Rational design of protein-protein interaction inhibitors

MedChemComm

Volumn 6, Issue 1, 2015, Pages 51-60

  Rognan, Didier ^a  

^a UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALPHA CRYSTALLIN; ALPHA CRYSTALLIN VASCULOTROPIN A INHIBITOR; ALPHA INTERFERON; ALPHA INTERFERON ALPHA INTERFERON RECEPTOR INHIBITOR; ALPHA INTERFERON RECEPTOR; AMINO ACID DERIVATIVE; ANNEXIN A2 S100A10 INHIBITOR; GLYCOPROTEIN GP 130; INTERLEUKIN 6; INTERLEUKIN 6 GLYCOPROTEIN GP 130 INHIBITOR; KELCH LIKE ECH ASSOCIATED PROTEIN 1; LIPOCORTIN 2; N IODOACETYL LYSINE AMINO ACID DERIVATIVE; PEPTIDOMIMETIC AGENT; PROTEIN INHIBITOR; PROTEIN KINASE C EPSILON; PROTEIN KINASE C EPSILON RECEPTOR FOR ACTIVATED PROTEIN KINASE C INHIBITOR; PROTEIN MD 2; PROTEIN MDM2; PROTEIN P53; PROTEIN P53 PROTEIN MDM2 INHIBITOR; PROTEIN PROTEIN INHIBITOR; RECEPTOR; RECEPTOR FOR ACTIVATED PROTEIN KINASE C; TOLL LIKE RECEPTOR 4; TOLL LIKE RECEPTOR 4 PROTEIN MD 2 INHIBITOR; TRANSCRIPTION FACTOR NRF2; TRANSCRIPTION FACTOR NRF2 TRANSCRIPTION FACTOR NRF2 INHIBITOR; UNCLASSIFIED DRUG; UNINDEXED DRUG; VASCULOTROPIN A;

DRUG DESIGN; DRUG POTENCY; DRUG SELECTIVITY; DRUG TARGETING; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; MOLECULAR LIBRARY; NONHUMAN; PATHOPHYSIOLOGY; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; REVIEW;

EID: 84920462422     PISSN: 20402503     EISSN: 20402511     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4md00328d     Document Type: Review

References (89)

1. http://www.uniprot.org/uniprot/?query=organism%3A9606+AND+keyword:%22Complete+proteome+[KW-0181]%22, (accessed 17/07/2014)
2. J. P. Overington B. Al-Lazikani A. L. Hopkins Nat. Rev. Drug Discovery 2006 5 993 996
3. P. Legrain J. C. Rain J. Proteomics 2014 107 93 97
4. K. Venkatesan J. F. Rual A. Vazquez U. Stelzl I. Lemmens T. Hirozane-Kishikawa T. Hao M. Zenkner X. Xin K. I. Goh M. A. Yildirim N. Simonis K. Heinzmann F. Gebreab J. M. Sahalie S. Cevik C. Simon A. S. de Smet E. Dann A. Smolyar A. Vinayagam H. Yu D. Szeto H. Borick A. Dricot N. Klitgord R. R. Murray C. Lin M. Lalowski J. Timm K. Rau C. Boone P. Braun M. E. Cusick F. P. Roth D. E. Hill J. Tavernier E. E. Wanker A. L. Barabasi M. Vidal Nat. Methods 2009 6 83 90
5. M. P. Stumpf T. Thorne E. de Silva R. Stewart H. J. An M. Lappe C. Wiuf Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 6959 6964
6. A. Whitty G. Kumaravel Nat. Chem. Biol. 2006 2 112 118
7. J. A. Wells C. L. McClendon Nature 2007 450 1001 1009
8. A. G. Cochran Chem. Biol. 2000 7 R85 R94
9. A. Mullard Nat. Rev. Drug Discovery 2012 11 173 175
10. C. M. Labbe G. Laconde M. A. Kuenemann B. O. Villoutreix O. Sperandio Drug Discovery Today 2013 18 958 968
11. A. A. Ivanov F. R. Khuri H. Fu Trends Pharmacol. Sci. 2013 34 393 400
12. R. Bourgeas M. J. Basse X. Morelli P. Roche PLoS One 2010 5 e9598
13. M. R. Arkin M. Randal W. L. DeLano J. Hyde T. N. Luong J. D. Oslob D. R. Raphael L. Taylor J. Wang R. S. McDowell J. A. Wells A. C. Braisted Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 1603 1608
14. M. R. Arkin J. A. Wells Nat. Rev. Drug Discovery 2004 3 301 317
15. A. P. Higueruelo A. Schreyer G. R. Bickerton W. R. Pitt C. R. Groom T. L. Blundell Chem. Biol. Drug Des. 2009 74 457 467
16. X. Morelli R. Bourgeas P. Roche Curr. Opin. Chem. Biol. 2011 15 475 481
17. S. Orchard M. Ammari B. Aranda L. Breuza L. Briganti F. Broackes-Carter N. H. Campbell G. Chavali C. Chen N. del-Toro M. Duesbury M. Dumousseau E. Galeota U. Hinz M. Iannuccelli S. Jagannathan R. Jimenez J. Khadake A. Lagreid L. Licata R. C. Lovering B. Meldal A. N. Melidoni M. Milagros D. Peluso L. Perfetto P. Porras A. Raghunath S. Ricard-Blum B. Roechert A. Stutz M. Tognolli K. van Roey G. Cesareni H. Hermjakob Nucleic Acids Res. 2014 42 D358 D363
18. B. O. Villoutreix M. A. Kuenemann J.-L. Poyet H. Bruzzoni-Giovanelli C. Labbé D. Lagorce O. Sperandio M. A. Miteva Mol. Inf. 2014 33 414 437
19. R. Rid W. Strasser D. Siegl C. Frech M. Kommenda T. Kern H. Hintner J. W. Bauer K. Onder Assay Drug Dev. Technol. 2013 11 333 346
20. C. Alfarano C. E. Andrade K. Anthony N. Bahroos M. Bajec K. Bantoft D. Betel B. Bobechko K. Boutilier E. Burgess K. Buzadzija R. Cavero C. D'Abreo I. Donaldson D. Dorairajoo M. J. Dumontier M. R. Dumontier V. Earles R. Farrall H. Feldman E. Garderman Y. Gong R. Gonzaga V. Grytsan E. Gryz V. Gu E. Haldorsen A. Halupa R. Haw A. Hrvojic L. Hurrell R. Isserlin F. Jack F. Juma A. Khan T. Kon S. Konopinsky V. Le E. Lee S. Ling M. Magidin J. Moniakis J. Montojo S. Moore B. Muskat I. Ng J. P. Paraiso B. Parker G. Pintilie R. Pirone J. J. Salama S. Sgro T. Shan Y. Shu J. Siew D. Skinner K. Snyder R. Stasiuk D. Strumpf B. Tuekam S. Tao Z. Wang M. White R. Willis C. Wolting S. Wong A. Wrong C. Xin R. Yao B. Yates S. Zhang K. Zheng T. Pawson B. F. Ouellette C. W. Hogue Nucleic Acids Res. 2005 33 D418 D424
21. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 D451
22. T. S. Keshava Prasad R. Goel K. Kandasamy S. Keerthikumar S. Kumar S. Mathivanan D. Telikicherla R. Raju B. Shafreen A. Venugopal L. Balakrishnan A. Marimuthu S. Banerjee D. S. Somanathan A. Sebastian S. Rani S. Ray C. J. Harrys Kishore S. Kanth M. Ahmed M. K. Kashyap R. Mohmood Y. L. Ramachandra V. Krishna B. A. Rahiman S. Mohan P. Ranganathan S. Ramabadran R. Chaerkady A. Pandey Nucleic Acids Res. 2009 37 D767 D772
23. P. Pagel S. Kovac M. Oesterheld B. Brauner I. Dunger-Kaltenbach G. Frishman C. Montrone P. Mark V. Stumpflen H. W. Mewes A. Ruepp D. Frishman Bioinformatics 2005 21 832 834
24. C. Prieto J. De Las Rivas Nucleic Acids Res. 2006 34 W298 W302
25. N. Sugaya S. Kanai T. Furuya Database 2012 2012 bas034
26. F. N. Edfeldt R. H. Folmer A. L. Breeze Drug Discovery Today 2011 16 284 287
27. D. C. Fry Curr. Protein Pept. Sci. 2008 9 240 247
28. D. Joseph-McCarthy A. J. Campbell G. Kern D. Moustakas J. Chem. Inf. Model. 2014 54 693 704
29. A. P. Higueruelo H. Jubb T. L. Blundell Database 2013 2013 bat039
30. M. J. Basse S. Betzi R. Bourgeas S. Bouzidi B. Chetrit V. Hamon X. Morelli P. Roche Nucleic Acids Res. 2013 41 D824 D827
31. V. Hamon R. Bourgeas P. Ducrot I. Theret L. Xuereb M. J. Basse J. M. Brunel S. Combes X. Morelli P. Roche J. R. Soc., Interface 2014 11 20130860
32. A. Gaulton L. J. Bellis A. P. Bento J. Chambers M. Davies A. Hersey Y. Light S. McGlinchey D. Michalovich B. Al-Lazikani J. P. Overington Nucleic Acids Res. 2012 40 D1100 D1107
33. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
34. T. Clackson J. A. Wells Science 1995 267 383 386
35. Y. F. Lin T. C. Lai C. K. Chang C. L. Chen M. S. Huang C. J. Yang H. G. Liu J. J. Dong Y. A. Chou K. H. Teng S. H. Chen W. T. Tian Y. H. Jan M. Hsiao P. H. Liang J. Clin. Invest. 2013 123 3861 3875
36. M. A. Bonache B. Balsera B. Lopez-Mendez O. Millet D. Brancaccio I. Gomez-Monterrey A. Carotenuto L. M. Pavone M. Reille-Seroussi N. Gagey-Eilstein M. Vidal R. de la Torre-Martinez A. Fernandez-Carvajal A. Ferrer-Montiel M. T. Garcia-Lopez M. Martin-Martinez M. J. de Vega R. Gonzalez-Muniz ACS Comb. Sci. 2014 16 250 258
37. Z. Mi X. Wang Y. He X. Li J. Ding H. Liu J. Zhou S. Cen Biopolymers 2014 102 280 287
38. A. Glas D. Bier G. Hahne C. Rademacher C. Ottmann T. N. Grossmann Angew. Chem., Int. Ed. 2014 53 2489 2493
39. V. Azzarito K. Long N. S. Murphy A. J. Wilson Nat. Chem. 2013 5 161 173
40. L. D. Walensky A. L. Kung I. Escher T. J. Malia S. Barbuto R. D. Wright G. Wagner G. L. Verdine S. J. Korsmeyer Science 2004 305 1466 1470
41. C. J. Brown S. T. Quah J. Jong A. M. Goh P. C. Chiam K. H. Khoo M. L. Choong M. A. Lee L. Yurlova K. Zolghadr T. L. Joseph C. S. Verma D. P. Lane ACS Chem. Biol. 2013 8 506 512
42. F. Bernal A. F. Tyler S. J. Korsmeyer L. D. Walensky G. L. Verdine J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2456 2457
43. Y. S. Chang B. Graves V. Guerlavais C. Tovar K. Packman K. H. To K. A. Olson K. Kesavan P. Gangurde A. Mukherjee T. Baker K. Darlak C. Elkin Z. Filipovic F. Z. Qureshi H. Cai P. Berry E. Feyfant X. E. Shi J. Horstick D. A. Annis A. M. Manning N. Fotouhi H. Nash L. T. Vassilev T. K. Sawyer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E3445 E3454
44. L. R. Whitby D. L. Boger Acc. Chem. Res. 2012 45 1698 1709
45. T. Yamada K. Christov A. Shilkaitis L. Bratescu A. Green S. Santini A. R. Bizzarri S. Cannistraro T. K. Gupta C. W. Beattie Br. J. Cancer 2013 108 2495 2504
46. M. A. Warso J. M. Richards D. Mehta K. Christov C. Schaeffer L. Rae Bressler T. Yamada D. Majumdar S. A. Kennedy C. W. Beattie T. K. Das Gupta Br. J. Cancer 2013 108 1061 1070
47. C. G. Wermuth C. R. Ganellin P. Lindberg L. A. Mitscher Pure Appl. Chem. 1998 70 1129 1143
48. A. R. Leach V. J. Gillet R. A. Lewis R. Taylor J. Med. Chem. 2010 53 539 558
49. G. Wolber T. Langer J. Chem. Inf. Model. 2005 45 160 169
50. J. Meslamani J. Li J. Sutter A. Stevens H. O. Bertrand D. Rognan J. Chem. Inf. Model. 2012 52 943 955
51. D. R. Koes C. J. Camacho Nucleic Acids Res. 2012 40 W387 W392
52. T. R. Reddy C. Li P. M. Fischer L. V. Dekker ChemMedChem 2012 7 1435 1446
53. TRIPOS: St-Louis, MO 63144-2319, USA
54. T. Geppert S. Bauer J. A. Hiss E. Conrad M. Reutlinger P. Schneider M. Weisel B. Pfeiffer K. H. Altmann Z. Waibler G. Schneider Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 258 261
55. M. Lower T. Geppert P. Schneider B. Hoy S. Wessler G. Schneider PLoS One 2011 6 e17986
56. X. Xue J. L. Wei L. L. Xu M. Y. Xi X. L. Xu F. Liu X. K. Guo L. Wang X. J. Zhang M. Y. Zhang M. C. Lu H. P. Sun Q. D. You J. Chem. Inf. Model. 2013 53 2715 2729
57. H. P. Sun Z. Y. Jiang M. Y. Zhang M. C. Lu T. T. Yang Y. Pan H. Z. Huang X. J. Zhang Q. D. You MedChemComm 2014 5 93 98
58. F. Rechfeld P. Gruber J. Kirchmair M. Boehler N. Hauser G. Hechenberger D. Garczarczyk G. B. Lapa M. N. Preobrazhenskaya P. Goekjian T. Langer J. Hofmann J. Med. Chem. 2014 57 3235 3246
59. Z. Y. Jiang M. C. Lu L. L. Xu T. T. Yang M. Y. Xi X. L. Xu X. K. Guo X. J. Zhang Q. D. You H. P. Sun J. Med. Chem. 2014 57 2736 2745
60. D. Fry K. S. Huang P. Di Lello P. Mohr K. Muller S. S. So T. Harada M. Stahl B. Vu H. Mauser ChemMedChem 2013 8 726 732
61. F. H. Allen Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 2002 58 380 388
62. N. Moitessier P. Englebienne D. Lee J. Lawandi C. R. Corbeil Br. J. Pharmacol. 2008 153 suppl. 1 S7 S26
63. K. L. Damm-Ganamet R. D. Smith J. B. Dunbar, Jr J. A. Stuckey H. A. Carlson J. Chem. Inf. Model. 2013 53 1853 1870
64. D. M. Krüger G. Jessen H. Gohlke J. Chem. Inf. Model. 2012 52 2807 2811
65. J. R. Courter N. Madani J. Sodroski A. Schon E. Freire P. D. Kwong W. A. Hendrickson I. M. Chaiken J. M. LaLonde A. B. Smith, 3rd Acc. Chem. Res. 2014 47 1228 1237
66. S. He T. J. Senter J. Pollock C. Han S. K. Upadhyay T. Purohit R. D. Gogliotti C. W. Lindsley T. Cierpicki S. R. Stauffer J. Grembecka J. Med. Chem. 2014 57 1543 1556
67. M. Mori G. Vignaroli Y. Cau J. Dinic R. Hill M. Rossi D. Colecchia M. Pesic W. Link M. Chiariello C. Ottmann M. Botta ChemMedChem 2014 9 973 983
68. F. A. Abulwerdi C. Liao A. S. Mady J. Gavin C. Shen T. Cierpicki J. A. Stuckey H. D. Showalter Z. Nikolovska-Coleska J. Med. Chem. 2014 57 4111 4133
69. U. Svajger B. Brus S. Turk M. Sova V. Hodnik G. Anderluh S. Gobec Eur. J. Med. Chem. 2013 70 393 399
70. M. Khanna F. Wang I. Jo W. E. Knabe S. M. Wilson L. Li K. Bum-Erdene J. Li G. W. Sledge R. Khanna S. O. Meroueh ACS Chem. Biol. 2011 6 1232 1243
71. H. Li H. Xiao L. Lin D. Jou V. Kumari J. Lin C. Li J. Med. Chem. 2014 57 632 641
72. C. Zhuang S. Narayanapillai W. Zhang Y. Y. Sham C. Xing J. Med. Chem. 2014 57 1121 1126
73. Z. Chen Q. Ruan S. Han L. Xi W. Jiang H. Jiang D. A. Ostrov J. Cai Breast Cancer Res. Treat. 2014 145 45 59
74. L. Borriello M. Montes Y. Lepelletier B. Leforban W. Q. Liu L. Demange B. Delhomme S. Pavoni R. Jarray J. L. Boucher S. Dufour O. Hermine C. Garbay R. Hadj-Slimane F. Raynaud Cancer Lett. 2014 349 120 127
75. Z. Han J. Lu Y. Liu B. Davis M. S. Lee M. A. Olson G. Ruthel B. D. Freedman M. J. Schnell J. E. Wrobel A. B. Reitz R. N. Harty J. Virol. 2014 88 7294 7306
76. S. M. Vogel M. R. Bauer A. C. Joerger R. Wilcken T. Brandt D. B. Veprintsev T. J. Rutherford A. R. Fersht F. M. Boeckler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 16906 16910
77. M. Rarey B. Kramer T. Lengauer G. Klebe J. Mol. Biol. 1996 261 470 489
78. G. M. Morris D. S. Goodsell R. S. Halliday R. Huey W. E. Hart R. K. Belew A. J. Olson J. Comput. Chem. 1998 19 1639 1662
79. T. Mani F. Wang W. E. Knabe A. L. Sinn M. Khanna I. Jo G. E. Sandusky G. W. Sledge, Jr. D. R. Jones R. Khanna K. E. Pollok S. O. Meroueh Bioorg. Med. Chem. 2013 21 2145 2155
80. C. Knox V. Law T. Jewison P. Liu S. Ly A. Frolkis A. Pon K. Banco C. Mak V. Neveu Y. Djoumbou R. Eisner A. C. Guo D. S. Wishart Nucleic Acids Res. 2011 39 D1035 D1041
81. A. N. Jain J. Comput.-Aided Mol. Des. 2007 21 281 306
82. M. A. Neves M. Totrov R. Abagyan J. Comput.-Aided Mol. Des. 2012 26 675 686
83. J. J. Irwin B. K. Shoichet J. Chem. Inf. Model. 2005 45 177 182
84. J. Meslamani D. Rognan E. Kellenberger Bioinformatics 2011 27 1324 1326
85. G. R. Bickerton G. V. Paolini J. Besnard S. Muresan A. L. Hopkins Nat. Chem. 2012 4 90 98
86. J. Desaphy K. Azdimousa E. Kellenberger D. Rognan J. Chem. Inf. Model. 2012 52 2287 2299
87. P. Thiel M. Kaiser C. Ottmann Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 2012 2018
88. P. Block N. Weskamp A. Wolf G. Klebe Proteins 2007 68 170 186
89. M. Gao J. Skolnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 3784 3789