Top-down approaches for measuring expression ratios of intact yeast proteins using Fourier transform mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 3, 2006, Pages 686-694

  Du, Yi ^a   Parks, Bryan A ^a   Sohn, Seyoung ^b   Kwast, Kurt E ^c   Kelleher, Neil L ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b University of Illinois at Urbana Champaign   (United States)

^c UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEOMICS; YEAST PROTEINS;

CHROMATOGRAPHY; FOURIER TRANSFORMS; GROWTH (MATERIALS); ISOTOPES; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS; SIGNAL TO NOISE RATIO;

YEAST;

ACRYLAMIDE; CYSTEINE; FUNGAL PROTEIN; IODOACETAMIDE; PEPTIDE DERIVATIVE;

ALKYLATION; ANAEROBIC CAPACITY; ANALYTIC METHOD; ARTICLE; DATA BASE; FUNGUS GROWTH; INFRARED SPECTROSCOPY; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; ISOTOPE LABELING; NITROGEN NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NONHUMAN; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN PROCESSING; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SIGNAL NOISE RATIO;

FEASIBILITY STUDIES; FOURIER ANALYSIS; MOLECULAR WEIGHT; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 32444436985     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac050993p     Document Type: Article

References (51)

1. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol 1999, 17, 676-682.
2. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
3. Shen, Y.; Tolic, N.; Zhao, R.; Pasa-Tolic, L.; Li, L.; Berger, S. J.; Harkewicz, R.; Anderson, G. A.; Belov, M. E.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 3011-3021.
4. Li, L.; Masselon, C. D.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Lee, S. W.; Shen, Y.; Zhao, R.; Lipton, M. S.; Conrads, T. P.; Tolic, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 3312-3322.
5. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
6. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
7. Pandey, A.; Mann, M. Nature 2000, 405, 837-846.
8. MacCoss, M. J.; Matthews, D. E. Anal. Chem. 2005, 77, 294A-302A.
9. Ong, S. E.; Foster, L. J.; Mann, M. Methods 2003, 29, 124-130.
10. Kelleher, N. L.; Nicewonger, R. B.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32215-32220.
11. Goodlett, D. R.; Keller, A.; Watts, J. D.; Newitt, R.; Yi, E. C.; Purvine, S.; Eng, J. K.; von Haller, P.; Aebersold, R.; Kolker, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1214-1221.
12. (a) Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
13. (b) Berger, S. J.; Lee, S. W.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Tolic, N.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4994-5000.
14. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Matthews, D. E.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2004, 76, 4951-4959.
15. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
16. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridricksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
17. Zabrouskov, V.; Giacomelli, L.; Van Wijk, K. J.; McLafferty, F. W. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1253-1260.
18. Roth, M. J.; Forbes, A. J.; Boyne, M. T., 2nd.; Kim, Y. B.; Robinson, D. E.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1002-1008.
19. Hicks, L. M.; O'Connor, S. E.; Mazur, M. T.; Walsh, C. T.; Kelleher, N. L. Chem. Biol. 2004, 11, 327-335.
20. Gordon, E. F.; Mansoori, B. A.; Carroll, C. F.; Muddiman, D. C. J. Mass Spectrom. 1999, 34, 1055-1062.
21. Senko, M. W.; Canterbury, J. D.; Guan, S.; Marshall, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1839-1844.
22. Gomez, S. M.; Nishio, J. N.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 46-59.
23. Cumsky, M. G.; Ko, C.; Trueblood, C. E.; Poyton, R. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 2235-2239.
24. Sherman, F. Methods Enzymol. 1991, 194, 3-21.
25. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Liu, H.; Sadygov, R.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 6912-6921.
26. Kwast, K. E.; Lai, L. C.; Menda, N.; James, D. T., 3rd; Aref, S.; Burke, P. V. J. Bacteriol. 2002, 184, 250-265.
27. Meng, F.; Du, Y.; Miller, L. M.; Patrie, S. M.; Robinson, D. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 2852-2858.
28. Du, Y.; Meng, F.; Patrie, S. M.; Miller, L. M.; Kelleher, N. L. J. Proteome Res. 2004, 3, 801-806.
29. Patrie, S. M.; Charlebois, J. P.; Whipple, D.; Kelleher, N. L.; Hendrickson, C. L.; Quinn, J. P.; Marshall, A. G.; Mukhopadhyay, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1099-1108.
30. Guan, S.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996, 158, 5.
31. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
32. Patrie, S. M.; Robinson, D. E.; Meng, F.; Du, Y.; Kelleher, N. L. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 234, 175-184.
33. Johnson, J. R.; Meng, F.; Forbes, A. J.; Cargile, B. J.; Kelleher, N. L. Electrophoresis 2002, 23, 3217-3223.
34. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229-233.
35. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332.
36. Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Forbes, A. J.; Meng, F.; McCarthy, R.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 4081-4086.
37. LeDuc, R. D.; Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Januszyk, T. E.; Bynum, L. H.; Sola, J. V.; Garavelli, J. S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W340-345.
38. Lee, H.; Yi, E. C.; Wen, B.; Reily, T. P.; Pohl, L.; Nelson, S.; Aebersold, R.; Goodlett, D. R. J. Chromatogr., B 2004, 803, 101-110.
39. Sebastiano, R.; Citterio, A.; Lapadula, M.; Righetti, P. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2380-2386.
40. Pasquarello, C.; Sanchez, J. C.; Hochstrasser, D. F.; Corthals, G. L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 117-127.
41. Veenstra, T. D.; Martinovic, S.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 78-82.
42. Kelleher, N. L.; Senko, M. W.; Siegel, M. M.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 380-383.
43. Ong, S. E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. J. Proteome Res. 2003, 2, 173-181.
44. Gordon, E. F.; Muddiman, D. C. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 195-203.
45. de Koning, L. J.; Kort, C. W. F.; Pinkse, F. A.; Nibbering, N. M. M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1989, 95, 71-92.
46. Mitchell, D. W.; Stephen, S. E. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1990, 96, 1-16.
47. Farrar, T. C.; Elling, J. W.; Krahling, M. D. Anal. Chem. 1992, 64, 2770-2774.
48. Arselin, G.; Vaillier, J.; Graves, P. V.; Velours, J. J. Biol. Chem. 1996, 271, 20284-20290.
49. Schwelberger, H. G.; Kang, H. A.; Hershey, J. W. J. Biol. Chem. 1993, 268, 14018-14025.
50. Kwast, K. E.; Burke, P. V.; Staahl, B. T.; Poyton, R. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5446-5451.
51. Kwast, K. E.; Burke, P. V.; Poyton, R. O. J. Exp. Biol. 1998, 201, 1177-1195.