Group polarizability model for molecular mechanics energy functions

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 6, 2007, Pages 2120-2127

  Palmo, Kim ^b   Krimm, Samuel ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

^b D E SHAW RESEARCH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36749016841     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700102g     Document Type: Article

References (21)

1. Halgren, T. A.; Damm, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 236-242.
2. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27-85.
3. Cho, K. H.; No, K. T.; Scheraga, H. A. J. Mol. Struct. 2002, 641, 77-91.
4. Rick, S. W.; Stuart, S. J. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, R. K., Boyd, D. B., Eds.; Wiley-VCH: New York, 2002; Vol. 18, pp 89-146.
5. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497-1506.
6. Harder, E.; Anisimov, V. M.; Vorobyov, I. V.; Lopes, P. E. M.; Noskov, S. Y.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1587-1597.
7. Patel, S.; Brooks, C. L. Mol. Simul. 2006, 32, 231-249.
8. Palmo, K.; Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Biopolymers 2003, 68, 383-394.
9. Mannfors, B.; Palmo, K.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 2000, 556, 1-21.
10. Palmo, K.; Krimm, S. Chem. Phys. Lett. 2004, 395, 133-137.
11. Palmo, K.; Mannfors, B.; Krimm, S. Chem. Phys. Lett. 2003, 569, 367-373.
12. Palmo, K.; Krimm, S. J. Comput. Chem. 1998, 19, 754-768.
13. Palmo, K.; Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 628-632.
14. Krasny, R. personal communication.
15. Lindsay, K.; Krasny, R. J. Comput. Phys. 2001, 172, 879-907.
16. Jackson, J. D. Classical Electrodynamics; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 1975; p 39.
17. Sprik, M.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1988, 89, 7556-7560.
18. Guillot, B.; Guissani, Y. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6720-6733.
19. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
20. Mannfors, B.; Mirkin, N. G.; Palmo, K.; Krimm, S. J. Comput. Chem. 2001, 16, 1933-1943.
21. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.