Computer simulations of peptides from the p53 DNA binding domain

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 5, 2009, Pages 1380-1392

  Khalili, Mey ^a,b   Wales, David J ^c  

^a NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

^b MITRE CORPORATION   (United States)

^c Department of Chemistry ^*  (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 66749155939     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct8005387     Document Type: Article

References (97)

1. Lane, D. P.; Crawford, L. V. Nature (London) 1979, 278, 261-263.
2. Oren, M.; Rotter, V. Gell. Mol, Life Sci. 1999, 55, 9-11.
3. May, P.; May, E. Oncoeene 1999, 18, 7621-7636.
4. Vogelstein, B.; Lane, D.; Levine, A. J. Nature (London) 2000, 408, 307-310.
5. 25 Years ofp53 Research; Hainaut, P., Wiman, K. G., Eds.; Springer: New York, 2005.
6. Linzer, D. L.; Levine, A. J. Cell 1979, 17, 43-52.
7. Soussi, T.; Dehouche, K.; Beroud, C. Hum, Mutat. 2000, 15, 105-113.
8. Römer, L.; Klein, C.; Dehner, A.; Kessler, H.; Buchner, J. Aneew. Chen. Int. Ed. 2006, 45, 6440-6460.
9. Joeger, A. C.; Fersht, A. R. Oncoeene 2007, 26, 2226-2242.
10. Freedman, D. A.; Wu, L.; Levine, A. J. Cell. Mol. Life Sci. 1999, 55, 96-107.
11. Sherr, C. J. Genes Dev. 1998, 12, 2984-2991.
12. Dasika, G. K.; Lin, S. C.; Zhao, S.; Sung, P.; Tomkinson, A.; Lee, E. Y. Oncoeene 1999, 18, 7883-7899.
13. Bartek, J.; Lukas, J. Curr. Ovin. Cell. Biol. 2001, 13, 738-747.
14. Salomoni, P.; Pandoln, P. P. Cell 2002, 108, 165-170.
15. Colombo, E.; Marine, J. C.; Danovi, D.; Falini, B.; Pelicci, P. G. Nat. Cell Biol. 2002, 4, 529-533.
16. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Elenbaas, B.; Moreau, J.; Lecine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948-953.
17. Hupp, T. R.; Lane, D. P.; Ball, K. L. Biochem. J. 2000, 352, 1-17.
18. Cho, Y.; Gorina, S.; Jeffrey, P. D.; Pavletich, N. P. Science 1994, 265, 346-355.
19. Weinberg, R. L.; Veprintsev, D. B.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2004, 341, 1145-1159.
20. Tidow, H.; Melero, R.; Mylonas, E.; Freund, S. M. V.; Grossmann, J. G.; Carazo, J. M.; Svergun, D. L.; Valle, M.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 12324-12329.
21. Nadillas, J. M. P. C.; Tidow, H.; Freund, S. M. V.; Rutherford, T. J.; Ang, H. C.; Fersht, A. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 2109-2114.
22. Rustandi, R. R.; Baldisseri, D. M.; Weber, D. J. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 570-574.
23. Clore, G. M.; Ernst, J.; Clubb, R.; Omichinski, J. G.; Kennedy, W. M. P.; Sakaguchi, K. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 321-333.
24. Lee, W.; Harvey, T. S.; Yin, Y.; Yau, P.; Litchfield, D.; Arrowsmith, C. H. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 877-890.
25. Dawson, R.; Muller, L.; Dehner, A.; Klein, C.; Kessler, H.; Buchner, J. J. Mol. Biol. 2003, 332, 1131-1141.
26. Wells, M.; Tidow, H.; Rutherford, T. J.; Markwick, P.; Jensen, M. R.; Mylonas, E.; Svergun, D. L.; Blackledge, M.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 5762-5767.
27. el Deiry, W. S.; Kern, S. E.; Pietenpol, J. A.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Nat. Genet. 1992, 1, 45-49.
28. Kern, S. E.; Kinzler, K. W.; Bruskin, A.; Jarosz, D.; Friedman, P.; Prives, C.; Vogelstein, B. Science 1991, 252, 1708-1711.
29. Kitayner, M.; Rozenberg, H.; Kessler, N.; Rabinovich, D.; Shaulov, L.; Haran, T. E.; Shakked, Z. Mol. Cell 2006, 22, 741-753.
30. Ho, W. C.; Fitzgerald, M. X.; Marmorstein, R. J. Biol. Chem. 2006, 281, 20494-20502.
31. Sionov, R. V.; Haupt, Y. Oncoeene 1999, 18, 6145-6157.
32. Reihsaus, E.; Kohier, M.; Kraiss, S.; Oren, M.; Montenarh, M. Oncoeene 1990, 5, 137-145.
33. Barak, Y.; Juven, T.; Haffner, R.; Oren, M. EMBO J. 1993, 12, 461-468.
34. Momand, J.; Zambetti, G. P.; Oison, D. C.; George, D.; Levine, A. J. Cell 1992, 69, 1237-1245.
35. Uesugi, M.; Verdine, G. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14801-14806.
36. Yu, G. W.; Rudiger, S.; Veprintsev, D.; Freund, S.; Fernandez-Fernandez, M. R.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1227-1232.
37. Honda, R.; Tanaka, H.; Yasuda, H. FEBS Lett. 1997, 420, 25-27.
38. Li, M.; Brooks, C. L.; Wu-Baer, F.; Chen, D.; Baer, R.; Gu, W. Science 2003, 302, 1972-1975.
39. Bullock, A. N.; Fersht, A. R. Nat. Cancer Rev. 2001, 1, 68-76.
40. Roth, J. A.; Nguyen, D.; Lawrence, D. D.; Kemp, B. L.; Carrasco, C. H.; Ferson, D. Z.; Hong, W. K.; Komaki, R.; Lee, J. J.; Nesbitt, J. C.; Pisters, K. M. W.; Putnam, J. B.; Schea, R.; Shin, D. M.; Walsh, G. L.; Dokumente, M. M.; Han, C. L.; Martin, F. D.; Yen, N.; Xu, K.; Stephens, L. C.; McDonnell, T. J.; Mukhopadhyay, T.; Cai, D. Nat. Med. 1996, 2, 985-991.
41. Seth, P.; Katayose, D.; Li, Z. W.; Kim, M.; Wersto, R.; Shanmugam, N.; Ohri, E.; Mudahar, B.; Rakkar, A. N. S.; Kadoli, P.; Cowan, K. Cancer Gene Ther. 1997, 4, 383-390.
42. Kawabe, S.; Munshi, A.; Zumstein, L. A.; Wilson, D. R.; Roth, J. A.; Meyn, R. E. Int. J. Radiat. Biol. 2001, 77, 185-194.
43. Kataoka, M.; Schumacher, G.; Cristiano, R. J.; Atkinson, E. N.; Roth, J. A.; Mukhopadhyay, T. Cancer Res. 1998, 58, 4761-4765.
44. Nielsen, L. L.; Dell, J.; Maxwell, E.; Armstrong, L.; Maneval, D.; Catino, J. J. Cancer Gene Ther. 1997, 4, 129-138.
45. Spitz, F. R.; Nguyen, D.; Skibber, J. M.; Cusack, J.; Roth, J. A.; Cristiano, R. J. Anticancer Res. 1996, 16, 3415-3422.
46. Kubbutat, M. H. G.; Jones, S. N.; Vousden, K. H. Nature (London) 1997, 387, 299-303.
47. Haupt, Y.; Maya, R.; Kazaz, A.; Oren, M. Nature (London) 1997, 387, 296-299.
48. Wasylyk, C.; Salvi, R.; Argentini, M.; Dureuil, C.; Delumeau, L.; Abecassis, J.; Debussche, L.; Wasylyk, B. Oncoeene 1999, 18, 1921-1934.
49. Pavletich, N. P.; Chambers, K. A.; Pabo, C. O. Genes Dev. 1993, 7, 2556-2564.
50. Bullock, A. N.; Henckel, J.; Fersht, A. R. Oncoeene 2000, 19, 2000.
51. Nikolova, P. V.; Henckel, J.; Lane, D. P.; Fersht, A. R. Proc. Natl, Acad. Sci, USA. 1998, 95, 14675-14680.
52. Joerger, A. C.; Allen, M. D.; Fersht, A. R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 1291-1296.
53. Ang, H. C.; Joerger, A. C.; Mayer, S.; Fersht, A. R. J. Biol. Chem. 2006, 281, 21934-21941.
54. Eisenmenger, F.; Hansmann, U. H. E. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3304-3310.
55. Lwin, T. Z.; Luo, R. Protein Sci. 2006, 15, 2642.
56. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem,. Phys. Lett. 2004, 386, 460-467.
57. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Commit. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56.
58. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
59. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; Gunsteren, W. F. V. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656-1676.
60. Berendsen, H. J.; Postma, J. P.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Interaction models for water in relation to protein hydration. In Intermolecular Forces; D. Reidel Publishing Co.: Dordrecht, 1981; pp 331-342.
61. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
62. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
63. Darden, T.; York, D.; Pedersn, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
64. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592.
65. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
66. Brooks, C. L.; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. Charmm: The energy function and its parameterization with an overview of the program. In The Encyclopedia of Computational Chemistry; John Wiley and Sons: Chichester, 1998; pp 271-277.
67. Lazaridis, T.; Karplus, M. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1999, 35, 133-152.
68. Lee, M. S.; Salsbury, F. R.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10606-10614.
69. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1902-1921.
70. Inuzuka, Y.; Lazaridis, T. Proteins 2000, 41, 21-32.
71. Hassan, S. A.; Mehler, E. L. Proteins 2002, 47, 45-61.
72. Barth, E.; Schlick, T.J. Chem, Phys. 1998, 109, 1617-1632.
73. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990-2001.
74. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
75. MacKerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Am. Chem, Soc. 2004, 126, 698-699.
76. Karanicolas, J.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3432-3437.
77. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268.
78. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
79. Geyer, C. J. Proceedings of the 23rd symposium on the interface; Computing Science and Statistics Interface Foundation of North America: Fairfax Station, VA, 1991.
80. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. Phvsica A 1994, 212, 415-437.
81. Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc. Jpn. 1996, 65, 1604.
82. Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C. L. J. Mol. Granhics Modell. 2004, 22, 377-395.
83. Sasai, M.; Ohmine, L.; Ramaswamy, R. J. Chem. Phys. 1991, 96, 3045-3053.
84. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
85. Wallner, B.; Elofsson, A. Protein Sci. 2005, 14, 1315-1327.
86. Bursulaya, B.; Brooks, C. L. J. Phys. Chem. B. 2002, 104, 12378-12383.
87. Cuff, J. A.; Clamp, M. E.; Siddiqui, A. S.; Finlay, M.; Barton, G. J. Bioinformatics 1998, 14, 892-893.
88. McGufnn, L. J.; Bryson, K.; Jones, D. T. Bioinformatics 2000, 16, 404-405.
89. Garnier, J.; Gibrat, J. F.; Robson, B. Methods Enzymol. 1996, 266, 540-553.
90. Guermeur, Y. Ph.D. Thesis, Université Paris 6, Paris, France, 1997.
91. Kneller, D. G.; Cohen, F. E.; Langridge, R. J. Mol. Biol. 1990, 214, 171-182.
92. Pollastri, G.; McLysaght, A. Bioinformatics 2004, 21, 1719-1720.
93. Geourjon, C.; Delage, G. Comvut, Appl. Riosci. 1995, 11, 681-684.
94. Arnold, K.; Bordoli, L.; Kopp, J.; Schwede, T. Bioinformatics 2006, 22, 195-201.
95. Pollastri, G.; Przybylski, D.; Rost, B.; Baldi, P. Proteins 2002, 47, 228-235.
96. Wang, P.; Matsukawa, S.; Kameda, T.; Kurosu, H.; Ando, I. J. Mol. Struct. 1997, 435, 229-234.
97. Imamura, H.; Chen, J. Z. Y. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2007, 67, 459-468.