DNA triplexes: A study of their hydrogen bonds

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 1, 2003, Pages 323-330

  Peters, Martin ^a   Rozas, Isabel ^a   Alkorta, Ibon ^b   Elguero, Jose ^b  

^a TRINITY COLLEGE DUBLIN   (Ireland)

^b INSTITUTO DE QUÍMICA MÉDICA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIMERS; ELECTRONIC DENSITY OF STATES; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR STRUCTURE; OPTIMIZATION; STOICHIOMETRY;

GENE EXPRESSION;

DNA;

EID: 0037426860     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp026684+     Document Type: Article

References (43)

1. Rich, A.; Davies, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1956, 78, 3548.
2. Felsenfeld, G. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 2023.
3. Faria, M.; Wood, C. D.; White, M. R. H.; Helene, C.; Giovannangeli, C. J. Mol. Biol. 2001, 306, 15.
4. Kraulis, P. J. J. Appl Cryst. 1991, 24, 946.
5. Hanvey, J. C.; Peffer, N. J.; Bisi, J. E.; Thomson, S. A.; Cadilla, R.; Josey, J. A.; Ricca, D. J.; Hassman, C. F.; Bonham, M. A.; Au, K. G.; Carter, S. G.; Bruckenstein, D. A.; Boyd, A. L.; Noble, S. A.; Babiss, L. E. Science 1992, 258, 1481.
6. Nielsen, P. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 353.
7. (a) Boulme, F.; Freund, F.; Moreau, S.; Nielsen, P. E.; Gryaznov, S.; Toulme, J. J.; Litvak, S. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 5492.
8. (b) Vickers, T. A.; Griffith, M. C.; Ramasamy, K.; Risen, L. M.; Freier, S. M. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3003.
9. (a) Chen, X.; Kierzek, R.; Turner, D. H. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1267.
10. (b) Kankia, B. I.; Marky, L. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8759.
11. Sedelnikova, O. A.; Panyutin, I. G.; Luu, A. N.; Neumann, R. D. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3844.
12. Hoyne, P. R.; Gacy, A. M.; McMurray, C. T.; Maher, L. J., III. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 770.
13. Between others: (a) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2001, 573, 43.
14. (b) Sponer, J.; Berger, I.; Spackova, N.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. Conversation 2000, 11, 383.
15. (c) Kabelac, M.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5804.
16. (d) Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149.
17. (e) Ryjacek, F.; Engkvist, O.; Vacek, J.; Kratochvil, M.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1197.
18. (f) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001-2002, 61, 3.
19. (g) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Theoretical and Computational Chemistry, Vol. 8, Computational Molecular Biology; Elsevier: Amsterdam, 1999.
20. (h) Sponer, J.; Burda, J. V.; Mejzlik, P.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14, 613.
21. (i) Sponer, J.; Sabat, M.; Burda, J. V.; Doody, A. M.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 139.
22. Best, G. C.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1184.
23. Pundlik, S. S.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9657.
24. Shields, G. C.; Laughton, C. A.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7463.
25. Robles, J.; Grandas, A.; Pedroso, E.; Luque, F. J.; Eritja, R.; Orozco, M. Curr. Org. Chem. 2002, in press.
26. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules. A Quantum Theory; Oxford University: New York, 1990.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.5; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
28. (a) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
29. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
30. Hariharan, P. A.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213.
31. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
32. Bieger-Konig, F. W.; Bader, R. F. W.; Tang, T. H. J. Comput. Chem. 1982, 3, 317.
33. Kratochvil, M.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3495.
34. Sponer, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965.
35. Soyfer, V. N.; Potaman, V. N. Triple-Helical Nucleic Acids; Springer: Berlin, 1996.
36. Cheng, Y.-K.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4465.
37. Wang, E.; Malek, S.; Feigon, J. Biochemistry 1992, 31, 4838.
38. Gavezzotti, A. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 5220.
39. (a) Alkorta, I.; Rozas, I.; Elguero, J. Struct. Chem. 1998, 9, 243.
40. (b) Alkorta, I.; Barrios, L.; Rozas, I.; Elguero, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 496, 131.
41. (c) Espinosa, E.; Souhassou, M.; Lachekar, H.; Lecomte, C. Acta Crystallogr. 1999, B55, 563.
42. (d) Knop, O.; Rankin, K. N.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6552.
43. (e) Espinosa, E.; Alkorta, I.; Elguero, J.; Molins, E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5529.