Cooperative hydrogen-bonding in adenine-thymine and guanine-cytosine base pairs. Density functional theory and møller-plesset molecular orbital study

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 107, Issue 33, 2003, Pages 6441-6443

  Asensio, Amparo ^a   Kobko, Nadya ^a   Dannenberg, J J ^a  

^a CITY UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR ORBITAL STUDY;

AMINO ACIDS; CHEMICAL BONDS; DNA; ELECTRONS; MOLECULAR BIOLOGY; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

HYDROGEN BONDS;

EID: 0042378707     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0344646     Document Type: Article

References (34)

1. Clementi, E.; Mehl, J.; Von Niessen, W. J. Chem. Phys. 1971, 54, 508.
2. Gould, I. R.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2493.
3. Sponer, J.; Hobza, P.; Leszczynski, J. Comput. Chem. 1996, 1, 185.
4. Sponer, J.; Hobza, P. Chem. Phys. 1996, 204, 365.
5. Brameld, K. A.; Goddard, W. A., III. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 985.
6. Brameld, K.; Dasgupta, S.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4851.
7. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Chemistry- A European Journal 1999, 5, 3581.
8. Sponer, J.; Sabat, M.; Burda, J. V.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2528.
9. Dannenberg, J. J.; Tomasz, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2062.
10. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117.
11. Hobza, P.; Sponer, J.; Cubero, E.; Orozco, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6286.
12. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11024.
13. Guo, H.; Gresh, N.; Roques, B. P.; Salahub, D. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9746.
14. Kobko, N.; Paraskevas, L.; del Rio, E.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4348.
15. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8124.
16. Suhai, S. Int. J. Quantum Chem. 1994, 52, 395.
17. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7273.
18. Sheridan, R. P.; Lee, R. H.; Peters, N.; Allen, L. C. Biopolymers 1979, 18, 2451.
19. Van Duijnen, P. T.; Thole, B. T. Biopolymers 1982, 21, 1748.
20. Zhao, Y.-L.; Wu, Y.-D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1570.
21. Wu, Y.-D.; Zhao, Y.-L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5313.
22. Belosludov, R. V.; Li, Z.-Q.; Kawazoe, Y. Mol. Eng. 1999, 8, 105.
23. Masunov, A.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 806.
24. Dovesi, R.; Causa, M.; Orlando, R.; Roetti, C.; Saunders, V. R. J. Chem. Phys. 1990, 92, 7402.
25. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8714.
26. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 5819.
27. Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3950.
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J. ; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. GAUSSIAN 98, revision A.11; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
29. Becke, A. D. J. Chem Phys. 1993, 98, 5648.
30. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
31. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1640.
32. Jorgensen, W. L.; Pranata, J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2008.
33. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 12197.
34. Lukin, O.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6775.