Recent structural and computational insights into conformational diseases

Current Medicinal Chemistry

Volumn 15, Issue 13, 2008, Pages 1336-1349

  Fernàndez Busquets, Xavier ^a   de Groot, Natalia S ^b   Fernandez, Daniel ^b   Ventura, Salvador ^b  

^a UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

^b UNIVERSITAT AUTÒNOMA DE BARCELONA   (Spain)

Author keywords

Alzheimer's disease; Amyloid fibrils; Conformational diseases; Parkinson's disease; Prion; Protein aggregation; Protein folding; Protein structure

Indexed keywords

AMYLOID; GLOBULAR PROTEIN; POLYPEPTIDE;

ALZHEIMER DISEASE; CONFORMATIONAL DISEASE; EXPERIMENTAL STUDY; GENETIC VARIABILITY; NON INSULIN DEPENDENT DIABETES MELLITUS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PARKINSON DISEASE; PATHOGENESIS; PHYSICAL DISEASE; PLASTICITY; PRION DISEASE; PROTEIN AGGREGATION; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW; SIMULATION; THEORETICAL STUDY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY; AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DEGENERATIVE DISEASE; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN BINDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

AMINO ACID SEQUENCE; AMYLOID; ANIMALS; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; NEURODEGENERATIVE DISEASES; PRION DISEASES; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 47249109484     PISSN: 09298673     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/092986708784534938     Document Type: Review

References (173)

1. Luheshi, L. M.; Tartaglia, G. G.; Brorsson, A. C.; Pawar, A. P.; Watson, I. E.; Chiti, F.; Vendruscolo, M.; Lomas, D. A.; Dobson, C. M.; Crowther, D. C. PLoS Biol., 2007, 5, e290.
2. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem., 2006, 75, 333.
3. Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci., 1999, 24, 329
4. Fandrich, M.; Dobson, C. M. EMBO J., 2002, 21, 5682.
5. Huff, M. E.; Balch, W. E.; Kelly, J. W. Curr. Opin. Struct. Biol., 2003, 13, 674.
6. Lomas, D. A.; Carrell, R. W. Nat. Rev. Genet., 2002, 3, 759.
7. Selkoe, D. J. Nature, 2003, 426, 900.
8. Bossy-Wetzel, E.; Schwarzenbacher, R.; Lipton, S. A. Nat. Med., 2004, 10 Suppl, S2.
9. Stefani, M. Biochim. Biophys. Acta, 2004, 1739, 5
10. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem., 2006, 75, 333.
11. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2002, 99, 16742.
12. Jaroniec, C. P.; MacPhee, C. E.; Astrof, N. S.; Dobson, C. M.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2002, 99, 16748.
13. Ritter, C.; Maddelein, M. L.; Siemer, A. B.; Luhrs, T.; Ernst, M.; Meier, B. H.; Saupe, S. J.; Riek, R. Nature, 2005, 435, 844.
14. Makin, O. S.; Serpell, L. C. FEBS J., 2005, 272, 5950.
15. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature, 2005, 435, 773
16. Makin, O. S.; Atkins, E.; Sikorski, P.; Johansson, J.; Serpell, L. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2005, 102, 315.
17. Makin, O. S.; Serpell, L. C. Biochem. Soc. Trans., 2002, 30, 521.
18. Uversky, V. N.; Kabanov, A. V.; Lyubchenko, Y. L. J. Proteome Res., 2006, 5, 2505.
19. Baldus, M. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 2006, 45, 1186.
20. Tycko, R. Methods Enzymol., 2006, 413, 103.
21. Tycko, R. Protein Pept. Lett., 2006, 13, 229.
22. Naito, A.; Kawamura, I. Biochim. Biophys. Acta, 2007, 1768, 1900.
23. Lansbury, P. T., Jr.; Costa, P. R.; Griffiths, J. M.; Simon, E. J.; Auger, M.; Halverson, K. J.; Kocisko, D. A.; Hendsch, Z. S.; Ashburn, T. T.; Spencer, R. G. Nat. Struct. Biol., 1995, 2, 990.
24. Benzinger, T. L.; Gregory, D. M.; Burkoth, T. S.; Miller-Auer, H.; Lynn, D. G.; Botto, R. E.; Meredith, S. C. Biochemistry, 2000, 39, 3491.
25. Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Balbach, J. J.; Tycko, R. Biochemistry, 2002, 41, 15436.
26. Kajava, A. V.; Baxa, U.; Wickner, R. B.; Steven, A. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2004, 101, 7885.
27. Wille, H.; Michelitsch, M. D.; Guenebaut, V.; Supattapone, S.; Serban, A.; Cohen, F. E.; Agard, D. A.; Prusiner, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2002, 99, 3563.
28. Guo, J. T.; Wetzel, R.; Xu, Y. Proteins, 2004, 57, 357.
29. Diaz-Avalos, R.; Long, C.; Fontano, E.; Balbirnie, M.; Grothe, R.; Eisenberg, D.; Caspar, D. L. J. Mol. Biol., 2003, 330, 1165.
30. Antzutkin, O. N.; Balbach, J. J.; Leapman, R. D.; Rizzo, N. W.; Reed, J.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2000, 97, 13045.
31. Balbach, J. J.; Petkova, A. T.; Oyler, N. A.; Antzutkin, O. N.; Gordon, D. J.; Meredith, S. C.; Tycko, R. Biophys. J., 2002, 83, 1205.
32. Antzutkin, O. N.; Balbach, J. J.; Tycko, R. Biophys. J., 2003, 84, 3326.
33. Petkova, A. T.; Leapman, R. D.; Guo, Z.; Yau, W. M.; Mattson, M. P.; Tycko, R. Science, 2005, 307, 262.
34. Oyler, N. A.; Tycko, R. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 4478.
35. Balbach, J. J.; Ishii, Y.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Rizzo, N. W.; Dyda, F.; Reed, J.; Tycko, R. Biochemistry, 2000, 39, 13748.
36. Tycko, R.; Ishii, Y. J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 6606.
37. Petkova, A. T.; Buntkowsky, G.; Dyda, F.; Leapman, R. D.; Yau, W. M.; Tycko, R. J. Mol. Biol., 2004, 335, 247.
38. Luhrs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Dobeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2005, 102, 17342.
39. Jaroniec, C. P.; MacPhee, C. E.; Bajaj, V. S.; McMahon, M. T.; Dobson, C. M.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2004, 101, 711.
40. Kammerer, R. A.; Kostrewa, D.; Zurdo, J.; Detken, A.; Garcia-Echeverria, C.; Green, J. D.; Muller, S. A.; Meier, B. H.; Winkler, F. K.; Dobson, C. M.; Steinmetz, M. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2004, 101, 4435.
41. Laws, D. D.; Bitter, H. M.; Liu, K.; Ball, H. L.; Kaneko, K.; Wille, H.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Pines, A.; Wemmer, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2001, 98, 11686.
42. Kawahara, M.; Kuroda, Y. Brain Res. Bull., 2000, 53, 389.
43. Kayed, R.; Sokolov, Y.; Edmonds, B.; McIntire, T. M.; Milton, S. C.; Hall, J. E.; Glabe, C. G. J. Biol. Chem., 2004, 279, 46363.
44. Lin, M. C.; Kagan, B. L. Peptides, 2002, 23, 1215
45. Ravault, S.; Soubias, O.; Saurel, O.; Thomas, A.; Brasseur, R.; Milon, A. Protein Sci., 2005, 14, 1181.
46. Neto-Silva, R. M.; Macedo-Ribeiro, S.; Pereira, P. J.; Coll, M.; Saraiva, M. J.; Damas, A. M. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr., 2005, 61, 333.
47. Rosano, C.; Zuccotti, S.; Bolognesi, M. Biochim. Biophys. Acta, 2005, 1753, 85.
48. Goldsbury, C. S.; Wirtz, S.; Muller, S. A.; Sunderji, S.; Wicki, P.; Aebi, U.; Frey, P. J. Struct. Biol., 2000, 130, 217.
49. Chamberlain, A. K.; MacPhee, C. E.; Zurdo, J.; Morozova-Roche, L. A.; Hill, H. A.; Dobson, C. M.; Davis, J. J. Biophys. J., 2000, 79, 3282.
50. Arimon, M.; Diez-Perez, I.; Kogan, M. J.; Durany, N.; Giralt, E.; Sanz, F.; Fernandez-Busquets, X. FASEB J., 2005, 19, 1344.
51. Ruben, G. C.; Wang, J. Z.; Iqbal, K.; Grundke-Iqbal, I. Microsc. Res. Tech., 2005, 67, 175.
52. Serpell, L. C.; Smith, J. M. J. Mol. Biol., 2000, 299, 225.
53. Jimenez, J. L.; Guijarro, J. I.; Orlova, E.; Zurdo, J.; Dobson, C. M.; Sunde, M.; Saibil, H. R. EMBO J., 1999, 18, 815
54. Jimenez, J. L.; Tennent, G.; Pepys, M.; Saibil, H. R. J. Mol. Biol., 2001, 311, 241.
55. Sumner, M. O.; Serpell, L. C. J. Mol. Biol., 2004, 335, 1279.
56. Tycko, R. Curr. Opin. Struct. Biol., 2004, 14, 96
57. Kajava, A. V.; Aebi, U.; Steven, A. C. J. Mol. Biol., 2005, 348, 247.
58. Goldsbury, C. S.; Cooper, G. J.; Goldie, K. N.; Muller, S. A.; Saafi, E. L.; Gruijters, W. T.; Misur, M. P.; Engel, A.; Aebi, U.; Kistler, J. J. Struct. Biol., 1997, 119, 17.
59. Serpell, L. C.; Sunde, M.; Fraser, P. E.; Luther, P. K.; Morris, E. P.; Sangren, O.; Lundgren, E.; Blake, C. C. J. Mol. Biol., 1995, 254, 113.
60. Tattum, M. H.; Cohen-Krausz, S.; Thumanu, K.; Wharton, C. W.; Khalili-Shirazi, A.; Jackson, G. S.; Orlova, E. V.; Collinge, J.; Clarke, A. R.; Saibil, H. R. J. Mol. Biol., 2006, 357, 975.
61. Jimenez, J. L.; Nettleton, E. J.; Bouchard, M.; Robinson, C. V.; Dobson, C. M.; Saibil, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2002, 99, 9196.
62. Dobson, C. M. Nature, 2003, 426, 884.
63. Collins, S. R.; Douglass, A.; Vale, R. D.; Weissman, J. S. PLoS Biol., 2004, 2, e321.
64. Tanaka, M.; Collins, S. R.; Toyama, B. H.; Weissman, J. S. Nature, 2006, 442, 585.
65. Cornish, P. V.; Ha, T. ACS Chem. Biol., 2007, 2, 53.
66. Lyubchenko, Y. L.; Sherman, S.; Shlyakhtenko, L. S.; Uversky, V. N. J. Cell Biochem., 2006, 99, 52.
67. Binnig, G.; Quate, C. F.; Gerber, C. Phys. Rev. Lett., 1986, 56, 930.
68. Poggi, M. A.; Gadsby, E. D.; Bottomley, L. A.; King, W. P.; Oroudjev, E.; Hansma, H. Anal. Chem., 2004, 76, 3429.
69. Engel, A.; Muller, D. J. Nat. Struct. Biol., 2000, 7, 715.
70. Horber, J. K.; Miles, M. J. Science, 2003, 302, 1002.
71. Shivji, A. P.; Brown, F.; Davies, M. C.; Jennings, K. H.; Roberts, C. J.; Tendler, S. J.; Wilkinson, M. J.; Williams, P. M. FEBS Lett., 1995, 371, 25.
72. Wang, Z.; Zhou, C.; Wang, C.; Wan, L.; Fang, X.; Bai, C. Ultramicroscopy, 2003, 97, 73.
73. Losic, D.; Martin, L. L.; Mechler, A.; Aguilar, M. I.; Small, D. H. J. Struct. Biol., 2006, 155, 104.
74. Fritz, J.; Anselmetti, D.; Jarchow, J.; Fernandez-Busquets, X. J. Struct. Biol., 1997, 119, 165.
75. Gosal, W. S.; Myers, S. L.; Radford, S. E.; Thomson, N. H. Protein Pept. Lett., 2006, 13, 261.
76. Kowalewski, T.; Holtzman, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 1999, 96, 3688.
77. Khurana, R.; Ionescu-Zanetti, C.; Pope, M.; Li, J.; Nielson, L.; Ramirez-Alvarado, M.; Regan, L.; Fink, A. L.; Carter, S. A. Biophys. J., 2003, 85, 1135.
78. Hoyer, W.; Cherny, D.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol., 2004, 340, 127.
79. Kad, N. M.; Myers, S. L.; Smith, D. P.; Smith, D. A.; Radford, S. E.; Thomson, N. H. J. Mol. Biol., 2003, 330, 785.
80. Goldsbury, C.; Kistler, J.; Aebi, U.; Arvinte, T.; Cooper, G. J. J. Mol. Biol., 1999, 285, 33.
81. Stolz, M.; Stoffler, D.; Aebi, U.; Goldsbury, C. J. Struct. Biol., 2000, 131, 171.
82. Zlatanova, J.; Lindsay, S. M.; Leuba, S. H. Prog. Biophys. Mol. Biol., 2000, 74, 37.
83. Evans, E.; Ritchie, K. Biophys. J., 1997, 72, 1541.
84. Merkel, R.; Nassoy, P.; Leung, A.; Ritchie, K.; Evans, E. Nature, 1999, 397, 50.
85. Hoh, J. H.; Cleveland, J. P.; Prater, C. B.; Revel, J. P.; Hansma, P. K. J. Am. Chem. Soc., 1992, 114, 4917.
86. Kellermayer, M. S.; Grama, L.; Karsai, A.; Nagy, A.; Kahn, A.; Datki, Z. L.; Penke, B. J. Biol. Chem., 2005, 280, 8464.
87. Kransnoslobodtsev, A. V.; Shlyakhtenko, L. S.; Ukraintsev, E.; Zaikova, T. O.; Keana, J. F.; Lyubchenko, Y. L. Nanomedicine, 2005, 1, 300.
88. McAllister, C.; Karymov, M. A.; Kawano, Y.; Lushnikov, A. Y.; Mikheikin, A.; Uversky, V. N.; Lyubchenko, Y. L. J. Mol. Biol., 2005, 354, 1028.
89. Smith, J. F.; Knowles, T. P.; Dobson, C. M.; MacPhee, C. E.; Welland, M. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2006, 103, 15806
90. Kessler, M.; Gaub, H. E. Structure, 2006, 14, 521
91. Garcia-Manyes, S.; Bucior, I.; Ros, R.; Anselmetti, D.; Sanz, F.; Burger, M. M.; Fernandez-Busquets, X. J. Biol. Chem., 2006, 281, 5992.
92. Pepys, M. B. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci., 2001, 356, 203.
93. Leapman, R. D.; Rizzo, N. W. Ultramicroscopy, 1999, 78, 251.
94. Ban, T.; Goto, Y. Methods Enzymol., 2006, 413, 91
95. Wazawa, T.; Ueda, M. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol., 2005, 95, 77.
96. Inoue, Y.; Kishimoto, A.; Hirao, J.; Yoshida, M.; Taguchi, H. J. Biol. Chem., 2001, 276, 35227.
97. Ban, T.; Hamada, D.; Hasegawa, K.; Naiki, H.; Goto, Y. J. Biol. Chem., 2003, 278, 16462.
98. Alexandrescu, A. T. Protein Sci., 2005, 14, 1.
99. Widenbrant, M. J.; Rajadas, J.; Sutardja, C.; Fuller, G. G. Biophys. J., 2006, 91, 4071.
100. Murphy, R. M. Biochim. Biophys. Acta, 2007, 1768, 1923.
101. Munishkina, L. A.; Fink, A. L. Biochim. Biophys. Acta, 2007, 1768, 1862.
102. de Lange, F.; Cambi, A.; Huijbens, R.; de Bakker, B.; Rensen, W.; Garcia-Parajo, M.; van Hulst, N.; Figdor, C. G. J. Cell Sci., 2001, 114, 4153.
103. Levin, M. K.; Carson, J. H. Differentiation, 2004, 72, 1.
104. Hess, S. T.; Huang, S.; Heikal, A. A.; Webb, W. W. Biochemistry, 2002, 41, 697.
105. Tjernberg, L. O.; Pramanik, A.; Bjorling, S.; Thyberg, P.; Thyberg, J.; Nordstedt, C.; Berndt, K. D.; Terenius, L.; Rigler, R. Chem. Biol., 1999, 6, 53.
106. Hossain, S.; Grande, M.; Ahmadkhanov, G.; Pramanik, A. Exp. Mol. Pathol., 2007, 82, 169.
107. Verdier, Y.; Zarandi, M.; Penke, B. J. Pept. Sci., 2004, 10, 229.
108. Boland, K.; Behrens, M.; Choi, D.; Manias, K.; Perlmutter, D. H. J. Biol. Chem., 1996, 271, 18032.
109. Matter, M. L.; Zhang, Z.; Nordstedt, C.; Ruoslahti, E. J. Cell Biol., 1998, 141, 1019.
110. Bi, X.; Gall, C. M.; Zhou, J.; Lynch, G. Neuroscience, 2002, 112, 827-840.
111. Wang, H. Y.; Li, W.; Benedetti, N. J.; Lee, D. H. J. Biol. Chem., 2003, 278, 31547.
112. Du Yan, S.; Zhu, H.; Fu, J.; Yan, S. F.; Roher, A.; Tourtellotte, W. W.; Rajavashisth, T.; Chen, X.; Godman, G. C.; Stern, D.; Schmidt, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 1997, 94, 5296.
113. Husemann, J.; Loike, J. D.; Anankov, R.; Febbraio, M.; Silverstein, S. C. Glia, 2002, 40, 195.
114. Coraci, I. S.; Husemann, J.; Berman, J. W.; Hulette, C.; Dufour, J. H.; Campanella, G. K.; Luster, A. D.; Silverstein, S. C.; El-Khoury, J. B. Am. J. Pathol., 2002, 160, 101.
115. Le, Y.; Gong, W.; Tiffany, H. L.; Tumanov, A.; Nedospasov, S.; Shen, W.; Dunlop, N. M.; Gao, J. L.; Murphy, P. M.; Oppenheim, J. J.; Wang, J. M. J. Neurosci., 2001, 21, RC123.
116. Dineley, K. T.; Bell, K. A.; Bui, D.; Sweatt, J. D. J. Biol. Chem., 2002, 277, 25056.
117. Xie, L.; Helmerhorst, E.; Taddei, K.; Plewright, B.; Van Bronswijk, W.; Martins, R. J. Neurosci., 2002, 22, RC221.
118. Yaar, M.; Zhai, S.; Fine, R. E.; Eisenhauer, P. B.; Arble, B. L.; Stewart, K. B.; Gilchrest, B. A. J. Biol. Chem., 2002, 277, 7720.
119. Pitschke, M.; Prior, R.; Haupt, M.; Riesner, D. Nat. Med., 1998, 4, 832.
120. Takahashi, Y.; Okamoto, Y.; Popiel, H. A.; Fujikake, N.; Toda, T.; Kinjo, M.; Nagai, Y. J. Biol. Chem., 2007, 282, 24039.
121. Sunde, M.; Serpell, L. C.; Bartlam, M.; Fraser, P. E.; Pepys, M. B.; Blake, C. C. J. Mol. Biol., 1997, 273, 729.
122. Eisenberg, D.; Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Sambashivan, S.; Ivanova, M. I.; Madsen, A. O.; Riekel, C. Acc. Chem. Res., 2006, 39, 568.
123. Bousset, L.; Briki, F.; Doucet, J.; Melki, R. J. Struct. Biol., 2003, 141, 132.
124. Baxa, U.; Taylor, K. L.; Wall, J. S.; Simon, M. N.; Cheng, N.; Wickner, R. B.; Steven, A. C. J. Biol. Chem., 2003, 278, 43717.
125. Inouye, H.; Domingues, F. S.; Damas, A. M.; Saraiva, M. J.; Lundgren, E.; Sandgren, O.; Kirschner, D. A. Amyloid, 1998, 5, 163.
126. Eakin, C. M.; Attenello, F. J.; Morgan, C. J.; Miranker, A. D. Biochemistry, 2004, 43, 7808.
127. Lazo, N. D.; Downing, D. T. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1997, 235, 675.
128. Lazo, N. D.; Downing, D. T. Biochemistry, 1998, 37, 1731.
129. Perutz, M. F.; Finch, J. T.; Berriman, J.; Lesk, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2002, 99, 5591.
130. Wetzel, R. Structure, 2002, 10, 1031.
131. Kheterpal, I.; Zhou, S.; Cook, K. D.; Wetzel, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2000, 97, 13597.
132. Williams, A. D.; Portelius, E.; Kheterpal, I.; Guo, J. T.; Cook, K. D.; Xu, Y.; Wetzel, R. J. Mol. Biol., 2004, 335, 833
133. Kishimoto, A.; Hasegawa, K.; Suzuki, H.; Taguchi, H.; Namba, K.; Yoshida, M. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, 315, 739.
134. Malinchik, S. B.; Inouye, H.; Szumowski, K. E.; Kirschner, D. A. Biophys. J., 1998, 74, 537.
135. Kirschner, D. A.; Inouye, H.; Duffy, L. K.; Sinclair, A.; Lind, M.; Selkoe, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 1987, 84, 6953.
136. Fraser, P. E.; Duffy, L. K.; O'Malley, M. B.; Nguyen, J.; Inouye, H.; Kirschner, D. A. J. Neurosci. Res., 1991, 28, 474
137. Inouye, H.; Fraser, P. E.; Kirschner, D. A. Biophys. J., 1993, 64, 502.
138. Carulla, N.; Caddy, G. L.; Hall, D. R.; Zurdo, J.; Gairi, M.; Feliz, M.; Giralt, E.; Robinson, C. V.; Dobson, C. M. Nature, 2005, 436, 554.
139. Baskakov, I. V.; Bocharova, O. V. Biochemistry, 2005, 44, 2339.
140. Serpell, L. C.; Sunde, M.; Benson, M. D.; Tennent, G. A.; Pepys, M. B.; Fraser, P. E. J. Mol. Biol., 2000, 300, 1033.
141. Pawar, A.P.; Dubay, K.F.; Zurdo, J.; Chiti, F.; Vendruscolo, M.; Dobson, C.M. J. Mol. Biol., 2005, 350, 379.
142. Caflisch, A. Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 437.
143. Rousseau, F.; Schymkowitz, J.; Serrano, L. Curr. Opin. Struct. Biol., 2006, 16, 118.
144. Zibaee, S.; Makin, O. S.; Goedert, M.; Serpell, L. C. Protein Sci., 2007, 16, 906.
145. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol., 1978, 47., 45.
146. Chiti, F.; Stefani, M.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Nature, 2003, 424, 805.
147. Yoon, S.; Welsh, W. J. Protein Sci., 2004, 13, 2149.
148. Yoon, S.; Welsh, W. J. Proteins, 2005, 60, 110
149. Galzitskaya, O. V.; Garbuzynskiy, S. O.; Lobanov, M. Y. PLoS Comput. Biol., 2006, 2, e177.
150. Nelson, R.; Eisenberg, D. Curr. Opin. Struct. Biol., 2006, 16, 260.
151. Thompson, M. J.; Sievers, S. A.; Karanicolas, J.; Ivanova, M. I.; Baker, D.; Eisenberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2006, 103, 4074.
152. Kuhlman, B.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2000, 97, 10383.
153. Saiki, M.; Konakahara, T.; Morii, H. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 343, 1262.
154. Trovato, A.; Chiti, F.; Maritan, A.; Seno, F. PLoS Comput. Biol., 2006, 2, e170.
155. Rojas Quijano, F. A.; Morrow, D.; Wise, B. M.; Brancia, F. L.; Goux, W. J. Biochemistry, 2006, 45, 4638.
156. Ma, Y.; Hendershot, L. M. Cell, 2001, 107, 827
157. Waldo, G. S.; Standish, B. M.; Berendzen, J.; Terwilliger, T. C. Nat. Biotechnol., 1999, 17, 691.
158. de Groot, N. S.; Aviles, F. X.; Vendrell, J.; Ventura, S. FEBS J., 2006, 273, 658.
159. de Groot, N.; Pallares, I.; Aviles, F.; Vendrell, J.; Ventura, S. BMC Struct. Biol., 2005, 5, 18.
160. Conchillo-Sole, O.; de Groot, N. S.; Aviles, F. X.; Vendrell, J.; Daura, X.; Ventura, S. BMC Bioinformatics, 2007, 8, 65
161. Cellmer, T.; Bratko, D.; Prausnitz, J. M.; Blanch, H. W. Trends Biotechnol., 2007, 25, 254.
162. Ma, B.; Nussinov, R. Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 445.
163. Nguyen, P. H.; Li, M. S.; Stock, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2007, 104, 111.
164. Cheon, M.; Chang, I.; Mohanty, S.; Luheshi, L. M.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M.; Favrin, G. PLoS Comput. Biol., 2007, 3, 1727.
165. Irback, A.; Mohanty, S. J. Comput. Chem., 2006, 27, 1548.
166. Pellarin, R.; Caflisch, A. J. Mol. Biol., 2006, 360, 882.
167. Smith, A. V.; Hall, C. K. J. Mol. Biol., 2001, 312, 187.
168. Nguyen, H. D.; Marchut, A. J.; Hall, C. K. Protein Sci., 2004, 13, 2909.
169. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2004, 101, 16180.
170. Ma, B.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2002, 99, 14126.
171. Petkova, A. T.; Yau, W. M.; Tycko, R. Biochemistry, 2006, 45, 498.
172. Xu, Y.; Shen, J.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Ma, J.; Jiang, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 2005, 102, 5403.
173. Liu, D.; Xu, Y.; Feng, Y.; Liu, H.; Shen, X.; Chen, K.; Ma, J.; Jiang, H. Biochemistry, 2006, 45, 10963.