Energies and 2′-hydroxyl group orientations of RNA backbone conformations. Benchmark CCSD(T)/CBS database, electronic analysis, and assessment of DFT methods and MD simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 1, 2014, Pages 463-480

  Mládek, Arnošt ^a   Banáš, Pavel ^b   Jurečka, Petr ^b   Otyepka, Michal ^b   Zgarbová, Marie ^b   Šponer, Jiří ^a,c  

^a INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

^b PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

^c CENTRAL EUROPEAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84892616086     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400837p     Document Type: Article

References (146)

1. Leontis, N. B.; Westhof, E. RNA 2001, 7, 499-512
2. Leontis, N. B.; Stombaugh, J.; Westhof, E. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3497-3531
3. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Petrov, A. I.; Leontis, N. B. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15723-15741
4. Leontis, N. B.; Westhof, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 300-308
5. Zirbel, C. L.; Sponer, J. E.; Sponer, J.; Stombaugh, J.; Leontis, N. B. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 4898-4918
6. Zgarbova, M.; Jurecka, P.; Banas, P.; Otyepka, M.; Sponer, J. E.; Leontis, N. B.; Zirbel, C. L.; Sponer, J. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11277-11292
7. Sponer, J. E.; Leszczynski, J.; Sychrovsky, V.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18680-18689
8. Sponer, J. E.; Spackova, N.; Kulhanek, P.; Leszczynski, J.; Sponer, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2292-2301
9. Sharma, P.; Sponer, J. E.; Sponer, J.; Sharma, S.; Bhattacharyya, D.; Mitra, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3307-3320
10. Mladek, A.; Sharma, P.; Mitra, A.; Bhattacharyya, D.; Sponer, J.; Sponer, J. E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1743-1755
11. Vokacova, Z.; Sponer, J.; Sponer, J. E.; Sychrovsky, V. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10813-10824
12. Oliva, R.; Cavallo, L.; Tramontano, A. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 865-879
13. Oliva, R.; Cavallo, L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 15670-15678
14. Parker, T. M.; Hohenstein, E. G.; Parrish, R. M.; Hud, N. V.; Sherrill, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 1306-1316
15. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117-4128
16. Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276
17. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965-1974
18. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 61, 3-31
19. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590-5596
20. Luo, R.; Gilson, H. S. R.; Potter, M. J.; Gilson, M. K. Biophys. J. 2001, 80, 140-148
21. Florian, J.; Sponer, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 884-892
22. Lech, C. J.; Heddi, B.; Phan, A. T. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 2034-2046
23. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Mladek, A.; Banas, P.; Jurecka, P.; Otyepka, M. Methods 2013, 10.1016/j.ymeth.2013.05.025
24. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Mladek, A.; Banas, P.; Jurecka, P.; Otyepka, M. Biopolymers 2013, 10.1002/bip.22322
25. Florian, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3010-3017
26. Bertran, J.; Oliva, A.; Rodriguez-Santiago, L.; Sodupe, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8159-8167
27. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Dziekonski, P.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10119-10129
28. Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N. J. Mat. Chem. 2006, 16, 1894-1905
29. Sharma, P.; Lait, L. A.; Wetmore, S. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 2435-2448
30. Brandl, M.; Meyer, M.; Suhnel, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11177-11187
31. Cooper, V. R.; Thonhauser, T.; Puzder, A.; Schroder, E.; Lundqvist, B. I.; Langreth, D. C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1304-1308
32. Czyznikowska, Z.; Gora, R. W.; Zalesny, R.; Lipkowski, P.; Jarzembska, K. N.; Dominiak, P. M.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9629-9644
33. Cysewski, P.; Czyznikowska, Z.; Zalesny, R.; Czelen, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2665-2672
34. Swart, M.; van der Wijst, T.; Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M. J. Mol. Model. 2007, 13, 1245-1257
35. Langner, K. M.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2007, 127, 111102-111105
36. Noguera, M.; Rios-Font, R.; Rodriguez-Santiago, L.; Solans-Monfort, X.; Oliva, A.; Bertran, J.; Sodupe, M. Theor. Chem. Acc. 2009, 123, 105-111
37. Svozil, D.; Sponer, J. E.; Marchan, I.; Perez, A.; Cheatham, T. E.; Forti, F.; Luque, F. J.; Orozco, M.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8188-8197
38. Mladek, A.; Sponer, J. E.; Jurecka, P.; Banas, P.; Otyepka, M.; Svozil, D.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3817-3835
39. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10955-10964
40. MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3235-3244
41. Bosch, D.; Foloppe, N.; Pastor, N.; Pardo, L.; Campillo, M. J. Mol. Struct.-THEOCHEM 2001, 537, 283-305
42. Wang, F. F.; Gong, L. D.; Zhao, D. X. J. Mol. Struct.-THEOCHEM 2009, 909, 49-56
43. Leulliot, N.; Ghomi, M.; Scalmani, G.; Berthier, G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8716-8724
44. Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Zhikol, O. A.; Leszczynski, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 2004, 22, 227-243
45. Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Zhikol, O. A.; Leszczynski, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 2004, 21, 537-553
46. Shishkin, O. V.; Palamarchuk, G. V.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 4413-4422
47. Millen, A. L.; Manderville, R. A.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 4373-4382
48. Churchill, C. D. M.; Wetmore, S. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 16373-16383
49. Millen, A. L.; Kamenz, B. L.; Leavens, F. M. V.; Manderville, R. A.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12993-13002
50. Denning, E. J.; Priyakumar, U. D.; Nilsson, L.; Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1929-1943
51. Denning, E. J.; MacKerell, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2800-2806
52. Sponer, J.; Mladek, A.; Sponer, J. E.; Svozil, D.; Zgarbova, M.; Banas, P.; Jurecka, P.; Otyepka, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 15257-15277
53. Mladek, A.; Krepl, M.; Svozil, D.; Cech, P.; Otyepka, M.; Banas, P.; Zgarbova, M.; Jurecka, P.; Sponer, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 7295-7310
54. Banas, P.; Hollas, D.; Zgarbova, M.; Jurecka, P.; Orozco, M.; Cheatham, T. E.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3836-3849
55. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829
56. Zgarbova, M.; Luque, F. J.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Otyepka, M.; Jurecka, P. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2339-2354
57. Zgarbova, M.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Mladek, A.; Banas, P.; Cheatham, T. E.; Jurecka, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2886-2902
58. Yildirim, I.; Stern, H. A.; Kennedy, S. D.; Tubbs, J. D.; Turner, D. H. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1520-1531
59. Ode, H.; Matsuo, Y.; Neya, S.; Hoshino, T. J. Comput. Chem. 2008, 29, 2531-2542
60. Mladek, A.; Sponer, J. E.; Kulhanek, P.; Lu, X. J.; Olson, W. K.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 335-347
61. Richardson, J. S.; Schneider, B.; Murray, L. W.; Kapral, G. J.; Immormino, R. M.; Headd, J. J.; Richardson, D. C.; Ham, D.; Hershkovits, E.; Williams, L. D.; Keating, K. S.; Pyle, A. M.; Micallef, D.; Westbrook, J.; Berman, H. M. RNA 2008, 14, 465-481
62. Neidle, S. Principles of Nucleic Acid Structure; Academia Press, Boston, USA, 2008, 20-33.
63. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205-8212
64. Jaeger, L.; Verzemnieks, E. J.; Geary, C. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 215-230
65. Hershkovitz, E.; Tannenbaum, E.; Howerton, S. B.; Sheth, A.; Tannenbaum, A.; Williams, L. D. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 6249-6257
66. Hsiao, C.; Mohan, S.; Hershkovitz, E.; Tannenbaum, A.; Williams, L. D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 1481-1491
67. Murray, L. J. W.; Arendall, W. B.; Richardson, D. C.; Richardson, J. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 13904-13909
68. Schneider, B.; Moravek, Z.; Berman, H. M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 1666-1677
69. Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E.; Tao, J. M.; Perdew, J. P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12129-12137
70. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104-154122
71. Grimme, S.; Ehrlich, S.; Goerigk, L. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1456-1465
72. Schafer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829-5835
73. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297-3305
74. Rappoport, D.; Furche, F. J. Chem. Phys. 2010, 133, 134105-134115
75. Jensen, F. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2726-2735
76. Sen, K. D. Chem. Phys. Lett. 1980, 74, 201-202
77. Shore, H. B.; Rose, J. H.; Zaremba, E. Phys. Rev. B 1977, 15, 2858-2861
78. Vydrov, O. A.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 2005, 122, 184107-184113
79. Cole, L. A.; Perdew, J. P. Phys. Rev. A 1982, 25, 1265-1271
80. Guo, Y. F.; Whitehead, M. A. Phys. Rev. A 1989, 40, 28-34
81. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Ohm, H.; Haser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 240, 283-289
82. Eichkorn, K.; Weigend, F.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 119-124
83. Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Schlegel, H. B.; Frisch, M. J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 49-56
84. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Rob, M. A.; Cheeseman, J. R.; Jr., J., A. M.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A.; Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2003.
85. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169
86. Klamt, A. WIRES-Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 699-709
87. Klamt, A.; Schuurmann, G. J. Chem. Soc.-Perkin Trans. 2 1993, 799-805
88. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243-252
89. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Olsen, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 437-446
90. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023
91. Woon, D. E.; Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1358-1371
92. Sponer, J.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142-10151
93. Sponer, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2595-2610
94. Becke, A. D. Phys Rev A 1988, 38, 3098-3100
95. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
96. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868
97. Zhang, Y. K.; Yang, W. T. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 890-890
98. Goerigk, L.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 107-126
99. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
100. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5656-5667
101. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6908-6918
102. Goerigk, L.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 291-309
103. Kozuch, S.; Gruzman, D.; Martin, J. M. L. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 20801-20808
104. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 034108-034123
105. Goerigk, L.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6670-6688
106. Fradera, X.; Austen, M. A.; Bader, R. F. W. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 304-314
107. Bader, R. F. W. Chem. Rev. 1991, 91, 893-928
108. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules. A Quantum Theory; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1990; 13-343.
109. Biegler-Konig, F.; Schonbohm, J.; Bayles, D. J. Comput. Chem. 2001, 22, 545-559
110. Biegler-Konig, F.; Schonbohm, J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1489-1494
111. Lane, J. R.; Contreras-Garcia, J.; Piquemal, J.-P.; Miller, B. J.; Kjaergaard, H. G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3263-3266
112. Foster, J. P.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7211-7218
113. Reed, A. E.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1983, 78, 4066-4073
114. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735-746
115. Reed, A. E.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 1736-1740
116. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899-926
117. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
118. Case, D. A.; Darden, T. A.; Chetham, T. E., III; Simmerling, C. E.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B. P.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M. J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, V.; Kovalenko, A.; Kollmann, P. A. AMBER 11 University of California: San Francisco, 2010.
119. Luo, R.; David, L.; Gilson, M. K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1244-1253
120. Lu, Q.; Luo, R. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11035-11047
121. Perez, A.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14739-14745
122. Banas, P.; Walter, N. G.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8701-8712
123. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
124. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021-8024
125. Joung, I. S.; Cheatham, T. E., III J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9020-9041
126. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
127. Burns, L. A.; Vazquez-Mayagoitia, A.; Sumpter, B. G.; Sherrill, C. D. J. Chem. Phys. 2011, 134, 084107
128. Sponer, J.; Mladek, A.; Spackova, N.; Cang, X. H.; Cheatham, T. E., III; Grimme, S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 9785-9796
129. Goerigk, L.; Kruse, H.; Grimme, S. Chem. Phys. Chem 2011, 12, 3421-3433
130. Perdew, J. P. Proc. 21st Ann. Int. Symp. Electronic Struct. Sol.; Akademie Verlag: Berlin, 1991, 11-20.
131. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 1040-1046
132. Jurecka, P.; Sponer, J.; Cerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993
133. Sponer, J.; Cang, X.; Cheatham, T. E., III Methods 2012, 57, 25-39
134. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1997, 274, 54-63
135. Singh, S. B.; Kollman, P. A. Biophys. J. 1996, 70, 1940-1948
136. Bolton, P. H.; Kearns, D. R. Biochim. Biophys. Acta 1978, 517, 329-337
137. Gyi, J. I.; Lane, A. N.; Conn, G. L.; Brown, T. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3104-3110
138. Fohrer, J.; Hennig, M.; Carlomagno, T. J. Mol. Biol. 2006, 356, 280-287
139. Ying, J. F.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8372-8373
140. Fonville, J. M.; Swart, M.; Vokáčová, Z.; Sychrovský, V.; Šponer, J. E.; Šponer, J.; Hilbers, C. W.; Bickelhaupt, F. M.; Wijmenga, S. S. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 12372-12387
141. Fadrna, E.; Spackova, N.; Sarzynska, J.; Koca, J.; Orozco, M.; Cheatham, T. E., III; Kulinski, T.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2514-2530
142. Jang, S. B.; Baeyens, K.; Jeong, M. S.; SantaLucia, J.; Turner, D.; Holbrook, S. R. Acta Crystallogr. D 2004, 60, 829-835
143. Mackerell, A. D.; Wiorkiewiczkuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975
144. Sponer, J. E.; Reblova, K.; Mokdad, A.; Sychrovsky, V.; Leszczynski, J.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9153-9164
145. Sponer, J. E.; Spackova, N.; Leszczynski, J.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11399-11410
146. Lu, X. J.; Olson, W. K.; Bussemaker, H. J. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 4868-4876