Intercalation and de-intercalation pathway of proflavine through the minor and major grooves of DNA: Roles of water and entropy

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 17, 2013, Pages 6446-6455

  Sasikala, Wilbee D ^a   Mukherjee, Arnab ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE EDUCATION AND RESEARCH   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; PROFLAVINE; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENTROPY;

DNA; ENTROPY; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PROFLAVINE; WATER;

EID: 84875868308     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp50501d     Document Type: Article

References (56)

1. L. S. Lerman J. Mol. Biol. 1961 3 18 30
2. E. C. E. F. Gale, P. E. Reynolds, M. H. Richmond and M. J. Waring, The Molecular Basis of Antibiotic Action, Wiley, New York, 1972, pp. 173-277
3. S. Neidle Prog. Med. Chem. 1979 16 151 221
4. R. Böhner U. Hagen Biochim. Biophys. Acta, Nucleic Acids Protein Synth. 1977 479 300 310
5. A. H. Sarris E. G. Niles E. S. Canellakis Biochim. Biophys. Acta, Nucleic Acids Protein Synth. 1977 474 268 278
6. L. J. Eron B. R. McAuslan Biochim. Biophys. Acta, Nucleic Acids Protein Synth. 1966 114 633 636
7. J. McCann B. N. Ames Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1976 73 950 954
8. P. M. Kanter H. S. Schwartz Cancer Res. 1979 39 3661 3672
9. W. E. Ross D. L. Glaubiger K. W. Kohn Biochim. Biophys. Acta, Nucleic Acids Protein Synth. 1978 519 23 30
10. H. M. Berman P. R. Young Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1981 10 87 114
11. W. A. Denny, B. C. Baguley, B. F. Cain and M. J. Waring, Acridine anti-cancer drugs. In Molecular Aspects of Anti-Cancer Drug Action, Macmillan Press, London, 1983
12. C. H. Browing R. Gulbransen E. L. Kennaway L. H. D. Thornton Br. Med. J. 1917 i 73 78
13. E. S. DeJong C.-e. Chang M. K. Gilson J. P. Marino Biochemistry 2003 42 8035 8046
14. K. W. Kohn M. J. Waring D. Glaubiger C. A. Friedman Cancer Res. 1975 35 71 76
15. M. Wainwright J. Antimicrob. Chemother. 2001 47 1 13
16. http://www.rcsb.org/pdb/home/ 10.2210/pdb3ft6/pdb
17. S. A. Harris E. Gavathiotis M. S. Searle M. Orozco C. A. Laughton J. Am. Chem. Soc. 2001 123 12658 12663
18. M. E. Nuss F. J. Marsh P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1979 101 825 833
19. S. Neidle L. H. Pearl P. Herzyk H. M. Berman Nucleic Acids Res. 1988 16 8999 9016
20. S. Swaminathan D. L. Beveridge H. M. Berman J. Phys. Chem. 1990 94 4660 4665
21. G. G. Holman M. Zewail-Foote A. R. Smith K. A. Johnson B. L. Iverson Nat. Chem. 2011 3 875 881
22. D. M. Neville Jr D. R. Davies J. Mol. Biol. 1966 17 57 74
23. H. Niyazi J. P. Hall K. O'Sullivan G. Winter T. Sorensen J. M. Kelly C. J. Cardin Nat. Chem. 2012 4 621 628
24. H. Song J. T. Kaiser J. K. Barton Nat. Chem. 2012 4 615 620
25. D. H. Paik T. T. Perkins Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 1811 1815
26. H. J. Li D. M. Crothers J. Mol. Biol. 1969 39 461 477
27. J. Ramstein M. Ehrenberg R. Rigler Biochemistry 1980 19 3938 3948
28. M. D. A. C Ciatto G. Natile F. Secco M. Venturini Biophys. J. 1999 77 2717 2724
29. A. F. Corin T. M. Jovin Biochemistry 1986 25 3995 4007
30. E. Bereznyak N. Gladkovskaya A. Khrebtova E. Dukhopelnikov A. Zinchenko Biophysics 2009 54 574 580
31. T. Biver F. Secco M. R. Tinè M. Venturini Arch. Biochem. Biophys. 2003 418 63 70
32. J. Ramstein M. Leng Biophys. Chem. 1975 3 234 240
33. E. F. Pettersen T. D. Goddard C. C. Huang G. S. Couch D. M. Greenblatt E. C. Meng T. E. Ferrin J. Comput. Chem. 2004 25 1605 1612
34. G. Schwarz S. Klose Eur. J. Biochem. 1972 29 249 256
35. A. Mukherjee R. Lavery B. Bagchi J. T. Hynes J. Am. Chem. Soc. 2008 130 9747 9755
36. M. Wilhelm A. Mukherjee B. Bouvier K. Zakrzewska J. T. Hynes R. Lavery J. Am. Chem. Soc. 2012 134 8588 8596
37. W. D. Sasikala A. Mukherjee J. Phys. Chem. B 2012 116 12208 12212
38. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562 12566
39. A. Barducci G. Bussi M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 2008 100 020603
40. M. Bonomi D. Branduardi G. Bussi C. Camilloni D. Provasi P. Raiteri D. Donadio F. Marinelli F. Pietrucci R. Broglia Comput. Phys. Commun. 2009 180 1961 1972
41. A. Dearing P. Weiner P. A. Kollman Nucleic Acids Res. 1981 9 1483 1498
42. S. Li V. R. Cooper T. Thonhauser B. I. Lundqvist D. C. Langreth J. Phys. Chem. B 2009 113 11166 11172
43. A. Mukherjee J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 3021 3026
44. M. Kolár T. s. Kubar P. Hobza J. Phys. Chem. B 2010 114 13446 13454
45. J. B. Chaires Biopolymers 1985 24 403 419
46. J. B. Chaires N. Dattagupta D. M. Crothers Biochemistry 1982 21 3933 3940
47. R. A. Alberty G. G. Hammes J. Phys. Chem. 1958 62 154 159
48. A. Malkia P. Liljeroth K. Kontturi Electrochem. Commun. 2003 5 473 479
49. L. Onsager Phys. Rev. 1931 37 405 426
50. T. Macke and D. A. Case, Modeling unusual nucleic acid structures, American Chemical Society, Washington, DC, 1998
51. J. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049 1074
52. A. Perez I. Marchan D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham, III C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
53. E. J. Sorin V. S. Pande Biophys. J. 2005 88 2472 2493
54. G. M. Morris R. Huey W. Lindstrom M. F. Sanner R. K. Belew D. S. Goodsell A. J. Olson J. Comput. Chem. 2009 30 2785 2791
55. T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation: An Interdisciplinary Guide, Springer, New York, 2010
56. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447