Top down versus bottom up protein characterization by tandem high- resolution mass spectrometry

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 4, 1999, Pages 806-812

  Kelleher, Neil L ^a   Lin, Hong Y ^a   Valaskovic, Gary A ^a   Aaserud, David J ^a   Fridriksson, Einar K ^a   McLafferty, Fred W ^a  

^a Department of Population Medicine and Diagnostic Sciences   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ARTICLE; CATTLE; ERYTHROCYTE; FOURIER TRANSFORMATION; HUMAN; MOLECULAR WEIGHT; NONHUMAN; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN DETERMINATION; PROTEIN MODIFICATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 0033518556     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja973655h     Document Type: Article

References (48)

1. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2301-2303.
2. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Mass Spectrum. Rev. 1990, 9, 37-70.
3. Biemann, K.; Papayannopoulos, I. A. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 370-378. Loo, J. A. Bioconj. Chem. 1995, 6, 644-665. Shackleton, C. H. L.; Witkowska, H. E. Anal. Chem. 1996, 68, 29A-32A. Hao, Y.; Muir, T. W.; Kent, S. B. H.; Tische, E.; Scardina, J. M.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4020-4024. Hunt, D. F.; Henderson, R. A.; Shabanowitz, J.; Sakaguchi, K.; Michel, H.; Sevilir, N.; Cox, A. L.; Appella, E.; Engelhard, V. H. Science 1992, 255, 1261-1266.
4. Biemann, K.; Papayannopoulos, I. A. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 370-378. Loo, J. A. Bioconj. Chem. 1995, 6, 644-665. Shackleton, C. H. L.; Witkowska, H. E. Anal. Chem. 1996, 68, 29A-32A. Hao, Y.; Muir, T. W.; Kent, S. B. H.; Tische, E.; Scardina, J. M.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4020-4024. Hunt, D. F.; Henderson, R. A.; Shabanowitz, J.; Sakaguchi, K.; Michel, H.; Sevilir, N.; Cox, A. L.; Appella, E.; Engelhard, V. H. Science 1992, 255, 1261-1266.
5. Biemann, K.; Papayannopoulos, I. A. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 370-378. Loo, J. A. Bioconj. Chem. 1995, 6, 644-665. Shackleton, C. H. L.; Witkowska, H. E. Anal. Chem. 1996, 68, 29A-32A. Hao, Y.; Muir, T. W.; Kent, S. B. H.; Tische, E.; Scardina, J. M.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4020-4024. Hunt, D. F.; Henderson, R. A.; Shabanowitz, J.; Sakaguchi, K.; Michel, H.; Sevilir, N.; Cox, A. L.; Appella, E.; Engelhard, V. H. Science 1992, 255, 1261-1266.
6. Biemann, K.; Papayannopoulos, I. A. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 370-378. Loo, J. A. Bioconj. Chem. 1995, 6, 644-665. Shackleton, C. H. L.; Witkowska, H. E. Anal. Chem. 1996, 68, 29A-32A. Hao, Y.; Muir, T. W.; Kent, S. B. H.; Tische, E.; Scardina, J. M.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4020-4024. Hunt, D. F.; Henderson, R. A.; Shabanowitz, J.; Sakaguchi, K.; Michel, H.; Sevilir, N.; Cox, A. L.; Appella, E.; Engelhard, V. H. Science 1992, 255, 1261-1266.
7. Biemann, K.; Papayannopoulos, I. A. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 370-378. Loo, J. A. Bioconj. Chem. 1995, 6, 644-665. Shackleton, C. H. L.; Witkowska, H. E. Anal. Chem. 1996, 68, 29A-32A. Hao, Y.; Muir, T. W.; Kent, S. B. H.; Tische, E.; Scardina, J. M.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4020-4024. Hunt, D. F.; Henderson, R. A.; Shabanowitz, J.; Sakaguchi, K.; Michel, H.; Sevilir, N.; Cox, A. L.; Appella, E.; Engelhard, V. H. Science 1992, 255, 1261-1266.
8. Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W.Science 1996, 273, 1199-1202.
9. (a) Shevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Shevchenko, A.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14440-14445.
10. (b) Figeys, D.; Ducret, A.; Yates, J. R., III; Aebersold, R. Nature Biotech. 1996, 14, 1579-1583.
11. (c) Mørtz, E.; O'Connor, P. B.; Roepstorff, P.; Kelleher, N. L.; Wood, T. D.; McLafferty, F. W.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8264-8267.
12. (d) Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Mann, M. Anal. Chem. 1997, 69, 4741-4750.
13. Mewes, H. W.; George, D. G. In Microcharacterization of Proteins; Kellner, R., Lottspeich, F., Meyer, H. E., Eds.; Verlagsgesellschaft mbH: Weinheim, Germany, 1994; p 220.
14. (a) Wang, R.; Chait, B. T. In Methods in Molecular Biology: Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry; Chapman, J. R., Ed.; Humana Press: Totowa, NJ, 1996; Vol. 61, pp 161-170.
15. (b) Wilm, M.; Neubauer, G.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 527-533.
16. (c) Blackburn, R. K.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 483-494.
17. Kelleher, N. L.; Taylor, S. V.; Grannis, D.; Kinsland, C.; Chiu, H.-J.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. Protein Sci. 1998, 8, 1796-1801.
18. (a) Kelleher, N. L.; Costello, C. A.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. L. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 981-984.
19. (b) Costello, C. A.; Kelleher, N. L.; Abe, M.; McLafferty, F. W.; Begley, T. P. J. Biol. Chem. 1996, 271, 3445-3452.
20. (c) Kelleher, N. L.; Nicowonger, N. B.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32215-32220.
21. (a) Wood, T. D.; Chen, L. H.; Kelleher, N. L.; Little, D. P.; Kenyon, G. L.; McLafferty, F. W. Biochemistry 1995, 34, 16251-16254.
22. (b) Wood, T. D.; Chen, L. H.; White, C. B.; Babbitt, P. C.; Kenyon, G. L.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11451-11455.
23. (c) Wood, T. D.; Guan, Z.; Borders, C. L., Jr.; Chen, L. C.; Kenyon, G. L.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 3562-3365.
24. (a) McLafferty, F. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 379-386.
25. (b) O'Connor, P. B.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 88-93.
26. (c) Speir, J. P.; Senko, M. W.; Little, D. P.; Loo, J. A.; McLafferty, F. W. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 39-42.
27. (d) Kelleher, N. L.; Senko, M. W.; Siegel, M. M.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom 1997, 8, 380-383.
28. (e) Williams, E. R. Anal. Chem. 1998, 70, 179A-185A.
29. Wilm, M. S.; Mann, M. Int. J. Mass Spectmm. Ion Processes 1994, 136, 167-180.
30. Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; Little, D. P.; Aaseruud, D. J.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1995, 67, 3802-3805.
31. Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M., III; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectmm. 1993, 4, 557-565.
32. Loo, J. A.; Udseth, H. R.; Smith R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 207-210.
33. Marshall, A. G.; Wang, T. C. L.; Ricca, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7893-7897.
34. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobsen, D. B. Anal. Chim. Acta 1991, 246, 211-225. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808.
35. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobsen, D. B. Anal. Chim. Acta 1991, 246, 211-225. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808.
36. http://mcphar04.med.nyu.edu/software/contents.htm. Fenyö, D.; Zhang, W.; Chait, B. T.; Beavis, R. C. Anal. Chem. 1996, 68, A721-A726.
37. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229-233.
38. As pointed out by Evan Williams, in the case of a single bad coin it is basically more efficient to separate the coins into three equally numbered groups and to weigh two of these against each other.
39. Keil, B. In Specificity of Proteolysis; Springer-Verlag: New York, 1992.
40. Kelleher, N. L.; Beishaw, P. J.; Walsh, C. T. In preparation. Horn, D.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. In preparation.
41. Loo, J. A.; Loo, R. R. O.; Light, K. J.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1992, 64, 81-88.
42. Wright, H. T. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1991, 26, 1-52.
43. Little, D. P.; Aaserud, D. J.; Valaskovic, G. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9352-9359.
44. Fridriksson, E. K.; Baird, B.; Holowka, D.; McLafferty, F. W. In preparation.
45. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. Submitted for publication. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K.; Kelleher, N. L.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press.
46. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. Submitted for publication. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K.; Kelleher, N. L.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press.
47. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. Submitted for publication. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K.; Kelleher, N. L.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press.
48. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. Submitted for publication. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K.; Kelleher, N. L.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press. Kruger, N. A.; Zubarev, R. A.; Horn D. M.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. In press.