Engineering ecosystems and synthetic ecologies

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 2470-2483

  Mee, Michael T ^a,b   Wang, Harris H ^b,c  

^a Boston University   (United States)

^b HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

^c HARVARD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOENGINEERING; BIOFILM; BIOLOGICAL MODEL; COMPUTER SIMULATION; ECOLOGY; ECOSYSTEM; GENE FLOW; HORIZONTAL GENE TRANSFER; METABOLISM; METHODOLOGY; MICROBIAL CONSORTIUM; MUTATION; PHYSIOLOGY; REVIEW; SYNTHETIC BIOLOGY;

BIOENGINEERING; BIOFILMS; COMPUTER SIMULATION; ECOLOGY; ECOSYSTEM; GENE FLOW; GENE TRANSFER, HORIZONTAL; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MICROBIAL CONSORTIA; MODELS, BIOLOGICAL; MUTATION; SYNTHETIC BIOLOGY;

EID: 84865759667     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25133g     Document Type: Review

References (174)

1. M. Achtman M. Wagner Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 431 440
2. P. D. Schloss J. Handelsman Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004 68 686 691
3. P. G. Falkowski T. Fenchel E. F. Delong Science 2008 320 1034 1039
4. C. Fraser E. J. Alm M. F. Polz B. G. Spratt W. P. Hanage Science 2009 323 741 746
5. N. Klitgord D. Segre Curr. Opin. Biotechnol. 2011 22 541 546
6. M. E. Hibbing C. Fuqua M. R. Parsek S. B. Peterson Nat. Rev. Microbiol. 2010 8 15 25
7. M. J. Pocock D. M. Evans J. Memmott Science 2012 335 973 977
8. K. R. Foster Nat. Rev. Genet. 2011 12 193 203
9. I. Ispolatov M. Ackermann M. Doebeli Proc. R. Soc. London, Ser. B 2012 279 1768 1776
10. D. Endy Nature 2005 438 449 453
11. A. S. Khalil J. J. Collins Nat. Rev. Genet. 2010 11 367 379
12. B. Canton A. Labno D. Endy Nat. Biotechnol. 2008 26 787 793
13. M. H. Medema R. van Raaphorst E. Takano R. Breitling Nat. Rev. Microbiol. 2012 10 191 202
14. P. A. Carr G. M. Church Nat. Biotechnol. 2009 27 1151 1162
15. K. M. Muller K. M. Arndt Methods Mol. Biol. 2012 813 23 43
16. M. Kanehisa S. Goto Y. Sato M. Furumichi M. Tanabe Nucleic Acids Res. 2012 40 D109 D114
17. R. Caspi T. Altman K. Dreher C. A. Fulcher P. Subhraveti I. M. Keseler A. Kothari M. Krummenacker M. Latendresse L. A. Mueller Q. Ong S. Paley A. Pujar A. G. Shearer M. Travers D. Weerasinghe P. Zhang P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2012 40 D742 D753
18. Y. K. Oh B. O. Palsson S. M. Park C. H. Schilling R. Mahadevan J. Biol. Chem. 2007 282 28791 28799
19. J. L. Reed T. D. Vo C. H. Schilling B. O. Palsson GenomeBiology 2003 4 R54
20. C. H. Schilling M. W. Covert I. Famili G. M. Church J. S. Edwards B. O. Palsson J. Bacteriol. 2002 184 4582 4593
21. N. C. Duarte M. J. Herrgard B. O. Palsson Genome Res. 2004 14 1298 1309
22. N. C. Duarte S. A. Becker N. Jamshidi I. Thiele M. L. Mo T. D. Vo R. Srivas B. O. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1777 1782
23. C. R. Woese G. E. Fox Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1977 74 5088 5090
24. C. Burke P. Steinberg D. Rusch S. Kjelleberg T. Thomas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 14288 14293
25. A. Fernandez S. Huang S. Seston J. Xing R. Hickey C. Criddle J. Tiedje Appl. Environ. Microbiol. 1999 65 3697 3704
26. P. J. Turnbaugh M. Hamady T. Yatsunenko B. L. Cantarel A. Duncan R. E. Ley M. L. Sogin W. J. Jones B. A. Roe J. P. Affourtit M. Egholm B. Henrissat A. C. Heath R. Knight J. I. Gordon Nature 2009 457 480 484
27. T. R. Zuroff W. R. Curtis Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012 93 1423 1435
28. C. S. Goh T. A. Gianoulis Y. Liu J. Li A. Paccanaro Y. A. Lussier M. Gerstein BMC Genomics 2006 7 257
29. B. R. Bochner P. Gadzinski E. Panomitros Genome Res. 2001 11 1246 1255
30. M. H. Saier Jr. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000 64 354 411
31. E. L. Borths B. Poolman R. N. Hvorup K. P. Locher D. C. Rees Biochemistry 2005 44 16301 16309
32. J. S. Patzlaff T. van der Heide B. Poolman J. Biol. Chem. 2003 278 29546 29551
33. X. Z. Li H. Nikaido Drugs 2009 69 1555 1623
34. A. Burkovski R. Kramer Appl. Microbiol. Biotechnol. 2002 58 265 274
35. I. Franke A. Resch T. Dassler T. Maier A. Bock J. Bacteriol. 2003 185 1161 1166
36. H. Cruz-Ramos G. M. Cook G. Wu M. W. Cleeter R. K. Poole Microbiology 2004 150 3415 3427
37. V. Doroshenko L. Airich M. Vitushkina A. Kolokolova V. Livshits S. Mashko FEMS Microbiol. Lett. 2007 275 312 318
38. E. Peeters P. Nguyen Le Minh M. Foulquie-Moreno D. Charlier Mol. Microbiol. 2009 74 1513 1526
39. L. Eggeling H. Sahm Arch. Microbiol. 2003 180 155 160
40. E. A. Kutukova V. A. Livshits I. P. Altman L. R. Ptitsyn M. H. Zyiatdinov I. L. Tokmakova N. P. Zakataeva FEBS Lett. 2005 579 4629 4634
41. G. P. Dubey S. Ben-Yehuda Cell 2011 144 590 600
42. C. S. Hayes S. K. Aoki D. A. Low Annu. Rev. Genet. 2010 44 71 90
43. B. L. Bassler R. Losick Cell 2006 125 237 246
44. H. H. Lee M. N. Molla C. R. Cantor J. J. Collins Nature 2010 467 82 85
45. N. M. Vega K. R. Allison A. S. Khalil J. J. Collins Nat. Chem. Biol. 2012 8 431 433
46. C. M. Rath P. C. Dorrestein Curr. Opin. Microbiol. 2011
47. P. D. Straight R. Kolter Annu. Rev. Microbiol. 2009 63 99 118
48. E. A. Shank R. Kolter Curr. Opin. Microbiol. 2011 14 741 747
49. S. Basu Y. Gerchman C. H. Collins F. H. Arnold R. Weiss Nature 2005 434 1130 1134
50. J. J. Tabor H. M. Salis Z. B. Simpson A. A. Chevalier A. Levskaya E. M. Marcotte C. A. Voigt A. D. Ellington Cell 2009 137 1272 1281
51. A. Prindle P. Samayoa I. Razinkov T. Danino L. S. Tsimring J. Hasty Nature 2012 481 39 44
52. L. Hall-Stoodley J. W. Costerton P. Stoodley Nat. Rev. Microbiol. 2004 2 95 108
53. L. Hall-Stoodley P. Stoodley Curr. Opin. Biotechnol. 2002 13 228 233
54. W. Harcombe Evolution 2010 64 2166 2172
55. C. A. Fux J. W. Costerton P. S. Stewart P. Stoodley Trends Microbiol. 2005 13 34 40
56. K. Brenner F. H. Arnold PLoS One 2011 6 e16791
57. E. T. Kiers M. Duhamel Y. Beesetty J. A. Mensah O. Franken E. Verbruggen C. R. Fellbaum G. A. Kowalchuk M. M. Hart A. Bago T. M. Palmer S. A. West P. Vandenkoornhuyse J. Jansa H. Bucking Science 2011 333 880 882
58. E. G. Ruby Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 752 762
59. J. P. McCutcheon N. A. Moran Nat. Rev. Microbiol. 2012 10 13 26
60. L. Margulis Am. Sci. 1971 59 230 235
61. J. P. McCutcheon C. D. von Dohlen Curr. Biol. 2011 21 1366 1372
62. A. K. Hansen N. A. Moran Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 2849 2854
63. J. P. McCutcheon B. R. McDonald N. A. Moran Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 15394 15399
64. S. D. Dyall M. T. Brown P. J. Johnson Science 2004 304 253 257
65. V. Burrus M. K. Waldor Res. Microbiol. 2004 155 376 386
66. L. S. Frost R. Leplae A. O. Summers A. Toussaint Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 722 732
67. J. P. Gogarten J. P. Townsend Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 679 687
68. M. W. van Passel P. R. Marri H. Ochman PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000059
69. C. S. Smillie M. B. Smith J. Friedman O. X. Cordero L. A. David E. J. Alm Nature 2011 480 241 244
70. D. R. Smith M. R. Chapman MBio 2010 1
71. V. M. Markowitz I. M. Chen K. Palaniappan K. Chu E. Szeto Y. Grechkin A. Ratner B. Jacob J. Huang P. Williams M. Huntemann I. Anderson K. Mavromatis N. N. Ivanova N. C. Kyrpides Nucleic Acids Res. 2012 40 D115 D122
72. R. L. Tatusov E. V. Koonin D. J. Lipman Science 1997 278 631 637
73. T. N. Petersen S. Brunak G. von Heijne H. Nielsen Nat. Methods 2011 8 785 786
74. M. Punta P. C. Coggill R. Y. Eberhardt J. Mistry J. Tate C. Boursnell N. Pang K. Forslund G. Ceric J. Clements A. Heger L. Holm E. L. Sonnhammer S. R. Eddy A. Bateman R. D. Finn Nucleic Acids Res. 2012 40 D290 D301
75. S. Hunter P. Jones A. Mitchell R. Apweiler T. K. Attwood A. Bateman T. Bernard D. Binns P. Bork S. Burge E. de Castro P. Coggill M. Corbett U. Das L. Daugherty L. Duquenne R. D. Finn M. Fraser J. Gough D. Haft N. Hulo D. Kahn E. Kelly I. Letunic D. Lonsdale R. Lopez M. Madera J. Maslen C. McAnulla J. McDowall C. McMenamin H. Mi P. Mutowo-Muellenet N. Mulder D. Natale C. Orengo S. Pesseat M. Punta A. F. Quinn C. Rivoire A. Sangrador-Vegas J. D. Selengut C. J. Sigrist M. Scheremetjew J. Tate M. Thimmajanarthanan P. D. Thomas C. H. Wu C. Yeats S. Y. Yong Nucleic Acids Res. 2011 40 D306 D312
76. H. Akashi T. Gojobori Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 3695 3700
77. K. Hosoda S. Suzuki Y. Yamauchi Y. Shiroguchi A. Kashiwagi N. Ono K. Mori T. Yomo PLoS One 2011 6 e17105
78. W. Shou S. Ram J. M. Vilar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1877 1882
79. E. H. Wintermute P. A. Silver Mol. Syst. Biol. 2010 6 407
80. T. Koide W. L. Pang N. S. Baliga Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 297 305
81. J. Raes P. Bork Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 693 699
82. A. M. Feist M. J. Herrgard I. Thiele J. L. Reed B. O. Palsson Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 129 143
83. W. W. Chen M. Niepel P. K. Sorger Genes Dev. 2010 24 1861 1875
84. P. van den Ende Science 1973 181 562 564
85. F. K. Balagadde H. Song J. Ozaki C. H. Collins M. Barnet F. H. Arnold S. R. Quake L. You Mol. Syst. Biol. 2008 4 187
86. S. Sahasrabudhe A. E. Motter Nat. Commun. 2011 2 170
87. N. E. Lewis H. Nagarajan B. O. Palsson Nat. Rev. Microbiol. 2012 10 291 305
88. N. D. Price J. L. Reed J. A. Papin S. J. Wiback B. O. Palsson J. Theor. Biol. 2003 225 185 194
89. J. A. Papin J. Stelling N. D. Price S. Klamt S. Schuster B. O. Palsson Trends Biotechnol. 2004 22 400 405
90. C. H. Schilling B. O. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 4193 4198
91. A. Varma B. O. Palsson Appl. Environ. Microbiol. 1994 60 3724 3731
92. S. Stolyar S. Van Dien K. L. Hillesland N. Pinel T. J. Lie J. A. Leigh D. A. Stahl Mol. Syst. Biol. 2007 3 92
93. A. R. Zomorrodi C. D. Maranas PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002363
94. R. Mahadevan J. S. Edwards F. J. Doyle,3rd Biophys. J. 2002 83 1331 1340
95. K. Zhuang M. Izallalen P. Mouser H. Richter C. Risso R. Mahadevan D. R. Lovley ISME J. 2011 5 305 316
96. R. Taffs J. E. Aston K. Brileya Z. Jay C. G. Klatt S. McGlynn N. Mallette S. Montross R. Gerlach W. P. Inskeep D. M. Ward R. P. Carlson BMC Syst. Biol. 2009 3 114
97. S. A. West A. S. Griffin A. Gardner S. P. Diggle Nat. Rev. Microbiol. 2006 4 597 607
98. J. L. Sachs U. G. Mueller T. P. Wilcox J. J. Bull Q. Rev. Biol. 2004 79 135 160
99. C. Hauert F. Michor M. A. Nowak M. Doebeli J. Theor. Biol. 2006 239 195 202
100. M. A. Nowak Science 2006 314 1560 1563
101. J. Gore H. Youk A. van Oudenaarden Nature 2009 459 253 256
102. C. D. Nadell K. R. Foster J. B. Xavier PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000716
103. T. M. Conrad N. E. Lewis B. O. Palsson Mol. Syst. Biol. 2011 7 509
104. C. O. Wilke J. L. Wang C. Ofria R. E. Lenski C. Adami Nature 2001 412 331 333
105. M. Gardner Sci. Am. 1970 120 123
106. R. E. Lenski C. Ofria R. T. Pennock C. Adami Nature 2003 423 139 144
107. T. S. Ray, in Artificial Life II, 1992, pp. 371-408
108. C. Ofria C. T. Brown C. Adami Introduction to Artificial Life 1998 297 350
109. S. S. Chow C. O. Wilke C. Ofria R. E. Lenski C. Adami Science 2004 305 84 86
110. G. Yedid C. A. Ofria R. E. Lenski J. Evol. Biol. 2008 21 1335 1357
111. A. J. Link K. J. Jeong G. Georgiou Nat. Rev. Microbiol. 2007 5 680 688
112. F. K. Balagadde L. You C. L. Hansen F. H. Arnold S. R. Quake Science 2005 309 137 140
113. Q. Zhang G. Lambert D. Liao H. Kim K. Robin C. K. Tung N. Pourmand R. H. Austin Science 2011 333 1764 1767
114. H. J. Kim J. Q. Boedicker J. W. Choi R. F. Ismagilov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18188 18193
115. J. R. Moffitt J. B. Lee P. Cluzel Lab Chip 2012 12 1487 1494
116. N. Q. Balaban J. Merrin R. Chait L. Kowalik S. Leibler Science 2004 305 1622 1625
117. J. Park A. Kerner M. A. Burns X. N. Lin PLoS One 2011 6 e17019
118. J. J. Faith F. E. Rey D. O'Donnell M. Karlsson N. P. McNulty G. Kallstrom A. L. Goodman J. I. Gordon ISME J. 2010 4 1094 1098
119. J. J. Faith N. P. McNulty F. E. Rey J. I. Gordon Science 2011 333 101 104
120. R. E. Ley F. Backhed P. Turnbaugh C. A. Lozupone R. D. Knight J. I. Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 11070 11075
121. R. Kellermayer S. E. Dowd R. A. Harris A. Balasa T. D. Schaible R. D. Wolcott N. Tatevian R. Szigeti Z. Li J. Versalovic C. W. Smith FASEB J. 2011 25 1449 1460
122. B. C. Kirkup M. A. Riley Nature 2004 428 412 414
123. D. Medini D. Serruto J. Parkhill D. A. Relman C. Donati R. Moxon S. Falkow R. Rappuoli Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 419 430
124. R. Mackelprang M. P. Waldrop K. M. DeAngelis M. M. David K. L. Chavarria S. J. Blazewicz E. M. Rubin J. K. Jansson Nature 2011 480 368 371
125. E. J. Biers S. Sun E. C. Howard Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 2221 2229
126. S. L. Simmons G. Dibartolo V. J. Denef D. S. Goltsman M. P. Thelen J. F. Banfield PLoS Biol. 2008 6 e177
127. J. Peterson S. Garges M. Giovanni P. McInnes L. Wang J. A. Schloss V. Bonazzi J. E. McEwen K. A. Wetterstrand C. Deal C. C. Baker V. Di Francesco T. K. Howcroft R. W. Karp R. D. Lunsford C. R. Wellington T. Belachew M. Wright C. Giblin H. David M. Mills R. Salomon C. Mullins B. Akolkar L. Begg C. Davis L. Grandison M. Humble J. Khalsa A. R. Little H. Peavy C. Pontzer M. Portnoy M. H. Sayre P. Starke-Reed S. Zakhari J. Read B. Watson M. Guyer Genome Res. 2009 19 2317 2323
128. D. MacLean J. D. Jones D. J. Studholme Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 287 296
129. M. Hamady R. Knight Genome Res. 2009 19 1141 1152
130. P. J. Turnbaugh C. Quince J. J. Faith A. C. McHardy T. Yatsunenko F. Niazi J. Affourtit M. Egholm B. Henrissat R. Knight J. I. Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 7503 7508
131. H. H. Chou H. C. Chiu N. F. Delaney D. Segre C. J. Marx Science 2011 332 1190 1192
132. A. I. Khan D. M. Dinh D. Schneider R. E. Lenski T. F. Cooper Science 2011 332 1193 1196
133. O. Tenaillon A. Rodriguez-Verdugo R. L. Gaut P. McDonald A. F. Bennett A. D. Long B. S. Gaut Science 2012 335 457 461
134. H. Goodarzi A. K. Hottes S. Tavazoie Nat. Methods 2009 6 581 583
135. F. Hayes Annu. Rev. Genet. 2003 37 3 29
136. A. L. Goodman N. P. McNulty Y. Zhao D. Leip R. D. Mitra C. A. Lozupone R. Knight J. I. Gordon Cell Host Microbe 2009 6 279 289
137. T. van Opijnen K. L. Bodi A. Camilli Nat. Methods 2009 6 767 772
138. J. D. Gawronski S. M. Wong G. Giannoukos D. V. Ward B. J. Akerley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 16422 16427
139. G. C. Langridge M. D. Phan D. J. Turner T. T. Perkins L. Parts J. Haase I. Charles D. J. Maskell S. E. Peters G. Dougan J. Wain J. Parkhill A. K. Turner Genome Res. 2009 19 2308 2316
140. H. H. Wang F. J. Isaacs P. A. Carr Z. Z. Sun G. Xu C. R. Forest G. M. Church Nature 2009 460 894 898
141. H. H. Wang G. M. Church Methods Enzymol. 2011 498 409 426
142. H. Wang H. B. Kim L. Cong D. Bang G. M. Church Nat. Methods 2012 9 591 593
143. S. Datta N. Costantino X. Zhou D. L. Court Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 1626 1631
144. H. M. Ellis D. Yu T. DiTizio D. L. Court Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 6742 6746
145. B. Swingle Z. Bao E. Markel A. Chambers S. Cartinhour Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 4960 4968
146. J. I. Katashkina Y. Hara L. I. Golubeva I. G. Andreeva T. M. Kuvaeva S. V. Mashko BMC Mol. Biol. 2009 10 34
147. B. Swingle E. Markel N. Costantino M. G. Bubunenko S. Cartinhour D. L. Court Mol. Microbiol. 2010 75 138 148
148. J. C. van Kessel G. F. Hatfull Nat. Methods 2007 4 147 152
149. J. P. van Pijkeren R. A. Britton Nucleic Acids. Res. 2012
150. Y. W. Kow G. Bao J. W. Reeves S. Jinks-Robertson G. F. Crouse Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 11352 11357
151. T. K. Lu A. S. Khalil J. J. Collins Nat. Biotechnol. 2009 27 1139 1150
152. L. You R. S. Cox, 3rd R. Weiss F. H. Arnold Nature 2004 428 868 871
153. K. Brenner D. K. Karig R. Weiss F. H. Arnold Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17300 17304
154. T. Danino O. Mondragon-Palomino L. Tsimring J. Hasty Nature 2010 463 326 330
155. S. Regot J. Macia N. Conde K. Furukawa J. Kjellen T. Peeters S. Hohmann E. de Nadal F. Posas R. Sole Nature 2011 469 207 211
156. A. Tamsir J. J. Tabor C. A. Voigt Nature 2011 469 212 215
157. H. Alper G. Stephanopoulos Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 715 723
158. S. Kato S. Haruta Z. J. Cui M. Ishii Y. Igarashi Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 7099 7106
159. J. Shong M. R. Jimenez Diaz C. H. Collins Curr. Opin. Biotechnol. 2012
160. T. S. Bayer D. M. Widmaier K. Temme E. A. Mirsky D. V. Santi C. A. Voigt J. Am. Chem. Soc. 2009 131 6508 6515
161. F. Warnecke P. Luginbuhl N. Ivanova M. Ghassemian T. H. Richardson J. T. Stege M. Cayouette A. C. McHardy G. Djordjevic N. Aboushadi R. Sorek S. G. Tringe M. Podar H. G. Martin V. Kunin D. Dalevi J. Madejska E. Kirton D. Platt E. Szeto A. Salamov K. Barry N. Mikhailova N. C. Kyrpides E. G. Matson E. A. Ottesen X. Zhang M. Hernandez C. Murillo L. G. Acosta I. Rigoutsos G. Tamayo B. D. Green C. Chang E. M. Rubin E. J. Mathur D. E. Robertson P. Hugenholtz J. R. Leadbetter Nature 2007 450 560 565
162. P. J. Turnbaugh R. E. Ley M. Hamady C. M. Fraser-Liggett R. Knight J. I. Gordon Nature 2007 449 804 810
163. L. Dethlefsen M. McFall-Ngai D. A. Relman Nature 2007 449 811 818
164. J. K. Nicholson E. Holmes I. D. Wilson Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 431 438
165. H. Sokol P. Seksik J. P. Furet O. Firmesse I. Nion-Larmurier L. Beaugerie J. Cosnes G. Corthier P. Marteau J. Dore Inflammatory Bowel Dis. 2009 15 1183 1189
166. C. Manichanh L. Rigottier-Gois E. Bonnaud K. Gloux E. Pelletier L. Frangeul R. Nalin C. Jarrin P. Chardon P. Marteau J. Roca J. Dore Gut 2006 55 205 211
167. S. Nell S. Suerbaum C. Josenhans Nat. Rev. Microbiol. 2010 8 564 577
168. A. Giongo K. A. Gano D. B. Crabb N. Mukherjee L. L. Novelo G. Casella J. C. Drew J. Ilonen M. Knip H. Hyoty R. Veijola T. Simell O. Simell J. Neu C. H. Wasserfall D. Schatz M. A. Atkinson E. W. Triplett ISME J. 2011 5 82 91
169. S. T. Walk V. B. Young Interdiscip. Perspect. Infect. Dis. 2008 2008 125081
170. T. He K. Venema M. G. Priebe G. W. Welling R. J. Brummer R. J. Vonk Eur. J. Clin. Invest. 2008 38 541 547
171. L. Steidler W. Hans L. Schotte S. Neirynck F. Obermeier W. Falk W. Fiers E. Remaut Science 2000 289 1352 1355
172. L. Steidler P. Rottiers B. Coulie Ann. N. Y. Acad. Sci. 2009 1182 135 145
173. N. Saeidi C. K. Wong T. M. Lo H. X. Nguyen H. Ling S. S. Leong C. L. Poh M. W. Chang Mol. Syst. Biol. 2011 7 521
174. F. Duan J. C. March Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 11260 11264