Recipe of polarized one-electron potential optimization for development of polarizable force fields

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 6, 2007, Pages 1947-1959

  Nakagawa, Setsuko ^a,b   Mark, Pekka ^b   Ågren, Hans ^b  

^a KINJO GAKUIN UNIVERSITY   (Japan)

^b ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36649018937     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700132w     Document Type: Article

References (51)

1. Karplus, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 321.
2. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., III Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889.
3. Giudice, E.; Lavery, R. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 350.
4. Simonson, T.; Archontis, G.; Karplus, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 430.
5. Saiz, L.; Klein, M. L. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 482.
6. Nakagawa, S.; Yu, H.-A.; Karplus, M.; Umeyama, H. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993, 16, 172.
7. Maekawa, K.; Ishikawa, S.; Ishida, H.; Nakagawa, S.; Ohkubo, K.; Yamabe, T. Mol. Eng. 1998, 8, 9.
8. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
9. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Chio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
10. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem Soc. 1988, 110, 1657.
11. MacKerell, A. D., Jr.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946.
12. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
13. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
14. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357.
15. Halgren, T. A.; Damm, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 236.
16. Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048.
17. Wang, Z. -X.; Zhang, W.; Wu, C.; Lei, H.; Cieplak, P.; Duan, Y. J. Comput. Chem. 2006, 27, 781.
18. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497.
19. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5933.
20. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515.
21. Harder, E.; Kim. B.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 169.
22. Patel, S.; Mackerell, A. D., Jr.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504.
23. Anisimov, V. M.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I. V.; Huang, N.; Roux, B.; MacKerell, A. D., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 153.
24. Gresh, N.; Šponer, J. E.; Špačková, N.; Leszczynski, J.; Šponer, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8669.
25. Chipot, C.; Ángyán, J. G. New J. Chem. 2005, 29, 411.
26. Applequist, J.; Carl, J. R.; Fung, K.-K. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2952.
27. Thole, B. T. Chem. Phys. 1981, 59, 341.
28. van Duijnen, P. Th.; Swart, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2399.
29. Miller, K. J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8543.
30. Stone, A. J. Mol. Phys. 1985, 56, 1065.
31. Jansen, G.; Hättig, C.; Hess, B. A.; Ángyán, J. G. Mol. Phys. 1996, 88, 69.
32. Garmer, D. R.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. 1989, 93, 8263.
33. Nakagawa, S.; Kosugi, N. Chem. Phys. Lett. 1993, 210, 180.
34. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
35. Nakagawa, S. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 256.
36. Nakagawa, S. Chem. Phys. Lett. 1997, 278, 272.
37. Nakagawa, S. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 5281.
38. Nakagawa, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1538.
39. Ángyán, J. G.; Chipot, C.; Dehez, F.; Hättig, C.; Jansen, G.; Millot, C. J. Comput. Chem. 2003, 24, 997.
40. Fletcher, R. Practical methods of optimization; Wiley: New York, 1980; Vol. 1, p 10276.
41. Møer, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
42. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J.B.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03 (Revision A.1); Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
44. Winn, P. J.; Ferenczy, G. G.; Reynolds, C. A. J. Comput. Chem. 1999, 20, 704.
45. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
46. Jasien, P. G.; Fitzgerald, G. J. Chem. Phys. 1990, 93, 2554.
47. Kitaura, K.; Morokuma, K. Int. J. Quantum Chem. 1976, 10, 325.
48. Donchev, A. G.; Galkin, N. G.; Pereyaslavets, L. B.; Tarasov, V. I. J. Chem. Phys. 2006, 125, 244107.
49. Chelli, R.; Schettino, V.; Procacci, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 234107.
50. Giese, T. J.; York, D. M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9903.
51. Engkvist, O.; Åstrand, P.-O.; Karlström, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6950.