Ru[(bpy)2(dppz)]2+ and Rh[(bpy)2(chrysi)] 3+ targeting double strand DNA: The shape of the intercalating ligand tunes the free energy landscape of deintercalation

Inorganic Chemistry

Volumn 53, Issue 15, 2014, Pages 7999-8008

  Franco, Duvan ^a   Vargiu, Attilio V ^b   Magistrato, Alessandra ^c  

^a SISSA   (Italy)

^b UNIVERSITY OF CAGLIARI   (Italy)

^c IOM CNR LABORATORIO TASC   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; INTERCALATING AGENT; LIGAND; ORGANOMETALLIC COMPOUND; RHODIUM; RUTHENIUM;

CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; THERMODYNAMICS;

DNA; INTERCALATING AGENTS; LIGANDS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; ORGANOMETALLIC COMPOUNDS; RHODIUM; RUTHENIUM; THERMODYNAMICS;

EID: 84905514912     PISSN: 00201669     EISSN: 1520510X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic5008523     Document Type: Article

References (69)

1. Komor, A. C.; Barton, J. K. Chem. Commun. 2013, 49, 3617
2. Erkkila, K. E.; Odom, D. T.; Barton, J. K. Chem. Rev. 1999, 99, 2777
3. Kielkopf, C. L.; Erkkila, K. E.; Hudson, B. P.; Barton, J. K.; Rees, D. C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 117
4. Zeglis, B. M.; Pierre, V. C.; Barton, J. K. Chem. Commun. 2007, 4565
5. Boer, D. R.; Canals, A.; Coll, M. Dalton Trans 2009, 399
6. Pierre, V. C.; Kaiser, J. T.; Barton, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 429
7. Liu, H. K.; Sadler, P. J. Acc. Chem. Res. 2011, 44, 349
8. Lim, M. H.; Lau, I. H.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2007, 46, 9528
9. Niyazi, H.; Hall, J. P.; O'Sullivan, K.; Winter, G.; Sorensen, T.; Kelly, J. M.; Cardin, C. J. Nat. Chem. 2012, 4, 621
10. Weidmann, A. G.; Komor, A. C.; Barton, J. K. Philos. Trans. A Math Phys. Eng. Sci. 2013, 371, 20120117
11. McConnell, A. J.; Lim, M. H.; Olmon, E. D.; Song, H.; Dervan, E. E.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2012, 51, 12511
12. McKinley, A. W.; Lincoln, P.; Tuite, E. M. Dalton Trans 2013, 42, 4081
13. Bazzicalupi, C.; Biagini, S.; Bianchi, A.; Biver, T.; Boggioni, A.; Giorgi, C.; Gratteri, P.; Malavolti, M.; Secco, F.; Valtancoli, B.; Venturini, M. Dalton Trans 2010, 39, 9838
14. Walker, M. G.; Gonzalez, V.; Chekmeneva, E.; Thomas, J. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 12107
15. Zeglis, B. M.; Barton, J. K. Nat. Protoc. 2007, 2, 357
16. Zeglis, B. M.; Boland, J. A.; Barton, J. K. Biochemistry 2009, 48, 839
17. Zeglis, B. M.; Boland, J. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7530
18. Song, H.; Kaiser, J. T.; Barton, J. K. Nat. Chem. 2012, 4, 615
19. Lim, M. H.; Song, H.; Olmon, E. D.; Dervan, E. E.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2009, 48, 5392
20. Rizzo, V.; Sacchi, N.; Menozzi, M. Biochemistry 1989, 28, 274
21. Chaires, J. B.; Dattagupta, N.; Crothers, D. M. Biochemistry 1985, 24, 260
22. Biver, T.; Secco, F.; Venturini, M. Coord. Chem. Rev. 2008, 252, 1163
23. Biver, T.; Secco, F.; Tine, M. R.; Venturini, M.; Bencini, A.; Bianchi, A.; Giorgi, C. J. Inorg. Biochem. 2004, 98, 1531
24. Biver, T.; Cavazza, C.; Secco, F.; Venturini, M. J. Inorg. Biochem. 2007, 101, 461
25. Mukherjee, A.; Lavery, R.; Bagchi, B.; Hynes, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9747
26. Sasikala, W. D.; Mukherjee, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 6446
27. Sasikala, W. D.; Mukherjee, A. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 12208
28. Barducci, A.; Bussi, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603
29. Branduardi, D.; Gervasio, F. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 054103
30. Limongelli, V.; Bonomi, M.; Marinelli, L.; Gervasio, F. L.; Cavalli, A.; Novellino, E.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 5411
31. Grazioso, G.; Limongelli, V.; Branduardi, D.; Novellino, E.; De Micheli, C.; Cavalli, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 453
32. Bešker, N.; Gervasio, F. L. Methods Mol. Biol. 2012, 819, 501
33. Favia, A. D.; Masetti, M.; Recanatini, M.; Cavalli, A. PLoS One 2011, 6, e25375
34. Lodola, A.; Branduardi, D.; De Vivo, M.; Capoferri, L.; Mor, M.; Piomelli, D.; Cavalli, A. PLoS One 2012, 7, e32397
35. Hall, J. P.; O'Sullivan, K.; Naseer, A.; Smith, J. A.; Kelly, J. M.; Cardin, C. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 17610
36. Vargiu, A. V.; Magistrato, A. Inorg. Chem. 2012, 51, 2046
37. Hart, J. R.; Glebov, O.; Ernst, R. J.; Kirsch, I. R.; Barton, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15359
38. Orozco, M.; Noy, A.; Perez, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 185
39. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
40. Robertazzi, A.; Vargiu, A. V.; Magistrato, A.; Ruggerone, P.; Carloni, P.; de Hoog, P.; Reedijk, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10881
41. Maurer, P.; Laio, A.; Hugosson, H. W.; Colombo, M. C.; Rothlisberger, U. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 628
42. Spiegel, K.; Magistrato, A.; Maurer, P.; Ruggerone, P.; Rothlisberger, U.; Carloni, P.; Reedijk, J.; Klein, M. L. J. Comput. Chem. 2008, 29, 38
43. Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
44. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021
45. Nosè, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511
46. Van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701
47. Grubmüller, H.; Heymann, B.; Tavan, P. Science 1996, 271, 997
48. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961
49. Laio, A.; Gervasio, F. L. Rep. Prog. Phys. 2008, 71, 126601
50. Barducci, A.; Bonomi, M.; Parrinello, M. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science 2011, 1, 826
51. Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 655
52. Lavery, R.; Moakher, M.; Maddocks, J. H.; Petkeviciute, D.; Zakrzewska, K. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5917
53. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
54. Lah, J.; Vesnaver, G. J. Mol. Biol. 2004, 342, 73
55. Vargiu, A. V.; Ruggerone, P.; Magistrato, A.; Carloni, P. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 5910
56. Magistrato, A.; Ruggerone, P.; Spiegel, K.; Carloni, P.; Reedijk, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3604
57. Spiegel, K.; Magistrato, A.; Carloni, P.; Reedijk, J.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11873
58. Wei, D.; Wilson, W. D.; Neidle, S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 1369
59. Haq, I.; Lincoln, P.; Suh, D.; Norden, B.; Chowdry, B.; Chaires, J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4788
60. Starikov, E. B.; Norden, B. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 14431
61. Garcia, B.; Ibeas, S.; Ruiz, R.; Leal, J. M.; Biver, T.; Boggioni, A.; Secco, F.; Venturini, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 188
62. Wilhelm, M.; Mukherjee, A.; Bouvier, B.; Zakrzewska, K.; Hynes, J. T.; Lavery, R. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 8588
63. Holmlin, R. E.; Stemp, E. D.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 1998, 37, 29
64. Holmlin, R. E.; Stemp, E. D. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5236
65. Neidle, S. Nat. Chem. 2012, 4, 594
66. (Editorial) Nat. Chem. 2012, 4, 587
67. Lewis, E. A.; Munde, M.; Wang, S.; Rettig, M.; Le, V.; Machha, V.; Wilson, W. D. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 9649
68. Dolenc, J.; Baron, R.; Oostenbrink, C.; Koller, J.; van Gunsteren, W. F. Biophys. J. 2006, 91, 1460
69. Vargiu, A. V.; Magistrato, A. ChemMedChem 2014, 10.1002/cmdc.201402203