Isothermal amplified detection of DNA and RNA

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 5, 2014, Pages 970-1003

  Yan, Lei ^a   Zhou, Jie ^a   Zheng, Yue ^a   Gamson, Adam S ^a   Roembke, Benjamin T ^a   Nakayama, Shizuka ^a   Sintim, Herman O ^a  

^a University of Maryland   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; NANOMATERIAL; RNA;

BIOCATALYSIS; CHEMISTRY; METHODOLOGY; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; REVIEW;

BASE SEQUENCE; BIOCATALYSIS; DNA; NANOSTRUCTURES; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; RNA;

EID: 84897550274     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70304e     Document Type: Review

References (261)

1. R. Sachidanandam D. Weissman S. C. Schmidt J. M. Kakol L. D. Stein G. Marth S. Sherry J. C. Mullikin B. J. Mortimore D. L. Willey S. E. Hunt C. G. Cole P. C. Coggill C. M. Rice Z. M. Ning J. Rogers D. R. Bentley P. Y. Kwok E. R. Mardis R. T. Yeh B. Schultz L. Cook R. Davenport M. Dante L. Fulton L. Hillier R. H. Waterston J. D. McPherson B. Gilman S. Schaffner W. J. Van Etten D. Reich J. Higgins M. J. Daly B. Blumenstiel J. Baldwin N. S. Stange-Thomann M. C. Zody L. Linton E. S. Lander D. Altshuler Int. S. N. P. M. W. G. Nature 2001 409 928 933
2. G. A. Calin C. Sevignani C. Dan Dumitru T. Hyslop E. Noch S. Yendamuri M. Shimizu S. Rattan F. Bullrich M. Negrini C. M. Croce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 2999 3004
3. G. A. Calin C. D. Dumitru M. Shimizu R. Bichi S. Zupo E. Noch H. Aldler S. Rattan M. Keating K. Rai L. Rassenti T. Kipps M. Negrini F. Bullrich C. M. Croce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 15524 15529
4. M. Z. Michael S. M. O'Connor N. G. V. Pellekaan G. P. Young R. J. James Mol. Cancer Res. 2003 1 882 891
5. M. Metzler M. Wilda K. Busch S. Viehmann A. Borkhardt Genes, Chromosomes Cancer 2004 39 167 169
6. J. Takamizawa H. Konishi K. Yanagisawa S. Tomida H. Osada H. Endoh T. Harano Y. Yatabe M. Nagino Y. Nimura T. Mitsudomi T. Takahashi Cancer Res. 2004 64 3753 3756
7. P. S. Eis W. Tam L. P. Sun A. Chadburn Z. D. Li M. F. Gomez E. Lund J. E. Dahlberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 3627 3632
8. J. A. Chan A. M. Krichevsky K. S. Kosik Cancer Res. 2005 65 6029 6033
9. J. Kluiver S. Poppema D. de Jong T. Blokzijl G. Harms S. Jacobs B. J. Kroesen A. van den Berg J. Pathol. 2005 207 243 249
10. D. M. Kolpashchikov Chem. Rev. 2010 110 4709 4723
11. P. J. Asiello A. J. Baeumner Lab Chip 2011 11 1420 1430
12. R. Wilson Chem. Soc. Rev. 2008 37 2028 2045
13. H. Dong J. Lei L. Ding Y. Wen H. Ju X. Zhang Chem. Rev. 2013 113 6207 6233
14. J. Li S. Tan R. Kooger C. Zhang Y. Zhang Chem. Soc. Rev. 2014 43 506 517
15. M. L. Pardue J. G. Gall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1969 64 600 604
16. J. E. Landegent N. J. I. Dewal R. A. Baan J. H. J. Hoeijmakers M. Van der ploeg Exp. Cell Res. 1984 153 61 72
17. D. Pinkel T. Straume J. W. Gray Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 2934 2938
18. D. Pinkel J. Landegent C. Collins J. Fuscoe R. Segraves J. Lucas J. Gray Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988 85 9138 9142
19. E. F. DeLong G. S. Wickham N. R. Pace Science 1989 243 1360 1363
20. R. I. Amann L. Krumholz D. A. Stahl J. Bacteriol. 1990 172 762 770
21. S. Tyagi F. R. Kramer Nat. Biotechnol. 1996 14 303 308
22. K. Wang Z. Tang C. J. Yang Y. Kim X. Fang W. Li Y. Wu C. D. Medley Z. Cao J. Li P. Colon H. Lin W. Tan Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 856 870
23. Y. Li X. Zhou D. Ye Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008 373 457 461
24. R. Monroy-Contreras L. Vaca J. Nucleic Acids 2011 2011 741723
25. N. E. Broude Mol. Microbiol. 2011 80 1137 1147
26. K. Huang A. A. Marti Anal. Bioanal. Chem. 2012 402 3091 3102
27. S. Tyagi D. P. Bratu F. R. Kramer Nat. Biotechnol. 1998 16 49 53
28. S. Tyagi S. A. E. Marras F. R. Kramer Nat. Biotechnol. 2000 18 1191 1196
29. S. A. E. Marras F. R. Kramer S. Tyagi Nucleic Acids Res. 2002 30 e122
30. K. A. Browne J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1989 1994
31. A. T. Krueger E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2008 130 3989 3999
32. P. Sheng Z. Yang Y. Kim Y. Wu W. Tan S. A. Benner Chem. Commun. 2008 5128 5130
33. Y. Kim C. J. Yang W. Tan Nucleic Acids Res. 2007 35 7279 7287
34. C. Crey-Desbiolles D. R. Ahn C. J. Leumann Nucleic Acids Res. 2005 33 e77
35. Y. Ueno A. Kawamura K. Takasu S. Komatsuzaki T. Kato S. Kuboe Y. Kitamura Y. Kitade Org. Biomol. Chem. 2009 7 2761 2769
36. D. M. Kolpashchikov J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10625 10628
37. Y. Xiao K. J. I. Plakos X. Lou R. J. White J. Qian K. W. Plaxco H. T. Soh Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 4354 4358
38. C. Lv L. Yu J. Wang X. Tang Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010 20 6547 6550
39. C.-H. Lu J. Li J.-J. Liu H.-H. Yang X. Chen G.-N. Chen Chem.-Eur. J. 2010 16 4889 4894
40. H. Asanuma T. Osawa H. Kashida T. Fujii X. Liang K. Niwa Y. Yoshida N. Shimadad A. Maruyama Chem. Commun. 2012 48 1760 1762
41. H. Kashida T. Takatsu T. Fujii K. Sekiguchi X. Liang K. Niwa T. Takase Y. Yoshida H. Asanuma Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 7044 7047
42. C. Y. J. Yang H. Lin W. H. Tan J. Am. Chem. Soc. 2005 127 12772 12773
43. B. Dubertret M. Calame A. J. Libchaber Nat. Biotechnol. 2001 19 365 370
44. T. N. Grossmann L. Roglin O. Seitz Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 5223 5225
45. Y. Hara T. Fujii H. Kashida K. Sekiguchi X. Liang K. Niwa T. Takase Y. Yoshida H. Asanuma Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 5502 5506
46. Y. Sato S. Nishizawa N. Teramae Chem.-Eur. J. 2011 17 11650 11656
47. A. Okamoto K. Tainaka Y. Ochi K. Kanatani I. Saito Mol. Biosyst. 2006 2 122 127
48. H. Kashida K. Yamaguchi Y. Hara H. Asanuma Bioorg. Med. Chem. 2012 20 4310 4315
49. T. Heinlein J. P. Knemeyer O. Piestert M. Sauer J. Phys. Chem. B 2003 107 7957 7964
50. P. Hou Y. Long J. Zhao J. Wang F. Zhou Spectrochim. Acta, Part A 2012 86 76 79
51. Q. Q. Li G. Y. Luan Q. P. Guo J. X. Liang Nucleic Acids Res. 2002 30 e5
52. J. M. Picuri B. M. Frezza M. R. Ghadiri J. Am. Chem. Soc. 2009 131 9368 9377
53. M. Zhou Y. Liu Y. Tu G. Tao J. Yan Biosens. Bioelectron. 2012 35 489 492
54. F. He F. Feng X. Duan S. Wang Y. Li D. Zhu Anal. Chem. 2008 80 2239 2243
55. D. Y. Duose R. M. Schweller J. Zimak A. R. Rogers W. N. Hittelman M. R. Diehl Nucleic Acids Res. 2012 40 3289 3298
56. A. E. Prigodich P. S. Randeria W. E. Briley N. J. Kim W. L. Daniel D. A. Giljohann C. A. Mirkin Anal. Chem. 2012 84 2062 2066
57. J. Hemphill A. Deiters J. Am. Chem. Soc. 2013 135 10512 10518
58. D. S. Seferos D. A. Giljohann H. D. Hill A. E. Prigodich C. A. Mirkin J. Am. Chem. Soc. 2007 129 15477 15479
59. D. Y. Zhang E. Winfree J. Am. Chem. Soc. 2009 131 17303 17314
60. J. C. Guatelli K. M. Whitfield D. Y. Kwoh K. J. Barringer D. D. Richman T. R. Gingeras Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 1874 1878
61. J. Compton Nature 1991 350 91 92
62. K. Loens M. Ieven D. Ursi H. Foolen P. Sillekens H. Goossens J. Microbiol. Methods 2003 54 127 130
63. D. Jeantet F. Schwarzmann J. Tromp W. J. G. Melchers A. A. M. van der Wurff T. Oosterlaken M. Jacobs A. Troesch J. Clin. Virol. 2009 45 S29 S37
64. D. G. Murphy L. Cote M. Fauvel P. Rene J. Vincelette J. Clin. Microbiol. 2000 38 4034 4041
65. M. Damen P. Sillekens H. T. M. Cuypers I. Frantzen R. Melsert J. Virol. Methods 1999 82 45 54
66. F. Zhang S. Tetali X. P. Wang M. H. Kaplan F. V. Cromme C. C. Ginocchio J. Clin. Microbiol. 2000 38 1920 1925
67. S. A. Morre P. T. G. Sillekens M. V. Jacobs S. de Blok J. M. Ossewaarde P. van Aarle B. van Gemen J. M. M. Walboomers C. Meijer A. C. van den Brule J. Clin. Pathol.: Clin. Mol. Pathol. 1998 51 149 154
68. G. M. E. van der Vliet S. N. Cho K. Kampirapap J. vanLeeuwen R. A. F. Schukkink B. vanGemen P. K. Das W. R. Faber G. P. Walsh P. R. Klatser Int. J. Lepr. Other Mycobact. Dis. 1996 64 396 403
69. C. Ovyn D. van Strijp M. Leven D. Ursi B. van Gemen H. Goossens Mol. Cell. Probes 1996 10 319 324
70. M. Uyttendaele R. Schukkink B. Vangemen J. Debevere Int. J. Food Microbiol. 1995 27 77 89
71. X. Song B. K. Coombes J. B. Mahony Comb. Chem. High Throughput Screening 2000 3 303 313
72. J. D. Fox S. Han A. Samuelson Y. D. Zhang M. L. Neale D. Westmoreland J. Clin. Virol. 2002 24 117 130
73. G. T. Walker M. C. Little J. G. Nadeau D. D. Shank Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 392 396
74. G. T. Walker M. S. Fraiser J. L. Schram M. C. Little J. G. Nadeau D. P. Malinowski Nucleic Acids Res. 1992 20 1691 1696
75. M. C. Little J. Andrews R. Moore S. Bustos L. Jones C. Embres G. Durmowicz J. Harris D. Berger K. Yanson C. Rostkowski D. Yursis J. Price T. Fort A. Walters M. Collis O. Llorin J. Wood F. Failing C. O'Keefe B. Scrivens B. Pope T. Hansen K. Marino K. Williams M. Boenisch Clin. Chem. 1999 45 777 784
76. E. Tan J. Wong D. Nguyen Y. Zhang B. Erwin L. K. Van Ness S. M. Baker D. J. Galas A. Niemz Anal. Chem. 2005 77 7984 7992
77. H. Dong J. Zhang H. Ju H. Lu S. Wang S. Jin K. Hao H. Du X. Zhang Anal. Chem. 2012 84 4587 4593
78. A. Ogawa Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010 20 6056 6060
79. C. Ding X. Li Y. Ge S. Zhang Anal. Chem. 2010 82 2850 2855
80. A. R. Connolly M. Trau Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 2720 2723
81. C. Shi C. Zhao Q. Guo C. Ma Chem. Commun. 2011 47 2895 2897
82. A. R. Connolly M. Trau Nat. Protoc. 2011 6 772 778
83. Q. Guo X. Yang K. Wang W. Tan W. Li H. Tang H. Li Nucleic Acids Res. 2009 37 e20
84. J. Van Ness L. K. Van Ness D. J. Galas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 4504 4509
85. H. Jia Z. Li C. Liu Y. Cheng Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 5498 5501
86. Z.-z. Zhang C.-y. Zhang Anal. Chem. 2012 84 1623 1629
87. H.-Q. Wang W.-Y. Liu Z. Wu L.-J. Tang X.-M. Xu R.-Q. Yu J.-H. Jiang Anal. Chem. 2011 83 1883 1889
88. T. Notomi H. Okayama H. Masubuchi T. Yonekawa K. Watanabe N. Amino T. Hase Nucleic Acids Res. 2000 28 e63
89. M. Parida K. Horioke H. Ishida P. K. Dash P. Saxena A. M. Jana M. A. Islam S. Inoue N. Hosaka K. Morita J. Clin. Microbiol. 2005 43 2895 2903
90. M. M. Parida S. R. Santhosh P. K. Dash N. K. Tripathi P. Saxena S. Ambuj A. K. Sahni P. V. L. Rao K. Morita J. Clin. Microbiol. 2006 44 4172 4178
91. M. M. Parida S. R. Santhosh P. K. Dash N. K. Tripathi V. Lakshmi N. Mamidi A. Shrivastva N. Gupta P. Saxena J. P. Babu P. V. L. Rao K. Morita J. Clin. Microbiol. 2007 45 351 357
92. M. Parida G. Posadas S. Inoue F. Hasebe K. Morita J. Clin. Microbiol. 2004 42 257 263
93. T. C. T. Hong Q. L. Mai D. V. Cuong M. Parida H. Minekawa T. Notomi F. Hasebe K. Morita J. Clin. Microbiol. 2004 42 1956 1961
94. M. Imai A. Ninomiya H. Minekawa T. Notomi T. Ishizaki P. V. Tu N. T. K. Tien M. Tashiro T. Odagiri J. Virol. Methods 2007 141 173 180
95. M. Olivier Mutat. Res., Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2005 573 103 110
96. V. Lyamichev A. L. Mast J. G. Hall J. R. Prudent M. W. Kaiser T. Takova R. W. Kwiatkowski T. J. Sander M. de Arruda D. A. Arco B. P. Neri M. A. D. Brow Nat. Biotechnol. 1999 17 292 296
97. J. G. Hall P. S. Eis S. M. Law L. P. Reynaldo J. R. Prudent D. J. Marshall H. T. Allawi A. L. Mast J. E. Dahlberg R. W. Kwiatkowski M. de Arruda B. P. Neri V. I. Lyamichev Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8272 8277
98. S.-I. Usami M. Wagatsuma H. Fukuoka H. Suzuki K. Tsukada S. Nishio Y. Takumi S. Abe Acta Otolaryngol. 2008 128 446 454
99. M. J. Stillman S. P. Day T. E. Schutzbank J. Clin. Virol. 2009 45 S73 S77
100. H. T. Allawi J. E. Dahlberg S. Olson E. Lund M. Olson W. P. Ma T. Takova B. P. Neri V. I. Lyamichev RNA 2004 10 1153 1161
101. H. T. Allawi H. Li T. Sander A. Aslanukov V. I. Lyamichev A. Blackman S. Elagin Y.-W. Tang J. Clin. Microbiol. 2006 44 3443 3447
102. A. Fire S. Q. Xu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 4641 4645
103. P. M. Lizardi X. H. Huang Z. R. Zhu P. Bray-Ward D. C. Thomas D. C. Ward Nat. Genet. 1998 19 225 232
104. D. Y. Liu S. L. Daubendiek M. A. Zillman K. Ryan E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 1996 118 1587 1594
105. J. Baner M. Nilsson M. Mendel-Hartvig U. Landegren Nucleic Acids Res. 1998 26 5073 5078
106. E. J. Cho L. T. Yang M. Levy A. D. Ellington J. Am. Chem. Soc. 2005 127 2022 2023
107. V. V. Demidov Expert Rev. Mol. Diagn. 2002 2 542 548
108. W. Xu X. Xie D. Li Z. Yang T. Li X. Liu Small 2012 8 1846 1850
109. Y. Zhou Q. Huang J. Gao J. Lu X. Shen C. Fan Nucleic Acids Res. 2010 38 e156
110. M. Nilsson M. Gullberg F. Dahl K. Szuhai A. K. Raap Nucleic Acids Res. 2002 30 e66
111. G. A. Blab T. Schmidt M. Nilsson Anal. Chem. 2004 76 495 498
112. D. Y. Zhang W. D. Zhang X. P. Li Y. Konomi Gene 2001 274 209 216
113. M. C. Steain D. E. Dwyer A. C. Hurt C. Kol N. K. Saksena A. L. Cunningham B. Wang Antiviral Res. 2009 84 242 248
114. S. Henriksson A.-L. Blomstrom L. Fuxler C. Fossum M. Berg M. Nilsson Virol. J. 2011 8 37
115. Y. Long X. Zhou D. Xing Biosens. Bioelectron. 2011 26 2897 2904
116. E. M. Harcourt E. T. Kool Nucleic Acids Res. 2012 40 e65
117. Y. Long X. Zhou D. Xing Biosens. Bioelectron. 2013 46 102 107
118. T. Murakami J. Sumaoka M. Komiyama Nucleic Acids Res. 2009 37 e19
119. F. Dahl J. Baner M. Gullberg M. Mendel-Hartvig U. Landegren M. Nilsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 4548 4553
120. A. T. Christian M. S. Pattee C. M. Attix B. E. Reed K. J. Sorensen J. D. Tucker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14238 14243
121. E. Merkiene E. Gaidamaviciute L. Riauba A. Janulaitis A. Lagunavicius RNA 2010 16 1508 1515
122. C. Larsson J. Koch A. Nygren G. Janssen A. K. Raap U. Landegren M. Nilsson Nat. Methods 2004 1 227 232
123. M. Stougaard J. S. Lohmann M. Zajac S. Hamilton-Dutoit J. Koch BMC Biotechnol. 2007 7 69
124. Y. Cheng X. Zhang Z. Li X. Jiao Y. Wang Y. Zhang Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 3268 3272
125. N. Li C. Jablonowski H. Jin W. Zhong Anal. Chem. 2009 81 4906 4913
126. S. P. Jonstrup J. Koch J. Kjems RNA 2006 12 1747 1752
127. D. Y. Zhang M. Brandwein T. Hsuih H. B. Li Mol. Diagn. 2001 6 141 150
128. D. Wharam P. Marsh J. S. Lloyd T. D. Ray G. A. Mock R. Assenberg J. E. McPhee P. Brown A. Weston D. L. Cardy Nucleic Acids Res. 2001 29 e54
129. M. J. Hall S. D. Wharam A. Weston D. L. N. Cardy W. H. Wilson Biotechniques 2002 32 604 606
130. S. D. Wharam M. J. Hall W. H. Wilson Virol. J. 2007 4 52
131. M. Vincent Y. Xu H. M. Kong EMBO Rep. 2004 5 795 800
132. L. X. An W. Tang T. A. Ranalli H. J. Kim J. Wytiaz H. M. Kong J. Biol. Chem. 2005 280 28952 28958
133. A. Motre Y. Li H. Kong Gene 2008 420 17 22
134. O. Piepenburg C. H. Williams D. L. Stemple N. A. Armes PLoS Biol. 2006 4 e204
135. W. Xu X. Xue T. Li H. Zeng X. Liu Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 6849 6852
136. J. J. Li Y. Chu B. Y.-H. Lee X. S. Xie Nucleic Acids Res. 2008 36 e36
137. S. Bi J. Zhang S. Zhang Chem. Commun. 2010 46 5509 5511
138. T. Ando J. Takagi T. Kosawa Y. Ikeda J. Biochem. 1969 66 1 10
139. Y. Weizmann M. K. Beissenhirtz Z. Cheglakov R. Nowarski M. Kotler I. Willner Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 7384 7388
140. B. Zou Y. Ma H. Wu G. Zhou Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 7395 7398
141. J. Song Z. Li Y. Cheng C. Liu Chem. Commun. 2010 46 5548 5550
142. Z. Lin W. Yang G. Zhang Q. Liu B. Qiu Z. Cai G. Chen Chem. Commun. 2011 47 9069 9071
143. R. D. Morgan C. Calvet M. Demeter R. Agra H. M. Kong Biol. Chem. 2000 381 1123 1125
144. T. Kiesling K. Cox E. A. Davidson K. Dretchen G. Grater S. Hibbard R. S. Lasken J. Leshin E. Skowronski M. Danielsen Nucleic Acids Res. 2007 35 e117
145. L. A. Zheleznaya G. S. Kachalova R. I. Artyukh A. K. Yunusova T. A. Perevyazova N. I. Matvienko Biochemistry 2009 74 1457 1466
146. L. Xu Y. Zhu W. Ma H. Kuang L. Liu L. Wang C. Xu J. Phys. Chem. C 2011 115 16315 16321
147. J. Li Q.-H. Yao H.-E. Fu X.-L. Zhang H.-H. Yang Talanta 2011 85 91 96
148. X. Zuo F. Xia Y. Xiao K. W. Plaxco J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1816 1818
149. B. Z. Ren J. M. Zhou M. Komiyama Nucleic Acids Res. 2004 32 e42
150. H. J. Lee Y. Li A. W. Wark R. M. Corn Anal. Chem. 2005 77 5096 5100
151. F. Xuan X. Luo I. M. Hsing Anal. Chem. 2012 84 5216 5220
152. L. Cui G. Ke C. Wang C. J. Yang Analyst 2010 135 2069 2073
153. S. Liu C. Wang C. Zhang Y. Wang B. Tang Anal. Chem. 2013 85 2282 2288
154. S. Nakayama L. Yan H. O. Sintim J. Am. Chem. Soc. 2008 130 12560 12561
155. L. Yan S. Nakayama S. Yitbarek I. Greenfield H. O. Sintim Chem. Commun. 2011 47 200 202
156. Z. Shen S. Nakayama S. Semancik H. O. Sintim Chem. Commun. 2012 48 7580 7582
157. L. Yan S. Nakayama H. O. Sintim Bioorg. Med. Chem. 2013 21 6181 6185
158. Z. Zhu F. Gao J. Lei H. Dong H. Ju Chem.-Eur. J. 2012 18 13871 13876
159. J. Li X.-J. Qi Y.-Y. Du H.-E. Fu G.-N. Chen H.-H. Yang Biosens. Bioelectron. 2012 36 142 146
160. Q. Wang L. Yang X. Yang K. Wang L. He J. Zhu T. Su Chem. Commun. 2012 48 2982 2984
161. R. M. Kong X. B. Zhang L. L. Zhang Y. Huang D. Q. Lu W. H. Tan G. L. Shen R. Q. Yu Anal. Chem. 2011 83 14 17
162. H. X. Ji F. Yan J. P. Lei H. X. Ju Anal. Chem. 2012 84 7166 7171
163. M. D. Distefano J. A. Shin P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1991 113 5901 5902
164. G. B. Dreyer P. B. Dervan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985 82 968 972
165. T. Murakami J. Sumaoka M. Komiyama Nucleic Acids Res. 2012 40 e22
166. M. D. Distefano P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1992 114 11006 11007
167. M. D. Distefano P. B. Dervan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 1179 1183
168. J. Zhang J. H. Chen R. C. Chen G. N. Chen F. F. Fu Biosens. Bioelectron. 2009 25 815 819
169. J. Zhang X. Wu P. Chen N. Lin J. Chen G. Chen F. Fu Chem. Commun. 2010 46 6986 6988
170. B. W. Matthews Acc. Chem. Res. 1988 21 333 340
171. A. Saghatelian K. M. Guckian D. A. Thayer M. R. Ghadiri J. Am. Chem. Soc. 2003 125 344 345
172. V. Pavlov B. Shlyahovsky I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6522 6523
173. R. Duan X. Zuo S. Wang X. Quan D. Chen Z. Chen L. Jiang C. Fan F. Xia J. Am. Chem. Soc. 2013 135 4604 4607
174. B. Li X. Chen A. D. Ellington Anal. Chem. 2012 84 8371 8377
175. Y. Jiang B. Li J. N. Milligan S. Bhadra A. D. Ellington J. Am. Chem. Soc. 2013 135 7430 7433
176. Y. F. Li C. R. Geyer D. Sen Biochemistry 1996 35 6911 6922
177. P. Travascio Y. F. Li D. Sen Chem. Biol. 1998 5 505 517
178. P. Travascio A. J. Bennet D. Y. Wang D. Sen Chem. Biol. 1999 6 779 787
179. D. M. Kolpashchikov J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2934 2935
180. M. Deng D. Zhang Y. Zhou X. Zhou J. Am. Chem. Soc. 2008 130 13095 13102
181. S. Nakayama H. O. Sintim J. Am. Chem. Soc. 2009 131 10320 10333
182. A. K. L. Darius N. J. Ling U. Mahesh Mol. Biosyst. 2010 6 792 794
183. Y. Xiao V. Pavlov T. Niazov A. Dishon M. Kotler I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7430 7431
184. L. Zhang J. Zhu T. Li E. Wang Anal. Chem. 2011 83 8871 8876
185. Z. Zheng J. Han W. Pang J. Hu Sensors 2013 13 1064 1075
186. A. Bourdoncle A. E. Torres C. Gosse L. Lacroix P. Vekhoff T. Le Saux L. Jullien J. L. Mergny J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11094 11105
187. Z. Cheglakov Y. Weizmann B. Basnar I. Willner Org. Biomol. Chem. 2007 5 223 225
188. Y.-P. Zeng J. Hu Y. Long C.-Y. Zhang Anal. Chem. 2013 85 6143 6150
189. J. Chen J. Zhang Y. Guo J. Li F. Fu H.-H. Yang G. Chen Chem. Commun. 2011 47 8004 8006
190. C. Zhao L. Wu J. Ren X. Qu Chem. Commun. 2011 47 5461 5463
191. M. N. Stojanovic P. de Prada D. W. Landry ChemBioChem 2001 2 411 415
192. J. S. Hartig I. Grune S. H. Najafi-Shoushtari M. Famulok J. Am. Chem. Soc. 2004 126 722 723
193. S. Sando T. Sasaki K. Kanatani Y. Aoyama J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15720 15721
194. R. R. Breaker G. F. Joyce Chem. Biol. 1995 2 655 660
195. E. Mokany S. M. Bone P. E. Young T. B. Doan A. V. Todd J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1051 1059
196. F. Wang J. Elbaz C. Teller I. Willner Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 295 299
197. D. M. Kolpashchikov ChemBioChem 2007 8 2039 2042
198. Y. V. Gerasimova E. Cornett D. M. Kolpashchikov ChemBioChem 2010 11 811 817
199. M. Levy A. D. Ellington Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 6416 6421
200. J. Elbaz M. Moshe B. Shlyahovsky I. Willner Chem.-Eur. J. 2009 15 3411 3418
201. R. M. Franzini E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16021 16023
202. P. Silverman E. T. Kool Chem. Rev. 2006 106 3775 3789
203. Y. Z. Xu N. B. Karalkar E. T. Kool Nat. Biotechnol. 2001 19 148 152
204. E. Jentzsch A. Mokhir Inorg. Chem. 2009 48 9593 9595
205. A. H. El-Sagheer V. V. Cheong T. Brown Org. Biomol. Chem. 2011 9 232 235
206. S. M. Gryaznov R. L. Letsinger J. Am. Chem. Soc. 1993 115 3808 3809
207. A. Mattes O. Seitz Chem. Commun. 2001 2050 2051
208. J. L. Czlapinski T. L. Sheppard ChemBioChem 2004 5 127 129
209. S. M. Gryaznov R. L. Letsinger Nucleic Acids Res. 1993 21 1403 1408
210. Y. Z. Xu E. T. Kool Nucleic Acids Res. 1999 27 875 881
211. K. Fujimoto S. Matsuda N. Takahashi I. Saito J. Am. Chem. Soc. 2000 122 5646 5647
212. J. F. Cai X. X. Li X. Yue J. S. Taylor J. Am. Chem. Soc. 2004 126 16324 16325
213. Z. C. Ma J. S. Taylor Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 11159 11163
214. Z. C. Ma J. S. Taylor Bioorg. Med. Chem. 2001 9 2501 2510
215. S. Sando E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9686 9687
216. H. Abe E. T. Kool Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 263 268
217. Y. Huang J. M. Coull J. Am. Chem. Soc. 2008 130 3238 3239
218. H. Abe J. Wang K. Furukawa K. Oki M. Uda S. Tsuneda Y. Ito Bioconjugate Chem. 2008 19 1219 1226
219. L. Pianowski N. Winssinger Chem. Commun. 2007 3820 3822
220. Z. Pianowski K. Gorska L. Oswald C. A. Merten N. Winssinger J. Am. Chem. Soc. 2009 131 6492 6497
221. R. M. Franzini E. T. Kool ChemBioChem 2008 9 2981 2988
222. J. F. Cai X. X. Li J. S. Taylor Org. Lett. 2005 7 751 754
223. R. M. Franzini E. T. Kool Org. Lett. 2008 10 2935 2938
224. T. N. Grossmann O. Seitz J. Am. Chem. Soc. 2006 128 15596 15597
225. T. N. Grossmann O. Seitz Chem.-Eur. J. 2009 15 6723 6730
226. T. N. Grossmann L. Roeglin O. Seitz Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 7119 7122
227. A. P. Silverman E. T. Kool Nucleic Acids Res. 2005 33 4978 4986
228. S. Sando H. Abe E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1081 1087
229. A. P. Silverman E. J. Baron E. T. Kool ChemBioChem 2006 7 1890 1894
230. H. Abe E. T. Kool Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 263 268
231. G. P. Miller A. P. Silverman E. T. Kool Bioorg. Med. Chem. 2008 16 56 64
232. A. P. Silverman H. Abe E. T. Kool Methods Mol. Biol. 2008 429 161 170
233. K. Furukawa H. Abe K. Hibino Y. Sako S. Tsuneda Y. Ito Bioconjugate Chem. 2009 20 1026 1036
234. H. Li R. M. Franzini C. Bruner E. T. Kool ChemBioChem 2010 11 2132 2137
235. A. Okamoto K. Tanabe T. Inasaki I. Saito Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 2502 2504
236. K. Tanabe H. Nakata S. Mukai S. Nishimoto Org. Biomol. Chem. 2005 3 3893 3897
237. M. Roethlingshoefer K. Gorska N. Winssinger J. Am. Chem. Soc. 2011 133 18110 18113
238. D. Arian E. Clo K. V. Gothelf A. Mokhir Chem.-Eur. J. 2010 16 288 295
239. D. Arian L. Kovbasyuk A. Mokhir Inorg. Chem. 2011 50 12010 12017
240. M. Roethlingshoefer K. Gorska N. Winssinger Org. Lett. 2012 14 482 485
241. D. K. Prusty A. Herrmann J. Am. Chem. Soc. 2010 132 12197 12199
242. D. K. Prusty M. Kwak J. Wildeman A. Herrmann Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 11894 11898
243. T. N. Grossmann A. Strohbach O. Seitz ChemBioChem 2008 9 2185 2192
244. P. Yin H. M. T. Choi C. R. Calvert N. A. Pierce Nature 2008 451 318 322
245. D. Y. Zhang A. J. Turberfield B. Yurke E. Winfree Science 2007 318 1121 1125
246. B. Li A. D. Ellington X. Chen Nucleic Acids Res. 2011 39 e110
247. A.-X. Zheng J. Li J.-R. Wang X.-R. Song G.-N. Chen H.-H. Yang Chem. Commun. 2012 48 3112 3114
248. D. Y. Zhang E. Winfree Nucleic Acids Res. 2010 38 4182 4197
249. F. A. Wang J. Elbaz I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2012 134 5504 5507
250. R. M. Dirks N. A. Pierce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15275 15278
251. H. M. T. Choi J. Y. Chang L. A. Trinh J. E. Padilla S. E. Fraser N. A. Pierce Nat. Biotechnol. 2010 28 1208 1212
252. J. Huang Y. Wu Y. Chen Z. Zhu X. Yang C. J. Yang K. Wang W. Tan Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 401 404
253. F. Wang J. Elbaz R. Orbach N. Magen I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2011 133 17149 17151
254. S. Shimron F. Wang R. Orbach I. Willner Anal. Chem. 2012 84 1042 1048
255. B. Li Y. Jiang X. Chen A. D. Ellington J. Am. Chem. Soc. 2012 134 13918 13921
256. C. Lin Y. Liu H. Yan Nano Lett. 2007 7 507 512
257. Y. G. Li Y. D. Tseng S. Y. Kwon L. D'Espaux J. S. Bunch P. L. McEuen D. Luo Nat. Mater. 2004 3 38 42
258. A. L. Benvin Y. Creeger G. W. Fisher B. Ballou A. S. Waggoner B. A. Armitage J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2025 2034
259. U. Feldkamp B. Sacca C. M. Niemeyer Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 5996 6000
260. Y. G. Li Y. T. H. Cu D. Luo Nat. Biotechnol. 2005 23 885 889
261. Y. Yan W. Sha J. Sun X. Shu S. Sun J. Zhu Chem. Commun. 2011 47 7470 7472