Fungal Identification Using Molecular Tools: A Primer for the Natural Products Research Community

Journal of Natural Products

Volumn 80, Issue 3, 2017, Pages 756-770

  Raja, Huzefa A ^a   Miller, Andrew N ^b   Pearce, Cedric J ^c   Oberlies, Nicholas H ^a  

^a UNIVERSITY OF NORTH CAROLINA AT GREENSBORO   (United States)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS   (United States)

^c Mycosynthetix Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA BASE; DNA BARCODING; DNA SEQUENCE; FUNGUS IDENTIFICATION; GENETIC MARKER; HUMAN; MORPHOLOGY; PHYLOGENETIC TREE; SCIENTIST; SPECIES IDENTIFICATION; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; FUNGUS; GENETICS; PHYLOGENY; RESEARCH;

BIOLOGICAL PRODUCT; DNA;

BIOLOGICAL PRODUCTS; DNA; FUNGI; MOLECULAR STRUCTURE; PHYLOGENY; RESEARCH;

EID: 85016157650     PISSN: 01633864     EISSN: 15206025     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.jnatprod.6b01085     Document Type: Review

References (193)

1. O’Brien, H. E.; Parrent, J. L.; Jackson, J. A.; Moncalvo, J. M.; Vilgalys, R. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 5544-5550 10.1128/AEM.71.9.5544-5550.2005
2. Blackwell, M. Am. J. Bot. 2011, 98, 426-438 10.3732/ajb.1000298
3. Hawksworth, D. L. Mycol. Res. 1991, 95, 641-655 10.1016/S0953-7562(09)80810-1
4. Stajich, J. E.; Berbee, M. L.; Blackwell, M.; Hibbett, D. S.; James, T. Y.; Spatafora, J. W.; Taylor, J. W. Curr. Biol. 2009, 19, R840-R845 10.1016/j.cub.2009.07.004
5. Schmitt, I.; Barker, K. Nat. Prod. Rep. 2009, 26, 1585-1602 10.1039/b910458p
6. Sudhakar, T.; Dash, S.; Rao, R.; Srinivasan, R.; Zacharia, S.; Atmanand, M.; Subramaniam, B.; Nayak, S. Curr. Sci. 2013, 104, 178
7. Hofrichter, M. The Mycota: A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research: Industrial Applications, 2nd ed.; Springer-Verlag: New York, 2010.
8. Smith, D.; Ryan, M. J. Fungal sources for new drug discovery. In Access Science; McGraw-Hill Companies, 2009.
9. Aly, A. H.; Debbab, A.; Proksch, P. Fungal Divers. 2011, 50, 3-19 10.1007/s13225-011-0116-y
10. Newman, D. J.; Cragg, G. M. J. Nat. Prod. 2007, 70, 461-477 10.1021/np068054v
11. Newman, D. J.; Cragg, G. M. J. Nat. Prod. 2012, 75, 311-335 10.1021/np200906s
12. Newman, D. J.; Cragg, G. M.; Snader, K. M. J. Nat. Prod. 2003, 66, 1022-1037 10.1021/np030096l
13. Downton, C.; Clark, I. Nat. Rev. Drug Discovery 2003, 2, 343-344 10.1038/nrd1090
14. Strader, C. R.; Pearce, C. J.; Oberlies, N. H. J. Nat. Prod. 2011, 74, 900-907 10.1021/np2000528
15. Hibbett, D. S.; Ohman, A.; Glotzer, D.; Nuhn, M.; Kirk, P. M.; Nilsson, R. H. Fungal Biol. Rev. 2011, 25, 38-47 10.1016/j.fbr.2011.01.001
16. Hibbett, D. S.; Taylor, J. W. Nat. Rev. Microbiol. 2013, 11, 129-133 10.1038/nrmicro2963
17. Hibbett, D. Science 2016, 351, 1150-1151 10.1126/science.aae0380
18. Hibbett, D.; Abarenkov, K.; Koljalg, U.; Opik, M.; Chai, B.; Cole, J. R.; Wang, Q.; Crous, P. W.; Robert, V. A.; Helgason, T. Mycologia 2016,, in press
19. Hyde, K. D.; Abd-Elsalam, K.; Cai, L. Mycotaxon 2010, 114, 439-451 10.5248/114.439
20. Wang, Z.; Nilsson, R. H.; James, T. Y.; Dai, Y.; Townsend, J. P. In Biology of Microfungi; Springer, 2016; pp 25-46.
21. Lutzoni, F.; Kauff, F.; Cox, C. J.; McLaughlin, D.; Celio, G.; Dentinger, B.; Padamsee, M.; Hibbett, D.; James, T. Y.; Baloch, E.; Grube, M.; Reeb, V.; Hofstetter, V.; Schoch, C.; Arnold, A. E.; Miadlikowska, J.; Spatafora, J.; Johnson, D.; Hambleton, S.; Crockett, M.; Shoemaker, R.; Hambleton, S.; Crockett, M.; Shoemaker, R.; Sung, G. H.; Lucking, R.; Lumbsch, T.; O’Donnell, K.; Binder, M.; Diederich, P.; Ertz, D.; Gueidan, C.; Hansen, K.; Harris, R. C.; Hosaka, K.; Lim, Y. W.; Matheny, B.; Nishida, H.; Pfister, D.; Rogers, J.; Rossman, A.; Schmitt, I.; Sipman, H.; Stone, J.; Sugiyama, J.; Yahr, R.; Vilgalys, R. Am. J. Bot. 2004, 91, 1446-1480 10.3732/ajb.91.10.1446
22. Geiser, D. M. In Advances in Fungal Biotechnology for Industry, Agriculture, and Medicine; Springer, 2004; pp 3-14.
23. Olson, Å.; Stenlid, J. Microbes Infect. 2002, 4, 1353-1359 10.1016/S1286-4579(02)00005-9
24. Hughes, K. W.; Petersen, R. H.; Lodge, D. J.; Bergemann, S. E.; Baumgartner, K.; Tulloss, R. E.; Lickey, E.; Cifuentes, J. Mycologia 2013, 105, 1577-1594 10.3852/13-041
25. Harrington, T. C.; Rizzo, D. M. In Structure and Dynamics of Fungal Populations; Worrall, J. J., Ed.; Kluwer Press: Dordrecht, The Netherlands, 1999; pp 43-71.
26. Foltz, M. J.; Perez, K. E.; Volk, T. J. Mycologia 2013, 105, 447-461 10.3852/12-181
27. Kohn, L. M. Annu. Rev. Phytopathol. 2005, 43, 279-308 10.1146/annurev.phyto.43.040204.135958
28. Giraud, T.; Refrégier, G.; Le Gac, M.; de Vienne, D. M.; Hood, M. E. Fungal Genet. Biol. 2008, 45, 791-802 10.1016/j.fgb.2008.02.001
29. Lücking, R.; Dal-Forno, M.; Sikaroodi, M.; Gillevet, P. M.; Bungartz, F.; Moncada, B.; Yánez-Ayabaca, A.; Chaves, J. L.; Coca, L. F.; Lawrey, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 11091-11096 10.1073/pnas.1403517111
30. Brun, S.; Silar, P. In Evolutionary Biology - Concepts, Molecular and Morphological Evolution; Pontarotti, P., Ed.; Springer: Berlin Heidelberg, 2010; pp 317-328.
31. Hawksworth, D. L. IMA Fungus 2012, 3, 15-24 10.5598/imafungus.2012.03.01.03
32. Hyde, K. D.; Soytong, K. Fungal Divers. 2008, 33, 163-173
33. Ko, T. W. K.; Stephenson, S. L.; Bahkali, A. H.; Hyde, K. D. Fungal Divers. 2011, 50, 113-120 10.1007/s13225-011-0130-0
34. Hibbett, D. Trans. Mycol. Soc. Japan 1992, 33, 533-556
35. Taylor, J. W.; Hibbett, D. S. IMA Fungus 2013, 4, 33-34
36. Bridge, P.; Spooner, B.; Roberts, P. Adv. Bot. Res. 2005, 42, 33-67 10.1016/S0065-2296(05)42002-9
37. Vogler, A.; Monaghan, M. J. Zoolog. Syst. Evol. Res. 2007, 45, 1-10 10.1111/j.1439-0469.2006.00384.x
38. Raja, H. A.; Baker, T. R.; Little, J. G.; Oberlies, N. H. Food Chem. 2017, 214, 383-392 10.1016/j.foodchem.2016.07.052
39. El-Elimat, T.; Raja, H. A.; Graf, T. N.; Faeth, S. H.; Cech, N. B.; Oberlies, N. H. J. Nat. Prod. 2014, 77, 193-199 10.1021/np400955q
40. White, T. J.; Bruns, T.; Lee, S. H.; Taylor, J. W. PCR protocols: a guide to methods and application. San Diego 1990, 315-322 10.1016/B978-0-12-372180-8.50042-1
41. Bruns, T. D.; White, T. J.; Taylor, J. W. Annu. Rev. Ecol. Syst. 1991, 22, 525-564 10.1146/annurev.es.22.110191.002521
42. Seifert, K. A.; Wingfield, B. D.; Wingfield, M. J. Can. J. Bot. 1995, 73, 760-767 10.1139/b95-320
43. Mitchell, J. I.; Zuccaro, A. Mycologist 2006, 20, 62-74 10.1016/j.mycol.2005.11.004
44. Vilgalys, R.; Hester, M. J. Bacteriol. 1990, 172, 4238-4246 10.1128/jb.172.8.4238-4246.1990
45. Rehner, S. A.; Samuels, G. J. Can. J. Bot. 1995, 73, S816-S823 10.1139/b95-327
46. Liu, K.-L.; Porras-Alfaro, A.; Kuske, C. R.; Eichorst, S. A.; Xie, G. Appl. Environ. Microbiol. 2012, 78, 1523-1533 10.1128/AEM.06826-11
47. Porras-Alfaro, A.; Liu, K. L.; Kuske, C. R.; Xiec, G. Appl. Environ. Microbiol. 2014, 80, 829-840 10.1128/AEM.02894-13
48. Schoch, C. L.; Seifert, K. A.; Huhndorf, S.; Robert, V.; Spouge, J. L.; Levesque, C. A.; Chen, W. Fungal Barcoding, C.; Fungal Barcoding Consortium Author, L Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 6241-6246
49. Schoch, C. L.; Seifert, K. A. DNA barcoding in fungi. In Access Science; McGraw-Hill, 2011.
50. James, T. Y.; Kauff, F.; Schoch, C. L.; Matheny, P. B.; Hofstetter, V.; Cox, C. J.; Celio, G.; Gueidan, C.; Fraker, E.; Miadlikowska, J. Nature 2006, 443, 818-822 10.1038/nature05110
51. Hibbett, D. S.; Binder, M.; Bischoff, J. F.; Blackwell, M.; Cannon, P. F.; Eriksson, O. E.; Huhndorf, S.; James, T.; Kirk, P. M.; Lucking, R.; Lumbsch, H. T.; Lutzoni, F.; Matheny, P. B.; Mclaughlin, D. J.; Powell, M. J.; Redhead, S.; Schoch, C. L.; Spatafora, J. W.; Stalpers, J. A.; Vilgalys, R.; Aime, M. C.; Aptroot, A.; Bauer, R.; Begerow, D.; Benny, G. L.; Castlebury, L. A.; Crous, P. W.; Dai, Y. C.; Gams, W.; Geiser, D. M.; Griffith, G. W.; Gueidan, C.; Hawksworth, D. L.; Hestmark, G.; Hosaka, K.; Humber, R. A.; Hyde, K. D.; AIronside, J. E.; Koljalg, U.; Kurtzman, C. P.; Larsson, K. H.; Lichtwardt, R.; Longcore, J.; Miadlikowska, J.; Miller, A.; Moncalvo, J. M.; Mozley-Standridge, S.; Oberwinkler, F.; Parmasto, E.; Reeb, V.; Rogers, J. D.; Roux, C.; Ryvarden, L.; Sampaio, J. P.; Schussler, A.; Sugiyama, J.; Thorn, R. G.; Tibell, L.; Untereiner, W. A.; Walker, C.; Wang, Z.; Weir, A.; Weiss, M.; White, M. M.; Winka, K.; Yao, Y. J.; Zhang, N. Mycol. Res. 2007, 111, 509-547 10.1016/j.mycres.2007.03.004
52. Hebert, P. D. N.; Cywinska, A.; Ball, S. L.; DeWaard, J. R. Proc. R. Soc. London, Ser. B 2003, 270, 313-321 10.1098/rspb.2002.2218
53. Hebert, P. D. N.; Ratnasingham, S.; deWaard, J. R. Proc. R. Soc. London, Ser. B 2003, 270, S96-S99 10.1098/rsbl.2003.0025
54. Kress, W. J.; Erickson, D. L. DNA Barcodes: Methods and Protocols; Springer, 2012.
55. Hebert, P. D.; Gregory, T. R. Syst. Biol. 2005, 54, 852-859 10.1080/10635150500354886
56. Hajibabaei, M.; Singer, G. A.; Hebert, P. D.; Hickey, D. A. Trends Genet. 2007, 23, 167-172 10.1016/j.tig.2007.02.001
57. Casiraghi, M.; Labra, M.; Ferri, E.; Galimberti, A.; De Mattia, F. Briefings Bioinf. 2010, 11, bbq003 10.1093/bib/bbq003
58. Eberhardt, U. New Phytol. 2010, 187, 266-268 10.1111/j.1469-8137.2010.03329.x
59. Seifert, K. A. Mol. Ecol. Resour. 2009, 9, 83-89 10.1111/j.1755-0998.2009.02635.x
60. Seifert, K. A. Persoonia 2008, 21, 158-168 10.3767/003158508X395706
61. Rossman, A. Inoculum 2007, 58, 1-5
62. Gardes, M.; Bruns, T. D. Mol. Ecol. 1993, 2, 113-118 10.1111/j.1365-294X.1993.tb00005.x
63. Kelly, L. J.; Hollingsworth, P. M.; Coppins, B. J.; Ellis, C. J.; Harrold, P.; Tosh, J.; Yahr, R. New Phytol. 2011, 191, 288-300 10.1111/j.1469-8137.2011.03677.x
64. Dentinger, B. T. M.; Maryna, Y. D.; Moncalvo, J.-M. PLoS One 2011, 6, e25081 10.1371/journal.pone.0025081
65. Seena, S.; Pascoal, C.; Marvanovä, L.; Cássio, F. Fungal Divers. 2010, 44, 77-87 10.1007/s13225-010-0056-y
66. Bellemain, E.; Carlsen, T.; Brochmann, C.; Coissac, E.; Taberlet, P.; Kauserud, H. BMC Microbiol.. 2010, 10. 18910.1186/1471-2180-10-189
67. Wang, Z.; Nilsson, R. H.; Lopez-Giraldez, F.; Zhuang, W. Y.; Dai, Y. C.; Johnston, P. R.; Townsend, J. P. PLoS One 2011, 6, e19039 10.1371/journal.pone.0019039
68. Martin, K. J.; Rygiewicz, P. T. BMC Microbiol. 2005, 5, 28 10.1186/1471-2180-5-28
69. Rosling, A.; Cox, F.; Cruz-Martinez, K.; Ihrmark, K.; Grelet, G. A.; Lindahl, B. D.; Menkis, A.; James, T. Y. Science 2011, 333, 876-879 10.1126/science.1206958
70. Amend, A. S.; Seifert, K. A.; Samson, R.; Bruns, T. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 13748-13753 10.1073/pnas.1000454107
71. Ihrmark, K.; Bödeker, I. T.; Cruz-Martinez, K.; Friberg, H.; Kubartova, A.; Schenck, J.; Strid, Y.; Stenlid, J.; Brandström-Durling, M.; Clemmensen, K. E.; Lindahl, B. D. FEMS Microbiol. Ecol. 2012, 82, 666-677 10.1111/j.1574-6941.2012.01437.x
72. Ovaskainen, O.; Nokso-Koivista, J.; Hottola, J.; Rajala, T.; Pennanen, T.; Ali-Kovero, H.; Miettinen, O.; Oinonen, P.; Auvinen, P.; Paulin, L.; Larsson, K. H.; Makipaa, R. Fungal Ecol. 2010, 3, 274-283 10.1016/j.funeco.2010.01.001
73. Nilsson, R. H.; Tedersoo, L.; Lindahl, B. D.; Kjoller, R.; Carlsen, T.; Quince, C.; Abarenkov, K.; Pennanen, T.; Stenlid, J.; Bruns, T.; Larsson, K. H.; Koljalg, U.; Kauserud, H. New Phytol. 2011, 191, 314-318 10.1111/j.1469-8137.2011.03755.x
74. Begerow, D.; Nilsson, H.; Unterseher, M.; Maier, W. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010, 87, 99-108 10.1007/s00253-010-2585-4
75. Yahr, R.; Schoch, C. L.; Dentinger, B. T. M. Philos. Trans. R. Soc., B 2016, 371. 2015033610.1098/rstb.2015.0336
76. Nilsson, R. H.; Kristiansson, E.; Ryberg, M.; Hallenberg, N.; Larsson, K. H. Evolutionary Bioinformatics Online 2008, 4, 193-201
77. Vrålstad, T. Mol. Ecol. 2011, 20, 2873-2875 10.1111/j.1365-294X.2011.05149.x
78. Kiss, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, E1811-E1811 10.1073/pnas.1207143109
79. Seifert, K. A.; Samson, R. A.; DeWaard, J. R.; Houbraken, J.; Lévseque, C. A.; Moncalvo, J. M.; Louis-Seize, G.; Hebert, P. D. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 3901-3906 10.1073/pnas.0611691104
80. Samson, R. A.; Pitt, J. I. Integration of Modern Taxonomic Methods for Penicillium and Aspergillus Classification; CRC Press, 2000.
81. Samson, R. A.; Visagie, C. M.; Houbraken, J.; Hong, S.-B.; Hubka, V.; Klaassen, C. H.; Perrone, G.; Seifert, K. A.; Susca, A.; Tanney, J. B. Stud. Mycol. 2014, 78, 141-173 10.1016/j.simyco.2014.07.004
82. Al-Hatmi, A. M.; Van Den Ende, A. G.; Stielow, J. B.; Van Diepeningen, A. D.; Seifert, K. A.; McCormick, W.; Assabgui, R.; Gräfenhan, T.; De Hoog, G. S.; Levesque, C. A. Fungal Biol. 2016, 120, 231-245 10.1016/j.funbio.2015.08.006
83. Stielow, J.; Lévesque, C.; Seifert, K.; Meyer, W.; Irinyi, L.; Smits, D.; Renfurm, R.; Verkley, G.; Groenewald, M.; Chaduli, D. Persoonia 2015, 35, 242-263 10.3767/003158515X689135
84. Lieckfeldt, E.; Seifert, K. A. Stud. Mycol. 2000, 35-44
85. Lindner, D. L.; Banik, M. T. Mycologia 2011, 103, 731-40 10.3852/10-331
86. Chen, J.; Moinard, M.; Xu, J.; Wang, S.; Foulongne-Oriol, M.; Zhao, R.; Hyde, K. D.; Callac, P. PLoS One 2016, 11, e0156250 10.1371/journal.pone.0156250
87. Li, Y.; Jiao, L.; Yao, Y.-J. Mol. Phylogenet. Evol. 2013, 68, 373-379 10.1016/j.ympev.2013.04.010
88. Lindner, D. L.; Carlsen, T.; Henrik Nilsson, R.; Davey, M.; Schumacher, T.; Kauserud, H. Ecol. Evol. 2013, 3, 1751-1764 10.1002/ece3.586
89. Taylor, J. W.; Fisher, M. C. Curr. Opin. Microbiol. 2003, 6, 351-356 10.1016/S1369-5274(03)00088-2
90. Taylor, J. W.; Jacobson, D. J.; Kroken, S.; Kasuga, T.; Geiser, D. M.; Hibbett, D. S.; Fisher, M. C. Fungal Genet. Biol. 2000, 31, 21-32 10.1006/fgbi.2000.1228
91. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J. Mol. Biol. 1990, 215, 403-410 10.1016/S0022-2836(05)80360-2
92. Hennell, J. R.; D’Agostino, P. M.; Lee, S.; Khoo, C. S.; Sucher, N. J., Using GenBank® for genomic authentication: a tutorial. In Plant DNA Fingerprinting and Barcoding: Methods and Protocols; Sucher, N. J., Ed.; Humana Press, Springer: New York, 2012; pp 181-200.
93. Pevsner, J., Access to Sequence Data and Literature Information. In Bioinformatics and Functional Genomics, Second ed.; John Wiley & Sons, Inc., 2009; pp 12-45.
94. O’Leary, N. A.; Wright, M. W.; Brister, J. R.; Ciufo, S.; Haddad, D.; McVeigh, R.; Rajput, B.; Robbertse, B.; Smith-White, B.; Ako-Adjei, D. Nucleic Acids Res. 2016, 44, gkv1189 10.1093/nar/gkv1189
95. Schoch, C. L.; Robbertse, B.; Robert, V.; Vu, D.; Cardinali, G.; Irinyi, L.; Meyer, W.; Nilsson, R. H.; Hughes, K.; Miller, A. N.; Kirk, P. M.; Abarenkov, K.; Aime, M. C.; Ariyawansa, H. A.; Bidartondo, M.; Boekhout, T.; Buyck, B.; Cai, Q.; Chen, J.; Crespo, A.; Crous, P. W.; Damm, U.; De Beer, Z. W.; Dentinger, B. T.; Divakar, P. K.; Duenas, M.; Feau, N.; Fliegerova, K.; Garcia, M. A.; Ge, Z. W.; Griffith, G. W.; Groenewald, J. Z.; Groenewald, M.; Grube, M.; Gryzenhout, M.; Gueidan, C.; Guo, L.; Hambleton, S.; Hamelin, R.; Hansen, K.; Hofstetter, V.; Hong, S. B.; Houbraken, J.; Hyde, K. D.; Inderbitzin, P.; Johnston, P. R.; Karunarathna, S. C.; Koljalg, U.; Kovacs, G. M.; Kraichak, E.; Krizsan, K.; Kurtzman, C. P.; Larsson, K. H.; Leavitt, S.; Letcher, P. M.; Liimatainen, K.; Liu, J. K.; Lodge, D. J.; Luangsa-ard, J. J.; Lumbsch, H. T.; Maharachchikumbura, S. S.; Manamgoda, D.; Martin, M. P.; Minnis, A. M.; Moncalvo, J. M.; Mule, G.; Nakasone, K. K.; Niskanen, T.; Olariaga, I.; Papp, T.; Petkovits, T.; Pino-Bodas, R.; Powell, M. J.; Raja, H. A.; Redecker, D.; Sarmiento-Ramirez, J. M.; Seifert, K. A.; Shrestha, B.; Stenroos, S.; Stielow, B.; Suh, S. O.; Tanaka, K.; Tedersoo, L.; Telleria, M. T.; Udayanga, D.; Untereiner, W. A.; Dieguez Uribeondo, J.; Subbarao, K. V.; Vagvolgyi, C.; Visagie, C.; Voigt, K.; Walker, D. M.; Weir, B. S.; Weiss, M.; Wijayawardene, N. N.; Wingfield, M. J.; Xu, J. P.; Yang, Z. L.; Zhang, N.; Zhuang, W. Y.; Federhen, S. Database (Oxford) 2014, 2014, bau06110.1093/database/bau061.
96. Federhen, S. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D136-D143 10.1093/nar/gkr1178
97. Nilsson, R. H.; Tedersoo, L.; Abarenkov, K.; Ryberg, M.; Kristiansson, E.; Hartmann, M.; Schoch, C. L.; Nylander, J. A. A.; Bergsten, J.; Porter, T. M.; Jumpponen, A.; Vaishampayan, P.; Ovaskainen, O.; Hallenberg, N.; Bengtsson-Palme, J.; Eriksson, M. K.; Larsson, K. H.; Larsson, E.; Koljalg, U. MycoKeys 2012, 4, 37-63 10.3897/mycokeys.4.3606
98. Lindahl, B. D.; Nilsson, R. H.; Tedersoo, L.; Abarenkov, K.; Carlsen, T.; Kjøller, R.; Kõljalg, U.; Pennanen, T.; Rosendahl, S.; Stenlid, J.; Kauserud, H. New Phytol. 2013, 199, 288-299 10.1111/nph.12243
99. Hyde, K. D.; Udayanga, D.; Manamgoda, D. S.; Tedersoo, L.; Larsson, E.; Abarenkov, K.; Bertrand, Y. J. K.; Oxelman, B.; Hartmann, M.; Kauserud, H.; Ryberg, M.; Kristiansson, E.; Nilsson, R. H. Curr. Res. Env. Appl. Mycol. 2013, 3, 1-32
100. Smith, M. E.; Douhan, G. W.; Rizzo, D. M. New Phytol. 2007, 174, 847-863 10.1111/j.1469-8137.2007.02040.x
101. Morris, M. H.; Smith, M. E.; Rizzo, D. M.; Rejmanek, M.; Bledsoe, C. S. New Phytol. 2008, 178, 167-176 10.1111/j.1469-8137.2007.02348.x
102. Izzo, A.; Agbowo, J.; Bruns, T. D. New Phytol. 2005, 166, 619-630 10.1111/j.1469-8137.2005.01354.x
103. Ryberg, M.; Nilsson, R. H.; Kristiansson, E.; Topel, M.; Jacobsson, S.; Larsson, E. BMC Evol. Biol. 2008, 8, 50 10.1186/1471-2148-8-50
104. Hughes, K. W.; Petersen, R. H.; Lickey, E. B. New Phytol. 2009, 182, 795-798 10.1111/j.1469-8137.2009.02802.x
105. Blaalid, R.; Kumar, S.; Nilsson, R. H.; Abarenkov, K.; Kirk, P. M.; Kauserud, H. Mol. Ecol. Resour. 2013, 13, 218-24 10.1111/1755-0998.12065
106. Nilsson, R. H.; Ryberg, M.; Kristiansson, E.; Abarenkov, K.; Larsson, K. H. PLoS One 2006, 1, e59 10.1371/journal.pone.0000059
107. Bridge, P. D.; Roberts, P. J.; Spooner, B. M.; Panchal, G. New Phytol. 2003, 160, 43-48 10.1046/j.1469-8137.2003.00861.x
108. Vilgalys, R. New Phytol. 2003, 160, 4-5 10.1046/j.1469-8137.2003.00894.x
109. Rossman, A. Y.; Palm-Hernández, M. E. Plant Dis. 2008, 92, 1376-1386 10.1094/PDIS-92-10-1376
110. Robert, V.; Cardinali, G.; Stielow, B.; Vu, T.; dos Santos, F. B.; Meyer, W.; Schoch, C. Fungal DNA Barcoding Molecular Biology of Food and Water Borne Mycotoxigenic and Mycotic Fungi 2015, 37-56
111. Federhen, S. Nucleic Acids Res. 2015, 43, D1086 10.1093/nar/gku1127
112. U’Ren, J. M.; Miadlikowska, J.; Zimmerman, N. B.; Lutzoni, F.; Stajich, J. E.; Arnold, A. E. Mol. Phylogenet. Evol. 2016, 98, 210-232 10.1016/j.ympev.2016.02.010
113. Stadler, M.; Kuhnert, E.; Peršoh, D.; Fournier, J. Mycology 2013, 4, 5-21
114. Gazis, R.; Miadlikowska, J.; Lutzoni, F.; Arnold, A.; Chaverri, P. Mol. Phylogenet. Evol. 2012, 65, 294-304 10.1016/j.ympev.2012.06.019
115. Harris, D. J. Trends Ecol. Evol. 2003, 18, 317-319 10.1016/S0169-5347(03)00150-2
116. Kõljalg, U.; Nilsson, R. H.; Abarenkov, K.; Tedersoo, L.; Taylor, A. F.; Bahram, M.; Bates, S. T.; Bruns, T. D.; Bengtsson-Palme, J.; Callaghan, T. M. Mol. Ecol. 2013, 22, 5271-5277 10.1111/mec.12481
117. Abarenkov, K.; Henrik Nilsson, R.; Larsson, K. H.; Alexander, I. J.; Eberhardt, U.; Erland, S.; Hoiland, K.; Kjoller, R.; Larsson, E.; Pennanen, T.; Sen, R.; Taylor, A. F.; Tedersoo, L.; Ursing, B. M.; Vralstad, T.; Liimatainen, K.; Peintner, U.; Koljalg, U. New Phytol. 2010, 186, 281-5 10.1111/j.1469-8137.2009.03160.x
118. Irinyi, L.; Lackner, M.; De Hoog, G. S.; Meyer, W. Fungal Biol. 2016, 120, 125-136 10.1016/j.funbio.2015.04.007
119. Irinyi, L.; Serena, C.; Garcia-Hermoso, D.; Arabatzis, M.; Desnos-Ollivier, M.; Vu, D.; Cardinali, G.; Arthur, I.; Normand, A. C.; Giraldo, A.; da Cunha, K. C.; Sandoval-Denis, M.; Hendrickx, M.; Nishikaku, A. S.; de Azevedo Melo, A. S.; Merseguel, K. B.; Khan, A.; Rocha, J. A.; Sampaio, P.; da Silva Briones, M. R.; Carmona, E. F. R.; Muniz, M. M.; Castanon-Olivares, L. R.; Estrada-Barcenas, D.; Cassagne, C.; Mary, C.; Duan, S. Y.; Kong, F.; Sun, A. Y.; Zeng, X.; Zhao, Z.; Gantois, N.; Botterel, F.; Robbertse, B.; Schoch, C.; AGams, W.; Ellis, D.; Halliday, C.; Chen, S.; Sorrell, T. C.; Piarroux, R.; Colombo, A. L.; Pais, C.; de Hoog, S.; Zancope-Oliveira, R. M.; Taylor, M. L.; Toriello, C.; de Almeida Soares, C. M.; Delhaes, L.; Stubbe, D.; Dromer, F.; Ranque, S.; Guarro, J.; Cano-Lira, J. F.; Robert, V.; Velegraki, A.; Meyer, W. Med. Mycol. 2015, 53, 313-337 10.1093/mmy/myv008
120. Bidartondo, M. I.; Bruns, T. D.; Blackwell, M.; Edwards, I.; Taylor, A. F. S.; Horton, T.; Zhang, N.; Koljalg, U.; May, G.; Kuyper, T. W.; Bever, J. D.; Gilbert, G.; Taylor, J. W.; DeSantis, T. Z.; Pringle, A.; Borneman, J.; Thorn, G.; Berbee, M.; Mueller, G. M.; Andersen, G. L.; Vellinga, E. C.; Branco, S.; Anderson, I.; Dickie, I. A.; Avis, P.; Timonen, S.; Kjoller, R.; Lodge, D. J.; Bateman, R. M.; Purvis, A.; Crous, P. W.; Hawkes, C.; Barraclough, T.; Burt, A.; Nilsson, R. H.; Larsson, K. H.; Alexander, I.; Moncalvo, J. M.; Berube, J.; Spatafora, J.; Lumbsch, H. T.; Blair, J. E.; Suh, S. O.; Pfister, D. H.; Binder, M.; Boehm, E. W.; Kohn, L.; Mata, J. L.; Dyer, P.; Sung, G. H.; Dentinger, B.; Simmons, E. G.; Baird, R. E.; Volk, T. J.; Perry, B. A.; Kerrigan, R. W.; Campbell, J.; Rajesh, J.; Reynolds, D. R.; Geiser, D.; Humber, R. A.; Hausmann, N.; Szaro, T.; Stajich, J.; Gathman, A.; Peay, K. G.; Henkel, T.; Robinson, C. H.; Pukkila, P. J.; Nguyen, N. H.; Villalta, C.; Kennedy, P.; Bergemann, S.; Aime, M. C.; Kauff, F.; Porras-Alfaro, A.; Gueidan, C.; Beck, A.; Andersen, B.; Marek, S.; Crouch, J. A.; Kerrigan, J.; Ristaino, J. B.; Hodge, K. T.; Kuldau, G.; Samuels, G. J.; Raja, H. A.; Voglmayr, H.; Gardes, M.; Janos, D. P.; Rogers, J. D.; Cannon, P.; Woolfolk, S. W.; Kistler, H. C.; Castellano, M. A.; Maldonado-Ramirez, S. L.; Kirk, P. M.; Farrar, J. J.; Osmundson, T.; Currah, R. S.; Vujanovic, V.; Chen, W. D.; Korf, R. P.; Atallah, Z. K.; Harrison, K. J.; Guarro, J.; Bates, S. T.; Bonello, P.; Bridge, P.; Schell, W.; Rossi, W.; Stenlid, J.; Frisvad, J. C.; Miller, R. M.; Baker, S. E.; Hallen, H. E.; Janso, J. E.; Wilson, A. W.; Conway, K. E.; Egerton-Warburton, L.; Wang, Z.; Eastburn, D.; Ho, W. W. H.; Kroken, S.; Stadler, M.; Turgeon, G.; Lichtwardt, R. W.; Stewart, E. L.; Wedin, M.; Li, D. W.; Uchida, J. Y.; Jumpponen, A.; Deckert, R. J.; Beker, H. J.; Rogers, S. O.; Xu, J. A. P.; Johnston, P.; Shoemaker, R. A.; Liu, M. A.; Marques, G.; Summerell, B.; Sokolski, S.; Thrane, U.; Widden, P.; Bruhn, J. N.; Bianchinotti, V.; Tuthill, D.; Baroni, T. J.; Barron, G.; Hosaka, K.; Jewell, K.; Piepenbring, M.; Sullivan, R.; Griffith, G. W.; Bradley, S. G.; Aoki, T.; Yoder, W. T.; Ju, Y. M.; Berch, S. M.; Trappe, M.; Duan, W. J.; Bonito, G.; Taber, R. A.; Coelho, G.; Bills, G.; Ganley, A.; Agerer, R.; Nagy, L.; Roy, B. A.; Laessoe, T.; Hallenberg, N.; Tichy, H. V.; Stalpers, J.; Langer, E.; Scholler, M.; Krueger, D.; Pacioni, G.; Poder, R.; Pennanen, T.; Capelari, M.; Nakasone, K.; Tewari, J. P.; Miller, A. N.; Decock, C.; Huhndorf, S.; Wach, M.; Vishniac, H. S.; Yohalem, D. S.; Smith, M. E.; Glenn, A. E.; Spiering, M.; Lindner, D. L.; Schoch, C.; Redhead, S. A.; Ivors, K.; Jeffers, S. N.; Geml, J.; Okafor, F.; Spiegel, F. W.; ADewsbury, D.; Carroll, J.; Porter, T. M.; Pashley, C.; Carpenter, S. E.; Abad, G.; Voigt, K.; Arenz, B.; Methven, A. S.; Schechter, S.; Vance, P.; Mahoney, D.; Kang, S. C.; Rheeder, J. P.; Mehl, J.; Greif, M.; Ngala, G. N.; Ammirati, J.; Kawasaki, M.; Gwo-Fang, Y. A.; Matsumoto, T.; Smith, D.; Koenig, G.; Luoma, D.; May, T.; Leonardi, M.; Sigler, L.; Taylor, D. L.; Gibson, C.; Sharpton, T.; Hawksworth, D. L.; Dianese, J. C.; Trudell, S. A.; Paulus, B.; Padamsee, M.; Callac, P.; Lima, N.; White, M.; Barreau, C.; Juncai, M. A.; Buyck, B.; Rabeler, R. K.; Liles, M. R.; Estes, D.; Carter, R.; Herr, J. M.; Chandler, G.; Kerekes, J.; Cruse-Sanders, J.; Marquez, R. G.; Horak, E.; Fitzsimons, M.; Doring, H.; Yao, S.; Hynson, N.; Ryberg, M.; Arnold, A. E.; Hughes, K. Science 2008, 319, 1616
121. Crous, P. W.; Hawksworth, D. L.; Wingfield, M. J. Annu. Rev. Phytopathol. 2015, 53, 247-267 10.1146/annurev-phyto-080614-120245
122. Geiser, D.; Jimenez-Gasco, M.; Kang, S.; Makalowska, I.; Veeraraghavan, N.; Ward, T.; Zhang, N.; Kuldau, G. Eur. J. Plant Pathol. 2004, 110, 473-479
123. Druzhinina, I. S.; Kopchinskiy, A. G.; Komoń, M.; Bissett, J.; Szakacs, G.; Kubicek, C. P. Fungal Genet. Biol. 2005, 42, 813-828 10.1016/j.fgb.2005.06.007
124. Deshpande, V.; Wang, Q.; Greenfield, P.; Charleston, M.; Porras-Alfaro, A.; Kuske, C. R.; Cole, J. R.; Midgley, D. J.; Tran-Dinh, N. Mycologia 2016, 108, 1-5 10.3852/14-293
125. Schoch, C. L.; Sung, G.-H.; López-Giráldez, F.; Townsend, J. P.; Miadlikowska, J.; Hofstetter, V.; Robbertse, B.; Matheny, P. B.; Kauff, F.; Wang, Z. Syst. Biol. 2009, 58, 224 10.1093/sysbio/syp020
126. Berbee, M. L.; Taylor, J. W. In System Evolution; Springer, 2001; pp 229-245.
127. Einax, E.; Voigt, K. Org. Divers. Evol. 2003, 3, 185-194 10.1078/1439-6092-00069
128. Blackwell, M.; Hibbett, D. S.; Taylor, J. W.; Spatafora, J. W. Mycologia 2006, 98, 829-837 10.3852/mycologia.98.6.829
129. McLaughlin, D. J.; Hibbett, D. S.; Lutzoni, F.; Spatafora, J. W.; Vilgalys, R. Trends Microbiol. 2009, 17, 488-497 10.1016/j.tim.2009.08.001
130. Liu, Y. J.; Hall, B. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 4507-4512 10.1073/pnas.0400938101
131. Reeb, V.; Lutzoni, F.; Roux, C. Mol. Phylogenet. Evol. 2004, 32, 1036-1060 10.1016/j.ympev.2004.04.012
132. Stiller, J. W.; Hall, B. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 4520-4525 10.1073/pnas.94.9.4520
133. Matheny, P. B.; Liu, Y. J.; Ammirati, J. F.; Hall, B. D. Am. J. Bot. 2002, 89, 688-698 10.3732/ajb.89.4.688
134. Rehner, S. A.; Buckley, E. Mycologia 2005, 97, 84-98 10.3852/mycologia.97.1.84
135. Glass, N. L.; Donaldson, G. C. Appl. Environ. Microbiol. 1995, 61, 1323-1330
136. O’Donnell, K.; Cigelnik, E. Mol. Phylogenet. Evol. 1997, 7, 103-116 10.1006/mpev.1996.0376
137. Raja, H.; Schoch, C. L.; Hustad, V.; Shearer, C.; Miller, A. MycoKeys 2011, 1, 63-94 10.3897/mycokeys.1.1966
138. Schmitt, I.; Crespo, A.; Divakar, P. K.; Fankhauser, J. D.; Herman-Sackett, E.; Kalb, K.; Nelsen, M. P.; Nelson, N. A.; Rivas-Plata, E.; Shimp, A. D.; Widhelm, T.; Lumbsch, H. T. Persoonia 2009, 23, 35-40 10.3767/003158509X470602
139. Morgenstern, I.; Powlowski, J.; Ishmael, N.; Darmond, C.; Marqueteau, S.; Moisan, M. C.; Quenneville, G.; Tsang, A. Fungal Biol. 2012, 116, 489-502 10.1016/j.funbio.2012.01.010
140. Gillot, G.; Jany, J. L.; Coton, M.; Le Floch, G.; Debaets, S.; Ropars, J.; López-Villavicencio, M.; Dupont, J.; Branca, A.; Giraud, T.; Coton, E. PLoS One 2015, 10.
141. Hustad, V. P.; Miller, A. N. Mycologia 2015, 107, 647-657 10.3852/14-328
142. Aguileta, G.; Marthey, S.; Chiapello, H.; Lebrun, M.-H.; Rodolphe, F.; Fournier, E.; Gendrault-Jacquemard, A.; Giraud, T. Syst. Biol. 2008, 57, 613-627 10.1080/10635150802306527
143. Houbraken, J.; Frisvad, J. C.; Samson, R. Stud. Mycol. 2011, 70, 53-138 10.3114/sim.2011.70.02
144. Houbraken, J.; Samson, R. A. Stud. Mycol. 2011, 70, 1-51 10.3114/sim.2011.70.01
145. Samson, R.; Yilmaz, N.; Houbraken, J.; Spierenburg, H.; Seifert, K.; Peterson, S.; Varga, J.; Frisvad, J. C. Stud. Mycol. 2011, 70, 159-183 10.3114/sim.2011.70.04
146. Visagie, C.; Houbraken, J.; Frisvad, J. C.; Hong, S.-B.; Klaassen, C.; Perrone, G.; Seifert, K.; Varga, J.; Yaguchi, T.; Samson, R. Stud. Mycol. 2014, 78, 343-371 10.1016/j.simyco.2014.09.001
147. Mukherjee, P. K.; Horwitz, B. A.; Singh, U. S.; Mukherjee, M.; Schmoll, M. Trichoderma: Biology and Applications; CABI, 2013.
148. Schuster, A.; Schmoll, M. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010, 87, 787-799 10.1007/s00253-010-2632-1
149. Neumann, N. K.; Stoppacher, N.; Zeilinger, S.; Degenkolb, T.; Brückner, H.; Schuhmacher, R. Chem. Biodiversity 2015, 12, 743-751 10.1002/cbdv.201400393
150. Druzhinina, I.; Kubicek, C. P. J. Zhejiang Univ., Sci. 2005, 6, 100 10.1631/jzus.2005.B0100
151. Lu, B.; Druzhinina, I. S.; Fallah, P.; Chaverri, P.; Gradinger, C.; Kubicek, C. P.; Samuels, G. J. Mycologia 2004, 96, 310-342 10.2307/3762066
152. Degenkolb, T.; Dieckmann, R.; Nielsen, K. F.; Gräfenhan, T.; Theis, C.; Zafari, D.; Chaverri, P.; Ismaiel, A.; Brückner, H.; Von Döhren, H. Mycol. Prog. 2008, 7, 177-219 10.1007/s11557-008-0563-3
153. Montoya, Q. V.; Meirelles, L. A.; Chaverri, P.; Rodrigues, A. Antonie van Leeuwenhoek 2016, 109, 633-651 10.1007/s10482-016-0666-9
154. Jaklitsch, W.; Voglmayr, H. Stud. Mycol. 2015, 80, 1-87 10.1016/j.simyco.2014.11.001
155. Nagy, V.; Seidl, V.; Szakacs, G.; Komoń-Zelazowska, M.; Kubicek, C. P.; Druzhinina, I. S. Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73, 7048-7058 10.1128/AEM.00995-07
156. Liu, Y. J.; Whelen, S.; Hall, B. D. Mol. Biol. Evol. 1999, 16, 1799-1808 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026092
157. Tautz, D.; Arctander, P.; Minelli, A.; Thomas, R. H.; Vogler, A. P. Trends Ecol. Evol. 2003, 18, 70-74 10.1016/S0169-5347(02)00041-1
158. Holder, M.; Lewis, P. O. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 275-284 10.1038/nrg1044
159. Yang, Z.; Rannala, B. Nat. Rev. Genet. 2012, 13, 303-314 10.1038/nrg3186
160. Felsenstein, J. J. Mol. Evol. 1981, 17, 368-376 10.1007/BF01734359
161. Harrison, J. C.; Langdale, J. A. Plant J. 2006, 45, 561-572 10.1111/j.1365-313X.2005.02611.x
162. Huelsenbeck, J. P.; Ronquist, F. Bioinformatics 2001, 17, 754-755 10.1093/bioinformatics/17.8.754
163. Huelsenbeck, J. P.; Ronquist, F. Bayesian Analysis of Molecular Evolution Using Mr. Bayes; Springer, 2005; pp 186-226.
164. Richter, C.; Helaly, S. E.; Thongbai, B.; Hyde, K. D.; Stadler, M. J. Nat. Prod. 2016, 79, 1684-1688 10.1021/acs.jnatprod.6b00194
165. Hyde, K. D.; Hongsanan, S.; Jeewon, R.; Bhat, D. J.; McKenzie, E. H. C.; Jones, E. B. G.; Phookamsak, R.; Ariyawansa, H. A.; Boonmee, S.; Zhao, Q.; Abdel-Aziz, F. A.; Abdel-Wahab, M. A.; Banmai, S.; Chomnunti, P.; Cui, B.-K.; Daranagama, D. A.; Das, K.; Dayarathne, M. C.; de Silva, N. I.; Dissanayake, A. J.; Doilom, M.; Ekanayaka, A. H.; Gibertoni, T. B.; Góes-Neto, A.; Huang, S.-K.; Jayasiri, S. C.; Jayawardena, R. S.; Konta, S.; Lee, H. B.; Li, W.-J.; Lin, C.-G.; Liu, J.-K.; Lu, Y.-Z.; Luo, Z.-L.; Manawasinghe, I. S.; Manimohan, P.; Mapook, A.; Niskanen, T.; Norphanphoun, C.; Papizadeh, M.; Perera, R. H.; Phukhamsakda, C.; Richter, C.; de A. Santiago, A. L. C. M.; Drechsler-Santos, E. R.; Senanayake, I. C.; Tanaka, K.; Tennakoon, T. M. D. S.; Thambugala, K. M.; Tian, Q.; Tibpromma, S.; Thongbai, B.; Vizzini, A.; Wanasinghe, D. N.; Wijayawardene, N. N.; Wu, H.-X.; Yang, J.; Zeng, X.-Y.; Zhang, H.; Zhang, J.-F.; Bulgakov, T. S.; Camporesi, E.; Bahkali, A. H.; Amoozegar, M. A.; Araujo-Neta, L. S.; Ammirati, J. F.; Baghela, A.; Bhatt, R. P.; Bojantchev, D.; Buyck, B.; da Silva, G. A.; de Lima, C. L. F.; de Oliveira, R. J. V.; de Souza, C. A. F.; Dai, Y.-C.; Dima, B.; Duong, T. T.; Ercole, E.; Mafalda-Freire, F.; Ghosh, A.; Hashimoto, A.; Kamolhan, S.; Kang, J.-C.; Karunarathna, S. C.; Kirk, P. M.; Kytövuori, I.; Lantieri, A.; Liimatainen, K.; Liu, Z.-Y.; Liu, X.-Z.; Lücking, R.; Medardi, G.; Mortimer, P. E.; Nguyen, T. T. T.; Promputtha, I.; Raj, K. N. A.; Reck, M. A.; Lumyong, S.; Shahzadeh-Fazeli, S. A.; Stadler, M.; Soudi, M. R.; Su, H.-Y.; Takahashi, T.; Tangthirasunun, N.; Uniyal, P.; Wang, Y.; Wen, T.-C.; Xu, J.-C.; Zhang, Z.-K.; Zhao, Y.-C.; Zhou, J.-L.; Zhu, L. Fungal Divers. 2016, 80, 1-270 10.1007/s13225-016-0373-x
166. Bills, G. F.; González-Menéndez, V.; Martín, J.; Platas, G.; Fournier, J.; Peršoh, D.; Stadler, M. PLoS One 2012, 7, e46687 10.1371/journal.pone.0046687
167. Wijeratne, E. K.; Gunaherath, G. K. B.; Chapla, V. M.; Tillotson, J.; De La Cruz, F.; Kang, M.; U'Ren, J. M.; Araujo, A. R.; Arnold, A. E.; Chapman, E. J. Nat. Prod. 2016, 79, 340-352 10.1021/acs.jnatprod.5b00986
168. Ortega, H. E.; Graupner, P. R.; Asai, Y.; Tendyke, K.; Qiu, D.; Shen, Y. Y.; Rios, N.; Arnold, A. E.; Coley, P. D.; Kursar, T. A.; Gerwick, W. H.; Cubilla-Rios, L. J. Nat. Prod. 2013, 76, 741-744 10.1021/np300792t
169. Figueroa, M.; Jarmusch, A. K.; Raja, H. A.; El-Elimat, T.; Kavanaugh, J. S.; Horswill, A. R.; Cooks, R. G.; Cech, N. B.; Oberlies, N. H. J. Nat. Prod. 2014, 77, 1351-1358 10.1021/np5000704
170. Otto, A.; Laub, A.; Wendt, L.; Porzel, A.; Schmidt, J.; Palfner, G.; Becerra, J.; Krüger, D.; Stadler, M.; Wessjohann, L.; Westermann, B.; Arnold, N. J. Nat. Prod. 2016, 79, 929-938 10.1021/acs.jnatprod.5b01018
171. Mudalungu, C. M.; Richter, C.; Wittstein, K.; Abdalla, M. A.; Matasyoh, J. C.; Stadler, M.; Süssmuth, R. D. J. Nat. Prod. 2016, 79, 894-898 10.1021/acs.jnatprod.5b00950
172. El-Elimat, T.; Raja, H. A.; Day, C. S.; Chen, W.-L.; Swanson, S. M.; Oberlies, N. H. J. Nat. Prod. 2014, 77, 2088-2098 10.1021/np500497r
173. Li, Y.; Yue, Q.; Krausert, N. M.; An, Z.; Gloer, J. B.; Bills, G. F. J. Nat. Prod. 2016, 79, 2357 10.1021/acs.jnatprod.6b00498
174. Gardes, M.; White, T. J.; Fortin, J. A.; Bruns, T. D.; Taylor, J. W. Can. J. Bot. 1991, 69, 180-190 10.1139/b91-026
175. Promputtha, I.; Miller, A. N. Mycologia 2010, 102, 574-587 10.3852/09-051
176. El-Elimat, T.; Raja, H. A.; Figueroa, M.; Falkinham, J. O., III; Oberlies, N. H. Phytochemistry 2014, 104, 114-120 10.1016/j.phytochem.2014.04.006
177. Eberhardt, U. In DNA Barcodes: Methods and Protocols; Kress, J. W.; Erickson, L. D., Eds.; Humana Press: Totowa, NJ, 2012; pp 183-205.
178. Edgar, R. C. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 1792-1797 10.1093/nar/gkh340
179. Gouy, M.; Guindon, S.; Gascuel, O. Mol. Biol. Evol. 2010, 27, 221-224 10.1093/molbev/msp259
180. Posada, D.; Buckley, T. R. Syst. Biol. 2004, 53, 793-808 10.1080/10635150490522304
181. Posada, D. Mol. Biol. Evol. 2008, 25, 1253-1256 10.1093/molbev/msn083
182. Guindon, S.; Delsuc, F.; Dufayard, J. F.; Gascuel, O. Methods Mol. Biol. 2009, 537, 113-37 10.1007/978-1-59745-251-9_6
183. Guindon, S.; Dufayard, J. F.; Hordijk, W.; Lefort, V.; Gascuel, O. Infect. Genet. Evol. 2009, 9, 384-385
184. Stamatakis, A. Bioinformatics 2006, 22, 2688-2690 10.1093/bioinformatics/btl446
185. Stamatakis, A.; Hoover, P.; Rougemont, J. Syst. Biol. 2008, 57, 758-771 10.1080/10635150802429642
186. Miller, M. A.; Pfeiffer, W.; Schwartz, T. Creating the CIPRES Science Gateway for Inference of large phylogenetic trees In Proceedings of the Gateway Computing Environments Workshop (GCE) 2010, 1-8 10.1109/GCE.2010.5676129
187. Hillis, D. M.; Bull, J. J. Syst. Biol. 1993, 42, 182-192 10.2307/2992540
188. Nylander, J. A.; Wilgenbusch, J. C.; Warren, D. L.; Swofford, D. L. Bioinformatics 2008, 24, 581-3 10.1093/bioinformatics/btm388
189. Rambaut, A.; Drummond, A. J. Tracer v.1.5. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer.
190. Swofford, D. L. PAUP*: Phylogenetic Analysis Using Parsimony (* and other methods), Version 4; Sinauer Associates: Sunderland, MA, 2002.
191. Alfaro, M. E.; Zoller, S.; Lutzoni, F. Mol. Biol. Evol. 2003, 20, 255-266 10.1093/molbev/msg028
192. Hall, B. Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual; Sinauer Associates, 2004.
193. Salemi, M.; Vandamme, A.-M. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to DNA and Protein Phylogeny; Cambridge University Press, 2003.