Sensitive detection of DNA methyltransferase using hairpin probe-based primer generation rolling circle amplification-induced chemiluminescence

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 12, 2013, Pages 6143-6150

  Zeng, Ya Ping ^a   Hu, Juan ^a   Long, Yi ^a   Zhang, Chun Yang ^a  

^a SHENZHEN INSTITUTES OF ADVANCED TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONVENTIONAL APPROACH; DNA METHYLTRANSFERASES; LOW DETECTION LIMIT; RESTRICTION ENDONUCLEASES; ROLLING CIRCLE AMPLIFICATIONS; S-ADENOSYLMETHIONINE; SENSITIVE DETECTION; WIDE DYNAMIC RANGE;

ALKYLATION; CHEMILUMINESCENCE; DIAGNOSIS; DNA; FUNCTIONAL GROUPS; METHYLATION; MICROORGANISMS; PROBES;

SIGNAL DETECTION;

METHYLTRANSFERASE; PRIMER DNA;

ARTICLE; GENE AMPLIFICATION; INVERTED REPEAT; LUMINESCENCE; METHODOLOGY; PHYSIOLOGY;

DNA PRIMERS; GENE AMPLIFICATION; INVERTED REPEAT SEQUENCES; LUMINESCENT MEASUREMENTS; METHYLTRANSFERASES;

EID: 84879247314     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4011292     Document Type: Article

References (49)

1. Reik, W.; Walter, J. Nat. Rev. Genet. 2001, 2, 21-32
2. Robertson, K. D. Nat. Rev. Genet. 2005, 6, 597-610
3. Doi, A.; Park, I. H.; Wen, B.; Murakami, P.; Aryee, M. J.; Irizarry, R.; Herb, B.; Ladd-Acosta, C.; Rho, J. S.; Loewer, S.; Miller, J.; Schlaeger, T.; Daley, G. Q.; Feinberg, A. P. Nat. Genet. 2009, 41, 1350-1353
4. Kulis, M.; Esteller, M. Adv. Genet. 2010, 70, 27-56
5. Noyer, C.; Lewis, B.; Dottino, P.; Bush, A. Gastrointest. Endosc. 1993, 39, 282-282
6. Okano, M.; Bell, D. W.; Haber, D. A.; Li, E. Cell 1999, 99, 247-257
7. Palmer, B. R.; Marinus, M. G. Gene 1994, 143, 1-12
8. Schmitt, F.; Oakeley, E. J.; Jost, J. P. J. Biol. Chem. 1997, 272, 1534-1540
9. Dahl, C.; Guldberg, P. Biogerontology 2003, 4, 233-250
10. Li, N.; Ye, M. Z.; Li, Y. R.; Yan, Z. X.; Butcher, L. M.; Sun, J. H.; Han, X.; Chen, Q. A.; Zhang, X. Q.; Wang, J. Methods 2010, 52, 203-212
11. Bock, C.; Tomazou, E. M.; Brinkman, A. B.; Muller, F.; Simmer, F.; Gu, H. C.; Jager, N.; Gnirke, A.; Stunnenberg, H. G.; Meissner, A. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 1106-1114
12. Harris, R. A.; Wang, T.; Coarfa, C.; Nagarajan, R. P.; Hong, C. B.; Downey, S. L.; Johnson, B. E.; Fouse, S. D.; Delaney, A.; Zhao, Y. J.; Olshen, A.; Ballinger, T.; Zhou, X.; Forsberg, K. J.; Gu, J. C.; Echipare, L.; O'Geen, H.; Lister, R.; Pelizzola, M.; Xi, Y. X.; Epstein, C. B.; Bernstein, B. E.; Hawkins, R. D.; Ren, B.; Chung, W. Y.; Gu, H. C.; Bock, C.; Gnirke, A.; Zhang, M. Q.; Haussler, D.; Ecker, J. R.; Li, W.; Farnham, P. J.; Waterland, R. A.; Meissner, A.; Marra, M. A.; Hirst, M.; Milosavljevic, A.; Costello, J. F. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 1097-1105
13. Cao, A. P.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2012, 84, 6199-6205
14. Sigalotti, L.; Fratta, E.; Coral, S.; Cortini, E.; Covre, A.; Nicolay, H. J. M.; Anzalone, L.; Pezzani, L.; Di Giacomo, A. M.; Fonsatti, E.; Colizzi, F.; Altomonte, M.; Calabro, L.; Maio, M. J. Cell Physiol. 2007, 212, 330-344
15. Hermann, A.; Gowher, H.; Jeltsch, A. Cell. Mol. Life Sci. 2004, 61, 2571-2587
16. Heithoff, D. M.; Sinsheimer, R. L.; Low, D. A.; Mahan, M. J. Science 1999, 284, 967-970
17. Low, D. A.; Weyand, N. J.; Mahan, M. J. Infect. Immun. 2001, 69, 7197-7204
18. Reenila, I.; Tuomainen, P.; Mannisto, P. T. J. Chromatogr., B 1995, 663, 137-142
19. Rebeck, G. W.; Samson, L. J. Bacteriol. 1991, 173, 2068-2076
20. Som, S.; Friedman, S. J. Biol. Chem. 1991, 266, 2937-2945
21. Li, J.; Yan, H.; Wang, K.; Tan, W.; Zhou, X. Anal. Chem. 2007, 79, 1050-1056
22. Zhao, Y. X.; Qi, L.; Chen, F.; Zhao, Y.; Fan, C. H. Biosens. Bioelectron. 2013, 41, 764-770
23. Liu, T.; Zhao, J.; Zhang, D. M.; Li, G. X. Anal. Chem. 2010, 82, 229-233
24. Li, W.; Liu, Z. L.; Lin, H.; Nie, Z.; Chen, J. H. Anal. Chem. 2010, 82, 1935-1941
25. Nosek, J.; Rycovska, A.; Makhov, A. M.; Griffith, J. D.; Tomaska, L. J. Biol. Chem. 2005, 280, 10840-10845
26. Wang, H. Q.; Liu, W. Y.; Wu, Z.; Tang, L. J.; Xu, X. M.; Yu, R. Q.; Jiang, J. H. Anal. Chem. 2011, 83, 1883-1889
27. Hun, X.; Chen, H. C.; Wang, W. Biosens. Bioelectron. 2010, 26, 248-254
28. Zhu, C. F.; Wen, Y. Q.; Peng, H. Z.; Long, Y. T.; He, Y.; Huang, Q.; Li, D.; Fan, C. H. Anal. Bioanal. Chem. 2011, 399, 3459-3464
29. Chen, F.; Zhao, Y. X. Analyst 2013, 138, 284-289
30. Van Ness, J.; Van Ness, L. K.; Galas, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 4504-4509
31. Fire, A.; Xu, S. Q. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 4641-4645
32. Liu, D. Y.; Daubendiek, S. L.; Zillman, M. A.; Ryan, K.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1587-1594
33. Lizardi, P. M.; Huang, X. H.; Zhu, Z. R.; Bray-Ward, P.; Thomas, D. C.; Ward, D. C. Nat. Genet. 1998, 19, 225-232
34. Zhang, D. Y.; Brandwein, M.; Hsuih, T. C. H.; Li, H. B. Gene 1998, 211, 277-285
35. Dahl, F.; Baner, J.; Gullberg, M.; Mendel-Hartvig, M.; Landegren, U.; Nilsson, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4548-4553
36. Van Ness, J.; Van Ness, L. K.; Galas, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 4504-4509
37. Murakami, T.; Sumaoka, J.; Komiyama, M. Nucleic Acids Res. 2009, 37, e19
38. Murakami, T.; Sumaoka, J.; Komiyama, M. Nucleic Acids Res. 2012, 40, e22
39. Travascio, P.; Bennet, A. J.; Wang, D. Y.; Sen, D. Chem. Biol. 1999, 6, 779-787
40. Xiao, Y.; Pavlov, V.; Niazov, T.; Dishon, A.; Kotler, M.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7430-7431
41. Geier, G. E.; Modrich, P. J. Biol. Chem. 1979, 254, 1408-1413
42. Lukinavicius, G.; Lapinaite, A.; Urbanaviciute, G.; Gerasimaite, R.; Klimasauskas, S. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 11594-11602
43. Duan, R. X.; Zuo, X. L.; Wang, S. T.; Quan, X. Y.; Chen, D. L.; Chen, Z. F.; Jiang, L.; Fan, C. H.; Xia, F. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 4604-4607
44. Wang, G. L.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2012, 84, 7037-7042
45. Travascio, P.; Li, Y. F.; Sen, D. Chem. Biol. 1998, 5, 505-517
46. Weizmann, Y.; Cheglakov, Z.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17224-17225
47. Kricka, L. J., Ed. Nonisotopic DNA Probe Techniques, 1 st ed.; Academic Press: San Diego, 1992.
48. Nur, I.; Szyf, M.; Razin, A.; Glaser, G.; Rottem, S.; Razin, S. J. Bacteriol. 1985, 164, 19-24
49. Mashhoon, N.; Pruss, C.; Carroll, M.; Johnson, P. H.; Reich, N. O. J. Biomol. Screening 2006, 11, 497-510 Detection and Instrument Development