NMR structure of the complex between the Tfb1 subunit of TFIIH and the activation domain of VP16: Structural similarities between VP16 and p53

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 32, 2008, Pages 10596-10604

  Langlois, Chantal ^a   Mas, Caroline ^a   Di Lello, Paola ^a   Miller Jenkins, Lisa M ^b   Legault, Pascale ^a   Omichinski, James G ^a  

^a UNIVERSITÉ DE MONTRÉAL   (Canada)

^b NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL ACTIVATION; CHEMICAL REACTIONS; FLOW INTERACTIONS; MAMMALS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; TRANSCRIPTION; VOLUMETRIC ANALYSIS;

ACTIVATION DOMAINS; CARBOXYL-TERMINAL; HERPES SIMPLEX; HIGH RESOLUTIONS; IN-VITRO; IN-VIVO; ISOTHERMAL TITRATION; NANOMOLAR AFFINITY; NMR SPECTROS COPY; PROTEIN INTERACTIONS; SEQUENCE SIMILARITY; SITE-DIRECTED MUTAGENESIS; STRUCTURAL SIMILARITIES; SUB DOMAINS; TARGET PROTEINS; TRANSACTIVATION DOMAIN; TUMOR SUPPRESSORS; VIRION PROTEIN 16;

CHLORINE COMPOUNDS;

PROTEIN P53; PROTEIN SUBUNIT; PROTEIN VP16; TRANSCRIPTION FACTOR IIH;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING AFFINITY; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; ISOTHERMAL TITRATION CALORIMETRY; MUTAGENESIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN BINDING; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; PROTEIN STRUCTURE; STRUCTURE ANALYSIS; TRANSCRIPTION REGULATION;

HERPES SIMPLEX VIRUS PROTEIN VMW65; HUMANS; MUTATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PHOSPHORYLATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; TRANSCRIPTION FACTOR TFIIH; TUMOR SUPPRESSOR PROTEIN P53;

EID: 49449118629     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja800975h     Document Type: Article

References (79)

1. Ptashne, M.; Gann, A. A. F. Nature 1997, 386, 569-577.
2. Ptashne, M.; Gann, A. A. F. Nature 1990, 346, 329-331.
3. Prochasson, P.; Neely, K. E.; Hassan, A. H.; Li, B.; Workman, J. L. Mol. Cell 2003, 12 (4), 983-990.
4. Gutierrez, J. L.; Chandy, M.; Carrozza, M. J.; Workman, J. L. EMBO J. 2007, 26 (3), 730-740.
5. Bryant, G. O.; Ptashne, M. Mol. Cell 2003, 11, 1301-1309.
6. Goodrich, J. A.; Hoey, T.; Thut, C. J.; Admon, A.; Tjian, R. Cell 1993, 75, 519-530.
7. Brown, S. A.; Weirich, C. S.; Newton, E. M.; Kingston, R. E. EMBO J. 1998, 17, 3146-3154.
8. Blau, J.; Xiao, H.; McCracken, S.; O'Hare, P.; Greenblatt, J.; Bentley, D. Mol. Cell. Biol. 1996, 16, 2044-2055.
9. Bentley, D. Curr. Opin. Genet. Dev. 1995, 5, 210-216.
10. Brown, C. E.; Howe, L.; Sousa, K.; Alley, S. C.; Carrozza, M. J.; Tan, S.; Workman, J. L. Science 2001, 292 (5525), 2333-2337.
11. Ito, M.; Yuan, C.-X.; Malik, S.; Gu, W.; Fondell, J. D.; Yamamura, S.; Fu, Z.-Y.; Zhang, X.; Qin, J.; Roeder, R. G. Mol. Cell 1999, 3 (3), 361-370.
12. Black, J. C.; Choi, J. E.; Lombardo, S. R.; Carey, M. Mol. Cell 2006, 23 (6), 809-818.
13. Hall, D. B.; Struhl, K. J. Biol. Chem. 2002, 277, 46043-16050.
14. Kuras, L.; Struhl, K. Nature 1999, 399 (6736), 609-613.
15. Yang, F.; et al. Nature 2006, 442 (7103), 700-704.
16. Yang, F.; DeBeaumont, R.; Zhou, S.; Naar, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101 (8), 2339-2344.
17. Tansey, W. P.; Ruppert, S.; Tjian, R.; Herr, W. Genes Dev. 1994, 8 (22), 2756-2769.
18. Fields, S.; Jang, S. K. Science 1990, 249 (4972), 1046-1049.
19. Triezenberg, S. J.; Kingsbury, R. C.; McKnight, S. L. Genes Dev. 1988, 2, 718-729.
20. Levine, A. J. Cell 1997, 88, 323-331.
21. Wysocka, J.; Herr, W. Trends Biochem. Sci. 2003, 28 (6), 294-304.
22. Cress, W. D.; Triezenberg, S. J. Science 1991, 251, 87-90.
23. Das, G.; Hinkley, C. S.; Herr, W. Nature (London) 1995, 374 (6523), 657-660.
24. Sullivan, S. M.; Horn, P. J.; Olson, V. A.; Koop, A. H.; Niu, W.; Ebright, R. H.; Triezenberg, S. J. Nucleic Acid Res. 1998, 26, 4487-4496.
25. Mitchell, P. J.; Tjian, R. Science 1989, 245, 371-378.
26. Regier, J. L.; Shen, F.; Triezenberg, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 883-887.
27. Candau, R.; Scolnick, D. M.; Darpino, P.; Ying, C. Y.; Halazonetis, T. D.; Berger, S. L. Oncogene 1997, 12, 807-816.
28. Hope, I. A.; Mahadevan, S.; Struhl, K. Nature 1988, 333, 635-640.
29. Gill, G.; Sadowski, I.; Ptashne, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 2127-2131.
30. Drysdale, C. M.; Duenas, E.; Jackson, B. M.; Reusser, U.; Braus, G. H.; Hinnebusch, A. G. Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 1230-1233.
31. Uesugi, M.; Nyanguile, O.; Lu, H.; Levine, A. J.; Verdine, G. L. Science 1997, 277, 1310-1313.
32. Uesugi, M.; Verdine, G. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96 (26), 14801-14806.
33. Jonker, H. R. A.; Wechselberger, R. W.; Boelens, R.; Folkers, G. E.; Kaptein, R. Biochemistry 2005, 44 (3), 827-839.
34. Stringer, K. F.; Ingles, C. J.; Greenblatt, J. Nature 1990, 345, 783-786.
35. Ingles, C. J.; Shales, M.; Cress, W. D.; Triezenberg, S. J.; Greenblatt, J. Nature 1991, 351, 588-590.
36. Neeley, K. E.; Hassan, A. H.; Wallberg, A. E.; Steger, D. J.; Cairns, B. R.; Wrights, A. P.; Workman, J. L. Mol. Cell 1999, 4, 649-655.
37. Neeley, K. E.; Hassan, A. H.; Brown, C. E.; Howe, L.; Workman, J. L. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 1615-1625.
38. Yudkovsky, N.; Logie, C.; Hanh, S.; Peterson, C. L. Genes Dev. 1999, 13, 2369-2374.
39. Chang, J.; Kim, D.-H.; Lee, S. W.; Choi, K. Y.; Sung, Y. J. Biol. Chem. 1995, 270 (42), 25014-25019.
40. Sigler, P. B. Nature 1988, 333, 210-212.
41. O'Hare, P.; Williams, G. Biochemistry 1992, 31, 4150-4156.
42. Lee, H.; Mok, K. H.; Muhandiram, R.; Park, K.-Y.; Suk, J.-E.; Kim, D.-H.; Chang, J.; Sun, Y. C.; Choi, K. Y.; Han, K.-H. J. Biol. Chem. 2000, 275, 29426-29432.
43. Donaldson, L.; Capone, J. P. J. Biol. Chem. 1992, 267, 1411-1414.
44. Shen, F.; Triezenberg, S. J.; Hensley, P.; Porter, D.; Knutson, J. R. J. Biol. Chem. 1996, 271, 4827-4837.
45. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Elenbaas, B.; Moreau, J.; Levine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948-953.
46. Lee, C.; Chang, J. H.; Lee, H. S.; Cho, Y. Genes Dev. 2002, 16, 3199-3212.
47. Bochkareva, E.; Kaustov, L.; Ayed, A.; Yi, G.-S.; Lu, Y.; Pineda-Lucena, A.; Liao, J. C. C.; Okorokov, A. L.; Milner, J.; Arrowsmith, C. H.; Bochkarev, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102 (43), 15412-15417.
48. Chi, S.-W.; Lee, S.-H.; Kim, D.-H.; Ahn, M.-J.; Kim, J.-S.; Woo, J.-Y.; Torizawa, T.; Kainosho, M.; Han, K.-H. J. Biol. Chem. 2005, 280 (46), 38795-38802.
49. Di Lello, P.; Jenkins, L. M. M.; Jones, T. N.; Nguyen, B. D.; Hara, T.; Yamaguchi, H.; Dikeakos, J. D.; Appella, E.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Mol. Cell 2006, 22 (6), 731-740.
50. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12 (1), 54-60.
51. Uhlmann, T.; Boeing, S.; Lehmbacher, M.; Meisterernst, M. J. Biol. Chem. 2007, 282 (4), 2163-2173.
52. Taddei, A.; Van Houwe, G.; Hediger, F.; Kalck, V.; Cubizolles, F.; Schober, H.; Gasser, S. M. Nature 2006, 441 (7094), 774-778.
53. Moore, I.; Samalova, M.; Kurup, S. Plant J. 2006, 45 (4), 651-683.
54. Xiao, H.; Pearson, A.; Coulombe, B.; Truant, R.; Zhang, S.; Regier, J. L.; Trienzenberg, S. J.; Reinberg, D.; Flores, O.; Ingles, C. J.; Greenblatt, J. Mol. Cell. Biol. 1994, 14, 7013-7024.
55. Di Lello, P.; Nguyen, B. D.; Jones, T. N.; Potempa, K.; Kobor, M. S.; Legault, P.; Omichinski, J. G. Biochemistry 2005, 44 (21), 7678-7686.
56. Houtman, J. C. D.; Higashimoto, Y.; Dimasi, N.; Cho, S.; Yamaguchi, H.; Bowden, B.; Regan, C.; Malchiodi, E. L.; Mariuzza, R.; Schuck, P.; Appella, E.; Samelson, L. E. Biochemistry 2004, 43 (14), 4170-4178.
57. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6 (3), 277-293.
58. Johnson, B. A.; Blevins, R. A. J. Biomol. NMR 1994, 4, 603-614.
59. Cornilescu, G.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1999, 13, 289-302.
60. Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J.-S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr. 1998, D54, 905-921.
61. Laskowski, R. A.; Antoon, J.; Rullmann, C.; Macarthur, M. W.; Kaptein, R.; Thornton, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 8 (4), 477-486.
62. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 51-55.
63. Nedialkov, Y. A.; Triezenberg, S. J. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 425 (1), 77-86.
64. Gallivan, J. P.; Dougherty, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96 (17), 9459-9464.
65. Reid, K. S. C.; Lindley, P. F.; Thornton, J. M. FEBS Lett. 1985, 190 (2), 209-213.
66. Burley, S. K.; Petsko, G. A. FEBS Let. 1986, 203, 139-143.
67. Wada, A. Adv. Biophys. 1976, 9, 1-63.
68. Hol, W. G. L.; Duijnen, P. T. v.; Berendsen, H. J. C. Nature 1978, 273, 443-446.
69. Huyghues-Despointes, B. M. P.; Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1993, 2 (10), 1604-1611.
70. Scholtz, J. M.; Qian, H.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1993, 32 (37), 9668-9676.
71. Bode, A. M.; Dong, Z. Nature Rev. Cancer 2004, 4 (10), 793-805.
72. Nedialkov, Y. A.; Shooltz, D. D.; Triezenberg, S. J. Methods Enzymol. 2003, 370 (RNA Polymerases and Associated Factors, Part C), 522-535.
73. Kim, Y. K.; Bourgeois, C. F.; Pearson, R.; Tyagi, M.; West, M. J.; Wong, J.; Wu, S.-Y.; Chiang, C.-M.; Karn, J. EMBO J. 2006, 25 (15), 3596-3604.
74. Pearson, A.; Greenblatt, J. Oncogene 1997, 15, 2643-2658.
75. Wang, B. Q.; Burton, Z. F. J. Biol. Chem. 1995, 270, 27035-27044.
76. Tong, X.; Wang, F.; Thut, C. J.; Kieff, E. J. Virol. 1995, 69 (1), 585-588.
77. Mahanta, S. K.; Scholl, T.; Yang, F.-C.; Strominger, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94 (12), 6324-6329.
78. Dahlman-Wright, K.; Baumann, H.; McEwan, I. J.; Almlof, T.; Wright, A. P.; Gustafsson, J. A.; Hard, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 1699-1703.
79. Iakoucheva, L. M.; Radivojac, P.; Brown, C. J.; O'Connor, T. R.; Sikes, J. G.; Obradovic, Z.; Dunker, A. K. Nucleic Acids Res 2004, 32 (3), 1037-1049.