Conformational simulations of aqueous solvated α-conotoxin GI and its single disulfide analogues using a polarizable force field model

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 112, Issue 40, 2008, Pages 9854-9867

  Jiang, Nan ^a   Ma, Jing ^a  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSTRACTING; AMINES; CODES (SYMBOLS); DIPOLE MOMENT; DYNAMICS; ELECTRIC DIPOLE MOMENTS; ELECTROMAGNETIC WAVE POLARIZATION; ENZYME INHIBITION; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MECHANICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; POLARIZATION; PROTEINS; QUANTUM CHEMISTRY;

AQUEOUS; COMPUTATIONAL TIMES; CONFORMATIONAL ENERGIES; DIPOLE INTERACTIONS; DISULFIDE BONDS; ELECTROSTATIC; FLEXIBLE; FORCE FIELDS; HYBRID MODELS; INTRAMOLECULAR HYDROGEN BONDS; LOSS OF ACCURACIES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MOLECULAR FRAGMENTATIONS; PARTIAL CHARGES; POLARIZABILITY; POLARIZABLE FORCE FIELDS; POLARIZATION EFFECTS; POLARIZATION MODELS; PRECISE; QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS; SCALING; SOLUTION CONFORMATIONS; STATE ENERGIES; STATIC POLARIZABILITIES;

MODAL ANALYSIS;

CONOTOXIN; CONOTOXIN G1; DISULFIDE; SOLVENT; WATER;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; QUANTUM THEORY;

AMINO ACID SEQUENCE; COMPUTER SIMULATION; CONOTOXINS; DISULFIDES; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SOLVENTS; WATER;

EID: 54849421444     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8029693     Document Type: Article

References (170)

1. (a) Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
2. (b) Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
3. (c) Momany, F. A.; Rone, R. J. Comput. Chem. 1992, 13, 888.
4. (d) Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
5. (e) Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
6. (a) Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
7. (b) Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
8. (c) McDonald, N. A.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8049.
9. (d) Jorgensen, W. L.; McDonald, N. A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 424, 145.
10. (e) Price, M. L. P.; Ostrovsky, D.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1340.
11. (f) Kaminski, G. A.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
12. (a) There are numerical works on dipole polarizable models, e.g., Stillinger, F. H.; David, C. W J. Chem. Phys. 1978, 69, 1473.
13. (b) Lybrand, T. P.; Kollman, P. A. J. Chem. Phys. 1985, 83, 2923.
14. (c) Rullmann, J. A. C.; van Duijnen, P. Th. Mol. Phys. 1988, 63, 451.
15. (d) Sprik, M.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1988, 89, 7556.
16. (e) Cieplak, P.; Kollman, P.; Lybrand, T. J. Chem. Phys. 1990, 92, 6755.
17. (f) Wallqvist, A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 13841.
18. (g) Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
19. (h) Xie, W.; Pu, J.; MacKerell, A. D., Jr.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1878.
20. (i) Soteras, I.; Curutchet, C.; Bidon-Chanal, A.; Dehez, F.; Ángyán, J. G.; Orozco, M.; Chipot, C.; Luque, F. J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1901.
21. (a) There are many theoretical works on multipole expansion, so the list here is far from complete. Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233.
22. (b) Kosov, D. S.; Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7339.
23. (c) Popelier, P. L. A.; Joubert, L.; Kosov, D. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8254.
24. (d) Popelier, P. L. A.; Kosov, D. S. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6539.
25. (e) Sagui, C.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2004, 720, 73.
26. (f) Stone, A. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1128.
27. (a) There are many theoretical works in this field. The list given below is far from complete. Mountain, R. D. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3084.
28. (b) Bernardo, D. N.; Ding, Y.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4180.
29. (c) Ding, Y.; Bernardo, D. N.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11575.
30. (d) Smith, D. E.; Dang, L. X. J. Chem. Phys. 1994, 100, 3757.
31. (e) Gao, J.; Habibollazadeh, D.; Shao, L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16460.
32. (f) Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048.
33. (g) Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Zhou, R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 267.
34. (a) There are many works in the field of Drude oscillator, e.g., Drude, P.; Mann, C. R.; Millikan, R. A. The Theory of Optics; Longmans, Green, and Co.: New York, 1902.
35. (b) Høye, J. S.; Stell, G. J. Chem. Phys. 1980, 73, 461.
36. (c) Cao, J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1993, 99, 6998.
37. (d) Lado, F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 4707.
38. (e) Lamoureux, G.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025.
39. (f) Archontis, G.; Leontidis, E.; Andreous, G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17957.
40. (g) Vorobyov, I. V.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18988.
41. (h) Harder, E.; Anisimov, V. M.; Vorobyov, I. V.; Lopes, P. E. M.; Noskov, S. Y.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1587.
42. (i) Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 245.
43. (j) Vorobyov, I. V.; Anisimov, V. M.; Greene, S.; Venable, R. M.; Moser, A.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1120.
44. (k) Anisimov, V. M.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1927.
45. (l) Geerke, D. P.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2128.
46. (a) Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141.
47. (b) Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Bader, J. S.; Berne, B. J. J. Mol. Liq. 1995, 65 (66), 31.
48. (c) Rick, S. W.; Berne, B. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 672.
49. (d) Rick, S. W.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10488.
50. (e) Rick, S. W. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2276.
51. (f) Olano, L. R.; Rick, S. W. J. Comput. Chem. 2005, 26, 699.
52. Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11934.
53. (a) Liu, Y.-P.; Kim, K.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Rick, S. W. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4739.
54. (b) Banks, J. L.; Kaminski, G. A.; Zhou, R.; Mainz, D. T.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 741.
55. (c) Stern, H. A.; Kaminski, G. A.; Banks, J. L.; Zhou, R.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4730.
56. (d) Stern, H. A.; Rittner, F.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2237.
57. (e) Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515.
58. (f) Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 621.
59. (g) Harder, E.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 169.
60. (h) Maple, J. R.; Cao, Y.; Damm, W.; Halgren, T. A.; Kaminski, G. A.; Zhang, L. Y.; Friesner, R. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 694.
61. Yoshii, N.; Miura, S.; Okazaki, S. Chem. Phys. Lett. 2001, 345, 195.
62. (a) Patel, S.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2004, 25, 1.
63. (b) Patel, S.; MacKerell, A. D., Jr.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504.
64. (c) Patel, S.; Brooks, C. L., III J. Chem. Phys. 2005, 123, 164502.
65. (a) Wang, C. S.; Yang, Z. Z. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6189.
66. (b) Yang, Z. Z.; Wu, Y.; Zhao, D. X. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2541.
67. (c) Yang, Z. Z.; Zhang, Q. J. Comput. Chem. 2005, 27, 1.
68. (d) Yang, Z. Z.; Qian, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 064311.
69. (a) Llanta, E.; Ando, K.; Rey, R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7783.
70. (b) Llanta, E.; Rey, R. Chem. Phys. Lett. 2001, 340, 173.
71. (c) Ando, K. J. Chem. Phys. 2001, 115, 5228.
72. (a) Chelli, R.; Ciabatti, S.; Cardini, G.; Righini, R.; Procacci, P. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4218.
73. (b) Chelli, R.; Procacci, P. J. Chem. Phys. 2002, 117, 9175.
74. (c) Chelli, R.; Righini, R.; Califano, S.; Procacci, P. J. Mol. Liq. 2002, 96, 97-87.
75. (a) Mortier, W. J.; van Genechten, K.; Gasteiger, J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 829.
76. (b) Mortier, W. J.; Ghosh, S. K.; Shankar, S. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4315.
77. No, K. T.; Grant, J. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4732.
78. Rappé, A. K.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3358.
79. Baekelandt, B. G.; Mortier, W. J.; Lievens, J. L.; Schoonheydt, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6730.
80. Cioslowski, J.; Stefanov, B. B. J. Chem. Phys. 1993, 99, 5151.
81. Ghosh, S. K. Int. J. Quantum Chem. 1994, 49, 239.
82. De Proft, F.; Langenaeker, W.; Geerlings, P. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 339, 45.
83. York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1996, 104, 159.
84. (a) Yang, Z. Z.; Wang, C. S. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 6315.
85. (b) Yang, Z. Z.; Cui, B. Q. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1561.
86. Zhu, K.; Shirts, M. R.; Friesner, R. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2108.
87. Winn, P. J.; Ferenczy, G. G.; Reynolds, C. A. J. Comput. Chem. 1999, 20, 704.
88. Ferenczy, G. G.; Reynolds, C. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 11470.
89. Curutchet, C.; Bofill, J. M.; Hernández, B.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1263.
90. Xie, W.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1890.
91. Dehez, F.; Ángyán, J. G.; Gutiérrez, I. S.; Luque, F. J.; Schulten, K.; Chipot, C. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1914.
92. Nakagawa, S.; Mark, P.; Ågren, H. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1947.
93. Gresh, N.; Cisneros, G. A.; Darden, T. A.; Piquemal, J.-P. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1960.
94. (a) Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438.
95. (b) Yang, W. Phys. Rev. A 1991, 44, 7823.
96. (c) Lee, C.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2408.
97. (d) Yang, W.; Lee, T.-S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674.
98. (e) Zhao, Q.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1995, 102, 9598.
99. (f) Lee, T.-S.; York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2744.
100. (g) York, D. M.; Lee, T.-S.; Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 5011.
101. (a) Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643.
102. (b) Dixon, S. L.; Merz, K. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 879.
103. (c) Monard, G.; Bernal-Uruchurtu, M. I.; van der Vaart, A.; Merz, K. M.; Ruiz-López, M. F. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3425.
104. (a) Mezey, P. G. J. Math. Chem. 1995, 18, 141.
105. (b) Mezey, P. G. Adv. Quantum Chem. 1996, 27, 163.
106. (c) Mezey, P. G Int. J. Quantum Chem. 1997, 63, 39.
107. (d) Mezey, P. G. Int. Rev. Phys. Chem. 1997, 16, 361.
108. (e) Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980.
109. (f) Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4301.
110. (a) Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
111. (b) Chen, X. H.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 839.
112. (c) Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11386.
113. (d) Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1431.
114. (e) Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12039.
115. (f) Zhang, D. W.; Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1846.
116. (g) Chen, X. H.; Zhang, Y.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184105.
117. (h) Mei, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2.
118. (i) Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044903.
119. Gu, F. L.; Aoki, Y.; Korchowiec, J.; Imamura, A.; Kirtman, B. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10385.
120. (a) Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701.
121. (b) Kitaura, K.; Sugiki, S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 163.
122. (c) Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 389, 129.
123. (d) Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832.
124. (e) Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054108.
125. (f) Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134103.
126. Hirata, S.; Valiev, M.; Dupuis, M.; Xantheas, S. S.; Sugiki, S.; Sekino, H. Mol. Phys. 2005, 103, 2255.
127. (a) Li, W.; Li, S. J. Chem. Phys. 2004, 127, 6649.
128. (b) Li, S.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215.
129. (c) Li, W.; Fang, T.; Li, S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154102.
130. (d) Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193.
131. (e) Cao, H.; Fang, T.; Li, S.; Ma, J. Macromolecules. 2007, 40, 4363.
132. (f) Li, S.; Li, W.; Fang, T.; Ma, J.; Jiang, Y. Low Scaling Quantum Chemical (LSQC) program; ver. 1.1; Nanjing University: Nanjing, 2006.
133. (g) Li, S.; Li, W. Annu. Rep. Prog. Chem., Sect. C: Phys. Chem. 2008, 104, 256.
134. (a) Deev, V.; Collins, M. A J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102.
135. (b) Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104.
136. (a) Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165.
137. (b) Babu, K.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 484.
138. (c) Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, D. P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109.
139. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112.
140. (a) Morita, S.; Sakai, S. J. Comput. Chem 2001, 22, 1107.
141. (b) Sakai, S.; Morita, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8424.
142. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777.
143. (a) Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46.
144. (b) Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1.
145. (c) Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33.
146. Jorgensen, W. L.; Jensen, K. P.; Alexandrova, A. N. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1987.
147. Marenich, A. V.; Olson, R. M.; Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2011.
148. Olson, R. M.; Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2046.
149. Marenich, A. V.; Olson, R. M.; Chamberlin, A. C.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2055.
150. Palmo, K.; Krimm, S. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2120.
151. Niedermeier, C.; Tavan, P. J. Chem. Phys. 1994, 101, 734.
152. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acid Res. 2000, 28, 235.
153. Guddat, L. W.; Martin, J. A.; Shan, L.; Edmundson, A. B.; Gray, W. R. Biochemistry 1996, 35, 11329.
154. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384.
155. Parrinello, M.; Rahman, A. Phys. Rev. Lett. 1980, 45, 1196.
156. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
157. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 225.
158. Li, H.; Li, W.; Li, S.; Ma, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7061.
159. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision D.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
160. (a) See, for example, Socci, N. D.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G J. Chem. Phys. 1996, 104, 5860.
161. (b) Takada, S.; Luthey-Schulten, Z.; Wolynes, P. G. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11616.
162. (c) Murtola, T.; Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9156.
163. (d) Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750.
164. (e) Baron, R.; de Vries, A. H.; Hünenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 8464.
165. (f) Baron, R.; de Vries, A. H.; Hünenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15602.
166. (g) Han, W.; Wu, Y.-D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2146.
167. Pardi, A.; Galdes, A.; Florance, J.; Maniconte, D. Biochemistry 1989, 28, 5494.
168. Li, H.; Netzloff, H. M.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194103.
169. Gouda, H.; Yamazaki, K.; Hasegawa, J.; Kobayashi, Y.; Nishiuchi, Y.; Sakakibara, S.; Hirono, S. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1343, 327.
170. Kaerner, A.; Rabenstein, D. L. Biochemistry 1999, 38, 5459.