Single-conformation spectroscopy and population analysis of model γ-peptides: New tests of amide stacking

Faraday Discussions

Volumn 150, Issue , 2011, Pages 209-226

  Buchanan, Evan G ^a   James Iii, William H ^a   Gutberlet, Anna ^a   Dean, Jacob C ^a   Guo, Li ^b   Gellman, Samuel H ^a   Zwier, Timothy S ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE; OLIGOPEPTIDE; WATER;

BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COLD; GAS; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; PHYSICAL CHEMISTRY; PROTEIN BINDING; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW; X RAY PHOTOELECTRON SPECTROSCOPY;

AMIDES; BINDING SITES; CHEMISTRY, PHYSICAL; COLD TEMPERATURE; GASES; MODELS, MOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; PHOTOELECTRON SPECTROSCOPY; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; WATER;

EID: 79960177761     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1fd00001b     Document Type: Review

References (65)

1. S. Bagchi A. K. Charnley A. B. Smith Iii R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2009 113 8412 8417
2. S. Bagchi Y. S. Kim A. K. Charnley A. B. Smith R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2007 111 3010 3018
3. R. M. Hochstrasser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14189
4. Y. S. Kim R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2009 113 8231 8251
5. Y. S. Lin J. M. Shorb P. Mukherjee M. T. Zanni J. L. Skinner J. Phys. Chem. B 2008 113 592 602
6. D. B. Strasfeld Y. L. Ling R. Gupta D. P. Raleigh M. T. Zanni J. Phys. Chem. B 2009 113 15679 15691
7. J. L. Alonso C. Perez M. Eugenia Sanz J. C. Lopez S. Blanco Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 617 627
8. M. S. de Vries P. Hobza Annu. Rev. Phys. Chem. 2007 58 585 612
9. H. Fricke A. Funk T. Schrader M. Gerhards J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4692 4698
10. M. Mons F. Piuzzi I. Dimicoli Act. Chim. 2007 19 22
11. M. E. Sanz J. C. Lopez J. L. Alonso Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3573 3578
12. J. P. Simons Mol. Phys. 2009 107 2435 2458
13. T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2006 110 4133 4150
14. T. R. Rizzo Y. D. Park L. A. Peteanu D. H. Levy J. Chem. Phys. 1986 84 2534 2541
15. W. H. James III C. W. MuÃàller E. G. Buchanan M. G. D. Nix L. Guo L. Roskop M. S. Gordon L. V. Slipchenko S. H. Gellman T. S. Zwier J. Am. Chem. Soc. 2009 131 14243 14245
16. W. H. James III E. E. Baquero V. A. Shubert S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Am. Chem. Soc. 2009 131 6574 6590
17. W. H. James III E. E. Baquero S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2010 114 1581 1591
18. R. M. Balabin J. Chem. Phys. 2010 132 231101 231104
19. K. E. Riley M. Pitonak P. Jurecka P. Hobza Chem. Rev. 2010 110 5023 5063
20. T. van Mourik P. G. Karamertzanis S. L. Price J. Phys. Chem. A 2006 110 8 12
21. J. D. Chai M. Head-Gordon J. Chem. Phys. 2008 128 084106
22. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 289 300
23. G. A. Cisneros S. N.-I. Tholander O. Parisel T. A. Darden D. Elking L. Perera J. P. Piquemal Int. J. Quantum Chem. 2008 108 1905 1912
24. D. M. Elking G. A. Cisneros J.-P. Piquemal T. A. Darden L. G. Pedersen J. Chem. Theory Comput. 2009 6 190 202
25. E. J. Cocinero E. C. Stanca-Kaposta M. Dethlefsen B. Liu D. P. Gamblin B. G. Davis J. P. Simons Chem. Eur. J. 2009 15 13427 13434
26. R. Kusaka Y. Inokuchi T. Ebata Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 6238 6244
27. T. A. LeGreve W. H. James T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2009 113 399 410
28. M. Schmitt M. Bohm C. Ratzer C. Vu L. Kalkman W. L. Meerts J. Am. Chem. Soc. 2005 127 10356 10364
29. V. A. Shubert C. W. Muller T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2009 113 8067 8079
30. J. R. Clarkson E. Baquero T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2005 122
31. J. R. Clarkson J. M. Herbert T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2007 126 134306
32. B. C. Dian J. R. Clarkson T. S. Zwier Science 2004 303 1169 1173
33. B. C. Dian G. M. Florio J. R. Clarkson A. Longarte T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2004 120 9033 9046
34. B. C. Dian A. Longarte P. R. Winter T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2004 120 133 147
35. T. A. LeGreve J. R. Clarkson T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2008 112 3911 3920
36. N. R. Pillsbury C. W. Muller T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2009 113 5013 5021
37. N. R. Pillsbury T. S. Zwier J. Phys. Chem. A 2009 113 126 134
38. R. P. Cheng S. H. Gellman W. F. DeGrado Chem. Rev. 2001 101 3219 3232
39. S. H. Gellman Acc. Chem. Res. 1998 31 173 180
40. W. S. Horne S. H. Gellman Acc. Chem. Res. 2008 41 1399 1408
41. D. Seebach J. Gardiner Acc. Chem. Res. 2008 41 1366 1375
42. E. E. Baquero W. H. James S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4784 4794
43. E. E. Baquero W. H. James S. H. Choi S. H. Gellman T. S. Zwier J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4795 4807
44. S. Ishiuchi H. Shitomi K. Takazawa M. Fujii Chem. Phys. Lett. 1998 283 243 250
45. B. J. Miller H. G. Kjaergaard K. Hattori S. Ishiuchi M. Fujii Chem. Phys. Lett. 2008 466 21 26
46. T. Omi H. Shitomi N. Sekiya K. Takazawa M. Fujii Chem. Phys. Lett. 1996 252 287 293
47. B. Fehrensen M. Hippler M. Quack Chem. Phys. Lett. 1998 298 320 328
48. D. H. Levy Annu. Rev. Phys. Chem. 1980 31 197 225
49. J. Keske D. A. McWhorter B. H. Pate Int. Rev. Phys. Chem. 2000 19 363 407
50. W. Chin F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1033 1048
51. J. R. Clarkson E. Baquero V. A. Shubert E. M. Myshakin K. D. Jordan T. S. Zwier Science 2005 307 1443 1446
52. V. A. Shubert E. E. Baquero J. R. Clarkson W. H. James J. A. Turk A. A. Hare K. Worrel M. A. Lipton D. P. Schofield K. D. Jordan T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2007 127 234315
53. V. Deev M. A. Collins J. Chem. Phys. 2005 122 154102 154112
54. M. S. Gordon M. A. Freitag P. Bandyopadhyay J. H. Jensen V. Kairys W. J. Stevens J. Phys. Chem. A 2000 105 293 307
55. M. S. Gordon J. M. Mullin S. R. Pruitt L. B. Roskop L. V. Slipchenko J. A. Boatz J. Phys. Chem. B 2009 113 9646 9663
56. M. W. Schmidt K. K. Baldridge J. A. Boatz S. T. Elbert M. S. Gordon J. H. Jensen S. Koseki N. Matsunaga K. A. Nguyen S. Su T. L. Windus M. Dupuis J. A. Montgomery J. Comput. Chem. 1993 14 1347 1363
57. J. M. Mullin L. B. Roskop S. R. Pruitt M. A. Collins M. S. Gordon J. Phys. Chem. A 2009 113 10040 10049
58. L. V. Slipchenko M. S. Gordon J. Comput. Chem. 2007 28 276 291
59. R. E. Miller Acc. Chem. Res. 1990 23 10 16
60. D. J. Nesbitt Ann. Rev. Phys. Chem. 1994 45 367 399
61. S. Hanessian X. H. Luo R. Schaum S. Michnick J. Am. Chem. Soc. 1998 120 8569 8570
62. T. Hintermann K. Gademann B. Jaun D. Seebach Helv. Chim. Acta 1998 81 983 1002
63. G. J. Bartlett A. Choudhary R. T. Raines D. N. Woolfson Nat. Chem. Biol. 2010 6 615 620
64. C. E. Jakobsche, A. Choudhary, S. J. Miller and R. T. Raines, J. Am. Chem. Soc., 132, pp. 6651-6653
65. D. J. Wales, J. P. K. Doye, M. A. Miller, P. N. Mortenson and T. R. Walsh, in Adv. Chem. Phys., ed., I. Prigogine, and, S. A. Rice, Wiley & Sons, 2000, pp. 1-111