Competition between local conformational preferences and secondary structures in gas-phase model tripeptides as revealed by laser spectroscopy and theoretical chemistry

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 6, Issue 10, 2004, Pages 2700-2709

  Chin, Wutharath ^a   Mons, Michel ^a   Dognon, Jean Pierre ^a   Piuzzi, François ^a   Tardivel, Benjamin ^a   Dimicoli, Iliana ^a  

^a Centre National de la Recherche Scientifique   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

N ACETYLPHENYLALANYLPROLINAMIDE; N ACETYLPROLYLPHENYLALANINAMIDE; PHENYLALANINE DERIVATIVE; PROLINE DERIVATIVE; SOLVENT; TRIPEPTIDE DERIVATIVE; UNCLASSIFIED DRUG;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CALCULATION; CONFORMATION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; GAS; HYDROGEN BOND; INFRARED SPECTROSCOPY; LASER; MOLECULAR DYNAMICS; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY;

EID: 3042609930     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b315470j     Document Type: Article

References (52)

1. C. Branden and J. Tooze, Introduction to Protein Structure, Garland Publishing, New York, 1999.
2. C. Toniolo, CRC Crit. Rev. Biochem., 1980, 9, 1.
3. J. A. Smith and L. G. Pease, CRC Crit. Rev. Biochem., 1980, 8, 314.
4. E. J. Milner-White, J. Mol. Biol., 1990, 216, 385.
5. E. G. Hutchinson and J. M. Thornton, Protein Sci., 1994, 3, 2209.
6. K. Chou, Analytical Biochemistry, 2000, 286, 1.
7. K. Guruprasad and S. Rajkumar, J. Biosci., 2000, 25, 143.
8. K. Guruprasad, M. S. Prasad and G. R. Kumar, J. Pept. Res., 2001, 57, 292.
9. E. Vass, M. Hollosi, F. Besson and R. Buchet, Chem. Rev., 2003, 103, 1917.
10. A. Perczel and I. G. Csizmadia, Int. Rev. Phys. Chem., 1995, 14, 127.
11. A. Perczel, O. Farkas, A. G. Csaszar and I. G. Csizmadia, Can. J. Chem.-Rev. Can. Chim., 1997, 75, 1120.
12. I. Jakli, A. Perczel, O. Farkas, M. Hollosi and I. G. Csizmadia, J. Mol. Struct. (Theochem), 1998, 455, 303.
13. M. A. Berg, G. A. Chasse, E. Deretey, A. K. Fuzery, B. M. Fung, D. Y. K. Fung, H. Henry-Riyad, A. C. Lin, M. L. Mak, A. Mantas, M. Patel, I. V. Repyakh, M. Staikova, S. J. Salpietro, T. H. Tang, J. C. Vank, A. Perczel, G. I. Csonka, O. Farkas, L. L. Torday, Z. Szekely and I. G. Csizmadia, J. Mol. Struct. (Theochem), 2000, 500, 5.
14. G. A. Chass, A. M. Rodriguez, M. L. Mak, E. Deretey, A. Perczel, C. P. Sosa, R. D. Enriz and I. G. Csizmadia, J. Mol. Struct. (Theochem), 2001, 537, 319.
15. R. Improta, C. Benzi and V. Barone, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 12 568.
16. P. Hudaky, I. Jakli, A. G. Csaszar and A. Perczel, J. Comput. Chem., 2001, 22, 732.
17. C. Benzi, R. Improta, G. Scalmani and V. Barone, J. Comput. Chem., 2002, 23, 341.
18. E. Langella, N. Rega, R. Improta, O. Crescenzi and V. Barone, J. Comput. Chem., 2002, 23, 650.
19. G. A. Chass, S. Lovas, R. F. Murphy and I. G. Csizmadia, Eur. Phys. J. D, 2002, 20, 481.
20. R. Improta, V. Barone, K. N. Kudin and G. E. Scuseria, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 3311.
21. E. Czinki, A. G. Csaszar and A. Perczel, Chem.-Eur. J., 2003, 9, 1182.
22. A. Perczel, I. Jakli, M. A. McAllister and I. G. Csizmadia, Chem.-Eur. J., 2003, 9, 2551.
23. J. R. Cable, M. J. Tubergen and D. H. Levy, J. Am. Chem. Soc., 1989, 111, 9032.
24. R. Cohen, B. Brauer, E. Nir, L. Grace and M. S. deVries, J. Phys. Chem. A, 2000, 104, 6351.
25. F. Piuzzi, I. Dimicoli, M. Mons, B. Tardivel and Q. Zhao, Chem. Phys. Lett., 2000, 320, 282.
26. L. C. Snoek, R. T. Kroemer, M. R. Hockridge and J. P. Simons, Phys. Chem. Chem. Phys., 2001, 3, 1819.
27. K. T. Lee, J. Sung, K. J. Lee, S. K. Kim and Y. D. Park, J. Chem. Phys., 2002, 116, 8251.
28. I. Hunig, K. A. Seefeld and K. Kleinermanns, Chem. Phys. Lett., 2003, 369, 173.
29. B. C. Dian, A. Longarte and T. S. Zwier, Science, 2002, 296, 2369.
30. B. C. Dian, A. Longarte, S. Mercier, D. A. Evans, D. J. Wales and T. S. Zwier, J. Chem. Phys., 2002, 117, 10 688.
31. R. J. Lavrich, D. F. Plusquellic, R. D. Suenram, G. T. Fraser, A. R. H. Walker and M. J. Tubergen, J. Chem. Phys., 2003, 118, 1253.
32. M. Gerhards and C. Unterberg, Phys. Chem. Chem. Phys., 2002, 4, 1760.
33. M. Gerhards, C. Unterberg and A. Gerlach, Phys. Chem. Chem. Phys., 2002, 4, 5563.
34. C. Unterberg, A. Gerlach, T. Schrader and M. Gerhards, J. Chem. Phys., 2003, 118, 8296.
35. E. G. Robertson and J. P. Simons, Phys. Chem. Chem. Phys., 2001, 3, 1.
36. T. S. Zwier, J. Phys. Chem. A, 2001, 105, 8827.
37. R. Weinkauf, J. P. Schermann, M. S. de Vries and K. Kleinermanns, Eur. Phys. J. D, 2002, 20, 309.
38. W. Chin, M. Mons, G. A. Chass, J.-P. Dognon, F. Piuzzi, P. Butz, B. Tardivel and I. Dimicoli, in preparation.
39. G. Toth, C. R. Watts, R. F. Murphy and S. Lovas, Proteins, 2001, 43, 373.
40. M. A. McAllister, A. Perczel, P. Csaszar, W. Viviani, J. L. Rivail and I. G. Csizmadia, Theochem-J. Mol. Struct., 1993, 107, 161.
41. M. Mons, I. Dimicoli, F. Piuzzi, B. Tardivel and M. Elhanine, J. Chem. Phys. A. 2002, 106, 5088.
42. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179.
43. M. J. S. Dewar, E. G. Zoebisch, E. F. Healy and J. J. P. Stewart, J. Am. Chem. Soc., 1985, 107, 3902.
44. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN 98 (Revision A.7), Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1998.
45. G. M. Florio, R. A. Christie, K. D. Jordan and T. S. Zwier, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 10 236.
46. K. Guruprasad, M. S. Prasad and G. R. Kumar, J. Pept. Res., 2000, 56, 250.
47. M. L. Huggins, Chem. Rev., 1943, 32, 195.
48. G. R. Desiraju and T. Steiner, The Weak Hydrogen Bond, Oxford University Press, Oxford, 1999.
49. P. W. Baures, W. H. Ojala, W. B. Gleason and R. L. Johnson, J. Pept. Res., 1997, 50, 1.
50. E. G. Robertson, M. R. Hockridge, P. D. Jelfs and J. P. Simons, Phys. Chem. Chem. Phys., 2001, 3, 786.
51. T. Nakanaga and F. Ito, J. Phys. Chem. A, 1999, 103, 5440.
52. D. Pal and P. Chakrabarti, J. Mol. Biol., 1999, 294, 271.