Metabolomics-on-a-chip and metabolic flux analysis for label-free modeling of the internal metabolism of HepG2/C3A cells

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 7, 2012, Pages 1908-1920

  Ouattara, Djomangan Adama ^a,b   Prot, Jean Matthieu ^b   Bunescu, Andrei ^c   Dumas, Marc Emmanuel ^c,d   Elena Herrmann, Bénédicte ^c   Leclerc, Eric ^b   Brochot, Céline ^a  

^a INSTITUT NATIONAL DE L ENVIRONNEMENT INDUSTRIEL ET DES RISQUES INERIS   (France)

^b UNIVERSITÉ DE TECHNOLOGIE DE COMPIÈGNE   (France)

^c UNIVERSITÉ DE LYON   (France)

^d IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HIG1 PROTEIN, HUMAN; LACTIC ACID; OXYGEN; PYRUVIC ACID; TUMOR PROTEIN;

ARTICLE; CELL LINE; CELL RESPIRATION; CELL STRAIN HEPG2; CITRIC ACID CYCLE; ENERGY METABOLISM; GENETICS; GLYCOLYSIS; HUMAN; LIVER CELL CARCINOMA; METABOLISM; METABOLOMICS; MICROFLUIDIC ANALYSIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PENTOSE PHOSPHATE CYCLE;

CARCINOMA, HEPATOCELLULAR; CELL LINE; CELL RESPIRATION; CITRIC ACID CYCLE; ENERGY METABOLISM; GLYCOLYSIS; HEP G2 CELLS; HUMANS; LACTIC ACID; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; METABOLOMICS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; NEOPLASM PROTEINS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; OXYGEN; PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY; PYRUVIC ACID;

EID: 84862228997     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25049g     Document Type: Article

References (71)

1. R. Baudoin L. Griscom M. Monge C. Legallais E. Leclerc Biotechnol. Prog. 2007 23 1245 1253
2. G. J. Mahler M. B. Esch R. P. Glahn M. L. Shuler Biotechnol. Bioeng. 2009 104 193 205
3. P. Chao T. Maguire E. Novik K. C. Cheng M. L. Yarmush Biochem. Pharmacol. 2009 78 625 632
4. Y. Sakai O. Fukuda S. H. Choi A. Sakoda J. Artif. Organs 2003 6 273 281
5. M. L. Shuler A. Ghanem D. Quick M. C. Wong P. Miller Biotechnol. Bioeng. 1996 52 45 60
6. R. Baudoin A. Corlu L. Griscom C. Legallais E. Leclerc Toxicol. In Vitro 2007 21 535 544
7. M. B. Esch J. H. Sung M. L. Shuler J. Biotechnol. 2010 148 64 69
8. D. A. Ouattara S. H. Choi Y. Sakai A. R. R. Pery C. Brochot Toxicol. Lett. 2011 205 310 319
9. E. Novik T. J. Maguire P. Y. Chao K. C. Cheng M. L. Yarmush Biochem. Pharmacol. 2010 79 1036 1044
10. J. M. Prot O. Videau C. Brochot C. Legallais H. Benech E. Leclerc Int. J. Pharm. 2011 408 67 75
11. J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2011 7 478
12. C. Chan F. Berthiaume K. Lee M. L. Yarmush Metab. Eng. 2003 5 1 15
13. V. V. Iyer H. Yang M. G. Ierapetritou C. M. Roth Biotechnol. Bioeng. 2010 107 347 356
14. M. L. Izamis N. S. Sharma B. Uygun R. Bieganski N. Saeidi Y. Nahmias K. Uygun M. L. Yarmush F. Berthiaume Biotechnol. Bioeng. 2011 108 839 852
15. E. Leclerc Y. Sakai T. Fujii Biomed. Microdevices 2003 5 109 114
16. A. W. Tilles H. Baskaran P. Roy M. L. Yarmush M. Toner Biotechnol. Bioeng. 2001 73 379 389
17. J. Park F. Berthiaume M. Toner M. L. Yarmush A. W. Tilles Biotechnol. Bioeng. 2005 90 632 644
18. J. R. Kraly R. E. Holcomb Q. Guan C. S. Henry Anal. Chim. Acta 2009 653 23 35
19. O. Fiehn Plant Mol. Biol. 2002 48 155 171
20. K. Hollywood D. R. Brison R. Goodacre Proteomics 2006 6 4716 4723
21. J. K. Nicholson J. Connelly J. C. Lindon E. Holmes Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 153 161
22. J. K. Nicholson J. C. Lindon E. Holmes Xenobiotica 1999 29 1181 1189
23. J. M. Prot C. Aninat L. Griscom F. Razan C. Brochot C. G. Guillouzo C. Legallais A. Corlu E. Leclerc Biotechnol. Bioeng. 2011 108 1704 1715
24. R. Baudoin L. Griscom J. M. Prot C. Legallais E. Leclerc Biochem. Eng. J. 2011 53 172 181
25. A. M. Clark K. M. Sousa C. Jennings O. A. MacDougald R. T. Kennedy Anal. Chem. 2009 81 2350 2356
26. W. Cheng N. Klauke H. Sedgwick G. L. Smith J. M. Cooper Lab Chip 2006 6 1424 1431
27. L. Shintu R. Baudoin V. Navratil J. M. Prot C. Pontoizeau M. Defernez B. Blaise C. Domange A. R. R. Péry P. Toulhoat C. Legallais C. Brochot E. Leclerc M. E. Dumas Anal. Chem. 2012 84 1840 1848
28. J. M. Fonville S. E. Richards R. H. Barton C. L. Boulange T. M. D. Ebbels J. K. Nicholson E. Holmes M. E. Dumas J. Chemom. 2010 24 636 649
29. J. Trygg S. Wold J. Chemom. 2002 16 119 128
30. S. Wold M. Sjostrom L. Eriksson Chemom. Intell. Lab. Syst. 2001 58 109 130
31. L. Shintu R. Baudoin V. Navratil J. M. Prot C. Pontoizeau M. Defernez B. Blaise C. Domange A. R. R. Péry P. Toulhoat C. Legallais C. Brochot E. Leclerc M. E. Dumas Anal. Chem. 2012 84 1840 1848
32. K. Lee F. Berthiaume G. N. Stephanopoulos M. L. Yarmush Tissue Eng. 1999 5 347 368
33. S. Klamt S. Schuster E. D. Gilles Biotechnol. Bioeng. 2002 77 734 751
34. G. Stephanopoulos Metab. Eng. 1999 1 1 11
35. A. Varma B. O. Palsson Appl. Environ. Microbiol. 1994 60 3724 3731
36. A. Provost G. Bastin J. Process Control 2004 14 717 728
37. L. E. Quek S. Dietmair J. O. Kromer L. K. Nielsen Metab. Eng. 2010 12 161 171
38. S. Srivastava C. Chan Biotechnol. Bioeng. 2008 99 399 410
39. M. P. van de Kerkhove R. Hoekstra R. Chamuleau T. M. van Gulik Ann. Surg. 2004 240 216 230
40. A. P. Burgard C. D. Maranas Biotechnol. Bioeng. 2003 82 670 677
41. A. C. Baughman S. T. Sharfstein L. L. Martin Metab. Eng. 2011 13 125 137
42. K. Uygun H. W. T. Matthew Y. Huang Biotechnol. Bioeng. 2007 97 622 637
43. R. P. Nolan A. P. Fenley K. Lee Metab. Eng. 2006 8 30 45
44. C. Chan F. Berthiaume K. Lee M. L. Yarmush Biotechnol. Bioeng. 2003 81 33 49
45. K. E. Orii T. Fukao X. Q. Song G. A. Mitchell N. Kondo Tohoku J. Exp. Med. 2008 215 227 236
46. D. L. Nelson and M. M. Cox, Lehningher principles of biochemistry, W.H. Freeman and Company, New York, 5th edn, 2008
47. M. A. G. Sillero A. Sillero A. Sols Eur. J. Biochem. 1969 10 345 350
48. F. Y. Bondoc Z. P. Bao W. Y. Hu F. J. Gonzalez Y. Y. Wang C. S. Yang J. Y. Hong Biochem. Pharmacol. 1999 58 461 463
49. D. F. Wu A. I. Cederbaum Alcohol.: Clin. Exp. Res. 1999 23 67 76
50. F. Novello J. A. Gumaa P. McLean Biochem. J. 1969 111 713 725
51. N. Z. Baquer M. Cascales B. C. Teo P. McLean Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973 52 263 269
52. J. Katz B. R. Landau G. E. Bartsch J. Biol. Chem. 1966 241 727 740
53. W. N. P. Lee L. G. Boros J. Puigjaner S. Bassilian S. Lim M. Cascante Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 1998 274 E843 E851
54. J. Katz R. Rognstad Trends Biochem. Sci. 1978 3 171 174
55. C. F. Mandenius T. B. Andersson P. M. Alves C. Batzl-Hartmann P. Bjorquist M. J. T. Carrondo C. Chesne S. Coecke J. Edsbagge J. M. Fredriksson J. C. Gerlach E. Heinzle M. Ingelman-Sundberg I. Johansson B. Kuppers-Munther U. Muller-Vieira F. Noor K. Zeilinger ATLA, Altern. Lab. Anim. 2011 39 147 171
56. K. R. Thien J. A. Blair R. J. Leeming W. T. Cooke V. Melikian J. Clin. Pathol. 1977 30 438 448
57. M. A. Orman K. Arai M. L. Yarmush I. P. Androulakis F. Berthiaume M. G. Ierapetritou Biotechnol. Bioeng. 2010 107 825 835
58. A. Rotem M. Toner R. G. Tompkins M. L. Yarmush Biotechnol. Bioeng. 1992 40 1286 1291
59. D. A. Beard S. C. Liang H. Qian Biophys. J. 2002 83 79 86
60. K. Uygun B. Uygun H. W. T. Matthew Y. L. Huang Biotechnol. Prog. 2010 26 1567 1579
61. H. F. Woods H. A. Krebs Biochem. J. 1971 125 129 139
62. P. H. Maxwell M. S. Wiesener G. W. Chang S. C. Clifford E. C. Vaux M. E. Cockman C. C. Wykoff C. W. Pugh E. R. Maher P. J. Ratcliffe Nature 1999 399 271 275
63. G. L. Semenza Nat. Rev. Cancer 2003 3 721 732
64. C. C. Wykoff N. J. P. Beasley P. H. Watson K. J. Turner J. Pastorek A. Sibtain G. D. Wilson H. Turley K. L. Talks P. H. Maxwell C. W. Pugh P. J. Ratcliffe A. L. Harris Cancer Res. 2000 60 7075 7083
65. L. A. Sonna M. L. Cullivan H. K. Sheldon R. E. Pratt C. M. Lilly Physiol. Genomics 2003 12 195 207
66. M. Rudnicki P. Perco J. Enrich S. Eder D. Heininger A. Bernthaler M. Wiesinger R. Sarkozi S. J. Noppert H. Schramek B. Mayer R. Oberbauer G. Mayer Lab. Invest. 2009 89 337 346
67. T. Okumura J. Physiol. Biochem. 2011 67 629 636
68. T. Gimm M. Wiese B. Teschemacher A. Deggerich J. Schodel K. X. Knaup T. Hackenbeck C. Hellerbrand K. Amann M. S. Wiesener S. Honing K. U. Eckardt C. Warnecke FASEB J. 2010 24 4443 4458
69. D. D. Arrington R. G. Schnellmann Am. J. Physiol.: Cell Physiol. 2008 294 C641 C650
70. B. Dawn R. Bolli Am. J. Physiol.: Heart Circ. Physiol. 2005 289 H522 H524
71. K. Ozawa K. Kuwabara M. Tamatani K. Takatsuji Y. Tsukamoto S. Kaneda H. Yanagi D. M. Stern Y. Eguchi Y. Tsujimoto S. Ogawa M. Tohyama J. Biol. Chem. 1999 274 6397 6404