. 1997 11 980 985
19. R. K. Chan W. W. Vale P. E. Sawchenko Neuroscience 2000 101 115 129
20. V. B. Risbrough R. L. Hauger A. L. Roberts W. W. Vale M. A. Geyer J. Neurosci. 2004 24 6545 6552
21. F. Y. Siu M. He C. de Graaf G. W. Han D. Yang Z. Zhang C. Zhou Q. Xu D. Wacker J. S. Joseph W. Liu J. Lau V. Cherezov V. Katritch M. W. Wang R. C. Stevens Nature 2013 499 444 449
22. R. O. Dror D. H. Arlow P. Maragakis T. J. Mildorf A. C. Pan H. Xu D. W. Borhani D. E. Shaw Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 18684 18689
23. D. Provasi M. C. Artacho A. Negri J. C. Mobarec M. Filizola PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1002193
24. Q. Bai Y. Zhang Y. Ban H. Liu X. Yao PLoS One 2013 8 e68138
25. S. Vanni M. Neri I. Tavernelli U. Rothlisberger PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1001053
26. B. Isin G. Estiu O. Wiest Z. N. Oltvai PLoS One 2012 7 e50186
27. R. O. Dror A. C. Pan D. H. Arlow D. W. Borhani P. Maragakis Y. Shan H. Xu D. E. Shaw Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 13118 13123
28. A. Gonzalez T. Perez-Acle L. Pardo X. Deupi PLoS One 2011 6 e23815
29. Z. Feng T. Hou Y. Li J. Chem. Inf. Model. 2012 52 1005 1014
30. M. P. Bokoch Y. Zou S. G. Rasmussen C. W. Liu R. Nygaard D. M. Rosenbaum J. J. Fung H. J. Choi F. S. Thian T. S. Kobilka J. D. Puglisi W. I. Weis L. Pardo R. S. Prosser L. Mueller B. K. Kobilka Nature 2010 463 108 112
31. F. Fanelli P. G. De Benedetti Chem. Rev. 2011 111 PR438 535
32. H. Vashisth C. F. Abrams Biophys. J. 2008 95 4193 4204
33. S. K. Ludemann V. Lounnas R. C. Wade J. Mol. Biol. 2000 303 797 811
34. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
35. V. Zoete M. A. Cuendet A. Grosdidier O. Michielin J. Comput. Chem. 2011 32 2359 2368
36. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kale K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781 1802
37. A. D. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiórkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
38. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
39. S. E. Feller Y. Zhang R. W. Pastor B. R. Brooks J. Chem. Phys. 1995 103 4613 4621
40. N. M. Glykos J. Comput. Chem. 2006 27 1765 1768
41. J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1935 3 300 313
42. B. Roux Comput. Phys. Commun. 1995 91 275 282
43. S. K. Sadiq F. Noe G. De Fabritiis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 20449 20454
44. M. Girvan M. E. Newman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 7821 7826
45. A. Sethi J. Eargle A. A. Black Z. Luthey-Schulten Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 6620 6625
46. J. Eargle Z. Luthey-Schulten Bioinformatics 2012 28 3000 3001
47. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
48. E. Darve A. Pohorille J. Chem. Phys. 2001 115 9169 9183
49. E. Darve D. Rodriguez-Gomez A. Pohorille J. Chem. Phys. 2008 128 144120
50. J. R. Hénin G. Fiorin C. Chipot M. L. Klein J. Chem. Theory Comput. 2009 6 35 47
51. T. Okada M. Sugihara A. N. Bondar M. Elstner P. Entel V. Buss J. Mol. Biol. 2004 342 571 583
52. J. A. Christopher J. Brown A. S. Dore J. C. Errey M. Koglin F. H. Marshall D. G. Myszka R. L. Rich C. G. Tate B. Tehan T. Warne M. Congreve J. Med. Chem. 2013 56 3446 3455
53. V. P. Jaakola M. T. Griffith M. A. Hanson V. Cherezov E. Y. Chien J. R. Lane A. P. Ijzerman R. C. Stevens Science 2008 322 1211 1217
54. Q. Tan Y. Zhu J. Li Z. Chen G. W. Han I. Kufareva T. Li L. Ma G. Fenalti J. Li W. Zhang X. Xie H. Yang H. Jiang V. Cherezov H. Liu R. C. Stevens Q. Zhao B. Wu Science 2013 341 1387 1390
55. E. Schipani K. Kruse H. Juppner Science 1995 268 98 100
56. R. S. Heller T. J. Kieffer J. F. Habener Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996 223 624 632
57. S. A. Hjorth C. Orskov T. W. Schwartz Mol. Endocrinol. 1998 12 78 86
58. S. Vohra B. Taddese A. C. Conner D. R. Poyner D. L. Hay J. Barwell P. J. Reeves G. J. Upton C. A. Reynolds J. R. Soc., Interface 2013 10 20120846
59. B. Knapp N. Lederer U. Omasits W. Schreiner J. Comput. Chem. 2010 31 2868 2873
60. J. D. Dunitz Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 4167 4173
61. N. A. Baker D. Sept S. Joseph M. J. Holst J. A. McCammon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 10037 10041
62. G. M. Morris R. Huey W. Lindstrom M. F. Sanner R. K. Belew D. S. Goodsell A. J. Olson J. Comput. Chem. 2009 30 2785 2791
63. C. R. Grace M. H. Perrin J. P. Cantle W. W. Vale J. E. Rivier R. Riek J. Am. Chem. Soc. 2007 129 16102 16114