Photoinduced electron transfer between fluorescent dyes and guanosine residues in DNA-hairpins

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 31, 2003, Pages 7957-7964

  Heinlein, Thomas ^a   Knemeyer, Jens Peter ^a   Piestert, Oliver ^a   Sauer, Markus ^a  

^a UNIVERSITY OF HEIDELBERG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DYES; FLUORESCENCE; PROTEINS; QUENCHING;

ELECTRON TRANSFER;

DNA;

EID: 0043234727     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0348068     Document Type: Article

References (57)

1. Cardullo, R. A.; Agrawal, S.; Flores, C.; Zamecnik, P. C.; Wolf, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8790.
2. Parkhurst, K. M.; Parkhurst, L. J. Biochemistry 1995, 34, 285.
3. Millar, D. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 322.
4. Glazer, A. N.; Mathies, R. A. Curr. Opin. Biotech. 1997, 8, 94-102.
5. Heid, C. A.; Stevens, J.; Livak, K. J.; Williams, P. M. Genome Res. 1996, 6, 986.
6. Whitcombe, D.; Theaker, J.; Guy, S. P.; Brown, T.; Little, S. Nature Biotech. 1999, 17, 804.
7. Förster, Th. Annalen der Physik 1948, 2, 55.
8. Clegg, R. M.; Murchie, A. I. H., Zechel, A.; Carlberg, C.; Diekmann, S.; Lilley, D. M. J. Biochemistry 1992, 31, 4846.
9. Speiser, S. Chem. Rev. 1996, 96, 1953.
10. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nature Biotech. 1996, 14, 303.
11. Tyagi, S.; Bratu, D.; Kramer, F. R. Nature Biotech. 1998, 16, 49.
12. Kostrikis, L. G.; Tyagi, S.; Mhlanga, M. M.; Ho, D: D.; Kramer, F. R. Science 1998, 279, 1228.
13. Fang, X.; Liu, X.; Schuster, S.; Tan, W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2921.
14. Neuweiler, H.; Schulz, A.; Vaiana, A. C.; Smith, J. C.; Kaul, S.; Wolfrum, J.; Sauer, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 4769.
15. Sauer, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 115, 1790.
16. Edman, L.; Mets, Ü.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 95, 6710.
17. Eggeling, C.; Fries, J. R.; Brand, L.; Gunther, R. Seidel, C. A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1556.
18. Widengren, J.; Dapprich, J.; Rigler, R. Chem. Phys. 1997, 216, 417.
19. Sauer, M.; Drexhage, K. H.; Lieberwirth, U.; Müller, R.; Nord, S.; Zander, C. Chem. Phys. Lett. 1998, 284, 153.
20. Nazarenko, I.; Lowe, B.; Darfler, M.; Ikonomi, P.; Schuster, D.; Rashtchian, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e37.
21. Nazarenko, I.; Pires, R.; Lowe, B.; Obaidy, M.; Rashtchian, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 2089.
22. Kurata, S.; Kanagawa, T.; Yamada, K.; Torimura, M.; Yokomaku, T.; Kamagata, Y.; Kurane, R. Nucleic Acids Res. 2001, 29, e34.
23. Lianos, P.; Georghiou, S. Photochem. Photobiol. 1979, 29, 13.
24. Shafirovich, V. Y.; Courtney, S. H.; Ya, N.; Geacintov, N. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4920.
25. Lewis, F. D.; Letzinger, R. L.; Wasielewski, M. R. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 159.
26. Seidel, C. A. M.; Schulz, A.; Sauer, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5541.
27. Knemeyer, J. P.; Marmé, N.; Sauer, M. Anal. Chem. 2000, 72, 3717.
28. Steenken, S.; Jovanovic, V. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 617.
29. Piestert, O.; Barsch, H.; Buschmann, V.; Heinlein, T.; Knemeyer, J. P.; Weston, K. D.; Sauer, M. Nano Lett. 2003, ASAP.
30. Lee, S.; Winnik, M. A. Macromolecules 1997, 30, 2633.
31. Daugherty, D. L.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4325.
32. Zhong, D.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11867.
33. Malaga, N.; Chosrowjan, H.; Shibata, Y.; Tanaka, F.; Nishina, Y.; Shiga, K. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10667.
34. Lewis, F. D.; Wu, T.; Zhang, Y.; Letsinger, R. L.; Greenfield, S. R.; Wasielewski, M. R. Science 1997, 277, 673.
35. Lewis, F. D.; Letsinger, R. L.; Wasielewski, M. R. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 159.
36. Rehm, D.; Weller, A. Isr. J. Chem. 1970, 8, 259.
37. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 265.
38. Jones I., G.; Lu, L. N.; Fu, H.; Farahat, C. W.; Oh, C.; Greenfield, S. R.; Gosztola, D. J.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 572.
39. Weller, A. Z. Phys. Chem. Neue Folg. 1982, 133, 93.
40. Wagenknecht, H. A.; Stemp, E. D. A.; Barton, J. K. J Am. Chem. Soc 2000, 122, 1.
41. DeFelippis, M. R.; Murthy, C. P.; Broitman, F.; Weinraub, D.; Faraggi, M.; Klapper, M. H. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3416-3419.
42. Fiebig, T.; Wan, C.; Kelley, S. O.; Barton, J. K.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 1187.
43. Wan, C.; Fiebig, T.; Kelley, S. O.; Treadway, C. R.; Barton, J. K.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6014.
44. Dietrich, A.; Buschmann, V.; Müller, C.; Sauer, M. Rev. Mol. Biotechnol. 2002, 82, 211.
45. Sauer, M.; Han, K. T.; Müller, R.; Nord, S.; Schulz, A.; Seeger, S. ; Wolfrum, J.; Arden-Jacob, J.; Deltau, G.; Marx, N. J.; Zander, C.; Drexhage, K. H. J. Fluoresc. 1995, 5, 247.
46. Sauer, M.; Drexhage, K. H.; Herten, D: P.; Lieberwirth, U.; Müller, R.; Neumann, M.; Nord, S.; Siebert, S.; Schulz, A.; Zander, C.; Wolfrum, J. In Near-Infrared Dyes for High Technology Applications; Daehne, S., Ed.; Kluwer: Dordrecht, The Netherlands, 1998; pp 57-85.
47. Neuweiler, H.; Schulz, A.; Böhmer, M.; Enderlein, J.; Sauer, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5324.
48. Sugiyama, H.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7063.
49. Prat, F.; Houk, K. N.; Foote, C. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 845.
50. Meade, T. J.; Kayyem, J. F. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1995, 34, 352.
51. Kelley, S. O.; Holmlin, R. E.; Stemp, E. D. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9861.
52. Kelley, S. O.; Barton, J. K. Science 1999, 285, 375.
53. Fukui, K.; Tanaka, K. Science 1999, 283, 158.
54. Kan, Y.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10857.
55. Norman, D. G.; Grainger, R. J.; Uhrin, D.; Lilley, D. M. J. Biochemistry 2000, 39, 6317.
56. Robinson, B. H.; Mailer, C.; Drobny, G. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 629.
57. Wallace, M. I.; Ying, L. M.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5584.