Molecular dynamics analysis of farnesyltransferase: A closer look into the amino acid behavior

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 108, Issue 11, 2008, Pages 1939-1950

  Sousa, Sérgio F ^a   Fernandes, Pedro A ^a   Ramos, Maria João ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

AMBER; FTase; GGTase I; Mechanisms; RMSF

Indexed keywords

AMINATION; AMINES; AMINO ACIDS; COORDINATION REACTIONS; ENZYMES; FOOD ADDITIVES; HEALTH; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANIC ACIDS; PROTEINS; QUANTUM CHEMISTRY; TIME AND MOTION STUDY; ZINC; ZINC SULFIDE;

AMINO ACID RESIDUES; ANTI-CANCER THERAPIES; BINARY COMPLEXES; CANCER DEVELOPMENT; CATALYTIC ACTIVITIES; CATALYTIC CYCLING; COORDINATION SPHERES; CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES; CYSTEINE RESIDUES; DYNAMIC BEHAVIORS; DYNAMICS ANALYSIS; FARNESYL DIPHOSPHATE; FARNESYLTRANSFERASE (FTASE); INTERMEDIATE STATES; ISOPRENOID; PRODUCT COMPLEX; PROTEIN SUBSTRATES; TERNARY COMPLEXES; TIME-AVERAGED;

DYNAMICS;

EID: 47549102060     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21713     Document Type: Conference Paper

References (92)

1. Reiss, Y.; Goldstein, J. L.; Seabra, M. C.; Casey, P. J.; Brown, M. S. Cell 1990, 62, 81.
2. Chen, W. J.; Andres, D. A.; Goldstein, J. L.; Brown, M. S. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 11368.
3. Chen, W. J.; Andres, D. A.; Goldstein, J. L.; Russell, D. W.; Brown, M. S. Cell 1991, 66, 327.
4. Reiss, Y.; Seabra, M. C.; Armstrong, S. A.; Slaughter, C. A.; Goldstein, J. L.; Brown, M. S. J Biol Chem 1991, 266, 10672.
5. Moores, S. L.; Schaber, M. D.; Mosser, S. D.; Rands, E.; O'Hara, M. B.; Garsky, V. M.; Marshall, M. S.; Pompliano, D. L.; Gibbs, J. B. J Biol Chem 1991, 266, 14603.
6. Schafer, W. R.; Rine, J. Annu Rev Genet 1992, 26, 209.
7. Glomset, J. A.; Farnsworth, C. C. Annu Rev Cell Biol 1994, 10, 181.
8. Zhang, F. L.; Casey, P. J. Annu Rev Biochem 1996, 65, 241.
9. Hancock, J. F.; Magee, A. I.; Childs, J. E.; Marshall, C. J. Cell 1989, 57, 1167.
10. Jackson, J. H.; Cochrane, C. G.; Bourne, J. R.; Solski, P. A.; Buss, J. E.; Der, C. J. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 3042.
11. Kato, K.; Cox, A. D.; Hisaka, M. M.; Graham, S. M.; Buss, J. E.; Der, C. J. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 6403.
12. Dolence, J. M.; Poulter, C. D. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 5008.
13. Takai, Y.; Sasaki, T.; Matozaki, T. Physiol Rev 2001, 81, 153.
14. Bos, J. L. Cancer Res 1989, 49, 4682.
15. Ayral-Kaloustian, S.; Salaski, E. J. Curr Med Chem 2002, 9, 1003.
16. Ohkanda, J.; Knowles, D. B.; Blaskovich, M. A.; Sebti, S. M.; Hamilton, A. D. Curr Top Med Chem 2002, 2, 303.
17. Brunner, T. B.; Hahn, S. M.; Gupta, A. K.; Muschel, R. J.; McKenna, W. G.; Bernhard, E. J. Cancer Res 2003, 63, 5656.
18. Caponigro, F.; Casale, M.; Bryce, J. Expert Opin Invest Drugs 2003, 12, 943.
19. Doll, R. J.; Kirschmeier, P.; Bishop, W. R. Curr Opin Drug Discov Dev 2004, 7, 478.
20. Adjei, A. A. Cancer Chemother Biol Response Modif 2005, 22, 123.
21. Appels, N. M. G. M.; Beijnen, J. H.; Schellens, J. H. M. Oncologist 2005, 10, 565.
22. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J Biol Inorg Chem 2005, 10, 3.
23. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Biophys J 2005, 88, 483.
24. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J Mol Struct (Theochem) 2005, 729, 125.
25. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Proteins 2007, 66, 205.
26. Strickland, C. L.; Windsor, W. T.; Syto, R.; Wang, L.; Bond, R.; Wu, Z.; Schwartz, J.; Le, H. V.; Beese, L. S.; Weber, P. C. Biochemistry 1998, 37, 16601.
27. Long, S. B.; Casey, P. J.; Beese, L. S. Struct Fold Des 2000, 8, 209.
28. Long, S. B.; Hancock, P. J.; Kral, A. M.; Hellinga, H. W.; Beese, L. S. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 12948.
29. Pickett, J. S.; Bowers, K. E.; Hartman, H. L.; Fu, H. W.; Embry, A. C.; Casey, P. J.; Fierke, C. A. Biochemistry 2003, 42, 9741.
30. Long, S. B.; Casey, P. J.; Beese, L. S. Nature 2002, 419, 645.
31. Wu, Z.; Demma, M.; Strickland, C. L.; Radisky, E. S.; Poulter, C. D.; Le, H. V.; Windsor, W. T. Biochemistry 1999, 38, 11239.
32. Rozema, D. B.; Poulter, C. D. Biochemistry 1999, 38, 13138.
33. Harris, C. M.; Derdowski, A. M.; Poulter, C. D. Biochemistry 2002, 41, 10554.
34. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J Comput Chem 2007, 28, 1160.
35. Rardin, R. L.; Tolman, W. B.; Lippard, S. J. New J Chem 1991, 15, 417.
36. Huang, C. C.; Hightower, K. E.; Fierke, C. A. Biochemistry 2000, 39, 2593.
37. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Theor Chem Acc 2007, 117, 171.
38. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., Ill; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California, San Francisco, 2004.
39. Park, H. W.; Boduluri, S. R.; Moomaw, J. F.; Casey, P. J.; Beese, L. S. Science 1997, 275, 1800.
40. Dunten, P.; Kammlott, U.; Crowther, R.; Weber, D.; Palermo, R.; Birktoft, J. Biochemistry 1998, 37, 7907.
41. Sakharov, D. V.; Lim, C. J Am Chem Soc 2005, 127, 4921.
42. Pang, Y. P. Proteins 2001, 45, 183.
43. Pang, Y. P. J Mol Model 1999, 5, 196.
44. Pang, Y. P.; Xu, K.; Yazal, J. E.; Prendergas, F. G. Protein Sci 2000, 9, 1857.
45. Gresh, N.; Piquemal, J. P.; Krauss, M. J Comput Chem 2005, 26, 1113.
46. Babu, C. S.; Lim, C. J Phys Chem A 2006, 110, 691.
47. Gresh, N.; Cisneros, G. A.; Darden, T. A.; Piquemal, J. P. J Chem Theor Comput 1960, 2007, 3.
48. Cui, G. L.; Wang, B.; Merz, K. M. Biochemistry 2005, 44, 16513.
49. Cui, G.; Merz, K. M. Biochemistry 2007, 46, 12375.
50. Suarez, D.; Merz, K. M., Jr. J Am Chem Soc 2001, 123, 3759.
51. Suarez, D.; Diaz, N.; Merz, K. M., Jr. J Comput Chem 2002, 23, 1587.
52. Tobin, D. A.; Pickett, J. S.; Hartman, H. L.; Fierke, C. A.; Penner-Hahn, J. E. J Am Chem Soc 2003, 125, 9962.
53. Pickett, J. S.; Bowers, K. E.; Fierke, C. A. J Biol Chem 2003, 278, 51243.
54. Bowers, K. E.; Fierke, C. A. Biochemistry 2004, 43, 5256.
55. Hartman, H. L.; Bowers, K. E.; Fierke, C. A. J Biol Chem 2004, 279, 30546.
56. Merz, K. M., Jr. J Am Chem Soc 1991, 113, 406.
57. Ryde, U. Proteins 1995, 21, 40.
58. Comba, P.; Remenyi, R. Coord Chem Rev 2003, 238/239, 9.
59. Zimmer, M. Chem Rev 1995, 95, 2629.
60. Hoops, S. C.; Anderson, K. W.; Merz, K. M., Jr. J Am Chem Soc 1991, 113, 8262.
61. Merz, K. M., Jr.; Band, L. J Am Chem Soc 1997, 119, 863.
62. Yao, L.; Sklenak, S.; Yan, H.; Cukier, R. I. J Phys Chem B 2005, 109, 7500.
63. Park, H.; Lee, S. J Comput-Aided Mol Des 2004, 18, 375.
64. Park, H.; Merz, K. M., Jr. J Med Chem 2005, 48, 1630.
65. Ryde, U. Protein Sci 1995, 4, 1124.
66. Ryde, U. J Comput-Aided Mol Des 1996, 10, 153.
67. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Fergunson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
68. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. J Am Chem Soc 1984, 106, 765.
69. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1993, 97, 10269.
70. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1995, 16, 1357.
71. Band, L. Curr Opin Chem Biol 2003, 7, 143.
72. Suarez, D.; Brothers, E. N.; Merz, K. M., Jr. Biochemistry 2002, 41, 6615.
73. Lecerof, D.; Fodje, M. N.; Leon, R. A.; Olsson, U.; Hansson, A.; Sigfridsson, E.; Ryde, U.; Hansson, M.; Al-Karadaghi, S. J Biol Inorg Chem 2003, 8, 452.
74. Gilboa, R.; Spungin-Bialik, A.; Wohlfahrt, G.; Schomburg, D.; Blumberg, S.; Shoham, G. Proteins 2001, 44, 490.
75. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. C. J Comput Phys 1977, 23, 327.
76. Essman, V.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J Chem Phys 1995, 103, 8577.
77. Berendsen, H. C.; Postma, J. P. M. ; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J Comput Phys 1984, 81, 3684.
78. Glaser, F.; Rosenberg, Y.; Kessel, A.; Pupko, T.; Ben-Tal, N. Proteins 2005, 58, 610.
79. Pupko, T.; Bekk, R. E.; Mayrose, I.; Glaser, F.; Ben-Tal, N. Bioinformatics 2002, 18, S71-S77.
80. Dodge, C.; Schneider, R.; Sander, C. Nucleic Acids Res 1998, 26, 313.
81. Sander, C.; Schneider, R. Proteins 1991, 9, 56.
82. Andres, D. A.; Goldstein, J. L.; Ho, Y. K.; Brown, M. S. J Biol Chem 1993, 268, 1383.
83. Omer, C. A.; Kral, A. M.; Diehl, R. E.; Prendergast, G. C.; Powers, S.; Allen, C. M.; Gibbs, J. B.; Kohl, N. E. Biochemistry 1993, 32, 5167.
84. Mitsuzawa, H.; Esson, K.; Tamanoi, F. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 1704.
85. Del Villar, K.; Mitsuzawa, H.; Yang, W.; Sattler, I.; Tamanoi, F. J Biol Chem 1997, 272, 680.
86. Dolence, J. M.; Rozema, D. B.; Poulter, C. D. Biochemistry 1997, 36, 9246.
87. Kral, A. M.; Diehl, R. E.; deSolms, S. J.; Williams, T. M.; Kohl, N. E.; Omer, C. A. J Biol Chem 1997, 272, 27319.
88. Trueblood, C. E.; Boyartchuk, V. L.; Rine, J. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 10774.
89. Fu, H. W.; Beese, L. S.; Casey, P. J. Biochemistry 1998, 37, 4465.
90. Spence, R. A.; Hightower, K. E.; Terry, K. L.; Beese, L. S.; Fierke, C. A.; Casey, P. J. Biochemistry 2000, 39, 13651.
91. Del Villar, K.; Urano, J.; Guo, L.; Tamanoi, F. J Biol Chem 1999, 274, 27010.
92. Long, S. B.; Casey, P. J.; Beese, L. S. Biochemistry 1998, 37, 9612.