Unraveling non-covalent interactions within flexible biomolecules: From electron density topology to gas phase spectroscopy

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 21, 2014, Pages 9876-9891

  Chaudret, R ^a   De Courcy, B ^a   Contreras Garcia J ^a   Gloaguen, E ^b,c   Zehnacker Rentien, A ^b   Mons, M ^b,c   Piquemal, J P ^a  

^a SORBONNE UNIVERSITÉ   (France)

^b CNRS   (France)

^c CNRS UMR 3299   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; PROTEIN;

CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; PROCEDURES; SPECTROSCOPY;

DNA; HYDROGEN BONDING; PROTEINS; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 84897637172     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp52774c     Document Type: Article

References (105)

1. S. Steiner and G. R. Desiraju, The Weak Hydrogen Bond, Oxford University Press, Oxford, 1999
2. S. Tsuzuki A. Fujii Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2584 2594
3. M. P. D. Hatfield N. Y. Palermo J. Csontos R. F. Murphy S. Lovas J. Phys. Chem. B 2008 112 3503 3508
4. C. A. Schalley Mass Spectrom. Rev. 2001 20 253 309
5. R. Weinkauf J. P. Schermann M. S. de Vries K. Kleinermanns Eur. Phys. J. D 2002 20 309 316
6. S. Maity M. Guin P. C. Singh G. N. Patwari ChemPhysChem 2011 12 26 46
7. M. Honda A. Fujii E. Fujimaki T. Ebata N. Mikami J. Phys. Chem. A 2003 107 3678 3686
8. K. Yosida K. Suzuki S. Ishiuchi M. Sakai M. Fujii C. E. H. Dessent K. Müller-Dethlefs Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 2534 2538
9. K. Sakota N. Yamamoto K. Ohashi M. Saeki S. Ishiuchi M. Sakai M. Fujii H. Sekiya Chem. Phys. 2002 283 209 219
10. M. Mons E. G. Robertson J. P. Simons J. Phys. Chem. A 2000 104 1430 1437
11. K. Le Barbu F. Lahmani M. Mons M. Broquier A. Zehnacker Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 4684 4688
12. K. Le Barbu-Debus M. Broquier F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien Mol. Phys. 2005 103 1655 1662
13. F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien M. Broquier J. Photochem. Photobiol., A 2002 154 41 52
14. F. Lahmani M. Broquier A. Zehnacker-Rentien Chem. Phys. Lett. 2002 354 337 348
15. M. Broquier F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien V. Brenner P. Millie A. Peremans J. Phys. Chem. A 2001 105 6841 6850
16. E. G. Buchanan W. H. James A. Gutberlet J. C. Dean L. Guo S. H. Gellman T. S. Zwier Faraday Discuss. 2011 150 209 226
17. K. Schwing C. Reyheller A. Schaly S. Kubik M. Gerhards ChemPhysChem 2011 12 1981 1988
18. H. Fricke K. Schwing A. Gerlach C. Unterberg M. Gerhards Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3511 3521
19. H. S. Biswal Y. Loquais B. Tardivel E. Gloaguen M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2011 133 3931 3942
20. E. Gloaguen B. de Courcy J. P. Piquemal J. Pilmé O. Parisel R. Pollet H. S. Biswal F. Piuzzi B. Tardivel M. Broquier M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2010 132 11860 11863
21. E. Gloaguen F. Pagliarulo V. Brenner W. Chin F. Piuzzi B. Tardivel M. Mons Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 4491 4497
22. V. Brenner F. Piuzzi I. Dimicoli B. Tardivel M. Mons Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 2463 2466
23. V. Brenner F. Piuzzi I. Dimicoli B. Tardivel M. Mons J. Phys. Chem. A 2007 111 7347 7354
24. W. Chin F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1033 1048
25. T. D. Vaden S. A. N. Gowers T. S. J. A. de Boer J. D. Steill J. Oomens L. C. Snoek J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14640 14650
26. J. A. Stearns M. Guidi O. V. Boyarkin T. R. Rizzo J. Chem. Phys. 2007 127 154322
27. R. C. Dunbar J. D. Steill J. Oomens Int. J. Mass Spectrom. 2010 297 107 115
28. D. Semrouni O. P. Balaj F. Calvo C. F. Correia C. Clavaguera G. Ohanessian J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 728 738
29. P. Hobza V. Spirko Z. Havlas K. Buchhold B. Reimann H. D. Barth B. Brutschy Chem. Phys. Lett. 1999 299 180 186
30. B. C. Dian A. Longarte S. Mercier D. A. Evans D. J. Wales T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2002 117 10688 10702
31. B. C. Dian A. Longarte T. S. Zwier Science 2002 296 2369 2373
32. T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2006 110 4133 4150
33. W. H. James III E. G. Buchanan C. W. Mueller J. C. Dean D. Kosenkov L. V. Slipchenko L. Guo A. G. Reidenbach S. H. Gellman T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2011 115 13783 13798
34. E. G. Buchanan W. H. James S. H. Choi L. Guo S. H. Gellman C. W. Mueller T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2012 137 094301
35. A. Gerlach C. Unterberg H. Fricke M. Gerhards Mol. Phys. 2005 103 1521 1529
36. H. Fricke A. Gerlach M. Gerhards Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1660 1662
37. W. Chin F. Piuzzi J. P. Dognon I. Dimicoli M. Mons J. Chem. Phys. 2005 123 084301
38. W. Chin F. Piuzzi J. P. Dognon L. Dimicoli B. Tardivel M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2005 127 11900 11901
39. Y. Loquais E. Gloaguen J. Thomas M. Mons D. W. Pratt J. Phys. Chem. B
40. E. Gloaguen Y. Loquais J. A. Thomas D. W. Pratt M. Mons J. Phys. Chem. B 2013 117 4945 4955
41. T. Scharge T. Haber M. A. Suhm Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 4664 4667
42. N. Seurre K. Le Barbu-Debus F. Lahmani A. Zehnacker N. Borho M. A. Suhm Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1007 1016
43. N. Borho Y. J. Xu Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 2276 2279
44. M. Albrecht J. Will M. A. Suhm Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 6203 6206
45. M. Speranza F. Rondino M. Satta A. Paladini A. Giardini D. Catone S. Piccirillo Chirality 2009 21 119 144
46. Chiral Recognition in the Gas Phase, ed., A. Zehnacker, CRC Press Taylor & Francis Group, Boca Raton, 2010
47. R. Sudha M. F. Jarrold J. Phys. Chem. B 2005 109 11777 11780
48. R. C. Dunbar J. D. Steill J. Oomens J. Am. Chem. Soc. 2011 133 1212 1215
49. K. Le Barbu V. Brenner P. Millie F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien J. Phys. Chem. A 1998 102 128 137
50. M. Mons F. Piuzzi I. Dimicoli A. Zehnacker F. Lahmani Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 5065 5070
51. N. Seurre K. Le Barbu-Debus F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien J. Sepiol J. Mol. Struct. 2004 692 127 137
52. N. Seurre J. Sepiol K. Le Barbu-Debus F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2867 2877
53. M. Albrecht A. Borba K. Le Barbu-Debus B. Dittrich R. Fausto S. Grimme A. Mahjoub M. Nedic U. Schmitt L. Schrader M. A. Suhm A. Zehnacker-Rentien J. Zischang New J. Chem. 2010 34 1266 1285
54. D. Scuderi K. Le Barbu-Debus A. Zehnacker Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 17916 17929
55. R. F. W. Bader Chem. Rev. 1991 91 893 928
56. S. Noury X. Krokidis F. Fuster B. Silvi Comput. Chem. 1999 23 597 604
57. J. Poater M. Duran M. Sola B. Silvi Chem. Rev. 2005 105 3911 3947
58. P. L. A. Popelier G. Logothetis J. Organomet. Chem. 1998 555 101 111
59. P. L. A. Popelier, Atoms in Molecules: An Introduction, Prentice Hall PTR, 2000
60. P. L. A. Popelier R. F. W. Bader Chem. Phys. Lett. 1992 189 542 548
61. E. Espinosa M. Souhassou H. Lachekar C. Lecomte Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 1999 55 563 572
62. B. J. Miller J. R. Lane H. G. Kjaergaard Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 14183 14193
63. J. R. Lane J. Contreras-Garcia J.-P. Piquemal B. J. Miller H. G. Kjaergaar J. Chem. Theory Comput. 2013 9 3263 3266
64. J. Contreras-Garcia E. R. Johnson S. Keinan R. Chaudret J. P. Piquemal D. N. Beratan W. T. Yang J. Chem. Theory Comput. 2011 7 625 632
65. E. R. Johnson S. Keinan P. Mori-Sanchez J. Contreras-Garcia A. J. Cohen W. Yang J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6498 6506
66. N. Gillet R. Chaudret J. Contreras-Garcia W. T. Yang B. Silvi J. P. Piquemal J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3993 3997
67. G. A. Chass R. S. Mirasol D. H. Setiadi T. H. Tang W. Chin M. Mons I. Dimicoli J. P. Dognon B. Viskolcz S. Lovas B. Penke I. G. Csizmadia J. Phys. Chem. A 2005 109 5289 5302
68. W. Chin M. Mons J. P. Dognon R. Mirasol G. Chass I. Dimicoli F. Piuzzi P. Butz B. Tardivel I. Compagnon G. von Helden G. Meijer J. Phys. Chem. A 2005 109 5281 5288
69. W. Chin M. Mons J. P. Dognon F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2700 2709
70. W. Chin J. P. Dognon F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2005 127 707 712
71. W. Chin J. P. Dognon C. Canuel F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons I. Compagnon G. von Helden G. Meijer J. Chem. Phys. 2005 122 054317
72. C. F. P. Silva M. L. T. S. Duarte R. Fausto J. Mol. Struct. 1999 482-483 591 599
73. K. Le Barbu F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien J. Phys. Chem. A 2002 106 6271 6278
74. A. Mahjoub A. Chakraborty V. Lepere K. Le Barbu-Debus N. Guchhait A. Zehnacker Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 5160 5169
75. E. E. Baquero W. H. James S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4784 4794
76. E. E. Baquero W. H. James III S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4795 4807
77. W. Chin I. Compagnon J. P. Dognon C. Canuel F. Piuzzi I. Dimicoli G. von Helden G. Meijer M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1388 1389
78. W. Chin J. P. Dognon F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons Mol. Phys. 2005 103 1579 1587
79. M. Gerhards C. Unterberg A. Gerlach A. Jansen Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2682 2690
80. E. Gloaguen R. Pollet F. Piuzzi B. Tardivel M. Mons Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 11385 11388
81. W. H. James E. E. Baquero S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2010 114 1581 1591
82. W. H. James III E. G. Buchanan L. Guo S. H. Geman T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2011 115 11960 11970
83. E. Gloaguen H. Valdes F. Pagliarulo R. Pollet B. Tardivel P. Hobza F. o. Piuzzi M. Mons J. Phys. Chem. A 2009 114 2973 2982
84. W. H. Pirkle T. C. Pochapsky Chem. Rev. 1989 89 347 362
85. A. Zehnacker M. A. Suhm Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 6970 6992
86. X. L. Kong I. A. Tsai S. Sabu C. C. Han Y. T. Lee H. C. Chang S. Y. Tu A. H. Kung C. C. Wu Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 4130 4134
87. J. L. Arbour H. S. Rzepa J. Contreras-Garcia L. A. Adrio E. M. Barreiro K. K. Hii Chem.-Eur. J. 2012 18 11317 11324
88. A. Bouchet T. Brotin M. Linares H. Agren D. Cavagnat T. Buffeteau J. Org. Chem. 2011 76 4178 4181
89. M. Nishijima T. C. S. Pace A. Nakamura T. Mori T. Wada C. Bohne Y. Inoue J. Org. Chem. 2007 72 2707 2715
90. T. B. Adler N. Borho M. Reiher M. A. Suhm Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 3440 3445
91. N. Borho M. A. Suhm Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2885 2890
92. Z. Su N. Borho Y. J. Xu J. Am. Chem. Soc. 2006 128 17126 17131
93. J. Thomas F. X. Sunahori N. Borho Y. Xu Chem.-Eur. J. 2011 17 4582 4587
94. A. Latini D. Toja A. Giardini-Guidoni S. Piccirillo M. Speranza Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 815 817
95. A. Giardini-Guidoni A. Paladini F. Rondino S. Piccirillo M. Satta M. Speranza Org. Biomol. Chem. 2005 3 3984 3989
96. K. Le Barbu-Debus M. Broquier A. Mahjoub A. Zehnacker-Rentien J. Phys. Chem. A 2008 112 9731 9741
97. K. Le Barbu-Debus F. Lahmani A. Zehnacker-Rentien N. Guchhait Chem. Phys. Lett. 2006 422 218 225
98. K. Le Barbu-Debus M. Broquier A. Mahjoub A. Zehnacker-Rentien Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 7589 7598
99. S. Tsuzuki K. Honda A. Fujii T. Uchimaru M. Mikami Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2860 2865
100. A. Savin B. Silvi F. Colonna Can. J. Chem. 1996 74 1088 1096
101. B. Silvi J. Mol. Struct. 2002 614 3 10
102. B. Silvi A. Savin Nature 1994 371 683 686
103. D. Fang R. Chaudret J. P. Piquemal G. A. Cisneros J. Chem. Theory Comput. 2013 9 2156 2160
104. F. R. Wagner V. Bezugly M. Kohout Y. Grin Chem.-Eur. J. 2007 13 5724 5741
105. J. Contreras-Garcia W. T. Yang E. R. Johnson J. Phys. Chem. A 2011 115 12983 12990