Efficient simulation method for polarizable protein force fields: Application to the simulation of BPTI in liquid water

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 1, Issue 1, 2005, Pages 169-180

  Harder, Edward ^a   Kim, Byungchan ^a   Friesner, Richard A ^a   Berne, B J ^a  

^a Och Spine at New York Presbyterian Hospitals   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 18744378400     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct049914s     Document Type: Article

References (34)

1. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515.
2. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fisher, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewic-Kuczera, D.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
3. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
4. (Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
5. Stone, A. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233.
6. Sagui, C.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 73.
7. Smith, W. CCP5 Newsletter 1998, 46, 18.
8. Smith, D. E.; Dang, L. X. J. Chem. Phys. 1994, 100, 3757.
9. Dang, L. X.; Chang, T. J. Chem. Phys. 1997, 106, 8149.
10. van Belle, D.; Froeyen, M.; Lippens, G.; Wodak, S. J. Mol. Phys. 1992, 77, 239.
11. Mountain, R. D. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3084.
12. Wallqvist, A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 13841.
13. Bernardo, D. N.; Ding, Y.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4180.
14. Ding, Y.; Bernardo, D. N.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11575.
15. Meng, E. C.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2367.
16. Brigham, E. O.; Morrow, R. E. IEEE Spectrum 1967, 4, 63.
17. Frigo, M.; Johnson, S. G. ICASS conference proceedings 1998, 3, 1381.
18. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
19. York, D.; Wlodawer, A.; Pedersen, L. G.; Darden, T. Proc. Natl. Acad. Sci. 1994, 91, 8715.
20. Daggett, V.; Levitt, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993, 22, 353.
21. Deisenhofer, J.; Steigemann, W. Acta Crystallogr. B 1975, 31, 238.
22. v. 6.0, M. Schrödinger, Inc.; Portland OR, 2003.
23. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Huenenberger, P. H.; Krueger, P.; Mark, A.; Scott, W.; Tironi, I. Biomolecular Simulation: The GROMOS96Manual and User Guide; Hochshulverlag AG/ETH Zurich, 1996.
24. Stern, H.; Rittner, F.; Pavese, M.; Harder, E.; Xu, H.; Kim, B. SIM: Molecular Dynamics Simulation Program.
25. Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635.
26. Martyna, G. J.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177.
27. Andersen, H. C. J. Comput. Phys 1983, 52, 24.
28. Petersen, H. G. J. Chem. Phys. 1995, 103.
29. Watanabe, M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1993, 99, 8063.
30. Zhou, R.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1995, 103.
31. Figueirido, F.; Zhou, R.; Levy, R.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9835.
32. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1977, 34 (5), 1311.
33. Berndt, K. D.; Guntert, P.; Orbons, L. P. M.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1992, 227, 757.
34. Kim, B.; Young, T.; Harder, E.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. manuscript in preparation.