Detecting DNA mismatches with metallo-insertors: A Molecular simulation study

Inorganic Chemistry

Volumn 51, Issue 4, 2012, Pages 2046-2057

  Vargiu, Attilio V ^a   Magistrato, Alessandra ^b  

^a UNIVERSITY OF CAGLIARI   (Italy)

^b DEMOCRITOS NATIONAL SIMULATION CENTER   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COORDINATION COMPOUND; DNA; INTERCALATING AGENT; RHODIUM; RUTHENIUM;

ARTICLE; BASE MISPAIRING; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; DRUG EFFECT; METABOLISM; THERMODYNAMICS;

BASE PAIR MISMATCH; BINDING SITES; COMPUTER SIMULATION; COORDINATION COMPLEXES; DNA; INTERCALATING AGENTS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RHODIUM; RUTHENIUM; THERMODYNAMICS;

EID: 84857736917     PISSN: 00201669     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic201659v     Document Type: Article

References (53)

1. Ernst, R. J.; Song, H.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2359.
2. Zeglis, B. M.; Pierre, V. C.; Barton, J. K. Chem. Commun. 2007, 4565.
3. Zeglis, B. M.; Barton, J. K. Nat. Protoc. 2007, 2, 357.
4. Zeglis, B. M.; Boland, J. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7530.
5. Spiegel, K.; Magistrato, A. Org. Biomol. Chem. 2006, 4, 2507.
6. Erkkila, K. E.; Odom, D. T.; Barton, J. K. Chem. Rev. 1999, 99, 2777.
7. Lim, M. H.; Song, H.; Olmon, E. D.; Dervan, E. E.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2009, 48, 5392.
8. Pierre, V. C.; Kaiser, J. T.; Barton, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 429.
9. Zeglis, B. M.; Pierre, V. C.; Kaiser, J. T.; Barton, J. K. Biochemistry 2009, 48, 4247.
10. Jackson, B. A.; Barton, J. K. Biochemistry 2000, 39, 6176.
11. Zeglis, B. M.; Boland, J. A.; Barton, J. K. Biochemistry 2009, 48, 839.
12. Junicke, H.; Hart, J. R.; Kisko, J.; Glebov, O.; Kirsch, I. R.; Barton, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3737.
13. Zeglis, B. M.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2008, 47, 6452.
14. Cordier, C.; Pierre, V. C.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12287.
15. http://www.cpmd.org/.
16. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 8861.
17. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425.
18. Krumper, J. R.; Gerisch, M.; Magistrato, A.; Rothlisberger, U.; Bergman, R. G.; Tilley, T. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12492.
19. Maurer, P.; Magistrato, A.; Rothlisberger, U. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 11494.
20. Corral, E.; Hotze, A. C. G.; Magistrato, A.; Reedijk, J. Inorg. Chem. 2007, 46, 6715.
21. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
22. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
23. Barnett, R. N.; Landman, U. Phys. Rev. B 1993, 48, 2081.
24. Hart, J. R.; Glebov, O.; Ernst, R. J.; Kirsch, I. R.; Barton, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15359.
25. Orozco, M.; Noy, A.; Perez, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 185.
26. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
27. Robertazzi, A.; Vargiu, A. V.; Magistrato, A.; Ruggerone, P.; Carloni, P.; de Hoog, P.; Reedijk, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10881.
28. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
29. Gossens, C.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10921.
30. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
31. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021.
32. van Gunsteren, W. F. GROMOS96; Hochschulverlag AG der ETH: Zürich, Switzerland, 1996
33. Laio, A.; VandeVondele, J.; Rothlisberger, U. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6941.
34. Magistrato, A.; Ruggerone, P.; Spiegel, K.; Carloni, P.; Reedijk, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3604.
35. Laio, A.; VandeVondele, J.; Rothlisberger, U. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7300.
36. Maurer, P.; Laio, A.; Hugosson, H. W.; Colombo, M. C.; Rothlisberger, U. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 628.
37. Spiegel, K.; Magistrato, A.; Maurer, P.; Ruggerone, P.; Rothlisberger, U.; Carloni, P.; Reedijk, J.; Klein, M. L. J. Comput. Chem. 2008, 29, 38.
38. Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 655.
39. Lavery, R.; Moakher, M.; Maddocks, J. H.; Petkeviciute, D.; Zakrzewska, K. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5917.
40. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
41. Rocchia, W.; Sridharan, S.; Nicholls, A.; Alexov, E.; Chiabrera, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 2002, 23, 128.
42. Guvench, O.; MacKerell, A. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 56.
43. Gilson, M. K.; Zhou, H. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007, 36, 21.
44. Vargiu, A. V.; Ruggerone, P.; Magistrato, A.; Carloni, P. Biophys. J. 2008, 94, 550.
45. Robertazzi, A.; Magistrato, A.; de Hoog, P.; Carloni, P.; Reedijk, J. Inorg. Chem. 2007, 46, 5873.
46. Sgrignani, J.; Franco, D.; Magistrato, A. Molecules 2011, 16, 442.
47. Magistrato, A.; Pregosin, P. S.; Albinati, A.; Rothlisberger, U. Organometallics 2001, 20, 4178.
48. Magistrato, A.; Togni, A.; Rothlisberger, U. Organometallics 2006, 25, 1151.
49. Vargiu, A. V.; Ruggerone, P.; Magistrato, A.; Carloni, P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24687.
50. Spiegel, K.; Magistrato, A.; Carloni, P.; Reedijk, J.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11873.
51. Ciancetta, A.; G., S.; Ryde, U. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2011, 25, 729.
52. Ruba, E.; Hart, J. R.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 2004, 43, 4570.
53. Vargiu, A. V.; Ruggerone, P.; Magistrato, A.; Carloni, P. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 5910.