Atomic determinants for aminoacylation of RNA minihelices and relationship to genetic code

Accounts of Chemical Research

Volumn 32, Issue 4, 1999, Pages 368-375

  Musier Forsyth, Karin ^a   Schimmel, Paul ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RNA; TRANSFER RNA;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINOACYLATION; ANTICODON; ARTICLE; ESCHERICHIA COLI; GENETIC CODE; HUMAN; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; RNA STRUCTURE; YEAST;

EID: 0032909509     PISSN: 00014842     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ar970148w     Document Type: Article

References (62)

1. Weiner, A. M.; Maizels, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7383-7387.
2. Maizels, N.; Weiner, A. M. In The RNA World; Gesteland, R. F., Atkins, J. F., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory: Plainview, NY, 1993; pp 577-602.
3. Noller, H. F. In The RNA World; Gesteland, R. F., Atkins, J. F., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, New York, 1993; pp 137-156.
4. Schimmel, P.; Giegé, R.; Moras, D.; Yokoyama, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8763-8768.
5. Sprinzl, M.; Horn, C.; Brown, M.; loudovitch, A.; Steinberg, S. Nucl. Acids Res. 1998, 26, 148-53.
6. Schimmel, P. R.; Söll, D. Annu. Rev. Biochem. 1979, 48, 601-648.
7. Carter, C. W., Jr. Annu Rev. Biochem. 1993, 62, 715-748.
8. Giegé, R.; Puglisi, J. D.; Florentz, C. Prog. Nucl. Acids Res. Mol. Biol. 1993, 45, 129-206.
9. Robertus, J. D.; Ladner, J. E.; Finch, J. T.; Rhodes, D.; Brown, R. S.; Clark, B. F. C.; Klug, A. Nature 1974, 250, 546-551.
10. Kim, S. H.; Suddath, F. L.; Quigley, G. J.; McPherson, A.; Sussman, J. L.; Wang, A. H. J.; Seeman, N. C.; Rich, A. Science 1974, 185, 435-440.
11. Rich, A.; RajBhandary, U. L. Annu. Rev. Biochem. 1976, 45, 805-860.
12. Maizels, N.; Weiner, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 6729-6734.
13. Frugier, M.; Florentz, C.; Giegé, R. EMBO J. 1994, 13, 2218-2226.
14. Martinis, S. A.; Schimmel, P. In tRNA: Structure, Biosynthesis and Function; Söll, D., RajBhandary, U. L., Eds.; American Society for Microbiology: Washington, DC, 1995; pp 349-370.
15. Saks, M. E.; Sampson, J. R. EMBO J. 1996, 15, 2843-2849.
16. Francklyn, C.; Schimmel, P. Nature 1989, 337, 478-481.
17. Musier-Forsyth, K.; Scaringe, S.; Usman, N.; Schimmel, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 209-213.
18. Martinis, S. A.; Schimmel, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 65-69.
19. Shi, J.-P.; Martinis, S. A.; Schimmel, P. Biochemistry 1992, 31, 4931-4936.
20. Rudinger, J.; Florentz, C.; Dreher, T.; Giegé, R. Nucl. Acids Res. 1992, 20, 1865-1870.
21. Felden, B.; Giegé, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 10431-10436.
22. Dreher, T. W.; Tsai, C.-H.; Florentz, C.; Giegé, R. Biochemistry 1992, 31, 9183-9189.
23. Giegé, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12078-12081.
24. Dreher, T. W.; Tsai, C.-H.; Skuzeski, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12212-12216.
25. Hou, Y.-M.; Schimmel, P. Nature 1988, 333, 140-145.
26. McClain, W. H.; Foss, K. Science 1988, 240, 793-796.
27. Park, S. J.; Schimmel, P. J. Biol. Chem. 1988, 263, 16527-16530.
28. Musier-Forsyth, K.; Usman, N.; Scaringe, S.; Doudna, J.; Green, R.; Schimmel, P. Science 1991, 253, 784-786.
29. Limmer, S.; Reif, B.; Ott, G.; Arnold, L.; Sprinzl, M. FEBS Lett. 1996, 385, 15-20.
30. Musier-Forsyth, K.; Shi, J.-P.; Henderson, B.; Bald, R.; Furste, J. P.; Erdmann, V. A.; Schimmel, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7253-7254.
31. Gabriel, K.; Schneider, J.; McClain, W. H. Science 1996, 271, 195-197.
32. Beuning, P. J.; Yan, F.; Schimmel, P.; Musier-Forsyth, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10150-10154.
33. Musier-Forsyth, K.; Schimmel, P. Nature 1992, 357, 513-515.
34. Ruff, M.; Krishnaswamy, S.; Boeglin, M.; Poterszman, A.; Mitschler, A.; Podjarny, A.; Rees, B.; Thierry, J. C.; Moras, D. Science 1991, 252, 1682-1689.
35. Cusack, S.; Yaremchuk, A.; Tukalo, M. EMBO J. 1996, 15, 2834-2842.
36. McClain, W. H.; Foss, K.; Jenkins, R. A.; Schneider, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9272-9276.
37. Liu, H.; Kessler, J.; Peterson, R.; Musier-Forsyth, K. Biochemistry 1995, 34, 9795-9800.
38. Liu, H.; Yap, L.-P.; Musier-Forsyth, K. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2523-2524.
39. Beuning, P. J.; Gullotta, M.; Musier-Forsyth, K. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119.
40. Crothers, D. M.; Seno, T.; Söll, D. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 3063-3067.
41. Shi, J.-P.; Schimmel, P. J. Biol. Chem. 1991, 266, 2705-2708.
42. Francklyn, C.; Shi, J.-P.; Schimmel, P. Science 1992, 255, 1121-1125.
43. Schimmel, P.; Ribas de Pouplana, L. Cell 1995, 81, 983-986.
44. Di Giulio, M. J. Mol. Evol. 1992, 759, 199-214.
45. Dick, T. P.; Schamel, W. W. A. J. Mol. Evol. 1995, 41, 1-9.
46. Marino, J. P.; Gregorian, R. S. J.; Csankovszki, G.; Crothers, D. M. Science 1995, 268, 1448-1454.
47. Moller, W.; Janssen, G. M. C. J. Mol. Evol. 1992, 34, 471-477.
48. Rodin, S.; Rodin, A.; Ohno, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 537-4542.
49. Shiba, K.; Ripmaster, T.; Suzuki, N.; Nichols, R.; Plotz, P.; Noda, T.; Schimmel, P. Biochemistry 1995, 34, 10340-10349.
50. Lechler, A.; Martin, A.; Zuleeg, T.; Limmer, S.; Kreutzer, R. Nucl. Acids Res. 1997, 25, 2737-44.
51. Hamann, C. S.; Hou, Y.-M. Biochemistry 1995, 34, 6527-6532.
52. Wright, D. J.; Martinis, S. A.; Jahn, M.; Söll, D.; Schimmel, P. Biochimie 1993, 75, 1041-9.
53. Hipps, D.; Shiba, K.; Henderson, B.; Schimmel, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 5550-5552.
54. Francklyn, C.; Schimmel, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 8655-8659.
55. Nureki, O.; Niimi, T.; Muto, Y.; Kanno, H.; Kohno, T.; Muramatsu, T.; Kawai, G.; Miyazawa, T.; Giegé, R.; Florentz, C.; Yokoyama, S. In The Translation Apparatus; Nierhaus, K. H., Franceschi, F., Subramanian, A. R., Erdmann, V. A., Wittmann-Liebold, B., Eds.; Plenum Press: New York, 1993; pp 59-66.
56. Alexander, R. W.; Nordin, B. W.; Schimmel, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12214-12219.
57. Sampson, J. R.; Saks, M. E. Nucl. Acids Res. 1993, 21, 4467-4475.
58. Heckl, M.; Busch, K.; Gross, H. J. FEBS Lett. 1998, 427, 315-319.
59. Quinn, C. L.; Tao, N.; Schimmel, P. Biochemistry 1995, 34, 12489-12495.
60. Wakasugi, K.; Quinn, C. L.; Tao, N.; Schimmel, P. EMBO J. 1998, 17, 297-305.
61. Frugier, M.; Florentz, C.; Giegé, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 3990-3994.
62. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M. J.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-97.