Atomic level anisotropy in the electrostatic modeling of lone pairs for a polarizable force field based on the classical drude oscillator

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 6, 2006, Pages 1587-1597

  Harder, Edward ^a   Anisimov, Victor M ^b   Vorobyov, Igor V ^b   Lopes, Pedro E M ^b   Noskov, Sergei Y ^a   MacKerell Jr , Alexander D ^b   Roux, Benoît ^a  

^a UNIVERSITY OF CHICAGO   (United States)

^b UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33846185169     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct600180x     Document Type: Article

References (51)

1. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fisher, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhorn, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wirkiewicz-Kuczera, D.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
2. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.
3. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Jr., K. M. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
4. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Huenenberger, P. H.; Krueger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GRO-MOS96 Manual and User Guide; Hochshulverlag AG/ ETH: Zurich, 1996.
5. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3572-3580.
6. Harder, E.; Eaves, J. D.; Tokmakoff, A.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. 2005, 102, 11611-11616.
7. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Kwak, K.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12431-12446.
8. Xu, H.; Stern, H. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2054-2060.
9. Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11934-11943.
10. Jungwirth, P.; Tobias, D. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6361-6373.
11. Herce, D. H.; Perera, L.; Darden, T. A.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024513.
12. Archontis, G.; Leontidis, E.; Andreou, G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17957-17966.
13. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3308-3322.
14. Noskov, S. Y.; Lamoureux, G.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6705-6713.
15. Vorobyov, I. V.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18988-18999.
16. Kim, B.; Young, T.; Harder, E.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16529-16538.
17. Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Biophys. J. 2006, 90, 3447-3468.
18. Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 117-122.
19. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025-3039.
20. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185-5197.
21. Anisimov, V. M.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I.; Huang, N.; Roux, B.; MacKerell, A. D., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 153-168.
22. van Belle, D.; Froeyen, M.; Lippens, G.; Wodak, S. J. Mol. Phys. 1992, 77, 239-255.
23. Bernardo, D. N.; Ding, Y.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4180-4187.
24. Mountain, R. D. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3084-3090.
25. Gao, J.; Habibollazadeh, D.; Shao, L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16460-16467.
26. Dang, L. X.; Chang, T. J. Chem. Phys. 1997, 106, 8149-8159.
27. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515-1531.
28. Drude, P. The Theory of Optics; Longmans: Green, New York, 1902.
29. Thole, B. T. Chem. Phys. 1981, 59, 341-350.
30. van Duijnen, P. T.; Swart, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2399-2407.
31. MacKerell, A. D., Jr.; Brooks, B.; Brooks, C. B., III; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. CHARMM: The Energy Function and Its Parametrization with an Overview of the Program. In Encyclopedia of Computational Chemistry; John Wiley & Sons: Chichester, 1998; Vol. 1.
32. Banks, J. L.; Kaminski, G. A.; Zhou, R.; Mainz, D. T.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 741-754.
33. Stern, H. A.; Kaminski, G. A.; Banks, J. L.; Zhou, R.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4730-4737.
34. Liu, Y.-P.; Kim, K.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Rick, S. W. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4739-4755.
35. Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2237-2251.
36. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem 1984, 5, 129-145.
37. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
38. Yin, D. Ph.D. Thesis, University of Maryland, 1997.
39. Chen, I.-J.; Yin, D.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem 2002, 23, 199-213.
40. Miller, K. J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8533-8542.
41. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules - A Quantum Theory; Oxford University Press Inc.: New York, 1990.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA.
43. Huang, N.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7820-7827.
44. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
45. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
46. Boys, S.-F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 2002, 100, 65-73.
47. Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141-6156.
48. Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D., Jr. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 245-249.
49. Morita, A.; Kato, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11987-11998.
50. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
51. Murphy, W. F. J. Chem. Phys. 1977, 67, 5877-5882.