C-H⋯O contacts in the adenine⋯uracil Watson-Crick and uracil⋯uracil nucleic acid base pairs: Nonempirical ab initio study with inclusion of electron correlation effects

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 26, 2000, Pages 6286-6292

  Hobza, Pavel ^a   Šponer, Jiří ^a   Cubero, Elena ^b   Orozco, Modesto ^b   Luque, F Javier ^b  

^a J HEYROVSKÝ INSTITUTE OF PHYSICAL CHEMISTRY   (Czech Republic)

^b UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; ATOMS; BIOCHEMISTRY; CARRIER CONCENTRATION; ELECTRONS; MOLECULAR VIBRATIONS; NUCLEIC ACIDS; OPTIMIZATION; PERTURBATION TECHNIQUES; STABILITY; STRUCTURE (COMPOSITION);

ADENINE; ATOM IN MOLECULES BADER ANALYSIS; ATOMIC ORBITALS; BOND ORBITAL ANALYSIS; CRICK; ELECTRON CORRELATION EFFECTS; HARMONIC VIBRATIONAL ANALYSIS; SECOND ORDER MOLLER-PLESSET PERTURBATIONAL METHOD; URACIL;

HYDROGEN BONDS;

EID: 0034225880     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0007134     Document Type: Article

References (52)

1. Jeffrey, G. A. An Introduction to Hydrogen Bonding; Oxford University Press: New York, 1997.
2. Scheiner, S. Hydrogen Bonding. A Theoretical Perspective; Oxford University Press: New York, 1997.
3. Pribble, R. N.; Garret, A. W.; Haber, K.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 10573.
4. Djafari, S.; Lembach, G.; Barth, H.-D.; Brutschy, B. J. Chem. Phys. 1997, 107, 10573.
5. Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Chem. Soc. Rev. 1998, 27, 163.
6. Taylor, R.; Kennard, O. J. Am. Chem.. Soc. 1982, 104, 5063.
7. (a) Steiner, T.; et al. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1996, 2441.
8. (b) Desiraju, G. R.; Steiner, T. The Weak Hydrogen Bond; Oxford University Press: Oxford, U.K. 1999.
9. Hobza, P.; Spirko, V.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2501.
10. Hobza, P.; Spirko, V.; Havlas, Y.; Buchhold, K.; Reinmann, B.; Barth, H.-D.; Brutschy, B. Chem. Phys. Lett. 1999, 299, 553.
11. (a) Bader, R. F. W. Atoms in Molecules. A Quantum Theory; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1990.
12. (b) Bader, R. F. W. Chem. Rev. 1991, 91, 893.
13. Bader, R. F. W. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7314.
14. Cubero, E.; Orozco, M.; Hobza, P.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6394.
15. Hobza, P.; Havlas, Z. Chem. Phys. Lett. 1999, 303, 447.
16. Cubero, E.; Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Phys. Lett. 1999, 310, 445.
17. Weber, J. M.; Kelley, J. A.; Robertson, W. H.; Lisle, K. M.; Johnson, M. A.; Havlas, Z.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc., submitted for publication.
18. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899.
19. Wahl, M. C.; Sundaralingam, M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 97.
20. Leonard, G. A.; McAuley-Hecht; Brown, T.; Hunter, W. N. Acta Crystallogr. 1995, D51, 136.
21. Starikov, E. B.; Steiner, T. Acta Crystallogr. 1997, D53, 345.
22. Kratochvíl, M.; Engkvist, O.; Sponer, J.; Jungwirth, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6921.
23. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213.
24. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
25. Hobza, P.; Havlas, Z. Theor. Chim. Acta 1998, 99, 372.
26. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11024.
27. Spirko, V.; Sponer, J.; Hobza P. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1472.
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Rev. A. I; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J.; Zakrzewski, R.; Montgomery Jr., J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Rev. A.7; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1999.
30. (a) Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem A 1998, 102, 1873.
31. (b) Carroll, M. T.; Chang, C.; Bader, R. F. W. Mol. Phys. 1988, 65, 695.
32. (c) Destro, R.; Biachi, R.; Gatti, C.; Merati, F. Chem. Phys. Lett. 1991, 47, 186.
33. (d) Alkorta, I.; Elguero, J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 272.
34. (e) Rozas, I.; Alkorta, L; Elguero, J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 9925.
35. (f) Luque, F. J.; Lopez, J. M.; Lopez de Paz, M.; Vicent, C.; Orozco, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6690.
36. (g) Cubero, E.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 315.
37. Biegler-Kšnig, F.; Bader, R. F. W.; Tang, T. H. J. Comput. Chem. 1982, 3, 317.
38. (a) Hobza, P.; Šponer, J.; Polásek, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 792.
39. (b) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965.
40. Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 7.
41. Kock, U., Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 9747.
42. (a) Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Struct. Chem. 1998, 9, 243.
43. (b) Alkorta, I.; Rozas, L; Elguero, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 452, 227.
44. (c) Alkorta, L, Elguero, J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 272.
45. (a) Boyd, R. J.; Choi, S. C. Chem. Phys. Lett. 1985, 120, 80.
46. (b) Boyd, R. J.; Choi, S. C. 1986, 129, 62.
47. (c) Bader, R. F. W.; Tang, T. H.; Tal, Y.; Biegler-Kšnig, F. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 946.
48. (d) Mallinson, P. R.; Wozniak, K.; Smith, G. T.; McCormack, K. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11502.
49. (e) Roversi, P.; Barzaghi, M.; Merati, F.; Destro, R. Can. J. Chem. 1996, 74, 1145.
50. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9489
51. (b) Shishkin, O. V.; Šponer, J.; Hobza, P. J. Mol. Struct. 1999, 477, 15.
52. (c) Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Eur. J. Chem. 1999, 5, 3581.