Drug-Binding Databases

Current Drug Targets

Volumn 9, Issue 12, 2008, Pages 1092-1099

  Timmers, Luis Fernando Saraiva Macedo ^a   Pauli, Ivani ^a   Caceres, Rafael Andrade ^a   de Azevedo Jr , Walter Filgueira ^a  

^a PONTIFICAL CATHOLIC UNIVERSITY OF RIO GRANDE DO SUL   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DRUG; PROTEIN;

CHEMISTRY; DATA BASE; PROTEIN BINDING; REVIEW;

DATABASE MANAGEMENT SYSTEMS; PHARMACEUTICAL PREPARATIONS; PROTEIN BINDING; PROTEINS;

EID: 61449095011     PISSN: 13894501     EISSN: 18735592     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138945008786949379     Document Type: Review

References (85)

1. Gunasekaran, K.; Ma, B.; Nussinov, R. (2004) Proteins, 57(3), 433-443.
2. Wishart, D.S.; Knox, C.; Guo, A.C.; Shrivastava, S.; Hassanali, M.; Stothard, P.; Chang, Z. and Woolsey, J. (2006) Nucleic Acids Res., 34, 668-672.
3. Schneider, G. and Baringhaus, K.H. Molecular Design-Creating the Design, WILLEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim: Germany, 2008.
4. Pereira, J.H.; Vasconcelos, I.B.; Oliveira, J.S.; Caceres, R.A.; De Azevedo Jr., W.F.; Basso, L.A.; Santos, D.S. (2007) Curr. Drug Targets, 8(3), 459-468.
5. Pauli, I.; Caceres, R.A.; de Azevedo, W.F. (2008) Bioorg. Med. Chem., 16(17), 8098-8108.
6. Arcuri, H.A.; Canduri, F.; Pereira, J.H.; da Silveira, N.J.F.; Camara Jr., J.C.; de Oliveira, J.S.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S.; de A zevedo Jr., W.F. (2004) Biochem. Biophys. Res. Commun., 320(3), 979-991.
7. Pereira, J.H.; Oliveira, J.S.; Canduri, F.; Dias, M.V.B.; Palma, M.S.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; De Azevedo, W.F. (2004) Acta. Crystallogr. Sect. D.-Biol. Crystallogr., 60, 2310-2319.
8. Borges, J.C.; Pereira, J.H.; Vasconcelos, I.B.; dos Santos, G.C.; Olivieri, J.R.; Ramos, C.H.I.; Palma, M.S.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; de Azevedo Jr., W.F. (2006) Arch. Biochem. Biophys., 452(2), 156-164.
9. Arcuri, H.A.; Borges, J.C.; Fonseca, I.O.; Pereira, J.H.; Neto, J.R.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; de Azevedo, W.F. Jr. (2008) Proteins, 72(2), 720-730.
10. Dias, M.V.; Borges, J.C.; Ely, F.; Pereira, J.H.; Canduri, F.; Ramos, C.H.; Frazzon, J.; Palma, M.S.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; de Azevedo, W.F. Jr. (2006) J. Struct. Biol., 154(2), 130-143.
11. Dias, M.V.B.; Faim, L.M.; Vasconcelos, I.B.; Oliveira, J.S.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; De Azevedo Jr., W.F. (2007) Acta Crystallograph. Sect. F. Struct. Biol. Cryst. Commun., 63(1), 1-6.
12. Marques, M.R.; Pereira, J.H.; Oliveira, J.S.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; De Azevedo Jr., W.F.; Palma, M.S. (2007) Curr. Drug Targets, 8(3), 445-457.
13. Dias, M.V.B.; Ely, F.; Palma, M.S.; De Azevedo Jr., W.F.; Basso, L.A.; Santos, D.S. (2007) Curr. Drug Targets, 8(3), 437-444.
14. Marques, M.R.; Vaso, A.; Neto, J.R.; Fossey, M.A.; Oliveira, J.S.; Basso, L.A.; dos Santos, D.S.; de Azevedo Jr., W.F.; Palma, M.S. (2008) Biochemistry, 47(28), 7509-7522.
15. Pereira, J.H.; Canduri, F.; de Oliveira, J.S.; Silveira, N.J.F.; Basso, L.A.; Palma, M.S. De Azevedo, W.F.; Santos, D.S. (2003) Biochem. Biophys. Res. Commun., 312(3), 608-614.
16. De Azevedo, W.F.; de Oliveira, J.S.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; Pereira, J.H.; Canduri, F.; Santos, D.M. (2002) Biochem. Biophys. Res. Commun,. 295(1), 142-148.
17. Caceres, R.A.; Saraiva Timmers, L.F.; Dias, R.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; de Azevedo, W.F. Jr. (2008) Bioorg. Med. Chem., 16(9), 4984-4993.
18. De Azevedo, W.F.; Canduri, F.; Dos Santos, D.M.; Pereira, J.H.; Dias, M.V.B.; Silva, R.G.; Mendes, M.A.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S. (2003) Biochem. Biophys. Res. Commun. 309(4), 917-922.
19. Canduri, F.; Fadel, V.; Dias, M.V.B.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S.; De Azevedo, W.F. Jr. (2005) Biochem. Biophys. Res. Commun. 326(3), 335-338.
20. Canduri, F.; Silva, R.G.; dos Santos, D.M.; Palma, M.S.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; De Azevedo, W.F. Jr. (2005) Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr., 61(7), 856-862.
21. Nolasco, D.O.; Canduri, F.; Pereira, J.H.; Cortinoz, J.R.; Palma, M.S.; Oliveira, J.S.; Basso, L.A.; De Azevedo, W.F. Jr.; Santos, D.S. (2004) Biochem. Biophys. Res. Commun., 324(2), 789-794.
22. Canduri, F.; Fadel, V.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S.; De Azevedo, W.F. Jr. (2005) Biochem. Biophys. Res. Commun., 327(3), 646-649.
23. Silva, R.G.; Pereira, J.H.; Canduri, F.; de Azevedo, W.F. Jr.; Basso, L.A.; Santos, D.S. (2005) Arch. Biochem. Biophys., 442(1), 49-58.
24. Timmers, L.F.S.M.; Caceres, R.A.; Vivan, A.L.; Gava, L.M.; Dias, R.; Ducati, R.G.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; de Azevedo, W.F. Jr. (2008) Arch. Biochem. Biophys., 479, 28-38.
25. Da Silveira, N.J.F.; Uchoa, H.B.; Canduri, F.; Pereira, J.H.; Camara, Jr.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S.; de Azevedo Jr., W.F. (2004) Biochem. Biophys. Res. Commun., 322(4), 100-104.
26. Canduri, F.; dos Santos, D.M.; Silva, R.G.; Mendes, M.A.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; De Azevedo, W.F.; Santos, D.S. (2004) Biochem. Biophys. Res. Commun., 313(4), 907-914.
27. De Azevedo, W.F.; Canduri, F.; dos Santos, D.M.; Pereira, J.H.; Silva, R.G.; Mendes, M.A.; Basso, L.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S. (2003) Biochem. Biophys. Res. Commun., 312(3), 767-772.
28. De Azevedo, W.F.; Santos, G.C.; Santos, D.M.; Dos Santos, D.M.; Olivieri, J.R.; Canduri, F.; Silva, R.G.; Basso, L.A.; Renard, G.; Fonseca, I.O.; Mendes, M.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S. (2003) Biochem. Biophys. Res. Commun., 309(4), 923-928.
29. Santos, D.M.; Canduri, F.; Pereira, J.H.; Dias, M.V.B.; Silva, R.G.; Mendes, M.A.; Palma, M.S.; Basso, L.A.; De Azevedo, W.F.; Santos, D.S. (2003) Biochem. Biophys. Res. Commun., 308(3), 553-559.
30. De Azevedo, W.F.; Canduri, F.; Santos, D.M.; Silva, R.G.; Oliveira, J.S.; Carvalho, L.P.S.; Basso, L.A.; Mendes, M.A.; Palma, M.S.; Santos, D.S. (2003) Biochem. Biophys. Res. Commun., 308(3), 545-552.
31. Canduri, F.; Perez, P.C.; Caceres, R.A.; de Azevedo, W.F. Jr. (2008) Med. Chem., 4(3), 210-218.
32. Lazo, J.S. (2006) Mol. Interv., 6(5), 240-243.
33. Xie, X.Q. and Chen, J.Z. (2008) J. Chem. Inf. Model., 48(3), 465-475.
34. Wheeler, D.L.; Barrett, T.; Benson, D.A.; Bryant, S.H.; Canese, K.; Chetvernin, V.; Church, D.M.; DiCuccio, M.; Edgar, R.; Federhen, S.; Feolo, M.; Geer, L.Y.; Helmberg, W.; Kapustin, Y.; Khovayko, O.; Landsman, D.; Lipman, D.J.; Madden, T.L.; Maglott, D.R.; Miller, V.; Ostell, J.; Pruitt, K.D.; Schuler, G.D.; Shumway, M.; Sequeira, E.; Sherry, S.T.; Sirotkin, K.; Souvorov, A.; Starchenko, G.; Tatusov, R.L.; Tatusova, T.A.; Wagner, L.; Yashcenki, E. (2008) Nucleic Acids Res., 36, 13-21.
35. eMolecules Online Service: eMolecules, Del Mar, CA, USA (2008). http://www.emolecules.com.
36. Available Chemical Directory: Santa Clara, California, USA (2008). http://www.mdli.com/products/experiment/available_chem_dir/index.jsp.
37. ChemCats: Chemical Abstract Services, Columbus, OH, USA (2006). http://www.cas.org/expertise/cascontent/chemcats.html
38. ChemACX: CambridgeSoft Corp, Cambridge, MA, USA (2008). http://www.cambridgesoft.com/databases/details/?db=12.
39. Williams, A.J. (2008) Curr. Opin. Drug. Discov. Devel., 11(3), 393-404.
40. Wishart, D.S.; Knox, C.; Guo, A.C.; Cheng, D.; Shrivastava, S.; Tzur, D.; Gautam, B.; Hassanali, M. (2008) Nucleic Acids Res., 36, D901-906.
41. Chang, C.; Bahadduri, P.M.; Polli, J.E.; Swaan, P.W.; Ekins, S. (2006) Drug Metab. Dispos., 34(12), 1976-1984.
42. Chong, C.R. and Sullivan D.J. Jr (2007) Nature, 448(7154), 645-646.
43. Li, H.; Gao, Z.; Kang, L.; Zhang, H.; Yang, K.; Yu, K.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Shen J.; Wang X.; Jiang H. (2006) Nucleic Acids Res., 34, W219-224.
44. Jolivette, L.J. and Ekins, S. (2007) Adv. Clin. Chem., 43, 131-176.
45. Wishart, D.S. (2007) Comp. Biochem. Physiol., 2(1), 9-17.
46. Pharkya, P.; Nikolaev, E.V.; Maranas, C.D. (2003) Metab. Eng., 5(2), 71-73.
47. Weininger, D. (1988) Chem. Inf. Comput. Sci., 28(1), 31-36.
48. Bairoch, A. and Apweiler, R. (2000) Nucleic Acids Res., 28(1), 45-48.
49. Berman, H.M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T.N.; Wessing, H.; Ilya, N.; Shindyalov, I.N.; Bourne, P.E. (2000) Nucleic Acids Res., 28(1), 235-242.
50. Kanhesia, M. and Goto, S. (2000) Nucleic Acids Res., 28(1), 27-30.
51. Matys, V.; Fricke, E.; Geffers, R.; Göling, E.; Haubrock, M.; Hehl, R.; Hornischer, K.; Karas, D.; Kel, A.E.; Kel-Margoulis, O.V.; Kloos, D.U.; Land, S.; Lewicki-Potapov, B.; Michael, H.; Münch, R.; Reuter, I.; Rotert, S.; Saxel, H.; Scheer, M.; Thiele, S.; Wingender, E. (2003) Nucleic Acids Res., 31(1), 374-378.
52. Dunkel, M.; Fullbeck, M.; Neumann, S.; Preissner, R. (2006) Nucleic Acids Res., 34, 678-683.
53. Günther, S.; Hempel, D.; Dunkel, M.; Rother, K.; Preissner, R. (2007) Nucleic Acids Res., 35, 906-910.
54. Delaney, J.S. (1996) Mol. Divers., 1(4), 217-222.
55. Teyra, J.; Doms, A.; Schroeder, M.; Pisabarro, M.T. (2006) BMC Bioinformatics, 7, 104-110.
56. [http://www.rcsb.org/pdb].
57. [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk].
58. [http://jmol.sourceforge.net].
59. Teyra, J.; Paszkowski-Rogacz, M.; Anders, G.; Pisabarro, M. T (2008) BMC Bioinform., 9, 9-20.
60. Irwin, J.J. and Shoichet, B.K. (2005) J. Chem. Inf. Model., 45(1), 177-182.
61. Ertl, P. and Jacob, O. (1997) J. Mol. Struct., 419, 113-120.
62. Hermann, K.M. and Weaver, L.M. (1999) Annu. Rev. Plant Mol. Biol., 50, 473-503.
63. Bentley, R. (1990) Crit. Ver. Biochem. Mol. Biol., 25(5), 307-384.
64. Davies, G.M.; Barret-Bee, K.J.; Jude, D.A.; Lehan, M.; Nichols, W.W.; Pinder, P.E.; Thain, J.L.; Watkins, W.J.; Wilson, R.G. (1994) Antimicrob. Agents Chemother., 38(2), 403-406.
65. De Azevedo, W.F. (2007) Curr. Drug. Targets, 8(3), 387.
66. Basso, L.A.; da Silva, L.H.; Fett-Neto, A.G.; de Azevedo, W.F. Jr.; Moreira, Ide.S.; Palma, M.S.; Calixto, J.B.; Astolfi, F.S.; dos Santos, R.R.; Soares, M.B.; Santos, D.S. (2005) Mem. Inst. Oswaldo. Cruz, 100(6), 475-506.
67. Ely, F.; Nunes, J.E.; Schroeder, E.K.; Frazzon, J.; Palma, M.S.; Santos, D.S.; Basso, L.A. (2008) BMC Biochem., 29, 9-13.
68. Parks Jr., R.E. and Agarwal R.P. The enzymes, Boyer, P.D., Ed., Academic Press, New York, 1972, 483-514.
69. Kalckar, H.M. (1943) J. Biol. Chem., 167, 429-443.
70. Porter, D.J.T. (1992) J. Biol. Chem., 267(11), 7342-7351.
71. Giblett, E.R.; Ammann, A.J.; Wara, D.W.; Sandman, R.; Diamond, L.K. (1975) Lancet, 1(7814), 1010-1013.
72. Stoop, W.B.J.; Zegers, M.; Hendrickx, G.F.M.; van Heukelom, L.H.S.; Staal, G.E.J.; de Bree, P.K.; Wadman, S.K.; Ballieux, R.E. (1977) N. Engl. J. Med., 296(12), 651-655.
73. Timmers, L.F.S.M.; Caceres, R.A.; Basso, L.A.; Santos, D.S.; De Azevedo Jr., W.F. (2008) Protein Pept. Lett., 15(8), 843-849.
74. Rozwarski, D.A.; Grant, G.A.; Barton, D.H.; Jacobs, W.R. Jr.; Sacchettini, J.C. (1998) Science, 279(5347), 98-102.
75. Levy, C.W.; Baldock, C.; Wallace, A.J.; Sedelnikova, S.; Viner, R.C.; Clough, J.M.; Stuitje, A.R.; Slabas, A.R.; Rice, D.W.; Rafferty, J.B. (2001) J. Mol. Biol., 309(1), 171-180.
76. McLeod, R.; Muench, S.P.; Rafferty, J.B.; Kyle, D.E.; Mui, E.J.; Kirisits, M.J.; Mack, D.G.; Roberts, C.W.; Samuel, B.U.; Lyons, R.E.; Dorris, M.; Milhous, W.K.; Rice, D.W. (2001) Int. J. Parasitol., 31(2), 109-113.
77. Kitagawa, H.; Kumura, K.; Takahata, S.; Lida, M.; Atsumi, K. (2007) Bioorg. Med. Chem. Lett., 15(2), 1106-1116.
78. Karlowsky, J.A.; Laing, N.M.; Baudry, T.; Kaplan, N.; Vaughan, D.; Hoban, D.J.; Zhanel, G.G. (2007) Antimicrob. Agents Chemother., 51(4), 1580-1581.
79. Hea, X.; Alian, A.; de Montellano, P.R.O. (2007) Bioorg. Med. Chem., 15, 6649-6658.
80. De Azevedo, W.F.; Mueller-Dieckmann, H.J.; Schulze-Gahmen, U.; Worland, P.J.; Sausville, E.; Kim, S.H. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 2735-2740.
81. Kim, S.H.; Schulze-Gahmen, U.; Brandsen, J.; De Azevedo, W.F. Progress in Cell Cycle Research, 2, 137-45, 1996 Chapter 14. (Meijer, L., Guidet, S. & Vogel, L., eds.) Plenum Press, New York, USA.
82. De Azevedo, W.F.; Leclerc, S.; Meijer, L.; Havlicek, L.; Strnad, M.; Kim, S.H. (1997) Eur. J. Biochem., 243, 518-526.
83. Krystof, V.; Cankar, P.; Hajduch, M; De Azevedo Jr., W.F.; Paprskarova, M.; Orsag, M.; Rolcik, J.; Latr, A.; Fischer, P.M.; Strnad, M. (2006) J. Med. Chem., 49(22), 6500-6509.
84. Canduri, F.; Perez, P.C.; Caceres, R.A.; de Azevedo, W.F. Jr. (2008) Med. Chem., 4(3), 210-218.
85. Leopoldino, A.M.; Canduri, F.; Cabral, H.; Junqueira, M.; de Marqui, A.B.T.; Apponi, L.H.; da Fonseca, I.O.; Domont, G.B.; Santos, D.S.; Valentini, S.; Bonilla-Rodriguez, G.O.; Fossey, M.A.; de Azevedo Jr., W.F.; Tajara, E.H. (2006) Protein Express. Purifi., 47(2), 614-620.