Electrostatically embedded many-body expansion for simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 1, 2008, Pages 1-6

  Dahlke, Erin E ^a   Truhlar, Donald G ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 38749151860     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700223r     Document Type: Article

References (84)

1. Alder, T. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1959, 31, 459.
2. Pople, J. A. In Energy, Structure, and Reactivity; Smith, D. W., McRae, W. B., Eds.; Wiley: New York, 1973; p 51.
3. Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13213.
4. Pople, J. A. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, 1267.
5. Darden, T. A. In Computational Biochemistry and Biophysics; Becker, O. M., MacKerell, A. D., Jr., Roux, B., Wantanbe, M., Eds.; Marcel Dekker Inc.: New York, 2001; pp 91-115.
6. Frenkel, D.; Smit, B. In Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications; Academic Press: New York, 2002; pp 32-40.
7. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
8. Cizek, J. Adv. Chem. Phys. 1969, 14, 35.
9. Purvis, G. D.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1910.
10. Raghavachari, K.; Trucks, G. W.; Pople, J. A.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 479.
11. Raghavachari, K.; Anderson, J. B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12960.
12. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140, 1133.
13. Kohn, W.; Becke, A. D.; Parr, R. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12974.
14. McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; VandeVondele, J.; Hutter, J.; Mohamed, F.; Krack, M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 640.
15. McGrath, M. J.; Siepmann, I. J.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J. Mol. Phys. 2006, 104, 3619.
16. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701.
17. Kitaura, K.; Sugiki, S.-I.; Nakano, T.; Komeiji, Y.; Uebayashi, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 336, 163.
18. Komeiji, Y.; Nakano, T.; Fukuwaza, K.; Ueno, Y.; Inadomi, Y.; Nemoto, T.; Uebayasi, M.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2003, 372, 342.
19. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6832.
20. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 389, 129.
21. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2483.
22. Kulkarni, A.; Ganesh, V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2004, 127, 5043.
23. Hirata, S.; Valiev, M.; Dupuis, M.; Xantheas, S. S.; Sugiki, S.; Sekino, H. Mol. Phys. 2005, 103, 2255.
24. Christie, R. A.; Jordan, K. D. Struct. Bonding (Berlin) 2005, 116, 27.
25. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2006, 433, 182.
26. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. In Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers; Starikov, E. B., Lewis, J. P., Tanaka, S., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 2006; pp 3-38.
27. Fedorov, D. G.; Ishimura, K.; Ishida, T.; Kitaura, K.; Pulay, P.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1476.
28. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46.
29. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342.
30. Fedorov, D. G.; Ishida, T.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2722.
31. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 6904.
32. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. Accepted for pubication.
33. Amovilli, C.; Cacelli, I.; Campanile, S.; Prampolini, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 3003.
34. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
35. Zhang, D. W.; Chen, X. H.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1846.
36. Xiang, Y.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1431.
37. Zhang, D. W.; Xiang, Y.; Gao, A. M.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1145.
38. Li, S.; Li, W.; Fang, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7215.
39. Jiang, N.; Ma, J.; Jiang, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114112.
40. Deev, V.; Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154102.
41. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104.
42. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777.
43. Lee, A. M.; Bettens, R. P. A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5111.
44. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 24104.
45. Antes, I.; Thiel, W. ACS Symp. Ser. 1998, 712, 50.
46. Reuter, N.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 1720.
47. Amara, P.; Field, M. J. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 43.
48. Lin, H.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3991.
49. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
50. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
51. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
52. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
53. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. In Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986; p 576.
54. Lenosky, T. J.; Kress, J. D.; Kwon, I.; Voter, A. F.; Edwards, B.; Richards, D. F.; Yang, S.; Adams, J. B. Phys. Rev. B 1997, 55, 1528.
55. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Robb, G. E. S. M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. 2003, Gaussian03-version c01; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2004.
56. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. MBPAC 2007-2; University of Minnesota: Minneapolis, MN, 2007.
57. Laino, T.; Mohamed, F.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1370.
58. Attard, P. Phys. Rev. A 1992, 45, 5649.
59. Sauer, J.; Sierka, M. J. Comput. Chem. 2000, 16, 1470.
60. Bühl, M.; Mauschich, F. T. PhysChemChemPhys 2002, 433, 5508.
61. Clark, L. A.; Sierka, M.; Sauer, J. Stud. Surf. Sci. Catal. 2002, 142 A, 643.
62. Roca, M.; Martí, S.; Andrés, J.; Moliner, V.; Tuñón, I.; Bertrán, J.; Williams, I. H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7726.
63. Rega, N.; Iyengar, S. S.; Voth, G. A.; Schlegel, H. B.; Vreven, T.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4210.
64. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 157, 227.
65. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
66. Théry, V.; Rinaldi, D.; Rivail. J.-L.; Maigret, B.; Ferenczy, G. C. J. Comput. Chem. 1994, 15, 269.
67. Thompson, M. A.; Glendening, E. D.; Feller, D. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10465.
68. Stanton, R. V.; Hartsough, D. S.; Merz, K. M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 113.
69. Bakowies, D.; Thiel, W. J. Phys. Chem. A 1996, 100, 10580.
70. Ferré, N.; Assfeld, X.; Rivail, J.-L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 610.
71. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 632.
72. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. ChemPhysChem 2005, 69, 1853.
73. Laasonen, K.; Car, R.; Lee, C.; Vanderbuilt, D. Phys. Rev. B 1991, 43, 6796.
74. Blöchl, P. E. Phys. Rev. B 1994, 50, 17953.
75. Stadler, R.; Wolf, W.; Pudloucky, R.; Kresse, G. Phys. Rev. B 1996, 54, 1729.
76. Stokbro, K. Phys. Rev. B 1996, 53, 6869.
77. Moroni, E. G.; Kresse, G.; Hafner, J.; Furthmüller, J. Phys. Rev. B 1997, 56, 15629.
78. Pulay, P.; Saebo, S.; Malagoli, M.; Baker, J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 599.
79. Paier, J.; Hischi, R.; Marsman, M.; Kresse, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 234102.
80. Dovesi, R.; Civalleri, B.; Orlando, R.; Roetti, C.; Saunders, V. R. Rev. Comp. Chem. 2005, 21, 1.
81. Hamaan, D. R.; Schlüter, M.; Chiang, C. Phys. Rev. Lett. 1979, 43, 1494.
82. Pacios, L. F.; Christiansen, P. A. J. Chem. Phys. 1985, 82, 2004.
83. Fattebert, J.-L.; Gygi, F. Phys. Rev. B 2006, 73, 115124.
84. Ianuzzi, M.; Kirchner, B.; Hutter, J. Chem. Phys. Lett. 2006, 421, 16.