Transfer RNA recognition by aminoacyl-tRNA synthetases

Biopolymers

Volumn 52, Issue 1, 1999, Pages 1-28

  Beuning, Penny J ^a   Musier Forsyth, Karin ^a,b  

^a UNIVERSITY OF MINNESOTA   (United States)

^b University of Minnesota   (United States)

Author keywords

Aminoacyl tRNA synthetase; Atomic group mutagenesis; Minihelix; Molecular modeling; nmr spectroscopy; tRNA; X ray crystallography

Indexed keywords

AMINO ACID TRANSFER RNA LIGASE; TRANSFER RNA;

AMINOACYLATION; ARTICLE; CIRCULAR DICHROISM; HUMAN; MOLECULAR INTERACTION; MOLECULAR RECOGNITION; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN RNA BINDING; RNA STRUCTURE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

EID: 0003695480     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-0282(1999)52:1<1::AID-BIP1>3.0.CO;2-W     Document Type: Article

References (340)

1. Freist, W. Biochemistry 1989, 28, 6787-6795.
2. Verkamp, E.; Kumar, A. M.; Lloyd, A.; Martins, O.; Stange-Thomann, N.; Söll, D. In: Söil, D.; RajBhandary, U., editors; tRNA: Structure, biosynthesis and function. Am Soc Microbiol: Washington, D.C., 1995; pp. 545-550.
3. Ibba, M.; Curnow, A. W.; Söil, D. Trends Biochem Sci 1997, 22, 39-42.
4. Schimmel, P. R.; Söll, D. Ann Rev Biochem 1979, 48, 601-648.
5. Meinnel, T.; Mechulam, Y.; Blanquet, S. In: Söil, D.; RajBhandary, U., editors; tRNA: Structure, biosynthesis and function. ASM Press: Washington, D.C., 1995; pp. 251-292.
6. Eriani, G.; Delarue, M.; Poch, O.; Gangloff, J.; Moras, D. Nature 1990, 347, 203-206.
7. Cusack, S.; Härtlein, M.; Leberman, R. Nucleic Acids Res 1991, 19, 3489-3498.
8. Cusack, S. Biochimie 1993, 75, 1077-1081.
9. Rossmann, M. G.; Moras, D.; Olsen, K. W. Nature 1974, 250, 194-199.
10. Cusack, S.; Berthet-Colominas, C.; Härtlein, M.; Nassar, N.; Leberman, R. Nature 1990, 347, 249-265.
11. Ruff, M.; Krishnaswamy, S.; Boeglin, M.; Poterszman, A.; Mitschier, A.; Podjarny, A.; Rees, B.; Thierry, J. C.; Moras, D. Science 1991, 252, 1682-1689.
12. Shiba, K.; Motegi, H.; Schimmel, P. Trends Biochem Sci 1997, 22, 453-457.
13. Ibba, M.; Morgan, S.; Curnow, A. W.; Pridmore, D. R.; Vothknecht, U. C.; Gardner, W.; Lin, W.; Woese, C. R.; Söil, D. Science 1997, 278, 1119-1122.
14. Cusack, S. Nature Struct Biol 1995, 2, 824-831.
15. Francklyn, C.; Musier-Forsyth, K.; Martinis, S. A. RNA 1997, 3, 954-960.
16. Cusack, S.; Yaremchuk, A.; Krikliviy, I.; Tukalo, M. Structure 1998, 6, 101-108.
17. Cavarelli, J.; Delagoutte, B.; Eriani, G.; Gangloff, J.; Moras, D. EMBO J 1998, 17, 5438-5448.
18. Sankaranarayanan, R.; Dock-Bregeon, A.-C.; Romby, P.; Caillet, J.; Springer, M.; Rees, B.; Ehresmann. C.; Ehresmann, B.; Moras, D. Cell 1999, 97, 371-381.
19. Arnez, J. G.; Moras, D. Trends Biochem Sci 1997, 22, 211-216.
20. Rould, M. A.; Perona, J. J.; Söil, D.; Steitz, T. A. Science 1989, 246, 1135-1142.
21. Rould, M. A.; Perona, J. J.; D., S.; Steitz, T. A. Nature 1991, 352, 213-218.
22. Cusack, S.; Yaremchuk, A.; Tukalo, M. EMBO J 1996, 15, 2834-2842.
23. Cusack, S.; Yaremchuk, A.; Tukalo, M. EMBO J 1996, 15, 6321-6334.
24. Ribas de Pouplana, L.; Auld, D. S.; Kim, S.; Schimmel, P. Biochemistry 1996, 35, 8095-8102.
25. Goldgur, Y.; Mosyak, L.; Reshetnikova, L.; Ankilova, V.; Lavrik, O.; Khodyreva, S.; Safro, M. Structure 1997, 5, 59-68.
26. Cusack, S.; Yaremchuk, A.; Tukalo, M. In The many faces of RNA; Eggleston, D. S.; Prescott, C. D.; Pearson, N. D., Eds.; Academic Press; San Diego, 1998; pp. 55-65.
27. Cusack, S. Curr Opin Struct Biol 1998, 7, 881-889.
28. DeGuzeman, R. N.; Turner, R. B.; Summers, M. F. Biopolymers 1998, 48, 181-195.
29. Holley, R. W.; Apgar, J.; Everett, G. A.; Madison, J. T.; Marquisee, M.; Merrill, S. H.; Penswick, J. R.; Zamir, A. Science 1965, 147, 1462-1465.
30. Dirheimer, G.; Keith, G.; Dumas, P.; Westhof, E. In tRNA: Structure, biosynthesis, and function; Söil, D.; RajBhandary, U. L., Eds.; ASM Press: Washington, D.C., 1995; pp. 93-126.
31. Vournakis, J. N.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1966, 5, 2997-3006.
32. Blum, A. D.; Uhlenbeck, O. C.; Tinoco, I., Jr. Biochemistry 1972, 11, 3248-3256.
33. Adler, A. J.; Fasman, G. D. Biochim Biophys Acta 1970, 204, 183-190.
34. Guenther, R. H.; Hardin, C. C.; Sierzputowska-Gracz, H.; Dao, V.; Agris, P. F. Biochemistry 1992, 31, 11004-11011.
35. Chen, Y.; Sierzputowska-Gracz, H.; Guenther, R.; Everett, K.; Agris, P. F. Biochemistry 1993, 32, 10249-10253.
36. Suddath, F. L.; Quigly, G. J.; McPherson, A.; Sneden, D.; Kim, J. J.; Kim, S. H.; Rich, A. Nature 1974, 248, 20-26.
37. Robertus, J. D.; Ladner, J. E.; Finch, J. T.; Rhodes, D.; Brown, R. S.; Clark, B. F. C.; Klug, A. Nature 1974, 250, 546-551.
38. Rich, A.; Kim, S. H. Scientific Am 1978, 238, 52-62.
39. Levitt, M. Nature 1969, 224, 759-763.
40. Holbrook, S. R.; Sussman, J. L.; Warrant, W.; Church, G. M.; Kim, S.-H. Nucleic Acids Res 1977, 4, 2811-2820.
41. Björk, G. R. In tRNA: Structure, biosynthesis and function; Söil, D.; RajBhandary, U., Eds.; ASM Press: Washington, D.C., 1995; pp. 165-205.
42. Yokoyama, S.; Nishimura, S. In tRNA: Structure, biosynthesis and function: Söil, D.; RajBhandary, U., Eds.; ASM Press: Washington, D.C., 1995; pp. 207-223.
43. Agris, P. Prog Nucleic Acid Res and Mol Biol 1996, 53, 79-129.
44. Davis, D. R.; Veltri, C. A.; Nielsen, L. J Biomol Struct Dynam 1998, 15, 1121-1132.
45. Ashraf, S. S.; Sochacka, E.; Cain, R.; Guenther, R.; Malkiewicz, A.; Agris, P. F. RNA 1999, 5, 188-194.
46. Sampson, J. R.; Uhlenbeck, O. C. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 1033-1037.
47. Arnez, J. G.; Steitz, T. A. Biochemistry 1994, 33, 7560-7567.
48. Muramatsu, T.; Nishikawa, K.; Nemoto, F.; Kuchino, Y.; Nishimura, S.; Miyazawa, T.; Yokoyama, S. Nature 1988, 336, 179-181.
49. Tamura, K.; Himeno, H.; Asahara, H.; Hasegawa, T.; Shimizu, M. Nucleic Acids Res 1992, 20, 2335-2339.
50. Sylvers, L. A.; Rogers, K. C.; Shimizu, M.; Ohtsuka, E.; Söil, D. Biochemistry 1993, 32, 3836-3841.
51. Moras, D.; Comarmond, M. B.; Fischer, J.; Weiss, R.; Thierry, J. C.; Ebel, J. P.; Geige, R. Nature 1980, 288, 669-674.
52. Cavarelli, J.; Rees, B.; Ruff, M.; Thierry, J.-C.; Moras, D. Nature 1993, 362, 181-184.
53. Schevitz, R. W.; Podjarny, A. D.; Krishnamachari, N.; Hughes, J. J.; Sigler, P. B.; Sussman, J. L. Nature 1979, 278, 188-190.
54. Woo, N. H.; Roe, B. A.; Rich, A. Nature 1980, 286, 346-351.
55. Basavappa, R.; Sigler, P. B. EMBO J 1991, 10, 3105-3111.
56. Holbrook, S. R.; Sussman, J. L.; Warrant, R. W.; Kim, S.-H. J Mol Biol 1978, 123, 631-660.
57. Kiesewetter, S.; Ott, G.; Sprinzel, M. Nucleic Acids Res 1990, 18, 4677-4682.
58. Schmitt, E.; Panvert, M.; Blanquet, S.; Mechulam, Y. EMBO J 1998, 17, 6819-6826.
59. Giegé, R.; Puglisi, J. D.; Florentz, C. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol 1993, 45, 129-205.
60. Biou, V.; Yaremchuk, A.; Tukalo, M.; Cusack, S. Science 1994, 263, 1404-1410.
61. Nissan, T. A.; Oliphant, B.; Perona, J. J. RNA 1999, 5, 434-445.
62. Nissen, P.; Kjeldgaard, M.; Thirup, S.; Polekhina, G.; Reshetnikova, L.; Clark, B. F. C.; Nyborg, J. Science 1995, 270, 1464-1472.
63. Nyborg, J.; Nissen, P.; Kjeldgaard, M.; Thirup, S.; Polekhina, G.; Clark, B. F. C. Trends Biochem Sci 1996, 21, 81-82.
64. Nissen, P.; Thirup, S.; Kjeldgaard, M.; Nyborg, J. Structure 1999, 7, 143-156.
65. Uhlenbeck, O. C.; Pardi, A.; Feigon, J. Cell 1997, 90, 833-840.
66. Pley, H. W.; Flaherty, K. M.; McKay, D. B. Nature 1994, 372, 68-74.
67. Scott, W. G.; Finch, J. T.; Klug, A. Cell 1995, 81, 991-1002.
68. Correll, C. C.; Freeborn, B.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Cell 1997, 91, 705-712.
69. Ferré-D'Amaré, A. R.; Zhou, K.; Doudna, J. A. Nature 1998, 395, 567-574.
70. Gate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K.; Golden, B. L.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678-1685.
71. Strobel, S. A.; Doudna, J. A. Trends Biochem Sci 1997, 22, 262-266.
72. Patel, D.; Shapiro, L.; Hare, D. Quart Rev Biophys 1987, 20, 35-112.
73. van de Ven, F. J. M.; Hilbers, C. W. Eur J Biochem 1988, 178, 1-38.
74. Varani, G.; Tinoco, I., Jr. Quart Rev Biophys 1991, 24, 479-532.
75. Varani, G.; Aboul-ela, F.; Allain. F. H.-T. Prog NMR Spec 1996, 29, 51-127.
76. Hare, D. R.; Reid, B. R. Biochemistry 1982, 21, 1835-1842.
77. Roy, S.; Redfield, A. G. Biochemistry 1983, 22, 1386-1390.
78. Hare, D. R.; Ribeiro, N. S.; Wemmer, D. E.; Reid, B. R. Biochemistry 1985, 24, 4300-4306.
79. Derrick, W. B.; Horowitz, J. Nucleic Acids Res 1993, 21, 4948-4953.
80. Agris, P. F.; Brown, S. C. Methods Enzymol 1995, 261, 270-299.
81. Nikonowicz, E. P.; Sirr, A.; Legault, P.; Jucker, F. M.; Baer, L. M.; Pardi, A. Nucleic Acids Res 1992, 20, 4507-4513.
82. Batey, R. T.; Inada, M.; Kujawinski, E.; Puglisi, J. D.; Williamson, J. R. Nucleic Acids Res 1992, 20, 4515-4523.
83. Chu, W.-C.; Horowitz, J. Biochemistry 1991, 30, 1655-1663.
84. Niimi, T.; Kawai, G.; Takayanagi, M.; Noguchi, T.; Hayashi, N.; Kohno, T.; Muto, Y.; Watanabe, K.; Miyazawa, T.; Yokoyama, S. Biochimie 1993, 75, 1109-1115.
85. Wallis, N. G.; Dardel, F.; Blanquet, S. Biochemistry 1995, 34, 7668-7677.
86. Yao, L. J.; James, T. L.; Kealey, J. T.; Santi, D. V.; Schmitz, U. J Biomol NMR 1997, 9, 229-244.
87. Sakamoto, K.; Kawai, G.; Watanabe, S.; Niimi, T.; Hayashi, N.; Muto, Y.; Watanabe, K.; Satoh, T.; Sekine, M.; Yokoyama, S. Biochemistry 1996, 35, 6533-6538.
88. Davis, D. R. Nucleic Acids Res 1995, 23, 5020-5026.
89. Kumar, R. K.; Davis, D. R. Nucleic Acids Res 1997, 25, 1272-1280.
90. Agris, P. F.; Guenther, R.; Ingram, P. C.; Basti, M. M.; Stuart, J. W.; Sochacka, E.; Malkiewicz, A. RNA 1997, 3, 420-428.
91. Durant, P. C.; Davis, D. R. J Mol Biol 1999, 285, 115-131.
92. Crothers, D. M.; Seno, T.; Söil, D. G. Proc Natl Acad Sci USA 1972, 69, 3063-3067.
93. Puglisi, E. V.; Puglisi, J. D.; Williamson, J. R.; RajBhandary, U. L. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 11467-11471.
94. Lee, C-P.; Dyson, M. R.; Mandai, N.; Varshney, U.; Bahramian, B.; RajBhandary, U. L. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 9262-9266.
95. Lee, C-P.; Mandal, N.; Dyson, M. R.; RajBhandary, U. L. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 7149-7152.
96. Metzger, A. U.; Heckl, M.; Willbold, D.; Breitschopf, K.; RajBhandary, U. L.; Rösch, P.; Gross, H. J. Nucleic Acids Res 1997, 25, 4551-4556.
97. Allain, F. H.-T.; Varani, G. Nucleic Acids Res 1995, 23, 341-350.
98. Gate, J. H.; Doudna, J. A. Structure 1996, 4, 1221-1229.
99. Ott, G.; Arnold, L.; Limmer, S. Nucleic Acids Res 1993, 21, 5859-5864.
100. Limmer, S.; Hofmann, H.-P.; Ott, G.; Sprinzl, M. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 6199-6202.
101. Limmer, S.; Reif, B.; Ott, G.; Lubos, A.; Sprinzl, M. FEBS Lett 1996, 385, 15-20.
102. Ramos, A.; Varani, G. Nucleic Acids Res 1997, 25, 2083-2090.
103. Lechler, A.; Martin, A.; Zuleeg, T.; Limmer, S.; Kreutzer, R. Nucleic Acids Res 1997, 25, 2737-2744.
104. Vogtherr, M.; Schübel, H.; Limmer, S. FEBS Lett 1998, 429, 21-26.
105. Francklyn, C.; Schimmel, P. Nature 1989, 337, 478-481.
106. Hou, Y.-M.; Schimmel, P. Nature 1988, 333, 140-145.
107. McClain, W. H.; Foss, K. Science 1988, 240, 793-796.
108. McClain, W. H.; Chen, Y.-M.; Foss, K.; Schneider, J. Science 1988, 242, 1681-1684.
109. Mueller, U.; Schübel, H.; Sprinzl, M.; Heinemann, U. RNA 1999, 5, 670-677.
110. Gautheret, D.; Cedergren, R. FASEB J 1993, 7, 97-105.
111. Louise-May, S.; Auffinger, P.; Westhof, E. Curr Opin Struct Biol 1996, 6, 289-298.
112. Zachau, H. G. Ange Chem Intl Ed Eng 1969, 8, 711-727.
113. Woese, C. R.; Pace, N. R. In The RNA world; Gesteland, R. F.; Atkins, J. F., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Plainview, NY, 1993; pp. 91-117.
114. Major, F.; Turcotte, M.; Gautheret, D.; Lapalme, G.; Fillion, E.; Cedergren, R. .Science 1991, 253, 1255-1260.
115. Gautheret, D.; Major, F.; Cedergren, R. J Mol Biol 1993, 229, 1049-1064.
116. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Could, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179-5197.
117. MacKerell, A. D., Jr.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J Am Chem Soc 1995, 117, 11946-11975.
118. Cheathem, T. E., III; Cieplack, P.; Kollman, P. A. J Biomol Struc Dynam 1999, 16, 845-862.
119. Louise-May, S.; Auffinger, P.; Westhof, E. In Biological structure and dynamics: Proceedings of the ninth conversation; Sarma, R. H.; Sarma, M. H., Eds: Adenine Press: Albany, NY, 1996; pp. 73-89.
120. York, D. M.; Yang, W.; Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J Am Chem Soc 1995, 117, 5001-5002.
121. Cheatham, T. E., III; Miller, J. L.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 4193-4194.
122. Auffinger, P.; Westhof, E. Biophys J 1996, 71, 940-954.
123. Auffinger, P.; Westhof, E. J Mol Biol 1997, 269, 326-341.
124. Westhof, E.; Michel, F. In RNA-protein interactions; Nagai, K.; Mattaj, I. W., Eds., Oxford University Press: New York, 1994, pp. 25-51.
125. Auffinger, P.; Louise-May, S.; Westhof, E. Biophys J 1999, 76, 50-64.
126. Nagan, M. C.; Kerimo S. S.; Musier-Forsyth, K.; Cramer, C. J. J Am Chem Soc 1999, 121, 7310-7317.
127. Weeks, K. M.; Crothers, D. M. Science 1993, 261, 1574-1577.
128. Steitz, T. A. In The RNA world; Gesteland, R. F.; Atkins, J. F., Eds., Cold Spring Harbor Laboratory: Plainview, NY, 1993; pp. 219-237.
129. Seeman, N. C.; Rosenberg, J. M.; Rich, A. Proc Natl Acad Sci USA 1976, 73, 804-808.
130. Schimmel, P. Ann Rev Biochem 1987, 56, 125-158.
131. Normanly, J.; Abelson, J. Ann Rev Biochem 1989, 58, 1029-1049.
132. Schulman, L. H. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol 1991, 41, 23-87.
133. Steitz, T. A. Curr Opin Struct Biol 1991, 1, 139-143.
134. Pallanck, L.; Schulman, L. H. In Transfer Ribonucleic Acid in Protein Synthesis; Hatfield, D. L.; Lee, B. J.; Pirtle, R. M., Eds.; CRC Press: London, 1992; pp. 279-318.
135. Cavarelli, J.; Moras, D. FASEB J 1993, 7, 79-86.
136. McClain, W. H. J Mol Biol 1993, 234, 257-280.
137. McClain, W. H. FASEB J 1993, 7, 72-78.
138. Saks, M. E.; Sampson, J. R.; Abelson, J. N. Science 1994, 263, 191-197.
139. McClain, W. H. In tRNA: Structure, biosynthesis, and function; Söil, D.; RajBhandary, U., Eds.; ASM Press: Washington, D.C., 1995; pp. 335-347.
140. Pallanck, L.; Pak, M.; Schulman, L. H. In tRNA: Structure, biosynthesis, and function; Söil, D.; RajBhandary, U. L., Eds.; ASM Press: Washington, D.C., 1995; pp. 371-394.
141. Giegé, R.; Sissler, M.; Florentz, C. Nucleic Acids Res 1998, 26, 5017-5035.
142. Musier-Forsyth, K. J Biochem Mol Biol 1998, 31, 525-535.
143. Normanly, J.; Masson, J.-M.; Kleina, L.; J., A.; Miller, J. H. Proc Natl Acad Sci USA 1986, 83, 6548-6552.
144. Kleina, L. G.; Masson, J.-M.; Normanly, J.; Abelson, J.; Miller, J. H. J Mol Biol 1990, 213, 705-717.
145. Normanly, J.; Kleina, L. G.; Masson, J.-M.; Abelson, J.; Miller, J. H. J Mol Biol 1990, 213, 705-717.
146. Hou, Y.-M.; Schimmel, P. Biochemistry 1989, 28, 4942-4947.
147. Yarus, M.; Cline, S. W.; Wier, P.; Breeden, L.; Thompson, R. C. J Mol Biol 1986, 192, 235-255.
148. Milligan, J. F.; Uhlenbeck, O. C. Methods Enzymol 1989, 180, 51-62.
149. Schulman, L. H.; Pelka, H. Science 1988, 242, 765-768.
150. Chu, W.-C.; Horowitz, J. Nucleic Acids Res 1989, 17, 7241-7252.
151. Himeno, H.; Hasegawa, T.; Ueda, T.; Watanabe, K.; Miura, K.-I.; Shimizu, M. Nucleic Acids Res 1989, 17, 7855-7863.
152. Perret, V.; Garcia, A.; Grosjean, H.; Ebel, J.-P.; Florentz, C.; Giegé, R. Nature 1990, 344, 787-789.
153. Schulman, L. H.; Pelka, H. Nucleic Acids Res 1990, 18, 285-289.
154. Hasegawa, T.; Miyano, M.; Himeno, H.; Sano, Y.; Kimura, K.; Shimizu, M. Biochem Biophys Res Commun 1992, 184, 478-484.
155. Liu, H.; Peterson, R.; Kessler, J.; Musier-Forsyth, K. Nucleic Acids Res 1995, 23, 165-169.
156. Schreier, A. A.; Schimmel, P. R. Biochemistry 1972, 11, 1582-1589.
157. Wolfson, A. D.; Pleiss, J. A.; Uhlenbeck, O. C. RNA 1998, 4, 1019-1023.
158. Milligan, J. R.; Groebe, D. R.; Witherell, G. W.; Uhlenbeck, O. C. Nucleic Acids Res 1987, 15, 8783-8798.
159. Pleiss, J. A.; Derrick, M. L.; Uhlenbeck, O. C. RNA 1998, 4, 1313-1317.
160. Helm, M.; Brulé, H.; Giegé, R.; Florentz, C. RNA 1999, 5, 618-621.
161. Price, S. R.; Ito, N.; Oubridge, C.; Avis, J. M.; Nagai, K. J Mol Biol 1995, 249, 398-408.
162. Fechter, P.; Rudinger, J.; Giegé, R.; Théobald-Dietrich, A. FEBS Lett 1998, 436, 99-103.
163. Sissler, M.; Giegé, R.; Florentz, C. EMBO J 1996, 15, 5069-5076.
164. Steinberg, S.; Misch, A.; Sprinzl, M. Nucleic Acids Res 1993, 21, 3011-3015.
165. Normanly, J.; Ogden, R. C.; Horvath, S. J.; Abelson, J. Nature 1986, 321, 213-219.
166. Normanly, J.; Ollick, T.; Abelson, J. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 5680-5684.
167. Asahara, H.; Himeno, H.; Tamura, K.; Nameki, N.; Hasegawa, T.; Shimizu, M. J Mol Biol 1994, 236, 738-748.
168. Saks, M. E.; Sampson, J. R. EMBO J 1996, 15, 2843-2849.
169. Breitschopf, K.; Achsel, T.; Busch, K.; Gross, H. J. Nucleic Acids Res 1995, 23, 3633-3637.
170. Asahara, H.; Himeno, H.; Tamura, K.; Nameki, N.; Hasegawa, T.; Shimizu, M. Nucleic Acids Symp Ser 1993, 29, 207-208.
171. Asahara, H.; Himeno, H.; Tamura, K.; Hasegawa, T.; Watanabe, K.; Shimizu, M. J Mol Biol 1993, 231, 219-229.
172. McClain, W. H.; Foss, K. J Mol Biol 1988, 202, 697-709.
173. Hou, Y.-M. Chem Biol 1997, 4, 93-96.
174. Francklyn, C.; Schimmel, P. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 8655-8659.
175. Jahn, M.; Rogers, M. J.; Söll, D. Nature 1991, 352, 258-260.
176. McClain, W. H.; Foss, K.; Jenkins, R. A.; Schneider, J. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 6147-6151.
177. Francklyn, C.; Shi, J.-P.; Schimmel, P. Science 1992, 255, 1121-1125.
178. Meinnel, T.; Mechulam, Y.; Lazennec, C.; Blanquet. S.; Fayat, G. J Mol Biol 1993, 229, 26-36.
179. McClain, W. H.; Schneider, J.; Gabriel, K. Nucleic-Acids Res 1994, 22, 522-529.
180. Himeno, H.; Hasegawa, T.; Ueda, T.; Watanabe, K.; Shimizu, M. Nucleic Acids Res 1990, 18, 6815-6819.
181. Pütz, J.; Florentz, C.; Benseler, F.; Giegé, R. Nature Struct Biol 1994, 1, 580-582.
182. Hou, Y.-M.; Westhof, E.; Giegé, R. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 6776-6780.
183. Hou, Y.-M. Trends Biochem Sci 1993, 18, 362-264.
184. Hou, Y.-M. Biochemistry 1994, 33, 4677-4681.
185. Liu, H.; Kessler, J.; Peterson, R.; Musier-Forsyth, K. Biochemistry 1995, 34, 9795-9800.
186. Liu, H.; Yap, L.-P.; Musier-Forsyth, K. J Am Chem Soc 1996, 118, 2523-2524.
187. Schimmel, P.; Giegé, R.; Moras, D.; Yokoyama, S. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 8763-8768.
188. Schimmel, P.; Ribas de Pouplana, L. Cell 1995, 81, 983-986.
189. Rodin, S. N.; Ohno, S. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 5183-5188.
190. Caruthers, M. H. Science 1985, 230, 281-285.
191. Caruthers, M. H.; Barone, A. D.; Beaucage, S. L.; Dodds, D. R.; Fisher, E. F.; McBride, L. J.; Matteucci, M.; Stabinsky, Z.; Tang, J.-Y. Methods Enzymol 1987, 154, 287-313.
192. Ogilvie, K. K.; Theriault, N.; Sadana, K. L. J Am Chem Soc 1977, 99, 7741-7743.
193. Reese, C. B. Nucleosides Nucleotides 1987, 6, 121-129.
194. Wu, T.; Ogilvie, K. K.; Pon, R. T. Nucleic Acids Res 1989, 17, 3501-3517.
195. Morgan, M. A.; Kazakov, S. A.; Hecht, S. M. Nucleic Acids Res 1995, 23, 3949-3953.
196. Rastogi, H.; Usher, D. A. Nucleic Acids Res 1995, 23, 4872-4877.
197. Scaringe, S. A.; Francklyn, C.; Usman, N. Nucleic Acids Res 1990, 18, 5433-5441.
198. Westman, E.; Strömberg, R. Nucleic Acids Res 1994, 22, 2430-2431.
199. Sproat, B.; Colonna, F.; Mullah, B.; Tsou, D.; Andrus, A.; Hampel, A.; Vinayak, R. Nucleosides Nucleotides 1995, 14, 255-273.
200. Wincott, F.; DiRenzo, A.; Shaffer, C.; Grimm, S.; Tracz, D.; Workman, C.; Sweedler, D.; Gonzalez, C.; Scaringe, S.; Usman, N. Nucleic Acids Res 1995, 23, 2677-2684.
201. Usman, N.; Ogilvie, K. K.; Jiang, M.-Y.; Cedergren, R. J. J Am Chem Soc 1987, 109, 7845-7854.
202. Rao, V. M.; Reese, C. B.; Schehlmann, V.; Yu. P. S. J Chem Soc Perkins Trans I 1993, 43-55.
203. Scaringe, S. A.; Wincott, F. E.; Caruthers, M. H. J Am Chem Soc 1998, 120, 11820-11821.
204. Wu, X.; Pitsch, S. Nucleic Acids Res 1998, 26, 4315-4323.
205. Gasparutto, D.; Livache, T.; Bazin, H.; Duplaa, A.-M.; Guy, A.; Khorlin, A.; Molko, D.; Roget, A.; Téoule, R. Nucleic Acids Res 1992, 20, 5159-5166.
206. Ogilvie, K. K.; Usman, N.; Nicoghosian, K.; Cedergren, R. J. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 5764-5768.
207. Perreault, J.-P.; Pon, R. T.; Jiang, M-Y.; Usman, N.; Pika, J.; Ogilvie, K. K.; Cedergren, R. Eur J Biochem 1989, 186, 87-93.
208. Bratty, J.; Wu, T.; Nicoghosian, K.; Ogilvie, K. K.; Perreault, J.-P.; Keith, G.; Cedergren, R. FEBS Lett 1990, 1, 60-64.
209. Usman, N.; Cedergren, R. Trends Biochem Sci 1992, 17, 334-339.
210. Heidenreich, O.; Pieken, W.; Eckstein, F. FASEB J 1993, 7, 90-96.
211. Grasby, J. A.; Gait, M. J. Biochimie 1994, 76, 1223-1234.
212. Frankel, A. D. In Nagai, K.; Mattaj, I. W., Eds.; RNA-protein interactions. Oxford University Press: Oxford, 1994; pp. 221-247.
213. Kam, J.; Gait, M. J.; Churcher, M. J.; Mann, D. A.; Mikaélian, I.; Pritchard, C. In: Nagai, K.; Mattaj, I., Eds. RNA-protein interactions. Oxford University Press: Oxford, 1994; pp. 192-220.
214. Pritchard, C. E.; Grasby, J. A.; Hamy, F.; Zacharek, A. M.; Sigh, M.; Kam, J.; Gait, M. J. Nucleic Acids Res 1994, 22, 2592-2600.
215. Baidya, N.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1995, 34, 12363-12368.
216. LeCuyer, K. A.; Behlen, L. S.; Uhlenbeck, O. C. EMBO J 1996, 15, 6847-6853.
217. Chowrira, B. M.; Berzal-Herranz, A.; Burke, J. M. Nature 1991, 354, 320-322.
218. Chowrira, B. M.; Burke, J. M. Biochemistry 1991, 30, 8518-8522.
219. Pyle, A. M.; Cech, T. R. Nature 1991, 350, 628-631.
220. Herschlag, D.; Eckstein, F.; Cech, T. R. Biochemistry 1993, 32, 8299-8311.
221. Adams, C. J.; Murray, J. B.; Arnold, J. R. P.; Stockley, P. G. Tet Lett 1994, 35, 1597-1600.
222. Strobel, S. A.; Cech, T. R.; Usman, N.; Beigelman, L. Biochemistry 1994, 33, 13824-13835.
223. Strobel, S. A.; Cech, T. R. Science 1995, 267, 675-679.
224. Abramovitz, D. L.; Friedman, R. A.; Pyle, A. M. Science 1996, 271, 1410-1413.
225. Burgin, A. B., Jr.; Gonzalez, C.; Matulic-Adamic, J.; Karpiesky, A. M.; Usman, N.; McSwiggen, J. A.; Beigelman, L. Biochemistry 1996, 35, 14090-14097.
226. McKay, D. B. RNA 1996, 2, 395-403.
227. Baidya, N.; Ammons, G. E.; Matulic-Adamic, J.; Karpeisky, A. M.; Beigelman, L.; Uhlenbeck, O. C. RNA 1997, 3, 1135-1142.
228. Liu, Q.; Green, J. B.; Khodadadi, A.; Haeberli, P.; Beigelman, L.; Pyle, A. M. J Mol Biol 1997, 267, 163-171.
229. Santa-Lucia, J., Jr.; Kierzek, R.; Turner, D. H. J Am Chem Soc 1991, 113, 4313-4322.
230. Santa-Lucia, J., Jr.; Kierzek, R.; Turner, D. H. Science 1992, 256, 217-219.
231. Moore, M. J.; Sharp, P. A. Science 1992, 256, 992-997.
232. Moore, M. J.; Query, C. C. In RNA-protein interactions: A Practical Approach; Smith, C., Ed.; Oxford University Press: Oxford, 1998.
233. Han, H.; Dervan, P. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 4955-4959.
234. Imura, N.; Weiss, G. B.; Chambers, R. W. Nature 1969, 222, 1147-1148.
235. Thiebe, R.; Zachau, H. G. Biochem Biophys Res Commun 1969, 36, 1024-1031.
236. Thiebe, R.; Harbers, K.; Zachau, H. G. Eur J Biochem 1972, 26, 144-152.
237. Baev, A. A.; Fodor, I.; Mirzabekov, A. D.; Aksel'rod, V. D.; Kazarinova, L. Y. Mol Biol 1967, 1, 859-871.
238. Mirzabekov, A. D.; Lastity, D.; Levina, E. S.; Bayev, A. A. Nature New Biol 1971, 229, 21-22.
239. Wübbeler, W.; Lossow, C.; Fittier, F.; Zachau, H. G. Eur J Biochem 1975, 59, 405-413.
240. Fittler, F.; Zachau, H. G. Arch Biochem Biophys 1973, 155, 368-380.
241. Chambers, R. W. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol 1971, 11, 489-525.
242. Bruce, A. G.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1982, 21, 855-860.
243. Bruce, A. G.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1982, 21, 3921-3926.
244. Wittenberg, W.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1985, 24, 2705-2712.
245. Hayase, Y.; Jahn, M.; Rogers, M. J.; Sylvers, L. A.; Koizumi, M.; Inoue, H.; Söil, D. EMBO J 1992, 11, 4159-4165.
246. Breitschopf, K.; Gross, H. J. Nucleic Acids Res 1996, 24, 405-410.
247. Breitschopf, K.; Gross, H. J. EMBO J 1994, 13, 3166-3169.
248. Liu, H.; Musier-Forsyth, K. Biochemistry 1994, 33, 12708-12714.
249. Yap, L.-P.; Stehlin, C.; Musier-Forsyth Chem & Biol 1995, 2, 661-666.
250. Aphasizhev, R.; Senger, B.; Fasiolo, F. RNA 1997, 3, 489-497.
251. Yap, L.-P.; Musier-Forsyth, K. RNA 1995, 1, 418-424.
252. Musier-Forsyth, K.; Schimmel, P. Nature 1992, 357, 513-515.
253. Aphasizhev, R.; Théobald-Dietrich, A.; Kostyuk, D.; Kochetkov, S. N.; Kisselev, L.; Giegé, R.; Fasiolo, F. RNA 1997, 3, 893-904.
254. Vörtler, C. S.; Fedorova, O.; Persson, T.; Kutzke, U.; Eckstein, F. RNA 1998, 4, 1444-1454.
255. Ohtsuka, E.; Nishikawa, S.; Ikehara, M.; Takemura, S. Eur J Biochem 1976, 66, 251-255.
256. Park, S. J.; Schimmel, P. J Biol Chem 1988, 263, 16527-16530.
257. Francklyn, C.; Musier-Forsyth, K.; Schimmel, P. Eur J Biochem 1992, 206, 315-321.
258. Shi, J.-P.; Martinis, S. A.; Schimmel, P. Biochemistry 1992, 31, 4931-4936.
259. Musier-Forsyth, K.; Scaringe, S.; Usman, N.; Schimmel, P. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 209-213.
260. Musier-Forsyth, K.; Usman, N.; Scaringe, S.; Doudna, J.; Green, R.; Schimmel, P. Science 1991, 253, 784-786.
261. Musier-Forsyth, K.; Shi, J.-P.; Henderson, B.; Bald, R.; Fürste, J. P.; Erdmann, V. A.; Schimmel, P. J Am Chem Soc 1995, 117, 7253-7254.
262. Beuning, P. J.; Yang, F.; Schimmel, P.; Musier-Forsyth, K. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 10150-10154.
263. McClain, W. H.; Gabriel, K.; Schneider, J. RNA 1996, 2, 105-109.
264. Gabriel, K.; Schneider, J.; McClain, W. H. Science 1996, 271, 195-197.
265. Beuning, P. J.; Gulotta, M.; Musier-Forsyth, K. J Am Chem Soc 1997, 119, 8397-8402.
266. Musier-Forsyth, K.; Schimmel, P. Acc Chem Res 1999, 32, 368-375.
267. Martinis, S. A.; Schimmel, P. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 65-69.
268. Martinis, S. A.; Schimmel, P. J Biol Chem 1993, 268, 6069-6072.
269. Frugier, M.; Florentz, C.; Giegé, R. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 3990-3994.
270. Nureki, O.; Niimi, T.; Muto, Y.; Kanno, H.; Kohno, T.; Muramatsu, T.; Kawai, G.; Miyazawa, T.; Giegé, R.; Florentz, C.; Yokoyama, S. In The translational apparatus; Nierhaus, K. H.; Franceschi, F.; Subramanian, A. R.; Erdmann, V. A.; Wittman-Liebold, B., Eds.; Plenum Press: New York, 1993; pp. 59-66.
271. Sampson, J. R.; Saks, M. E. Nucleic Acids Res 1993, 21, 4467-4475.
272. Wright, D. J.; Martinis, S. A.; Jahn, M.; Soll, D.; Schimmel, P. Biochimie 1993, 75, 1041-1049.
273. Frugier, M.; Florentz, C.; Giegé, R. EMBO J 1994, 13, 2218-2226.
274. Hamann, C. S.; Hou. Y.-M. Biochemistry 1995, 34, 6527-6532.
275. Quinn, C. L.; Tao, N.; Schimmel, P. Biochemistry 1995, 34, 12489-12495.
276. Florentz, C.; Dreher, T. W.; Rudinger, J.; Giegé, R. Eur J Biochem 1991, 195, 229-234.
277. Senger, B.; Aphasizhev, R.; Walter, P.; Fasiolo, F. J Mol Biol 1995, 249, 45-58.
278. de Duve, C. Nature 1988, 333, 117-118.
279. Moller, W.; Janssen, G. M. C. Biochimie 1990, 72, 361-368.
280. Schimmel, P. FASEB J 1991, 5, 2180-2187.
281. Musier-Forsyth, K.; Schimmel, P. FASEB J 1993, 7, 282-289.
282. Martinis, S. A.; Schimmel, P. In tRNA: Structure, biosynthesis, and function; Söll, D.; RajBhandary, U. L., Eds.; ASM Press: Washington, DC. 1995; pp. 349-370.
283. Buechter, D. D.; Schimmel, P. Biochemistry 1993, 32, 5267-5272.
284. Augustine, J.; Francklyn, C. Biochemistry 1997, 36, 3473-3482.
285. Maizels, N.; Weiner, A. M. In: Gesteland, R. F.; Atkins, J. F., editors; The RNA world; CSH Laboratory Press: Plainview, NY, 1993; pp. 577-602.
286. Noller, H. F. In The RNA world; Gesteland, R. F.; Atkins, J. F.; Eds.; CSH Laboratory Press: Plainview, NY, 1993; pp. 137-156.
287. Ibba, M.; Bono, J. L.; Rosa, P. A.; Soil, D. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 14383-14388.
288. Nair, S.; Ribas de Pouplana, L.; Houman, F.; Avruch, A.; Shen, X.; Schimmel, P. J Mol Biol 1997, 269, 1-9.
289. Heacock, D.; Forsyth, C. J.; Shiba, K.; Musier-Forsyth, K. Bioorg Chem 1996, 24, 273-289.
290. Mirande, M. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol 1991, 40, 95-142.
291. Kisselev, L. L.; Wolfson, A. D. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol 1994, 48, 83-142.
292. Shiba, K.; Suzuki, N.; Shigesada, K.; Namba, Y.; Schimmel, P.; Noda, T. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 7435-7439.
293. Hipps, D.; Shiba, K.; Henderson, B.; Schimmel, P. Proc Nat Acad Sci USA 1995, 92, 5550-5552.
294. Agou, F.; Quevillon, S.; Kerjan, P.; Latreille, M.-T.; Mirande, M. Biochemistry 1996, 35, 15322-15331.
295. Becker, H. D.; Giegé, R.; Kern, D. Biochemistry 1996, 35, 7447-7458.
296. Yang, D. C. H. Curr Topics Cell Reg 1996, 34, 101-136.
297. Nameki, N.; Tamura, K.; Asahara, H.; Hasegawa, T. J Mol Biol 1997, 268, 640-647.
298. Shiba, K.; Stello, T.; Motegi, H.; Noda, T.; Musier-Forsyth, K.; Schimmel, P. J Biol Chem 1997, 272, 22809-22816.
299. Mazauric, M.-H.; Keith, G.; Logan, D.; Kreutzer, R.; Giegé, R.; Kern, D. Eur J Biochem 1998, 251, 744-757.
300. Stehlin, C.; Burke, B.; Yang, F.; Liu, H.; Shiba, K.; Musier-Forsyth, K. Biochemistry 1998, 37, 8605-8613.
301. Wakasugi, K.; Quinn, C. L.; Tao, N.; Schimmel, P. EMBO J 1998, 17, 297-305.
302. Lenhard, B.; Orellana, O.; Ibba, M.; Weygand-Durasevic, I. Nucleic Acids Res 1999, 27, 721-729.
303. Doolittle, R. F.; Handy, J. Curr Opin Gen Dev 1998, 8, 630-636.
304. Martinis, S. A.; Schimmel, P. In Aminoacyl-tRNA synthetase: General features and relationships in Escherichia coli and Salmonella; Niedhardt, F., Ed.; ASM Press: Washington, D.C., 1996; pp. 887-901.
305. Ostrem, D. L.; Berg, P. Biochemistry 1974, 13, 1338-1348.
306. Surguchov, A. P.; Surguchova, I. G. Eur J Biochem 1975, 54, 175-184.
307. Kern, D.; Giegé, R.; Ebel, J.-P. Biochemistry 1981, 20, 122-131.
308. Putney, S. D.; Sauer, R. T.; Schimmel, P. R. J Biol Chem 1981, 256, 198-204.
309. Dignam, S. S.; Dignam, J. D. J Biol Chem 1984, 259, 4043-4048.
310. Nishio, K.; Kawakami, M. J Biochem 1984, 96, 1867-1874.
311. Shiba, K.; Schimmel, P.; Motegi, H.; Noda, T. J Biol Chem 1994, 269, 30049-30055.
312. Cerini, C.; Kerjan, P.; Astier, M.; Gratecos, D.; Mirande, M.; Semeriva, M. EMBO J 1991, 10, 4267-4277.
313. Fett, R.; Knippers, R. J Biol Chem 1991, 266, 1448-1455.
314. Kerjan, P.; Triconnet, M.; Waller, J. P. Biochimie 1992, 74, 195-205.
315. Ting, S. M.; Bogner, P.; Dignam, J. D. J Biol Chem 1992, 267, 17701-17709.
316. Kaiser, E.; Hu, B.; Becher, S.; Eberhard, D.; Schray, B.; Baack, M.; Hameister, H.; Knippers, R. Genomics 1994, 19, 280-290.
317. McClain, W. H.; Foss, K.; Jenkins, R. A.; Schneider, J. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 9272-9276.
318. Schulman, L. H.; Pelka, H. Science 1989, 246, 1595-1597.
319. McClain, W. H.; Foss, K.; Jenkins, R. A.; Schneider, J. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 9260-9264.
320. Li, S.; Pelka, H.; Schulman, L. H. J Biol Chem 1993, 268, 18335-18339.
321. Hasegawa, T.; Himeno, H.; Ishikura, H.; Shimizu, M. Biochem Biophys Res Commun 1989, 163, 1534-1538.
322. Nameki, N.; Tamura, K.; Himeno, H.; Asahara, H.; Hasegawa, T.; Shimizu, M. Biochem Biophys Res Commun 1992, 189, 856-862.
323. Pallanck, L.; Li, S.; Schulman, L. H. J Biol Chem 1992, 267, 7221-7223.
324. Komatsoulis, G. A.; Ablesen, J. Biochemistry 1993, 32, 7435-7444.
325. McClain, W. H. J Biol Chem 1993, 268, 19398-19402.
326. Rogers, K. C.; Söll, D. Biochemistry 1993, 32, 14210-14219.
327. Shimizu, M.; Asahara, H.; Tamura, K.; Haseqawa, T.; Himeno, H. J Mol Evol 1992, 35, 436-443.
328. Sekine, S.; Nureki, O.; Sakamoto, K.; Niimi, T.; Tateno, M.; Go, M.; Kohn, T.; Brisson, A.; Lapointe, J.; Yokoyama, S. J Mol Biol 1996, 256, 685-700.
329. Van, W.; Francklyn, C. J Biol Chem 1994, 269, 1-7.
330. Van, W.; Augustine, J.; Francklyn, C. Biochemistry 1996, 35, 6559-6568.
331. Nameki, N.; Asahara, H.; Shimizu, M.; Okada, N.; Himeno, H. Nucleic Acids Res 1995, 23, 389-394.
332. Pallanck, L.; Schulman, L. H. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 3872-3876.
333. Nureki, O.; Niimi, T.; Muramatsu, T.; Kanno, H.; Kohno, T.; Florentz, C.; Giegé, R.; Yokoyama, S. J Mol Biol 1994, 226, 710-724.
334. Senger, B.; Despons, L.; Walter, P.; Fasiolo, F. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 10768-10771.
335. Ghosh, G.; Pelka, H.; Schulman, L. H. Biochemistry 1990, 29, 2220-2225.
336. Peterson, E. T.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1992, 31, 10380-10389.
337. Himeno, H.; Hasegawa, T.; Asahara, H.; Tamura, K.; Shimizu, M. Nucleic Acids Res 1991, 19, 6379-6382.
338. Pak, M.; Willis, I. M.; Schulman, L. H. J Biol Chem 1994, 269, 2277-2282.
339. Tamura, K.; Himeno, H.; Asahara, H.; Hasegawa, T.; Shimizu, M. Biochem Biophys Res Commun 1991, 177, 619-623.
340. Liu, M.; Chu, W.-C.; Liu, J. C-H.; Horowitz, J. Nucleic Acids Res 1997, 25, 4883-4890.