Automated proteomics of E. coli via top-down electron-transfer dissociation mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 5, 2008, Pages 1459-1467

  Bunger, Maureen K ^a   Cargile, Benjamin J ^a   Ngunjiri, Anne ^a   Bundy, Jonathan L ^a   Stephenson Jr , James L ^a  

^a RTI INTERNATIONAL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; CHARGE TRANSFER; DISSOCIATION; ESCHERICHIA COLI; MASS SPECTROMETRY; REACTION KINETICS;

COLLISIONALLY INDUCED DISSOCIATION (CID); ELECTRON-TRANSFER DISSOCIATION (ETD); PROTEIN ANALYSIS;

PROTEINS;

BACTERIAL PROTEIN; CELL EXTRACT;

ALGORITHM; ARTICLE; ELECTRON TRANSFER DISSOCIATION MASS SPECTROMETRY; ELECTRON TRANSPORT; ESCHERICHIA COLI; FRACTIONATION; HIGH THROUGHPUT SCREENING; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; SCORING SYSTEM;

AUTOMATION; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; MASS SPECTROMETRY; PROTEOMICS;

EID: 41149086763     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac7018409     Document Type: Article

References (59)

1. Gygi, S. P.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 489-494.
2. Godovac-Zimmermann, J.; Brown, L. R. Mass Spectrom. Rev. 2001, 20, 1-57.
3. Chalmers, M. J.; Gaskell, S. J. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 384-390.
4. Gilar, M.; Bouvier, E. S. P.; Compton, B. J. J. Chromatogr., A 2001, 909, 111-135.
5. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
6. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
7. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
8. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Freeman, T. W.; Stephenson, J. L., Jr. J. Proteome Res. 2004, 3, 112-119.
9. Cargile, B. J.; Sevinsky, J. R.; Essader, A. S.; Stephenson, J. L., Jr.; Bundy, J. L. J. Biomol. Tech. 2005, 16, 181-189.
10. Cargile, B. J.; Talley, D. L.; Stephenson, J. L., Jr. Electrophoresis 2004, 25, 936-945.
11. Henry, K. D.; Williams, E. R.; Wang, B. H.; McLafferty, F. W.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989, 86, 9075-9078.
12. Loo, J. A.; Quinn, J. P.; Ryu, S. I.; Henry, K. D.; Senko, M. W.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 286-289.
13. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808.
14. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
15. Patrie, S. M.; Charlebois, J. P.; Whipple, D.; Kelleher, N. L.; Hendrickson, C. L.; Quinn, J. P.; Marshall, A. G.; Mukhopadhyay, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1099-1108.
16. Syka, J. E.; Marto, J. A.; Bai, D. L.; Horning, S.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C.; Ueberheide, B.; Garcia, B.; Busby, S.; Muratore, T.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621-626.
17. Parks, B. A.; Jiang, L.; Thomas, P. M.; Wenger, C. D.; Roth, M. J.; Ii, M. T.; Burke, P. V.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2007, 79, 7984-7991.
18. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573.
19. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313-10317.
20. Axelsson, J.; Palmblad, M.; Hakansson, K.; Hakansson, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 474-477.
21. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
22. Patrie, S. M.; Ferguson, J. T.; Robinson, D. E.; Whipple, D.; Rother, M.; Metcalf, W. W.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 14-25.
23. Du, Y.; Parks, B. A.; Sohn, S.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2006, 78, 686-694.
24. Du, Y.; Meng, F.; Patrie, S. M.; Miller, L. M.; Kelleher, N. L. J. Proteome Res. 2004, 3, 801-806.
25. VerBerkmoes, N. C.; Bundy, J. L.; Hauser, L.; Asano, K. G.; Razumovskaya, J.; Larimer, F.; Hettich, R. L.; Stephenson, J. L., Jr. J. Proteome Res. 2002, 1, 239-252.
26. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 369-407.
27. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663-675.
28. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; Bundy, J. L. Curr. Opin. Biotechnol. 2002, 13, 57-64.
29. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533.
30. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 1998, 33, 664-672.
31. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 585-596.
32. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3533-3544.
33. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 162, 89-106.
34. Cargile, B. J.; McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2001, 73, 1277-1285.
35. VerBerkmoes, N. C.; Strader, M. B.; Smiley, R. D.; Howell, E. E.; Hurst, G. B.; Hettich, R. L.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Biochem. 2002, 305, 68-81.
36. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353-7362.
37. Mikesh, L. M.; Ueberheide, B.; Chi, A.; Coon, J. J.; Syka, J. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1811-1822.
38. Good, D. M.; Coon, J. J. BioTechniques 2006, 40, 783-789.
39. Chi, A.; Huttenhower, C.; Geer, L. Y.; Coon, J. J.; Syka, J. E.; Bai, D. L.; Shabanowitz, J.; Burke, D. J.; Troyanskaya, O. G.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2193-2198.
40. Coon, J. J.; Ueberheide, B.; Syka, J. E.; Dryhurst, D. D.; Ausio, J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 9463-9468.
41. Meng, F.; Cargile, B. J.; Patrie, S. M.; Johnson, J. R.; McLoughlin, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2923-2929.
42. Sharma, S.; Simpson, D. C.; Tolic, N.; Jaitly, N.; Mayampurath, A. M.; Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L. J. Proteome Res. 2007, 6, 602-610.
43. Wang, Y.; Balgley, B. M.; Rudnick, P. A.; Lee, C. S. J. Chromatogr., A 2005, 1073, 35-41.
44. Johnson, J. R.; Meng, F.; Forbes, A. J.; Cargile, B. J.; Kelleher, N. L. Electrophoresis 2002, 23, 3217-3223.
45. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
46. Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 197A-203A
47. Running, W. E.; Ravipaty, S.; Karty, J. A.; Reilly, J. P. J. Proteome Res. 2007, 6, 337-347.
48. Chi, A.; Bai, D. L.; Geer, L. Y.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 259, 197-203.
49. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958-964.
50. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
51. Arnold, R. J.; Reilly, J. P. Anal. Biochem. 1999, 269, 105-112.
52. Moini, M.; Huang, H. Electrophoresis 2004, 25, 1981-1987.
53. Tatusov, R. L.; Koonin, E. V.; Lipman, D. J. Science 1997, 278, 631-637.
54. Tatusov, R. L.; Natale, D. A.; Garkavtsev, I. V.; Tatusova, T. A.; Shankavaram, U. T.; Rao, B. S.; Kiryutin, B.; Galperin, M. Y.; Fedorova, N. D.; Koonin, E. V. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 22-28.
55. Wasinger, V. C.; Humphery-Smith, I. FEMS Microbiol. Lett. 1998, 169, 375-382.
56. Adams, H.; Teertstra, W.; Koster, M.; Tommassen, J. FEBS Lett. 2002, 518, 173-176.
57. Millea, K. M.; Krull, I. S.; Cohen, S. A.; Gebler, J. C.; Berger, S. J. J. Proteome Res. 2006, 5, 135-146.
58. Martinovic, S.; Veenstra, T. D.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 99-107.
59. Martinovic, S.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Methods Mol. Biol. 2004, 276, 291-304.