Understanding catalysis of phosphate-transfer reactions by the large ribozymes

Chemistry - A European Journal

Volumn 17, Issue 26, 2011, Pages 7140-7153

  Lönnberg, Tuomas ^a  

^a UNIVERSITY OF TURKU   (Finland)

Author keywords

enzyme catalysis; hydrolysis; phosphate transfer; ribozymes; transesterification

Indexed keywords

BIOCHEMICAL STUDIES; CATALYTIC RNA; ENZYME CATALYSIS; LEAVING GROUPS; NEGATIVE CHARGE; NUCLEOPHILIC ATTACK; PHOSPHATE TRANSFER; PHOSPHODIESTERS; RIBOZYMES; SELF-SPLICING; STRUCTURAL DATA;

CATALYSIS; ESTERS; IODINE; RNA;

CRYSTAL ATOMIC STRUCTURE;

MAGNESIUM; ORGANOPHOSPHATE; RIBONUCLEASE P; RIBOZYME; RNA;

CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; ESCHERICHIA COLI; ESTERIFICATION; GENETICS; INTRON; METABOLISM; REVIEW;

CATALYSIS; ESCHERICHIA COLI; ESTERIFICATION; INTRONS; MAGNESIUM; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PHOSPHORIC ACID ESTERS; RIBONUCLEASE P; RNA; RNA, CATALYTIC;

EID: 79958797646     PISSN: 09476539     EISSN: 15213765     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.201100009     Document Type: Review

References (229)

1. Q. Wu, L. Huang, Y. Zhang, Sci. China Ser. C 2009, 52, 232-244
2. Y. Takagi, Y. Ikeda, K. Taira, Top. Curr. Chem. 2004, 232, 213-251
3. Y. Takagi, M. Warashina, W. J. Stec, K. Yoshinari, K. Taira, Nucleic Acids Res. 2001, 29, 1815-1834
4. M. Warashina, Y. Takagi, W. J. Stec, K. Taira, Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 354-362.
5. T. R. Cech, Science 1987, 236, 1532-1539
6. T. R. Cech, Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 543-568
7. T. R. Cech, Biochem. Soc. Trans. 2001, 30, 1162-1166.
8. T. R. Cech, A. J. Zaug, P. J. Grabowski, Cell 1981, 27, 487-496
9. K. Kruger, P. J. Grabowski, A. J. Zaug, J. Sands, D. E. Gottschling, T. R. Cech, Cell 1982, 31, 147-157.
10. O. Fedorova, N. Zingler, Biol. Chem. 2007, 388, 665-678
11. A. M. Pyle, FASEB J. 2007, 21, A 41 -A 41
12. A. M. Pyle, A. M. Lambowitz, in The RNA World, 3rd ed., Vol. 43 (Eds.: R. F. Gesteland, T. R. Cech, J. F. Atkins,), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 2006, pp. 469-506.
13. F. Michel, A. Jacquier, B. Dujon, Biochimie 1982, 64, 867-881
14. F. Michel, U. Kazuhiko, O. Haruo, Gene 1989, 82, 5-30.
15. A. Torres-Larios, K. K. Swinger, T. Pan, A. Mondragon, Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 327-335
16. M. E. Harris, E. L. Christian, Current Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 325-333
17. S. Altman, Mol. Biosyst. 2007, 3, 604-607
18. W. H. McClain, L. B. Lai, V. Gopalan, J. Mol. Biol. 2010, 397, 627-646
19. D. N. Frank, N. R. Pace, Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 153-180
20. A. V. Kazantsev, N. R. Pace, Nat. Rev. Microbiol. 2006, 4, 729-740
21. J. C. Kurz, C. A. Fierke, Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 553-558.
22. C. Guerrier-Takada, K. Gardiner, T. Marsh, N. Pace, S. Altman, Cell 1983, 35, 849-857
23. C. Guerrier-Takada, S. Altman, Science 1984, 223, 285-286.
24. R. J. Grainger, J. D. Barrass, A. Jacquier, J. C. Rain, J. D. Beggs, RNA 2009, 15, 2161-2173
25. J. Abelson, Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 1235-1237
26. C. Guthrie, C. A. Collins, Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 850-854.
27. S. E. Butcher, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 12211-12212
28. S. Valadkhan, Biol. Chem. 2007, 388, 693-697
29. D. A. Brow, S. E. Butcher, Biochem. Soc. Trans. 2005, 33, 447-449
30. A. Newman, Curr. Biol. 1997, 7, R 418 -R 420.
31. T. R. Cech, Science 2000, 289, 878-879
32. P. Nissen, J. Hansen, N. Ban, P. B. Moore, T. A. Steitz, Science 2000, 289, 920-930
33. H. F. Noller, V. Hoffarth, L. Zimniak, Science 1992, 256, 1416-1419.
34. A. J. Zaug, P. J. Grabowski, T. R. Cech, Nature 1983, 301, 578-583
35. B. L. Bass, T. R. Cech, Biochemistry 1986, 25, 4473-4477
36. B. L. Bass, T. R. Cech, Nature 1984, 308, 820-826.
37. C. L. Peebles, P. S. Perlman, K. L. Mecklenburg, M. L. Petrillo, J. H. Tabor, K. A. Jarrell, H. L. Cheng, Cell 1986, 44, 213-223
38. R. van der Veen, A. C. Arnberg, G. van der Horst, L. Bonen, H. F. Tabak, L. A. Grivell, Cell 1986, 44, 225-234
39. C. Schmelzer, R. J. Schweyen, Cell 1986, 46, 557-565.
40. D. L. Daniels, W. J. Michels, A. M. Pyle, J. Mol. Biol. 1996, 256, 31-49
41. R. K. Van der Veen, J. H. Kwakman, L. A. Grivell, EMBO J. 1987, 6, 3827-3831
42. K. A. Jarrell, C. L. Peebles, R. C. Dietrich, S. L. Romiti, P. S. Perlman, J. Biol. Chem. 1988, 263, 3432-3439.
43. C. Guerrier-Takada, K. Haydock, L. Allen, S. Altman, Biochemistry 1986, 25, 1509-1515
44. K. Haydock, L. C. Allen, Prog. Clin. Biol. Res. 1985, 172A, 87-98.
45. A. J. Zaug, T. R. Cech, Science 1986, 231, 470-475
46. T. Inoue, F. X. Sullivan, T. R. Cech, Cell 1985, 43, 431-437.
47. W. J. Michels, A. M. Pyle, Biochemistry 1995, 34, 2965-2977
48. K. Chin, A. M. Pyle, RNA 1995, 1, 391-406.
49. T. R. Cech, N. K. Tanner, I. Tinoco, B. R. Weir, M. Zuker, P. S. Perlman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1983, 80, 3903-3907
50. C. Guerrier-Takada, S. Altman, Biochemistry 1984, 23, 6327-6334.
51. N. K. Tanner, T. R. Cech, Nucleic Acids Res. 1985, 13, 7741-7758
52. N. K. Tanner, T. R. Cech, Nucleic Acids Res. 1985, 13, 7759-7779.
53. M. D. Been, T. R. Cech, Cell 1986, 47, 207-216
54. J. M. Burke, K. D. Irvine, K. J. Kaneko, B. J. Kerker, A. B. Oettgen, W. M. Tierney, C. L. Williamson, A. J. Zaug, T. R. Cech, Cell 1986, 45, 167-176
55. M. D. Been, T. R. Cech, Cell 1987, 50, 951-961
56. J. V. Price, J. Engberg, T. R. Cech, J. Mol. Biol. 1987, 196, 49-60
57. J. V. Price, T. R. Cech, Gene Dev. 1988, 2, 1439-1447
58. P. J. Flor, J. B. Flanegan, T. R. Cech, EMBO J. 1989, 8, 3391-3399
59. F. L. Murphy, T. R. Cech, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 9218-9222.
60. A. Jacquier, F. Michel, Cell 1987, 50, 17-29.
61. M. F. Baer, R. M. Reilly, G. M. McCorkle, T. Y. Hai, S. Altman, U. L. Rajbhandary, J. Biol. Chem. 1988, 263, 2344-2351
62. C. Guerrier-Takada, N. Lumelsky, S. Altman, Science 1989, 246, 1578-1584
63. W. D. Hardt, J. M. Warnecke, R. K. Hartmann, Mol. Biol. Rep. 1996, 22, 161-169.
64. F. Michel, B. Dujon, EMBO J. 1983, 2, 33-38
65. A. Jacquier, F. Michel, J. Mol. Biol. 1990, 213, 437-447.
66. J. M. Burke, J. S. Esherick, W. R. Burfeind, J. L. King, Nature 1990, 344, 80-82.
67. J. M. Burke, M. Belfort, T. R. Cech, R. W. Davies, R. J. Schweyen, D. A. Shub, J. W. Szostak, H. F. Tabak, Nucleic Acids Res. 1987, 15, 7217-7221
68. T. R. Cech, S. H. Damberger, R. R. Gutell, Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 273-280.
69. N. Toor, G. Hausner, S. Zimmerly, RNA 2001, 7, 1142-1152
70. P. Z. Qin, A. M. Pyle, Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 301-308.
71. J. L. Chen, N. R. Pace, RNA 1997, 3, 557-560
72. R. W. Siegel, A. B. Banta, E. S. Haas, J. W. Brown, N. R. Pace, RNA 1996, 2, 452-462
73. C. Pitulle, M. Garcia-Paris, K. R. Zamudio, N. R. Pace, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3333-3339.
74. J. F. Wang, T. R. Cech, Science 1992, 256, 526-529.
75. S. H. Kim, T. R. Cech, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987, 84, 8788-8792
76. J. A. Latham, T. R. Cech, Science 1989, 245, 276-282
77. D. W. Celander, T. R. Cech, Science 1991, 251, 401-407
78. T. S. Heuer, P. S. Chandry, M. Belfort, D. W. Celander, T. R. Cech, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991, 88, 11105-11109
79. F. L. Murphy, T. R. Cech, Biochemistry 1993, 32, 5291-5300
80. B. Laggerbauer, F. L. Murphy, T. R. Cech, EMBO J. 1994, 13, 2669-2676
81. A. A. Szewczak, T. R. Cech, RNA 1997, 3, 838-849.
82. J. Swisher, D. M. Duarte, L. J. Su, A. M. Pyle, Embo J. 2001, 20, 2051-2061.
83. E. Westhof, D. Wesolowski, S. Altman, J. Mol. Biol. 1996, 258, 600-613.
84. W. D. Downs, T. R. Cech, Biochemistry 1990, 29, 5605-5613
85. J. F. Wang, W. D. Downs, T. R. Cech, Science 1993, 260, 504-508
86. F. L. Murphy, Y. H. Wang, J. D. Griffith, T. R. Cech, Science 1994, 265, 1709-1712.
87. F. Michel, E. Westhof, J. Mol. Biol. 1990, 216, 585-610.
88. A. M. Pyle, F. L. Murphy, T. R. Cech, Nature 1992, 358, 123-131.
89. L. Jaeger, E. Westhof, F. Michel, J. Mol. Biol. 1993, 234, 331-346.
90. V. Lehnert, L. Jaeger, F. Michel, E. Westhof, Chem. Biol. 1996, 3, 993-1009.
91. M. E. Harris, A. V. Kazantsev, J. L. Chen, N. R. Pace, RNA 1997, 3, 561-576.
92. A. de Lencastre, S. Hamill, A. M. Pyle, Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 626-627.
93. O. Fedorova, A. M. Pyle, Embo J. 2005, 24, 3906-3916.
94. Y. H. Wang, F. L. Murphy, T. R. Cech, J. D. Griffith, J. Mol. Biol. 1994, 236, 64-71
95. T. M. Nakamura, Y. H. Wang, A. J. Zaug, J. D. Griffith, T. R. Cech, EMBO J. 1995, 14, 4849-4859.
96. J. H. Cate, A. R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B. L. Golden, C. E. Kundrot, T. R. Cech, J. A. Doudna, Science 1996, 273, 1678-1685
97. B. L. Golden, A. R. Gooding, E. R. Podell, T. R. Cech, Science 1998, 282, 259-264.
98. P. L. Adams, M. R. Stahley, A. B. Kosek, J. Wang, S. A. Strobel, Nature 2004, 430, 45-50
99. F. Guo, A. R. Gooding, T. R. Cech, Mol. Cell 2004, 16, 351-362
100. B. L. Golden, H. Kim, E. Chase, Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 12, 82-89
101. Q. Vicens, T. R. Cech, Trends Biochem. Sci. 2006, 31, 41-51
102. M. R. Stahley, S. A. Strobel, Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 319-326
103. M. R. Stahley, S. A. Strobel, Science 2005, 309, 1587-1590.
104. N. Toor, K. S. Keating, S. D. Taylor, A. M. Pyle, Science 2008, 320, 77-82
105. N. Toor, K. Rajashankar, K. S. Keating, A. M. Pyle, Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 1221-1222
106. N. Toor, K. S. Keating, O. Fedorova, K. Rajashankar, J. M. Wang, A. M. Pyle, RNA 2009, 16, 57-69
107. A. M. Pyle, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2010, 45, 215-232.
108. A. V. Kazantsev, A. A. Krivenko, D. J. Harrington, S. R. Holbrook, P. D. Adams, N. R. Pace, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 13392-13397
109. A. Torres-Larios, K. K. Swinger, A. S. Krasilnikov, T. Pan, A. Mondragon, Nature 2005, 437, 584-587.
110. M. D. Been, T. R. Cech, Nucleic Acids Res. 1985, 13, 8389-8408
111. G. Garriga, A. M. Lambowitz, T. Inoue, T. R. Cech, Nature 1986, 322, 86-89.
112. R. W. Davies, R. B. Waring, J. A. Ray, T. A. Brown, C. Scazzocchio, Nature 1982, 300, 719-724.
113. A. C. Forster, S. Altman, Science 1990, 249, 783-786
114. W. H. McClain, C. Guerrier-Takada, S. Altman, Science 1987, 238, 527-530.
115. J. A. McSwiggen, T. R. Cech, Science 1989, 244, 679-683.
116. A. J. Zaug, C. A. Grosshans, T. R. Cech, Biochemistry 1988, 27, 8924-8931.
117. T. S. McConnell, T. R. Cech, D. Herschlag, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 8362-8366.
118. J. Rajagopal, J. A. Doudna, J. W. Szostak, Science 1989, 244, 692-694.
119. R. A. Padgett, M. Podar, S. C. Boulanger, P. S. Perlman, Science 1994, 266, 1685-1688.
120. X. Li, P. Gegenheimer, Biochemistry 1997, 36, 2425-2438.
121. L. Y. Kuo, L. A. Davidson, S. Pico, Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 1999, 1489, 281-292.
122. J. K. Strauss-Soukup, S. A. Strobel, J. Mol. Biol. 2000, 302, 339-358
123. J. K. Soukup, N. Minakawa, A. Matsuda, S. A. Strobel, Biochemistry 2002, 41, 10426-10438.
124. T. B. Campbell, T. R. Cech, Biochemistry 1996, 35, 11493-11502
125. W. D. Downs, T. R. Cech, Gene Dev. 1994, 8, 1198-1211.
126. A. A. Szewczak, L. Ortoleva-Donnelly, S. P. Ryder, E. Moncoeur, S. A. Strobel, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1037-1042.
127. S. A. Strobel, T. R. Cech, Biochemistry 1993, 32, 13593-13604.
128. S. A. Strobel, L. Ortoleva-Donnelly, S. P. Ryder, J. H. Cate, E. Moncoeur, Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 60-66
129. E. T. Barfod, T. R. Cech, Mol. Cell. Biol. 1989, 9, 3657-3666
130. A. M. Pyle, S. Moran, S. A. Strobel, T. Chapman, D. H. Turner, T. R. Cech, Biochemistry 1994, 33, 13856-13863
131. D. S. Knitt, G. J. Narlikar, D. Herschlag, Biochemistry 1994, 33, 13864-13879.
132. M. D. Been, A. T. Perrotta, Science 1991, 252, 434-437.
133. M. Hetzer, G. Wurzer, R. J. Schweyen, M. W. Mueller, Nature 1997, 386, 417-420.
134. M. Costa, F. Michel, E. Westhof, EMBO J. 2000, 19, 5007-5018.
135. M. Boudvillain, A. Marie Pyle, EMBO J. 1998, 17, 7091-7104
136. M. Boudvillain, A. de Lencastre, A. M. Pyle, Nature 2000, 406, 315-318.
137. V. T. Chu, C. Adamidi, Q. L. Liu, P. S. Perlman, A. M. Pyle, EMBO J. 2001, 20, 6866-6876
138. V. T. Chu, Q. Liu, M. Podar, P. S. Perlman, A. M. Pyle, RNA 1998, 4, 1186-1202
139. Q. L. Liu, J. B. Green, A. Khodadadi, P. Haeberli, L. Beigelman, A. M. Pyle, J. Mol. Biol. 1997, 267, 163-171.
140. T. W. Nilsen, Cell 1994, 78, 1-4
141. T. W. Nilsen, in RNA Structure and Function (Eds.:, R. Simons, M. Grunberg-Manago,), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1998, pp. 279-307.
142. H. D. Madhani, C. Guthrie, Annu. Rev. Genet. 1994, 28, 1-26.
143. Y.-T. Yu, E. C. Scharl, C. M. Smith, J. A. Steitz, in The RNA World, 2 nd ed., (Eds.: R. F. Gesteland, T. R. Cech, J. F. Atkins,), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1998, pp. 487-524.
144. K. T. Dayie, R. A. Padgett, RNA 2008, 14, 1697-1703.
145. K. S. Keating, N. Toor, P. S. Perlman, A. M. Pyle, RNA 2009, 16, 1-9.
146. B. Ruskin, J. M. Greene, M. R. Green, Cell 1985, 41, 833-844
147. H. Hornig, M. Aebi, C. Weissmann, Nature 1986, 324, 589-591
148. C. C. Query, M. J. Moore, P. A. Sharp, Gene Dev. 1994, 8, 587-597
149. M. Lund, T. O. Tange, H. Dyhr-Mikkelsen, J. Hansen, J. Kjems, RNA 2000, 6, 528-544.
150. M. J. Fournier, H. Ozeki, Microbiol. Rev. 1985, 49, 379-397.
151. L. A. Kirsebom, S. G. Svärd, EMBO J. 1994, 13, 4870-4876
152. C. Guerrier-Takada, W. H. McClain, S. Altman, Cell 1984, 38, 219-224.
153. S. Busch, L. A. Kirsebom, H. Notbohm, R. K. Hartmann, J. Mol. Biol. 2000, 299, 941-951
154. T. R. Easterwood, S. C. Harvey, RNA 1997, 3, 577-585
155. C. Heide, T. Pfeiffer, J. M. Nolan, R. K. Hartmann, RNA 1999, 5, 102-116.
156. S. M. Crary, S. Niranjanakumari, C. A. Fierke, Biochemistry 1998, 37, 9409-9416
157. S. Niranjanakumari, T. Stams, S. M. Crary, D. W. Christianson, C. A. Fierke, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 15212-15217.
158. N. H. Zahler, E. L. Christian, M. E. Harris, RNA 2003, 9, 734-745
159. A. Loria, T. Pan, Biochemistry 1998, 37, 10126-10133.
160. A. M. Pyle, Science 1993, 261, 709-714
161. A. M. Pyle, J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 679-690.
162. P. C. Bevilacqua, R. Yajima, Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 455-464
163. S. A. Strobel, Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 5-6.
164. C. A. Grosshans, T. R. Cech, Biochemistry 1989, 28, 6888-6894.
165. K. A. Jarrell, R. C. Dietrich, P. S. Perlman, Mol. Cell. Biol. 1988, 8, 2361-2366.
166. M. Yarus, FASEB J. 1993, 7, 31-39.
167. R. K. O. Sigel, A. M. Pyle, Chem. Rev. 2007, 107, 97-113
168. D. Smith, in The Biological Chemistry of Magnesium (Ed.:, J. A. Cowan,), VCH, New York, 1995, pp. 111-136.
169. J. K. Frederiksen, J. A. Piccirilli, Methods 2009, 49, 148-166.
170. R. G. Pearson, J. Chem. Educ. 1968, 45, 581-586
171. R. G. Pearson, J. Chem. Educ. 1968, 45, 643-648.
172. J. A. Piccirilli, J. S. Vyle, M. H. Caruthers, T. R. Cech, Nature 1993, 361, 85-88.
173. S.-O. Shan, A. Yoshida, S. G. Sun, J. A. Piccirilli, D. Herschlag, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 12299-12304.
174. A. Yoshida, S. Shan, D. Herschlag, J. A. Piccirilli, Chem. Biol. 2000, 7, 85-96.
175. T. R. Cech, L. B. Weinstein, B. Jones, R. Cosstick, Nature 1997, 388, 805-808.
176. J. A. Piccirilli, A. Yoshida, S. G. Sun, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 318-321.
177. S. Shan, A. V. Kravchuk, J. A. Piccirilli, D. Herschlag, Biochemistry 2001, 40, 5161-5171.
178. M. Forconi, J. Lee, J. K. Lee, J. A. Piccirilli, D. Herschlag, Biochemistry 2008, 47, 6883-6894.
179. S.-O. Shan, D. Herschlag, Biochemistry 1999, 38, 10958-10975.
180. A. S. Sjogren, E. Pettersson, B. M. Sjöberg, R. Strömberg, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 648-653.
181. S.-O. Shan, G. J. Narlikar, D. Herschlag, Biochemistry 1999, 38, 10976-10988.
182. J. L. Hougland, J. A. Piccirilli, in Methods in Enzymology, Vol. 46,: Biophysical, Chemical, and Functional Probes of Rna Structure, Interactions and Folding, Part A (Ed.:, D. Herschlag,), Elsevier, 2009, pp. 107-125.
183. M. Podar, P. S. Perlman, R. A. Padgett, Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 4466-4478.
184. E. J. Sontheimer, P. M. Gordon, J. A. Piccirilli, Gene Dev. 1999, 13, 1729-1741.
185. P. M. Gordon, E. J. Sontheimer, J. A. Piccirilli, Biochemistry 2000, 39, 12939-12952.
186. M. Podar, P. S. Perlman, R. A. Padgett, RNA 1998, 4, 890-900
187. G. Chanfreau, A. Jacquier, EMBO J. 1996, 15, 3466-3476.
188. P. M. Gordon, R. Fong, J. A. Piccirilli, Chem. Biol. 2007, 14, 607-612.
189. E. J. Sontheimer, S. G. Sun, J. A. Piccirilli, Nature 1997, 388, 801-805.
190. P. M. Gordon, E. J. Sontheimer, J. A. Piccirilli, RNA 2000, 6, 199-205.
191. D. Smith, N. R. Pace, Biochemistry 1993, 32, 5273-5281.
192. M. Brannvall, E. Kikovska, L. A. Kirsebom, Nucleic Acids Res. 2004, 32, 5418-5429.
193. J. M. Warnecke, J. P. Fürste, W. D. Hardt, V. A. Erdmann, R. K. Hartmann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 8924-8928.
194. T. Pfeiffer, A. Tekos, J. M. Warnecke, D. Drainas, D. R. Engelke, B. Seraphin, R. K. Hartmann, J. Mol. Biol. 2000, 298, 559-565.
195. J. M. Warnecke, R. Held, S. Busch, R. K. Hartmann, J. Mol. Biol. 1999, 290, 433-445.
196. B. K. Oh, D. N. Frank, N. R. Pace, Biochemistry 1998, 37, 7277-7283.
197. J. P. Perreault, S. Altman, J. Mol. Biol. 1992, 226, 399-409.
198. M. R. Stahley, P. L. Adams, J. M. Wang, S. A. Strobel, J. Mol. Biol. 2007, 372, 89-102.
199. A. V. Kazantsev, A. A. Krivenko, N. R. Pace, RNA 2009, 15, 266-276.
200. D. Herschlag, T. R. Cech, Nature 1990, 344, 405-409.
201. D. L. Robertson, G. F. Joyce, Nature 1990, 344, 467-468.
202. M. Mörl, I. Niemer, C. Schmelzer, Cell 1992, 70, 803-810.
203. R. G. Kleineidam, C. Pitulle, B. Sproat, K. Guido, Nucleic Acids Res. 1993, 21, 1097-1101.
204. A. M. Pyle, T. R. Cech, Nature 1991, 350, 628-631.
205. D. Herschlag, F. Eckstein, T. R. Cech, Biochemistry 1993, 32, 8299-8311
206. D. Herschlag, F. Eckstein, T. R. Cech, Biochemistry 1993, 32, 8312-8321.
207. E. A. Griffiin, Z. F. Qin, W. J. Michels, A. M. Pyle, Chem. Biol. 1995, 2, 761-770.
208. T. Lönnberg, H. Lönnberg, Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 665-673.
209. T. Lönnberg, J. Korhonen, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7752-7758
210. T. Lönnberg, J. Kiiski, S. Mikkola, Org. Biomol. Chem. 2005, 3, 1089-1096.
211. A. Kiviniemi, T. Lönnberg, M. Ora, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11040-11045.
212. T. Lönnberg, M. Ora, S. Virtanen, H. Lönnberg, Chem. Eur. J. 2007, 13, 4614-4627.
213. M. Ora, H. Linjalahti, H. Lönnberg, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1826-1832.
214. T. Lönnberg, M. Laine, Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 349-356.
215. S. Bakalova, W. Siebrand, A. Fernandez-Ramos, Z. Smedarchina, D. D. Petkov, J. Phys. Chem. B 2002, 106, 1476-1480.
216. H. Åström, E. Limén, R. Strömberg, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14710-14711.
217. M. Roitzsch, O. Fedorova, A. M. Pyle, Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 218-224.
218. J. L. Hougland, S. K. Deb, D. Maric, J. A. Piccirilli, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13578-13579
219. P. M. Gordon, R. Fong, S. K. Deb, N. S. Li, J. P. Schwans, J. D. Ye, J. A. Piccirilli, Chem. Biol. 2004, 11, 237-246.
220. J. L. Hougland, R. N. Sengupta, Q. Dai, S. K. Deb, J. A. Piccirilli, Biochemistry 2008, 47, 7684-7694.
221. J. Lu, N. S. Li, R. N. Sengupta, J. A. Piccirilli, Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 5754-5760.
222. M. Forconi, R. N. Sengupta, M. C. Liu, A. C. Sartorelli, J. A. Piccirilli, D. Herschlag, Angew. Chem. 2009, 121, 7307-7311
223. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 7171-7175.
224. M. J. Moore, P. A. Sharp, Science 1992, 256, 992-997.
225. M. Forconi, R. N. Sengupta, J. A. Piccirilli, D. Herschlag, Biochemistry 2010, 49, 2753-2762.
226. S. A. Strobel, L. Ortoleva-Donnelly, Chem. Biol. 1999, 6, 153-165.
227. T. A. Steitz, J. A. Steitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 6498-6502.
228. P. S. Freemont, J. M. Friedman, L. S. Beese, M. R. Sanderson, T. A. Steitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 8924-8928
229. L. S. Beese, T. A. Steitz, EMBO J. 1991, 10, 25-33.