Protonation vs. ionization on intermolecular proton transfer processes in Guanine-Cytosine Watson-Crick base pair

Afinidad

Volumn 59, Issue 500, 2002, Pages 470-478

  Bertran, Juan ^a   Noguera, Marc ^a   Sodupe, Mariona ^a  

^a UNIVERSITAT AUTÒNOMA DE BARCELONA   (Spain)

Author keywords

B3LYP; Density functional; DNA base pair; Ionization; Proton transfer; Protonation

Indexed keywords

CYTOSINE; GUANINE;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL REACTION; IONIZATION; MUTAGENESIS; PROTON TRANSPORT;

EID: 0036664760     PISSN: 00019704     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (46)

1. Watson, J. D.; Crick, F. H. C.: Nature, 171, 964 (1953).
2. Löwdin, P.O.: Rev. Mod. Phys., 35, 724 (1963).
3. Löwdin, P.O.: Adv. Quantum Chem., 2, 213 (1965).
4. Kong, Y.S.; John, M. S.; Löwdin, P.O.: Int. J. Quantum Chem. Quantum Biol. Syrup., 14, 189 (1987).
5. Hrouda, V.; Florián, J.; Hobza, P.: J. Phys. Chem., 97, 1542 (1993).
6. Florián, J.; Hrouda, V.; Hobza, P.: J. Am. Chem. Soc., 116, 1457 (1994).
7. Florián, J.; Leszczynski, J.: J. Am. Chem. Soc., 118, 3010 (1996).
8. Sevilla, M.D.; Becker, D.; Yan, M.; Summerfield, S.R.: J. Phys. Chem., 95, 3410 (1991).
9. Steenken, S.: Chem. Rev., 89, 503 (1989).
10. Hall, D.B.; Holmlin, R.E.; Barton, J.K.: Nature, 382, 731 (1996).
11. Arkin, M.R.; Stemp, E.D.A.; Holmlin, R.E.; Barton, J.K.; Hörmann, A.; Olson, E.J.C.; Barbara, P.F.: Science, 273, 475 (1996).
12. Sevilla, M.D.; Besler, B.; Colson, A.O.: J. Phys. Chem., 99, 1060 (1995).
13. Steenken, S.: Biol. Chem., 378, 1293 (1997).
14. Bhattacharya, P. K.; Barton, J. K.: J. Am. Chem. Soc., 123, 8649 (2001).
15. Colson, A.O.; Besler, B.; Sevilla, M.D.: J. Phys. Chem., 96, 9787 (1992).
16. Colson, A.O.; Sevilla, M.D.: Int. J. Radiat. Biol., 67, 627 (1995).
17. Li, X.; Zhongli, C.; Sevilla, M. D.: J. Phys. Chem. B, 105, 10115 (2001).
18. Hutter, M.; Clark, T.: J. Am. Chem. Soc., 118, 7574 (1996).
19. Bertran, J.; Oliva, A.; Rodriguez-Santiago, L.; Sodupe, M.: J. Am. Chem. Soc., 120, 8159 (1998).
20. Del Benet, J. E.: Theochem, 25, 201 (1985).
21. Voityuk, A. A.; Bliznyuk, A. A.: Theochem, 64, 119 (1990).
22. Ford, G. P.; Wang, B.: Int. J. Quantum. Chem. 44, 587 (1992).
23. Colominas, C.; Luque, F. J.; Orozco, M.: J. Am. Chem. Soc. 118, 6811 (1996).
24. Podolyan, Y.; Gorb, L.; Leszczynski, J.: J. Phys. Chem. A 104, 7346 (2000).
25. Becke, A.D.: J. Chem. Phys., 98, 5648 (1993).
26. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R.G.: Phys. Rev. B, 37, 785 (1988).
27. Hariharan, P.C.; Pople, J.A.: Theoret. Chim. Acta, 28, 213 (1973).
28. Boys, S.F.; Bernardi, F.: Mol. Phys., 19, 553 (1970).
29. Lee, C.; Fitzgerald, G.; Planas, M.; Novoa, J.J.: J. Phys. Chem., 100, 7398 (1996).
30. Latajka, Z.; Bouteiller, Y.: J. Chem. Phys., 101, 9793 (1994).
31. Ventura, O.N.; Kieninger, M.; Coitiño, E.L.; J. Comp. Chem., 17, 1309 (1996).
32. Sodupe, M.; Oliva, A.; Bertran, J.: J. Phys. Chem. A, 101, 9142 (1997).
33. Tozer, D.J.; Handy, N.C.; Amos, R.D.; Pople J.A.; Nobes, R.H.; Yaoming, X.; Schaefer, H.F.: Mol. Phys., 79, 777 (1993).
34. Baker, J.; Scheiner, A.; Andzelm, J.: Chem. Phys. Lett., 216, 380 (1993).
35. McQuarrie, D.: Statistical Mechanics; Harper and Row: New York, 1986.
36. Gaussian 98, Revision A.7, Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, Jr., J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; and Pople, J. A. Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 1998.
37. Saenger, W.: «Principles of Nucleic Acid Structure»; Springer-Verlag New York; pp 123 and 124 and references therein (1984).
38. Fonseca Guerra, C.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J.: J. Am. Chem. Soc., 122, 4117 (2000).
39. Yanson, I.K.; Teplitsky, A. B.; Sukhodub, L.F.: Biopolymers, 18, 1149 (1979).
40. Santamaría, R.; Vázquez, A.: J. Comput. Chem., 9, 981 (1994).
41. Gould, I.R.; Kollman, P.A.: J. Am. Chem. Soc., 116, 2493 (1994).
42. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P.: J. Phys. Chem., 100, 1965 (1996).
43. Frey, P.A.; Whitt, S.A.; Tobin, J.B.: Science, 264, 1927 (1994).
44. Taken from: «NIST Chemistry WebBook, NIST Standard Reference Database Number 69, July 2001, Eds. P.J. Linstrom and W.G. Mallard» (http://webbook.nist.gov).
45. Smets, J.; Houben, L.; Schoone, K.; Maes, G.; Adamowicz, L.: Chem. Phys. Lett., 262, 789 (1996).
46. Melvin, T.; Botchway, S.W.; Parker, A.W.; O'Neill, P.O.: J. Am. Chem. Soc. 118, 10031 (1996).