Structure-based design of a potent artificial transactivation domain based on p53

Journal of the American Chemical Society

Volumn 134, Issue 3, 2012, Pages 1715-1723

  Langlois, Chantal ^a   Del Gatto, Annarita ^b   Arseneault, Geneviève ^a   Lafrance Vanasse, Julien ^a   De Simone, Mariarosaria ^b   Morse, Thomas ^a   De Paola, Ivan ^b   Lussier Price, Mathieu ^a   Legault, Pascale ^a   Pedone, Carlo ^b   Zaccaro, Laura ^b   Omichinski, James G ^a  

^a UNIVERSITÉ DE MONTRÉAL   (Canada)

^b UNIVERSITY OF NAPLES FEDERICO II   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA-BINDING DOMAIN; HUMAN DISEASE; IN-VITRO ANALYSIS; IN-VIVO; MODEL SYSTEM; N-CAPPING MOTIF; NATURAL AMINO ACIDS; STRUCTURE-BASED; TARGET PROTEINS; TRANSACTIVATION DOMAIN; TRANSCRIPTION ACTIVATORS; TRANSCRIPTIONAL ACTIVATORS; TRANSCRIPTIONAL REGULATION;

AMINO ACIDS; DISEASE CONTROL; GENES; PEPTIDES; TRANSCRIPTION;

STRUCTURAL DESIGN;

AMINO ACID; PROTEIN P53;

ARTICLE; CAPPING PHENOMENON; CONTROLLED STUDY; NONHUMAN; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN MOTIF; PROTEIN STRUCTURE; TRANSACTIVATION; YEAST;

AMINO ACID MOTIFS; AMINO ACID SEQUENCE; GENE EXPRESSION REGULATION, FUNGAL; HUMANS; LEUCINE; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION; TUMOR SUPPRESSOR PROTEIN P53; YEASTS;

EID: 84856247693     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja208999e     Document Type: Article

References (82)

1. Ptashne, M.; Gann, A. A. F. Nature 1997, 386, 569
2. Giniger, E.; Ptashne, M. Nature 1987, 330, 670
3. Sadowski, I.; Ma, J.; Triezenberg, S.; Ptashne, M. Nature 1988, 335, 563
4. Goodrich, J. A.; Hoey, T.; Thut, C. J.; Admon, A.; Tjian, R. Cell 1993, 75, 519
5. Brown, C. E.; Howe, L.; Sousa, K.; Alley, S. C.; Carrozza, M. J.; Tan, S.; Workman, J. L. Science 2001, 292, 2333
6. Prochasson, P.; Neely, K. E.; Hassan, A. H.; Li, B.; Workman, J. L. Mol. Cell 2003, 12, 983
7. Yang, F.; DeBeaumont, R.; Zhou, S.; Naar, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2339
8. Blau, J.; Xiao, H.; McCracken, S.; O'Hare, P.; Greenblatt, J.; Bentley, D. Mol. Cell. Biol. 1996, 16, 2044
9. Tansey, W. P.; Ruppert, S.; Tjian, R.; Herr, W. Genes Dev. 1994, 8, 2756
10. Black, J. C.; Choi, J. E.; Lombardo, S. R.; Carey, M. Mol. Cell 2006, 23, 809
11. Gutierrez, J. L.; Chandy, M.; Carrozza, M. J.; Workman, J. L. EMBO J. 2007, 26, 730
12. Brown, S. A.; Weirich, C. S.; Newton, E. M.; Kingston, R. E. EMBO J. 1998, 17, 3146
13. Lee, L. W.; Mapp, A. K. J. Biol. Chem. 2010, 285, 11033
14. Graslund, T.; Li, X.; Magnenat, L.; Popkov, M.; Barbas, C. F., III. J. Biol. Chem. 2005, 280, 3707
15. Rodriguez-Martinez, J. A.; Peterson-Kaufman, K. J.; Ansari, A. Z. Biochim. Biophys. Acta Gene Reg. Mech. 2010, 1799, 768
16. Sera, T. Adv. Drug Delivery Rev. 2009, 61, 513
17. Visser, A. E.; Verschure, P. J.; Gommans, W. M.; Haisma, H. J.; Rots, M. G. Adv. Genet. 2006, 56, 131
18. Verschure, P. J.; Visser, A. E.; Rots, M. G. Adv. Genet. 2006, 56, 163
19. Hannon, G. J. Nature 2002, 418, 244
20. Rana, T. M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 23
21. Kim, D. H.; Rossi, J. J. Nat. Rev. Genet. 2007, 8, 173
22. Dervan, P. B.; Doss, R. M.; Marques, M. A. Curr. Med. Chem. Anticancer Agents 2005, 5, 373
23. Nickols, N. G.; Jacobs, C. S.; Farkas, M. E.; Dervan, P. B. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 363
24. Muzikar, K. A.; Nickols, N. G.; Dervan, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 16598
25. Nielsen, P. E. Q. Rev. Biophys. 2005, 38, 345
26. Chen, J.; Peterson, K. R.; Iancu-Rubin, C.; Bieker, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 16846
27. Liu, B.; Han, Y.; Corey, D. R.; Kodadek, T. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1838
28. Nielsen, P. E.; Egholm, M.; Berg, R. H.; Buchardt, O. Science 1991, 254, 1497
29. Beerli, R. R.; Barbas, C. F., III. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 135
30. Beerli, R. R.; Dreier, B.; Barbas, C. F., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 1495
31. Beerli, R. R.; Schopfer, U.; Dreier, B.; Barbas, C. F., III. J. Biol. Chem. 2000, 275, 32617
32. Di Lello, P.; Jenkins, L. M. M.; Jones, T. N.; Nguyen, B. D.; Hara, T.; Yamaguchi, H.; Dikeakos, J. D.; Appella, E.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Mol. Cell 2006, 22, 731
33. Langlois, C.; Mas, C.; Di Lello, P.; Jenkins, L. M. M.; Legault, P.; Omichinski, J. G. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10596
34. Uesugi, M.; Nyanguile, O.; Lu, H.; Levine, A. J.; Verdine, G. L. Science 1997, 277, 1310
35. Radhakrishnan, I.; PerezAlvarado, G. C.; Parker, D.; Dyson, H. J.; Montminy, M. R.; Wright, P. E. Cell 1997, 91, 741
36. Dames, S. A.; Martinez-Yamount, M.; Guzman, R. N. D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5271
37. Wojciak, J. M.; Martinez-Yamout, M. A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. EMBO J. 2009, 28, 948
38. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Elenbaas, B.; Moreau, J.; Levine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948
39. Mattei, E.; Corbi, N.; Di Certo, M. G.; Strimpakos, G.; Severini, C.; Onori, A.; Desantis, A.; Libri, V.; Buontempo, S.; Floridi, A.; Fanciulli, M.; Baban, D.; Davies, K. E.; Passananti, C. PLoS One 2007, 2, e774
40. Lu, Y.; Tian, C.; Danialou, G.; Gilbert, R.; Petrof, B. J.; Karpati, G.; Nalbantoglu, J. J. Biol. Chem. 2008, 283, 34720
41. Stanojevic, D.; Young, R. A. Biochemistry 2002, 41, 7209
42. Di Certo, M. G.; Corbi, N.; Strimpakos, G.; Onori, A.; Luvisetto, S.; Severini, C.; Guglielmotti, A.; Batassa, E. M.; Pisani, C.; Floridi, A.; Benassi, B.; Fanciulli, M.; Magrelli, A.; Mattei, E.; Passananti, C. Hum. Mol. Genet. 2010, 19, 752
43. Wilber, A.; Tschulena, U.; Hargrove, P. W.; Kim, Y. S.; Persons, D. A.; Barbas, C. F., III; Nienhuis, A. W. Blood 2010, 115, 3033
44. Rowe, S. P.; Casey, R. J.; Brennan, B. B.; Buhrlage, S. J.; Mapp, A. K. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10654
45. Ansari, A. Z.; Mapp, A. K.; Nguyen, D. H.; Dervan, P. B.; Ptashne, M. Chem. Biol. 2001, 8, 583
46. Beltran, A. S.; Sun, X.; Lizardi, P. M.; Blancafort, P. Mol. Cancer Ther. 2008, 7, 1080
47. Ma, J.; Ptashne, M. Cell 1987, 51, 113
48. Xiao, X.; Yu, P.; Lim, H. S.; Sikder, D.; Kodadek, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 2865
49. Liu, B.; Alluri, P. G.; Yu, P.; Kodadek, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8254
50. Xiao, X.; Yu, P.; Lim, H. S.; Sikder, D.; Kodadek, T. J. Comb. Chem. 2007, 9, 592
51. Jung, D. J.; Shimogawa, H.; Kwon, Y.; Mao, Q.; Sato, S.; Kamisuki, S.; Kigoshi, H.; Uesugi, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4774
52. Jung, D. J.; Choi, Y. M.; Uesugi, M. Drug Discovery Today 2006, 11, 452
53. Minter, A. R.; Brennan, B. B.; Mapp, A. K. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10504
54. Candau, R.; Scolnick, D. M.; Darpino, P.; Ying, C. Y.; Halazonetis, T. D.; Berger, S. L. Oncogene 1997, 12, 807
55. Triezenberg, S. J.; Kingsbury, R. C.; McKnight, S. L. Genes Dev. 1988, 2, 718
56. Unger, T.; Nau, M. M.; Segal, S.; Minna, J. D. EMBO J. 1992, 11, 1383
57. Sullivan, S. M.; Horn, P. J.; Olson, V. A.; Koop, A. H.; Niu, W.; Ebright, R. H.; Triezenberg, S. J. Nucleic Acid Res. 1998, 26, 4487
58. Di Lello, P.; Jenkins, L. M. M.; Mas, C.; Langlois, C.; Malitskaya, E.; Fradet-Turcotte, A.; Archambault, J.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 106
59. Marion, D.; Kay., L. E.; Sparks, S. W.; Torchia., D. A.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 1515
60. Ikura, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 2433
61. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277
62. Vranken, W. F.; Boucher, W.; Stevens, T. J.; Fogh, R. H.; Pajon, A.; Llinas, P.; Ulrich, E. L.; Markley, J. L.; Ionides, J.; Laue, E. D. Proteins 2005, 59, 687
63. Cornilescu, G.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1999, 13, 289
64. Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J.-S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr. 1998, D54, 905
65. Choy, W.-Y.; Tollinger, M.; Mueller, G. A.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2001, 21, 31
66. Laskowski, R. A.; Antoon, J.; Rullmann, C.; Macarthur, M. W.; Kaptein, R.; Thornton, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 8, 477
67. D'Andrea, L. D.; Iaccarino, G.; Fattorusso, R.; Sorriento, D.; Carannante, C.; Capasso, D.; Trimarco, B.; Pedone, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 14215
68. Aurora, R.; Rose, G. D. Protein Sci. 1998, 7, 21
69. Diana, D.; Ziaco, B.; Colombo, G.; Scarabelli, G.; Romanelli, A.; Fedone, C.; Fattorusso, R.; D'Andrea, L. D. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 4164
70. Gu, W.; Roeder, R. G. Cell 1997, 90, 595
71. Avantaggiati, M. L.; Ogryzko, V.; Gardner, K.; Giordano, A.; Levine, A. S.; Kelly, K. Cell 1997, 89, 1175
72. Ferreon, J. C.; Lee, C. W.; Arai, M.; Martinez-Yamout, M. A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 6591
73. Teufel, D. P.; Freund, S. M.; Bycroft, M.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 7009
74. Padmanabhan, S.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1994, 3, 1992
75. Padmanabhan, S.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1994, 241, 706
76. Luo, P.; Baldwin, R. L. Biophys. Chem. 2002, 96, 103
77. Munoz, V.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 399
78. Creamer, T. P.; Rose, G. D. Protein Sci. 1995, 4, 1305
79. Kutchukian, P. S.; Yang, J. S.; Verdine, G. L.; Shakhnovich, E. I. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4622
80. Bautista, A. D.; Appelbaum, J. S.; Craig, C. J.; Michel, J.; Schepartz, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 2904
81. Kim, Y. W.; Kutchukian, P. S.; Verdine, G. L. Org. Lett. 2010, 12, 3046
82. Shoemaker, B. A.; Portman, J. J.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8868