Genomic pathways to antifungal discovery

Current Drug Targets - Infectious Disorders

Volumn 2, Issue 4, 2002, Pages 309-329

  Monk, Brian C ^a   Cannon, Richard D ^a  

^a UNIVERSITY OF OTAGO   (New Zealand)

Author keywords

Antifungal discovery; Essentiality; Functional and comparative genomics; Resistance; Virulence

Indexed keywords

1,2,4 TRIAZOLE DERIVATIVE; ANTIFUNGAL AGENT; CALCINEURIN; CARDIAC GLYCOSIDE; DNA; ELONGATION FACTOR 2; ERGOSTEROL; FLUCONAZOLE; GLUCOSE TRANSPORTER; HYDROGEN POTASSIUM ADENOSINE TRIPHOSPHATASE; ITRACONAZOLE; LACCASE; MESSENGER RNA; MYCOPHENOLIC ACID; NEW DRUG; OCTAPEPTIDE; OMEPRAZOLE; OUABAIN; POLYENE ANTIBIOTIC AGENT; POSACONAZOLE; PROTEIN N MYRISTOYLTRANSFERASE; PROTON PUMP INHIBITOR; PYRROLE DERIVATIVE; RAVUCONAZOLE; STEROL 14ALPHA DEMETHYLASE; TETRACYCLINE; TUNICAMYCIN; UNINDEXED DRUG; VIRULENCE FACTOR; VORICONAZOLE;

ANTIBIOTIC RESISTANCE; ANTIFUNGAL ACTIVITY; CYTOTOXICITY; DRUG DESIGN; DRUG EFFICACY; DRUG SCREENING; DRUG STRUCTURE; DRUG TARGETING; FUNGAL GENETICS; FUNGUS ISOLATION; GENE FUNCTION; GENE SEQUENCE; HUMAN; NONHUMAN; REVIEW; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; SYSTEMIC MYCOSIS; THRUSH;

ANTIFUNGAL AGENTS; DATABASES, GENETIC; DRUG DESIGN; DRUG RESISTANCE, FUNGAL; GENOME, FUNGAL; GENOMICS; HUMANS; INTERNET; PROTEOMICS;

EID: 0036450467     PISSN: 15680053     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1568005023342344     Document Type: Review

References (133)

1. Georgopapadakou, N. H.; Walsh, T. J. Science 1994, 264, 371-373.
2. Georgopapadakou, N. H. Curr. Opin. Microbiol. 1998, 1, 547-557.
3. White, T. C.; Marr, K. A.; Bowden, R. A. Clin. Microbiol. Rev. 1998, 11, 382-402.
4. Georgopapadakou, N. H. Expert Opin. Investig. Drugs 2001, 10, 269-280.
5. Garbino, J.; Kolarova, L.; Lew, D.; Hirschel, B.; Rohner, P. AIDS Patient Care STDS 2001, 15, 407-410.
6. Georgopapadakou, N. H. Expert Opin. Investig. Drugs 2000, 9, 1787-1796.
7. Georgopapadakou, N. H. Expert Opin. Investig. Drug 2002, 11, 1117-1125.
8. Monk, B. C.; Perlin, D. S. Crit. Rev. Microbiol. 1994, 20, 209-223.
9. Wills, E. A.; Redinbo, M. R.; Perfect, J. R.; Del Poeta, M. Emerging Therapeutic Targets 2000, 4, 1-32.
10. Chavanet, P. Rev. Med. Interne. 1997, 18, 153-165.
11. Quindos, G.; Carrillo-Munoz, A. J.; Arevalo, M. P.; Salgado, J.; Alonso-Vargas, R.; Rodrigo, J. M.; Ruesga, M. T.; Valverde, A.; Peman, J.; Canton, E.; Martin-Mazuelos, E.; Ponton, J. Chemotherapy 2000, 46, 395-401.
12. Santangelo, R.; Paderu, P.; Delmas, G.; Chen, Z. W.; Mannino, R.; Zarif, L.; Perlin, D. S. Antimicrob. Agents Chemother. 2000, 44, 2356-2360.
13. Walsh, T. J.; Viviani, M. A.; Arathoon, E.; Chiou, C.; Ghannoum, M.; Groll, A. H.; Odds, F. C. Med. Mycol. 2000, 38, 335-347.
14. Cuenca-Estrella, M.; Rodriguez-Tudela, J. L.; Mellado, E.; Martinez-Suarez, J. V.; Monzon, A. J. Antimicrob. Chemother. 1998, 42, 531-533.
15. Goffeau, A.; Barrell, B. G.; Bussey, H.; Davis, R. W.; Dujon, B.; Feldmann, H.; Galibert, F.; Hoheisel, J. D.; Jacq, C.; Johnston, M.; Louis, E. J.; Mewes, H. W.; Murakami, Y.; Philippsen, P.; Tettelin, H.; Oliver, S. G. Science 1996, 274, 546, 563-547.
16. Oliver, S. G. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2002, 357, 17-23.
17. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M. L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y. H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N. N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J. F.; Guigo, R.; Campbell, M. J.; Sjolander, K. V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y. H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M.; Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J.; Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A.; Zandieh, A.; Zhu, X. Science 2001, 291, 1304-1351.
18. C. elegans Sequencing Consortium, Science 1998, 282, 2012-2018.
19. Adams, M. D.; Celniker, S. E.; Holt, R. A.; Evans, C. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P. G.; Scherer, S. E.; Li, P. W.; Hoskins, R. A.; Galle, R. F.; George, R. A.; Lewis, S. E.; Richards, S.; Ashburner, M.; Henderson, S. N.; Sutton, G. G.; Wortman, J. R.; Yandell, M. D.; Zhang, Q.; Chen, L. X.; Brandon, R. C.; Rogers, Y. H.; Blazej, R. G.; Champe, M.; Pfeiffer, B. D.; Wan, K. H.; Doyle, C.; Baxter, E. G.; Helt, G.; Nelson, C. R.; Gabor, G. L.; Abril, J. F.; Agbayani, A.; An, H. J.; Andrews-Pfannkoch, C.; Baldwin, D.; Ballew, R. M.; Basu, A.; Baxendale, J.; Bayraktaroglu, L.; Beasley, E. M.; Beeson, K. Y.; Benos, P. V.; Berman, B. P.; Bhandari, D.; Bolshakov, S.; Borkova, D.; Botchan, M. R.; Bouck, J.; Brokstein, P.; Brottier, P.; Burtis, K. C.; Busam, D. A.; Butler, H.; Cadieu, E.; Center, A.; Chandra, I.; Cherry, J. M.; Cawley, S.; Dahlke, C.; Davenport, L. B.; Davies, P.; de Pablos, B.; Delcher, A.; Deng, Z.; Mays, A. D.; Dew, I.; Dietz, S. M.; Dodson, K.; Doup, L. E.; Downes, M.; Dugan-Rocha, S.; Dunkov, B. C.; Dunn, P.; Durbin, K. J.; Evangelista, C. C.; Ferraz, C.; Ferriera, S.; Fleischmann, W.; Fosler, C.; Gabrielian, A. E.; Garg, N. S.; Gelbart, W. M.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gong, F.; Gorrell, J. H.; Gu, Z.; Guan, P.; Harris, M.; Harris, N. L.; Harvey, D.; Heiman, T. J.; Hernandez, J. R.; Houck, J.; Hostin, D.; Houston, K. A.; Howland, T. J.; Wei, M. H.; Ibegwam, C.; Jalali, M.; Kalush, F.; Karpen, G. H.; Ke, Z.; Kennison, J. A.; Ketchum, K. A.; Kimmel, B. E.; Kodira, C. D.; Kraft, C.; Kravitz, S.; Kulp, D.; Lai, Z.; Lasko, P.; Lei, Y.; Levitsky, A. A.; Li, J.; Li, Z.; Liang, Y.; Lin, X.; Liu, X.; Mattei, B.; McIntosh, T. C.; McLeod, M. P.; McPherson, D.; Merkulov, G.; Milshina, N. V.; Mobarry, C.; Morris, J.; Moshrefi, A.; Mount, S. M.; Moy, M.; Murphy, B.; Murphy, L.; Muzny, D. M.; Nelson, D. L.; Nelson, D. R.; Nelson, K. A.; Nixon, K.; Nusskern, D. R.; Pacleb, J. M.; Palazzolo, M.; Pittman, G. S.; Pan, S.; Pollard, J.; Puri, V.; Reese, M. G.; Reinert, K.; Remington, K.; Saunders, R. D.; Scheeler, F.; Shen, H.; Shue, B. C.; Siden-Kiamos, I.; Simpson, M.; Skupski, M. P.; Smith, T.; Spier, E.; Spradling, A. C.; Stapleton, M.; Strong, R.; Sun, E.; Svirskas, R.; Tector, C.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, A. H.; Wang, X.; Wang, Z. Y.; Wassarman, D. A.; Weinstock, G. M.; Weissenbach, J.; Williams, S. M.; WoodageT; Worley, K. C.; Wu, D.; Yang, S.; Yao, Q. A.; Ye, J.; Yeh, R. F.; Zaveri, J. S.; Zhan, M.; Zhang, G.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zheng, X. H.; Zhong, F. N.; Zhong, W.; Zhou, X.; Zhu, S.; Zhu, X.; Smith, H. O.; Gibbs, R. A.; Myers, E. W.; Rubin, G. M.; Venter, J. C. Science 2000, 287, 2185-2195.
20. The Arabidopsis Genome Initiative, Nature 2000, 408, 796-815.
21. Wood, V.; Gwilliam, R.; Rajandream, M. A.; Lyne, M.; Lyne, R.; Stewart, A.; Sgouros, J.; Peat, N.; Hayles, J.; Baker, S.; Basham, D.; Bowman, S.; Brooks, K.; Brown, D.; Brown, S.; Chillingworth, T.; Churcher, C.; Collins, M.; Connor, R.; Cronin, A.; Davis, P.; Feltwell, T.; Fraser, A.; Gentles, S.; Goble, A.; Hamlin, N.; Harris, D.; Hidalgo, J.; Hodgson, G.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Howarth, S.; Huckle, E. J.; Hunt, S.; Jagels, K.; James, K.; Jones, L.; Jones, M.; Leather, S.; McDonald, S.; McLean, J.; Mooney, P.; Moule, S.; Mungall, K.; Murphy, L.; Niblett, D.; Odell, C.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Pearson, D.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Rutherford, K.; Rutter, S.; Saunders, D.; Seeger, K.; Sharp, S.; Skelton, J.; Simmonds, M.; Squares, R.; Squares, S.; Stevens, K.; Taylor, K.; Taylor, R. G.; Tivey, A.; Walsh, S.; Warren, T.; Whitehead, S.; Woodward, J.; Volckaert, G.; Aert, R.; Robben, J.; Grymonprez, B.; Weltjens, I.; Vanstreels, E.; Rieger, M.; Schafer, M.; Muller-Auer, S.; Gabel, C.; Fuchs, M.; Fritzc, C.; Holzer, E.; Moestl, D.; Hilbert, H.; Borzym, K.; Langer, I.; Beck, A.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Pohl, T. M.; Eger, P.; Zimmermann, W.; Wedler, H.; Wambutt, R.; Purnelle, B.; Goffeau, A.; Cadieu, E.; Dreano, S.; Gloux, S.; Lelaure, V.; Mottier, S.; Galibert, F.; Aves, S. J.; Xiang, Z.; Hunt, C.; Moore, K.; Hurst, S. M.; Lucas, M.; Rochet, M.; Gaillardin, C.; Tallada, V. A.; Garzon, A.; Thode, G.; Daga, R. R.; Cruzado, L.; Jimenez, J.; Sanchez, M.; del Rey, F.; Benito, J.; Dominguez, A.; Revuelta, J. L.; Moreno, S.; Armstrong, J.; Forsburg, S. L.; Cerrutti, L.; Lowe, T.; McCombie, W. R.; Paulsen, I.; Potashkin, J.; Shpakovski, G. V.; Ussery, D.; Barrell, B. G.; Nurse, P. Nature 2002, 415, 871-880.
22. Allsop, A. E. Curr. Opin. Microbiol. 1998, 1, 530-534.
23. Black, T.; Hare, R. Curr. Opin. Microbiol. 2000, 3, 522-527.
24. Buysse, J. M. Curr. Med. Chem. 2001, 8, 1713-1726.
25. Haselbeck, R.; Wall, D.; Jiang, B.; Ketela, T.; Zyskind, J.; Bussey, H.; Foulkes, J. G.; Roemer, T. Curr. Pharm. Des. 2002, 8, 1155-1172.
26. Isaacson, R. E. Curr. Pharm. Des. 2002, 8, 1091-1098.
27. Moir, D. T.; Shaw, K. J.; Hare, R. S.; Vovis, G. F. Antimicrob. Agents Chemother. 1999, 43, 439-446.
28. Rosamond, J.; Allsop, A. Science 2000, 287, 1973-1976.
29. Schmid, M. B. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 529-534.
30. De Backer, M. D.; Van Dijck, P.; Luyten, W. H. Am. J Pharmacogenomics 2002, 2, 113-127.
31. Ma, D. Prog. in Drug Res. 2001, 57, 117-157.
32. Willins, D. A.; Kessler, M.; Walker, S. S.; Reyes, G. R.; Cottarel, G. Curr. Pharm. Des. 2002, 8, 1137-1154.
33. Dwight, S. S.; Harris, M. A.; Dolinski, K.; Ball, C. A.; Binkley, G.; Christie, K. R.; Fisk, D. G.; Issel-Tarver, L.; Schroeder, M.; Sherlock, G.; Sethuraman, A.; Weng, S.; Botstein, D.; Cherry, J. M. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 69-72.
34. Doman, T. N.; McGovern, S. L.; Witherbee, B. J.; Kasten, T. P.; Kurumbail, R.; Stallings, W. C.; Connolly, D. T.; Shoichet, B. K. J. Med. Chem. 2002, 45, 2213-2221.
35. Paiva, A. M.; Vanderwall, D. E.; Blanchard, J. S.; Kozarich, J. W.; Williamson, J. M.; Kelly, T. M. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1545, 67-77.
36. Lipinski, C.; Lombardo, F.; Dominy, B.; Feeney, P. Adv. Drug Deliv. Rev. 1997, 23, 3-25.
37. Hopkin, A. L.; Groom, C. Nat. Rev. Drug Discov. 2002, 1, 727-730.
38. Blundell, T. L.; Jhoti, H.; Abell, C. Nat. Rev. Drug Discov. 2002, 1, 45-54.
39. Galperin, M. Y.; Koonin, E. V. Curr. Opin. Biotechnol. 1999, 10, 571-578.
40. Hood, D. W. Parasitology 1999, 118, S3-9.
41. Braun, E. L.; Halpern, A. L.; Nelson, M. A.; Natvig, D. O. Genome Res. 2000, 10, 416-430.
42. Giaever, G.; Chu, A. M.; Ni, L.; Connelly, C.; Riles, L.; Veronneau, S.; Dow, S.; Lucau-Danila, A.; Anderson, K.; Andre, B.; Arkin, A. P.; Astromoff, A.; El-Bakkoury, M.; Bangham, R.; Benito, R.; Brachat, S.; Campanaro, S.; Curtiss, M.; Davis, K.; Deutschbauer, A.; Entian, K. D.; Flaherty, P.; Foury, F.; Garfinkel, D. J.; Gerstein, M.; Gotte, D.; Guldener, U.; Hegemann, J. H.; Hempel, S.; Herman, Z.; Jaramillo, D. F.; Kelly, D. E.; Kelly, S. L.; Kotter, P.; LaBonte, D.; Lamb, D. C.; Lan, N.; Liang, H.; Liao, H.; Liu, L.; Luo, C.; Lussier, M.; Mao, R.; Menard, P.; Ooi, S. L.; Revuelta, J. L.; Roberts, C. J.; Rose, M.; Ross-Macdonald, P.; Scherens, B.; Schimmack, G.; Shafer, B.; Shoemaker, D. D.; Sookhai-Mahadeo, S.; Storms, R. K.; Strathern, J. N.; Valle, G.; Voet, M.; Volckaert, G.; Wang, C. Y.; Ward, T. R.; Wilhelmy, J.; Winzeler, E. A.; Yang, Y.; Yen, G.; Youngman, E.; Yu, K.; Bussey, H.; Boeke, J. D.; Snyder, M.; Philippsen, P.; Davis, R. W.; Johnston, M. Nature 2002, 418, 387-391.
43. Rubin, G. M.; Yandell, M. D.; Wortman, J. R.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C. R.; Hariharan, I. K.; Fortini, M. E.; Li, P. W.; Apweiler, R.; Fleischmann, W.; Cherry, J. M.; Henikoff, S.; Skupski, M. P.; Misra, S.; Ashburner, M.; Birney, E.; Boguski, M. S.; Brody, T.; Brokstein, P.; Celniker, S. E.; Chervitz, S. A.; Coates, D.; Cravchik, A.; Gabrielian, A.; Galle, R. F.; Gelbart, W. M.; George, R. A.; Goldstein, L. S.; Gong, F.; Guan, P.; Harris, N. L.; Hay, B. A.; Hoskins, R. A.; Li, J.; Li, Z.; Hynes, R. O.; Jones, S. J.; Kuehl, P. M.; Lemaitre, B.; Littleton, J. T.; Morrison, D. K.; Mungall, C.; O'Farrell, P. H.; Pickeral, O. K.; Shue, C.; Vosshall, L. B.; Zhang, J.; Zhao, Q.; Zheng, X. H.; Lewis, S. Science 2000, 287, 2204-2215.
44. Salzberg, S. L.; White, O.; Peterson, J.; Eisen, J. A. Science 2001, 292, 1903-1906.
45. Nagahashi, S.; Lussier, M.; Bussey, H. J. Bacteriol. 1998, 180, 5020-5029.
46. Lussier, M.; Sdicu, A. M.; Shahinian, S.; Bussey, H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 9825-9830.
47. Blakely, G.; Hekman, J.; Chakraburtty, K.; Williamson, P. R. J. Bacteriol. 2001, 183, 2241-2248.
48. Dominguez, J. M.; Martin, J. J. Antimicrob. Agents Chemother. 1998, 42, 2279-2283.
49. Justice, M. C.; Hsu, M. J.; Tse, B.; Ku, T.; Balkovec, J.; Schmatz, D.; Nielsen, J. J. Biol. Chem. 1998, 273, 3148-3151.
50. Weston, S. A.; Camble, R.; Colls, J.; Rosenbrock, G.; Taylor, I.; Egerton, M.; Tucker, A. D.; Tunnicliffe, A.; Mistry, A.; Mancia, F.; de la Fortelle, E.; Irwin, J.; Bricogne, G.; Pauptit, R. A. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 213-221.
51. Sikorski, J. A.; Devadas, B.; Zupec, M. E.; Freeman, S. K.; Brown, D. L.; Lu, H. F.; Nagarajan, S.; Mehta, P. P.; Wade, A. C.; Kishore, N. S.; Bryant, M. L.; Getman, D. P.; McWherter, C. A.; Gordon, J. I. Biopolymers 1997, 43, 43-71.
52. Seto-Young, D.; Monk, B.; Mason, A. B.; Perlin, D. S. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1326, 249-256.
53. Monk, B. C.; Mason, A. B.; Abramochkin, G.; Haber, J. E.; Seto-Young, D.; Perlin, D. S. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1239, 81-90.
54. Monk, B. C.; Kurtz, M. B.; Marrinan, J. A.; Perlin, D. S. J. Bacteriol. 1991, 173, 6826-6836.
55. Alksne, L. E.; Projan, S. J. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 625-636.
56. Lee, M. D.; Galazzo, J. L.; Staley, A. L.; Lee, J. C.; Warren, M. S.; Fuernkranz, H.; Chamberland, S.; Lomovskaya, O.; Miller, G. H. Farmaco 2001, 56, 81-85.
57. Rogers, B.; Decottignies, A.; Kolaczkowski, M.; Carvajal, E.; Balzi, E.; Goffeau, A. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2001, 3, 207-214.
58. Winzeler, E. A.; Shoemaker, D. D.; Astromoff, A.; Liang, H.; Anderson, K.; Andre, B.; Bangham, R.; Benito, R.; Boeke, J. D.; Bussey, H.; Chu, A. M.; Connelly, C.; Davis, K.; Dietrich, F.; Dow, S. W.; El Bakkoury, M.; Foury, F.; Friend, S. H.; Gentalen, E.; Giaever, G.; Hegemann, J. H.; Jones, T.; Laub, M.; Liao, H.; Liebundguth, N.; Lockhart, D.J.; Lucau-Danila, A.; Lussier, M; M'Rabet, N.; Menard, P.; Mittmann, M.; Pai, C.; Rebischung, C.; Revuelta, J.L.: Riles, L; Roberts, C.J.; Ross-MacDonald, P.; Scherens, B.; Snyder, M.; Sookhai-Mahadeo, S.; Storms, R.K.; Véronneau, S.; Voet, M.; Volckaert, G.; Ward, T.R.; Wysocki, R.; Yen, G.S.; Yu, K.; Zimmermann, K.; Philippsen, P.; Johnston, M.; Davis, R. W.; et al. Science 1999, 285, 901-906.
59. Tong, A. H.; Evangelista, M.; Parsons, A. B.; Xu, H.; Bader, G. D.; Page, N.; Robinson, M.; Raghibizadeh, S.; Hogue, C. W.; Bussey, H.; Andrews, B.; Tyers, M.; Boone, C. Science 2001, 294, 2364-2368.
60. Hughes, T. R.; Roberts, C. J.; Dai, H.; Jones, A. R.; Meyer, M. R.; Slade, D.; Burchard, J.; Dow, S.; Ward, T. R.; Kidd, M. J.; Friend, S. H.; Marton, M. J. Nat. Genet. 2000, 25, 333-337.
61. Giaever, G.; Shoemaker, D. D.; Jones, T. W.; Liang, H.; Winzeler, E. A.; Astromoff, A.; Davis, R. W. Nat. Genet. 1999, 21, 278-283.
62. Willins, D. A.; Shimer, G. H. Jr.; Cottarel, G. Gene 2002, 292, 141-149.
63. Davidson, R. C.; Blankenship, J. R.; Kraus, P. R.; De Jesus Berrios, M.; Hull, C. M.; D'Souza, C.; Wang, P.; Heitman, J. Microbiology 2002, 148, 2607-2615.
64. Nakayama, H.; Izuta, M.; Nagahashi, S.; Sihta, E. Y.; Sato, Y.; Yamazaki, T.; Arisawa, M.; Kitada, K. Microbiology 1998, 144, 2407-2415.
65. Stoyan, T.; Gloeckner, G.; Diekmann, S.; Carbon, J. Mol. Cell Biol. 2001, 21, 4875-4888.
66. Fonzi, W. A.; Irwin, M. Y. Genetics 1993, 134, 717-728.
67. Beckerman, J.; Chibana, H.; Turner, J.; Magee, P. T. Infect. Immun. 2001, 69, 108-114.
68. Vidan, S.; Snyder, M. Curr. Opin. Biotechnol. 2001, 12, 28-34.
69. De Backer, M. D.; Raponi, M.; Arndt, G. M. Curr. Opin. Microbiol. 2002, 5, 323-329.
70. De Backer, M. D.; Nelissen, B.; Logghe, M.; Viaene, J.; Loonen, I.; Vandoninck, S.; de Hoogt, R.; Dewaele, S.; Simons, F. A.; Verhasselt, P.; Vanhoof, G.; Contreras, R.; Luyten, W. H. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 235-241.
71. Gorlach, J. M.; McDade, H. C.; Perfect, J. R.; Cox, G. M. Microbiology 2002, 148, 213-219.
72. Bautista, L. F.; Aleksenko, A.; Hentzer, M.; Santerre-Henriksen, A.; Nielsen, J. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 4579-4581.
73. Hoffmann, B.; LaPaglia, S. K.; Kubler, E.; Andermann, M.; Eckert, S. E.; Braus, G. H. Mol. Gen. Genet. 2000, 262, 1001-1011.
74. Ngiam, C.; Jeenes, D. J.; Punt, P. J.; Van Den Hondel, C. A.; Archer, D. B. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 775-782.
75. Kitamoto, N.; Yoshino, S.; Ohmiya, K.; Tsukagoshi, N. Appl. Environ. Microbiol. 1999, 65, 20-24.
76. Zheng, X. F.; Kobayashi, Y.; Takeuchi, M. Appl. Microbiol. Biotechnol. 1998, 49, 39-44.
77. Velculescu, V. E.; Zhang, L.; Zhou, W.; Vogelstein, J.; Basrai, M. A.; Bassett, D. E. Jr.; Hieter, P.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Cell 1997, 88, 243-251.
78. Gasch, A. P.; Spellman, P. T.; Kao, C. M.; Carmel-Harel, O.; Eisen, M. B.; Storz, G.; Botstein, D.; Brown, P. O. Mol. Biol. Cell 2000, 11, 4241-4257.
79. Holstege, F. C.; Jennings, E. G.; Wyrick, J. J.; Lee, T. I.; Hengartner, C. J.; Green, M. R.; Golub, T. R.; Lander, E. S.; Young, R. A. Cell 1998, 95, 717-728.
80. DeRisi, J. L.; Iyer, V. R.; Brown, P. O. Science 1997, 278, 680-686.
81. Cho, R. J.; Campbell, M. J.; Winzeler, E. A.; Steinmetz, L.; Conway, A.; Wodicka, L.; Wolfsberg, T. G.; Gabrielian, A. E.; Landsman, D.; Lockhart, D. J.; Davis, R. W. Mol. Cell 1998, 2, 65-73.
82. Chu, S.; DeRisi, J.; Eisen, M.; Mulholland, J.; Botstein, D.; Brown, P. O.; Herskowitz, I. Science 1998, 282, 699-705.
83. Ogawa, N.; DeRisi, J.; Brown, P. O. Mol. Biol. Cell 2000, 11, 4309-4321.
84. Le Crom, S.; Devaux, F.; Jacq, C.; Marc, P. Nucleic Acids Research 2002, 30, 76-79.
85. Hughes, T. R.; Marton, M. J.; Jones, A. R.; Roberts, C. J.; Stoughton, R.; Armour, C. D.; Bennett, H. A.; Coffey, E.; Dai, H.; He, Y. D.; Kidd, M. J.; King, A. M.; Meyer, M. R.; Slade, D.; Lum, P. Y.; Stepaniants, S. B.; Shoemaker, D. D.; Gachotte, D.; Chakraburtty, K.; Simon, J.; Bard, M.; Friend, S. H. Cell 2000, 102, 109-126.
86. Gachotte, D.; Barbuch, R.; Gaylor, J.; Nickel, E.; Bard, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 13794-13799.
87. Gachotte, D.; Eckstein, J.; Barbuch, R.; Hughes, T.; Roberts, C.; Bard, M. J. Lipid Res. 2001, 42, 150-154.
88. Gachotte, D.; Sen, S. E.; Eckstein, J.; Barbuch, R.; Krieger, M.; Ray, B. D.; Bard, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 12655-12660.
89. Futcher, B.; Latter, G. I.; Monardo, P.; McLaughlin, C. S.; Garrels, J. I. Mol. Cell Biol. 1999, 19, 7357-7368.
90. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R. Mol. Cell Biol. 1999, 19, 1720-1730.
91. De Backer, M. D.; Ilyina, T.; Ma, X. J.; Vandoninck, S.; Luyten, W. H.; Vanden Bossche, H. Antimicrob. Agents Chemother. 2001, 45, 1660-1670.
92. Hauser, N.; Fellenberg, K. Screening 2002, 4, 28-31.
93. Fellenberg, K.; Hauser, N. C.; Brors, B.; Neutzner, A.; Hoheisel, J. D.; Vingron, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 10781-10786.
94. Lo, H. J.; Kohler, J. R.; DiDomenico, B.; Loebenberg, D.; Cacciapuoti, A.; Fink, G. R. Cell 1997, 90, 939-949.
95. Graves, P.; Haystead, T. Micribiol. Molec. Biol. Rev. 2002, 66, 39-63.
96. Niimi, M.; Cannon, R. D.; Monk, B. C. Electrophoresis 1999, 20, 2299-2308. [pii].
97. Niimi, M.; Shepherd, M. G.; Monk, B. C. Arch. Microbiol. 1996, 166, 260-268.
98. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
99. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R. 3rd. Anal Chem. 2001, 73, 5683-5690.
100. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R. 3rd Anal. Chem., 2002, 74, 1650-1657.
101. Ito, T.; Tashiro, K.; Muta, S.; Ozawa, R.; Chiba, T.; Nishizawa, M.; Yamamoto, K.; Kuhara, S.; Sakaki, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 1143-1147.
102. Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T. A.; Judson, R. S.; Knight, J. R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P.; Qureshi-Emili, A.; Li, Y.; Godwin, B.; Conover, D.; Kalbfleisch, T.; Vijayadamodar, G.; Yang, M.; Johnston, M.; Fields, S.; Rothberg, J. M. Nature 2000, 403, 623-627.
103. Schwikowski, B.; Uetz, P.; Fields, S. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1257-1261.
104. Zhu, H.; Bilgin, M.; Bangham, R.; Hall, D.; Casamayor, A.; Bertone, P.; Lan, N.; Jansen, R.; Bidlingmaier, S.; Houfek, T.; Mitchell, T.; Miller, P.; Dean, R. A.; Gerstein, M.; Snyder, M. Science 2001, 293, 2101-2105.
105. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
106. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E,; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180-183.
107. Kumar, A.; Agarwal, S.; Heyman, J. A.; Matson, S.; Heidtman, M.; Piccirillo, S.; Umansky, L.; Drawid, A.; Jansen, R.; Liu, Y.; Cheung, K. H.; Miller, P.; Gerstein, M.; Roeder, G. S.; Snyder, M. Genes Dev. 2002, 16, 707-719.
108. Oliver, S. G. Biochem. Soc. Trans. 1996, 24, 291-292.
109. Raamsdonk, L. M.; Teusink, B.; Broadhurst, D.; Zhang, N.; Hayes, A.; Walsh, M. C.; Berden, J. A.; Brindle, K. M.; Kell, D. B.; Rowland, J. J.; Westerhoff, H. V.; van Dam, K.; Oliver, S. G. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 45-50.
110. Nicholson, J. K.; Connelly, J.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Nat. Rev. Drug Discov. 2002, 1, 153-161.
111. Frishman, D.; Albermann, K.; Hani, J.; Heumann, K.; Metanomski, A.; Zollner, A.; Mewes, H. W. Bioinformatics 2001, 17, 44-57.
112. Enright, A. J.; Ouzounis, C. A. Bioinformatics 2000, 16, 451-457.
113. Enright, A. J.; Ouzounis, C. A. Genome Biol. 2001, 2.
114. Enright, A. J.; Van Dongen, S.; Ouzounis, C. A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1575-1584.
115. Marcotte, E. M.; Xenarios, I.; van Der Bliek, A. M.; Eisenberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 12115-12120.
116. Natale, D. A.; Galperin, M. Y.; Tatusov, R. L.; Koonin, E. V. Genetica 2000, 108, 9-17.
117. Tatusov, R. L.; Galperin, M. Y.; Natale, D. A.; Koonin, E. V. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 33-36.
118. Tatusov, R. L.; Natale, D. A.; Garkavtsev, I. V.; Tatusova, T. A.; Shankavaram, U. T.; Rao, B. S.; Kiryutin, B.; Galperin, M. Y.; Fedorova, N. D.; Koonin, E. V. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 22-28.
119. Gerdes, S. Y.; Scholle, M. D.; D'Souza, M.; Bernal, A.; Baev, M. V.; Farrell, M.; Kurnasov, O. V.; Daugherty, M. D.; Mseeh, F.; Polanuyer, B. M.; Campbell, J. W.; Anantha, S.; Shatalin, K. Y.; Chowdhury, S. A.; Fonstein, M. Y.; Osterman, A. L. J. Bacteriol. 2002, 184, 4555-4572.
120. Spaltmann, F.; Blunck, M.; Ziegelbauer, K. Drug Discov. Today 1999, 4, 17-26.
121. Casadevall, A.; Pirofski, L. J. Infect. Dis. 2001, 184, 337-344.
122. van Burik, J. A.; Magee, P. T. Annu. Rev. Microbiol. 2001, 55, 743-772.
123. Staib, P.; Kretschmar, M.; Nichterlein, T.; Kohler, G.; Michel, S.; Hof, H.; Hacker, J.; Morschhauser, J. Mol. Microbiol. 1999, 32, 533-546.
124. Hoyer, L. L. Trends Microbiol. 2001, 9, 176-180.
125. Cormack, B. P.; Ghori, N.; Falkow, S. Science 1999, 285, 578-582.
126. Haynes, K. Trends Microbiol. 2001, 9, 591-596.
127. Kretschmar, M.; Felk, A.; Staib, P.; Schaller, M.; Hess, D.; Callapina, M.; Morschhauser, J.; Schafer, W.; Korting, H. C.; Hof, H.; Hube, B.; Nichterlein, T. Microb. Pathog. 2002, 32, 61-70.
128. Schmid, J.; Herd, S.; Hunter, P. R.; Cannon, R. D.; Yasin, M. S.; Samad, S.; Carr, M.; Parr, D.; McKinney, W.; Schousboe, M.; Harris, B.; Ikram, R.; Harris, M.; Restrepo, A.; Hoyos, G.; Singh, K. P. Microbiology 1999, 145, 2405-2413.
129. Perea, S.; Lopez-Ribot, J. L.; Kirkpatrick, W. R.; McAtee, R. K.; Santillan, R. A.; Martinez, M.; Calabrese, D.; Sanglard, D.; Patterson, T. F. Antimicrob. Agents Chemother. 2001, 45, 2676-2684.
130. Sanglard, D.; Bille, J. In; Candida and Candidiasis; Calderone, R. Ed.; ASM press: Washington, USA, 2002; pp 349-383.
131. Nakamura, K.; Niimi, M.; Niimi, K.; Holmes, A. R.; Yates, J. E.; Decottignies, A.; Monk, B. C.; Goffeau, A.; Cannon, R. D. Antimicrob. Agents Chemother. 2001, 45, 3366-3374.
132. Blum, J. H.; Dove, S. L.; Hochschild, A.; Mekalanos, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 2241-2246.
133. Norman, T. C.; Smith, D. L.; Sorger, P. K.; Drees, B. L.; O'Rourke, S. M.; Hughes, T. R.; Roberts, C. J.; Friend, S. H.; Fields, S.; Murray, A. W. Science 1999, 285, 591-595.