The gas-phase dipeptide analogue acetyl-phenylalanyl-amide: A model for the study of side chain/backbone interactions in proteins

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 109, Issue 24, 2005, Pages 5281-5288

  Chin, Wutharath ^a   Mons, Michel ^a   Dognon, Jean Pierre ^a   Mirasol, Reinard ^b   Chass, Gregory ^a,b   Dimicoli, Iliana ^a   Piuzzi, François ^a   Butz, Patrick ^c   Tardivel, Benjamin ^a   Compagnon, Isabelle ^d   Von Helden, Gert ^e   Meijer, Gerard ^e  

^a Centre National de la Recherche Scientifique   (France)

^b Global Institute of Computational Molecular and Materials Science   (Canada)

^c UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^d FOM INSTITUTE FOR PLASMA PHYSICS RIJNHUIZEN   (Netherlands)

^e FRITZ HABER INSTITUT DER MAX PLANCK GESELLSCHAFT   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACKBONE INTERACTIONS; DIPEPTIDES; MODEL SYSTEM; PEPTIDE CHAINS;

BIOCHEMISTRY; FLUORESCENCE; HYDROGEN BONDS; INFRARED RADIATION; MATHEMATICAL MODELS; POLYPEPTIDES; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; RESONANCE;

PROTEINS;

ACETYLPHENYLALANYLAMIDE; DIPEPTIDE; DRUG DERIVATIVE; PHENYLALANINE; PROTEIN;

ARTICLE; BIOLOGICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GAS; SPECTROSCOPY;

DIPEPTIDES; GASES; MODELS, BIOLOGICAL; MOLECULAR STRUCTURE; PHENYLALANINE; PROTEINS; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 22444435319     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp048037j     Document Type: Article

References (51)

1. Burley, S. K.; Petsko, G. A. FEBS Lett. 1986, 203, 139.
2. Levitt, M.; Perutz, M. F. J. Mol. Biol. 1988, 201, 751.
3. Steiner, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 48.
4. Toth, G.; Watts, C. R.; Murphy, R. F.; Lovas, S. Proteins 2001, 43, 373.
5. Duan, G.; Smith, V. H.; Weaver, D. F. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 4521.
6. Cheng, J. G.; Kang, C. M.; Zhu, W. L.; Luo, X. M.; Puah, C. M.; Chen, K. X.; Shen, J. H.; Jiang, H. L. J. Org. Chem. 2003, 68, 7490.
7. Branden, C.; Tooze, J. Introduction to Protein Structure; Garland Publishing: New York, 1999.
8. Chou, K. Anal. Biochem. 2000, 286, 1.
9. Lavrich, R. J.; Plusquellic, D. F.; Suenram, R. D.; Fraser, G. T.; Walker, A. R. H.; Tubergen, M. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1253.
10. Perczel, A.; Csizmadia, I. G. Int. Rev. Phys. Chem. 1995, 14, 127.
11. Vargas, R.; Garza, J.; Hay, B. P.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3213.
12. Endredi, G.; Perczel, A.; Farkas, O.; McAllister, M. A.; Csonka, G. I.; Ladik, J.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1997, 391, 15.
13. Farkas, O.; McAllister, M. A.; Ma, J. H.; Perczel, A.; Hollosi, M.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 369, 105.
14. Perczel, A.; Farkas, O.; Csaszar, A. G.; Csizmadia, I. G. Can. J. Chem.-Rev. Can. Chim. 1997, 75, 1120.
15. Jakli, I.; Perczel, A.; Farkas, O.; Hollosi, M.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 455, 303.
16. Hudaky, P.; Jakli, I.; Csaszar, A. G.; Perczel, A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 732.
17. Chasse, G. A.; Rodriguez, A. M.; Mak, M. L.; Deretey, E.; Perczel, A.; Sosa, C. P.; Enriz, R. D.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2001, 557, 319.
18. Dian, B. C.; Longarte, A.; Zwier, T. S. Science 2002, 296, 2369.
19. Dian, B. C.; Longarte, A.; Mercier, S.; Evans, D. A.; Wales, D. J.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10688.
20. Evans, D. A.; Wales, D. J.; Dian, B. C.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 148.
21. Dian, B. C.; Longarte, A.; Winter, P. R.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 133.
22. Gerhards, M.; Unterberg, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1760.
23. Gerhards, M.; Unterberg, C.; Gerlach, A.; Jansen, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2682.
24. Perczel, A.; Jakli, I.; McAllister, M. A.; Csizmadia, I. G. Chem.-Eur. J 2003, 9, 2551.
25. Berg, M. A.; Chasse, G. A.; Deretey, E.; Fuzery, A. K.; Fung, B. M.; Fung, D. Y. K.; Henry-Riyad, H.; Lin, A. C.; Mak, M. L.; Mantas, A.; Patel, M.; Repyakh, I. V.; Staikova, M.; Salpietro, S. J.; Tang, T. H.; Vank, J. C.; Perczel, A.; Csonka, G. I.; Farkas, O.; Torday, L. L.; Szekely, Z.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 500, 5.
26. Improta, R.; Benzi, C.; Barone, V. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12568.
27. Benzi, C.; Improta, R.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2002, 25, 341.
28. Chass, G. A.; Lovas, S.; Murphy, R. F.; Csizmadia, I. G. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 481.
29. Langella, E.; Rega, N.; Improta, R.; Crescenzi, O.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2002, 23, 650.
30. Improta, R.; Barone, V.; Kudin, K. N.; Scuseria, G. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3311.
31. Czinki, E.; Csaszar, A. G.; Perczel, A. Chem-Eur. J. 2003, 9, 1182.
32. Chass, G. A.; Mirasol, R.; Setiadi, D. H.; Tang, T.-H.; Chin, W.; Mons, M.; Dimicoli, I.; Dognon, J.-P.; Viskolcz, B.; Lovas, S.; Penke, B.; Csizmadia, I. G. J. Phys. Chem. A, 2005, 109, 5289.
33. Cable, J. R.; Tubergen, M. J.; Levy, D. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 9032.
34. Cohen, R.; Brauer, B.; Nir, E.; Grace, L.; de Vries, M. S. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6351.
35. Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M.; Tardivel, B.; Zhao, Q. Chem. Phys. Lett. 2000, 320, 282.
36. Robertson, E. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1.
37. Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8827.
38. Weinkauf, R.; Schermann, J. P.; de Vries, M. S.; Kleinermanns, K. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 309.
39. Bakker, J. M.; Aleese, L. M.; Meijer, G.; von Helden, G. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 203003.
40. Piuzzi, F.; Mons, M.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Zhao, Q. Chem. Phys. 2001, 270, 205.
41. Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M.; Millié, P.; Brenner, V.; Zhao, Q.; Soep, B.; Tramer, A. Chem. Phys. 2002, 275, 123.
42. Li, S.; Bernstein, E. R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 804.
43. Yao, J.; Im, H. S.; Foltin, M.; Bernstein, E. R. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6197.
44. Jacon, M.; Lardeux, C.; Lopez-Delgado, R.; Tramer, A. Chem. Phys. 1977, 24, 145.
45. Robertson, E. G.; Hockridge, M. R.; Jelfs, P. D.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 786.
46. Nakanaga, T.; Ito, F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5440.
47. Beechem, J. M.; Brand, L. Annu. Rev. Biochem. 1985, 24, 43.
48. Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, 3rd ed.; CRC Press: Cleveland, OH, 1976.
49. Gotch, A. J.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 1990, 93, 6977.
50. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J.-P.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2700.
51. Chin, W.; Dognon, J.-P.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 707.