Molecular-level description of proteins from Saccharomyces cerevisiae using quadrupole FT hybrid mass spectrometry for top down proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 10, 2004, Pages 2852-2858

  Meng, Fanyu ^a   Du, Yi ^a   Miller, Leah M ^a   Patrie, Steven M ^a   Robinson, Dana E ^a   Kelleher, Neil L ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; AUTOMATION; ELECTROPHORESIS; GENES; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; YEAST;

DIMETHYLATION; GEL ELECTROPHORESIS;

PROTEINS;

GENE PRODUCT;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CELL LYSATE; DATA BASE; ELECTRON CAPTURE DETECTION; ELUTION; GEL ELECTROPHORESIS; GENE DUPLICATION; GENE IDENTIFICATION; GENE SEQUENCE; GLYCOLYSIS; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN SYNTHESIS; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

ACETYLATION; AUTOMATION; CELLS, CULTURED; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DATABASES, PROTEIN; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; GENETICS; GLYCOLYSIS; MASS SPECTROMETRY; METHYLATION; MOLECULAR WEIGHT; PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS;

EID: 2442636680     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0354903     Document Type: Article

References (48)

1. Corthals, G. L.; Wasinger, V. C.; Hochstrasser, D. F.; Sanchez, J. C. Electrophoresis 2000, 21, 1104-1115.
2. Link, A. J. Trends Biotechnol. 2002, 20, S8-13.
3. Rappsilber, J.; Mann, M. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 74-78.
4. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
5. Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H.; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R. J.; Romine, M. F. ; Shen, Y.; Stritmatter, E.; Tolic, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran, A.; Wong, K. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.
6. Ghaemmaghami, S.; Huh, W. K.; Bower, K.; Howson, R. W.; Belle, A.; Dephoure, N.; O'Shea, E. K.; Weissman, J. S. Nature 2003, 425, 737-741.
7. Mann, M.; Jensen, O. N. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 255-261.
8. Wu, C. C.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 262-267.
9. Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Brill, L. M.; Brinker, A.; Phung, Q. T.; Ericson, C.; Sauer, K.; Brock, K.; Horn, D. M.; Schultz, P. G.; Peters, E. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 443-448.
10. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
11. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375-378.
12. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-382.
13. Larsen, M. R.; Roepstorff, P. Fresenius J. Anal. Chem. 2000, 366, 677-690.
14. Wilkins, M. R.; Gasteiger, E.; Gooley, A. A.; Herbert, B. R.; Molloy, M. P.; Binz, P. A.; Ou, K.; Sanchez, J. C.; Bairoch, A.; Williams, K. L.; Hochstrasser, D. F. J. Mol. Biol. 1999, 289, 645-657.
15. MacCoss, M. J.; McDonald, W. H.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7900-7905.
16. Jenuwein, T.; Allis, C. D. Science 2001, 293, 1074-1080.
17. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaseruud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
18. Kelleher, N. L.; Taylor, S. V.; Grannis, D.; Kinsland, C.; Chiu, H. J.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. Protein Sci. 1998, 7, 1796-1801.
19. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; Bundy, J. L. Curr. Opin. Biotechnol. 2002, 13, 57-64.
20. Meng, F.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952-957.
21. Loo, J. A.; Quinn, J. P.; Ryu, S. I.; Henry, K. D.; Senko, M. W.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 286-289.
22. Ge, Y.; El-Naggar, M.; Sze, S. K.; Oh, H. B.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W.; Boshoff, H.; Barry, C. E., 3rd. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 253-261.
23. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353-7362.
24. Nemeth-Cawley, J. F.; Tangarone, B. S.; Rouse, J. C. J. Proteome Res. 2003, 2, 495-505.
25. Kelleher, N. L. Chem. Biol. 2000, 7, R37-R45.
26. Cottingham, K. Anal. Chem. 2003, 472A-476A.
27. Hirayama, K.; Takahashi, R.; Akashi, S.; Fukuhara, K.; Oouchi, N.; Murai, A.; Arai, M.; Murao, S.; Tanaka, K.; Nojima, I. Biochemistry 1987, 26, 6483-6488.
28. Wall, D. B.; Kachman, M. T.; Gong, S. S.; Parus, S. J.; Long, M. W.; Lubman, D. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1649-1661.
29. VerBerkmoes, N. C.; Bundy, J. L.; Hauser, L.; Asano, J. G.; Razumovskaya, J.; Larimer, F.; Hettich, R. L.; Stephenson, J. L., Jr. J. Proteome Res. 2002, 1, 239-252.
30. Liu, H.; Berger, S. J.; Chakraborty, A. B.; Plumb, R. S.; Cohen, S. A. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2002, 782, 267-289.
31. Jaeger, D. A.; Jamrozik, J.; Golich, T. G.; Clennan, M. W.; Mohebalian, J. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3001-3006.
32. Meng, F.; Cargile, B. J.; Patrie, S. M.; Johnson, J. R.; McLoughlin, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2923-2929.
33. Johnson, J. R.; Meng, F.; Forbes, A. J.; Cargile, B. J.; Kelleher, N. L. Electrophoresis 2002, 23, 3217-3223.
34. Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Forbes, A. J.; Meng, F. Y.; McCarthy, R.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 4081-4086.
35. Nieuwint, R. T.; Molenaar, C. M.; van Bommel, J. H.; van Raamsdonk-Duin, M. M.; Mager, W. H.; Planta, R. J. Curr. Genet. 1985, 10, 1-5.
36. Mangiarotti, G. Biochem. J. 2003, 370, 713-717.
37. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
38. Hendrickson, C. H.; Emmett, M. R.; Quinn, J. P.; Marshall, A. G. Proceedings of the 48th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Long Beach, CA, 2000.
39. Horning, S.; Malek, R.; Wieghaus, A.; Senko, M. W.; Syka, J. E. P. Proceedings of the 51st ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Montreal, 2003.
40. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332.
41. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229-233.
42. Senko, M. W.; Canterbury, J. D.; Guan, S.; Marshall, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1839-1844.
43. Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A. ; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 365-370.
44. Amunugama, R.; Hogan, J. M.; Newton, K. A.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2004, 76, 720-727.
45. Reid, G. E.; Wu, J.; Chrisman, P. A.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 3274-3281.
46. Arnold, R. J.; Polevoda, B.; Reilly, J. P.; Sherman, F. J. Biol. Chem. 1999, 274, 37035-37040.
47. Martinage, A.; Briand, G.; Van Dorsselaer, A.; Turner, C. H.; Sautiere, P. Eur. J. Biochem. 1985, 147, 351-359.
48. Mangiarotti, G.; Giorda, R. Biochem. Cell Biol. 2002, 80, 261-270.