Nucleotide Analog Interference Mapping and Suppression: Specific Applications in Studies of RNA Tertiary Structure, Dynamic Helicase Mechanism and RNA-Protein Interactions

Handbook of RNA Biochemistry

Volumn , Issue , 2008, Pages 259-293

  Fedorova, Olga ^a   Boudvillain, Marc ^b   Kawaoka, Jane ^a   Pyle, Anna Marie ^a  

^a YALE UNIVERSITY   (United States)

^b CENTRE DE BIOPHYSIQUE MOLÉCULAIRE   (France)

Author keywords

Mapping; Mechanism; Nucleotide; Protein; Suppression

Indexed keywords

EID: 84889266520     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9783527619504.ch17     Document Type: Chapter

References (91)

1. A. Ferre-D'Amare, J. A. Doudna, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999,28,57-73
2. J. H. Cate, A. R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B. L. Golden, C. E. Kundrot, T. R. Cech, J. A. Doudna, Science 1996,273,1678-1685
3. N. Ban, P. Nissen, J. Hansen, P. B. Moore, T. A. Steitz, Science 2000,289,905-920
4. P. Nissen, J. Hansen, N. Ban, P. B. Moore, T. A. Steitz, Science 2000,289,920-930
5. R. Batey, R. P. Rambo, L. Lucast, B. Rha, J. A. Doudna, Science 2000,287,1232-1239
6. J.-L. Chen, J. M. Nolan, M. E. Harris, N. R. Pace, EMBO J. 1998,17,1515-1525
7. S. Ryder, L. Ortoleva-Donnelly, A. B. Kosek, S. A. Strobel, Methods Enzymol. 2000,317,92-109
8. S. Ryder, S. A. Strobel, Methods 1999,18,38-50
9. A. A. Szewczak, L. Ortoleva-Donnelly, S. P. Ryder, E. Moncoeur, S. A. Strobel, Nat. Struct. Biol. 1999,5,1037-1042
10. J. Soukup, N. Minakawa, A. Matsuda, S. A. Strobel, Biochemistry 2002,41,10426-10438
11. L. Ortoleva-Donnelly, A. A. Szewczak, R. R. Gutell, S. A. Strobel, RNA 1998,4,498-519
12. M. Boudvillain, A. Delencastre, A. M. Pyle, Nature 2000,406,315-318
13. L. Zhang, J. A. Doudna, Science 2002,295,2084-2088
14. A. Burgin, N. R. Pace, EMBO J. 1990,9,4111-4118
15. M. Harris, J. M. Nolan, A. Malhotra, J. W. Brown, S. C. Harvey, N. R. Pace, EMBO J. 1994,13,3953-3963
16. S. Joseph, M. L. Whirl, D. Kondo, H. F. Noller, R. B. Altman, RNA 2000,6,220-232
17. D. L. Abramovitz, R. A. Friedman, A. M. Pyle, Science 1996,271,1410-1413
18. A. M. Pyle, F. L. Murphy, T. R. Cech, Nature 1992,358,123-128
19. G. Gish, F. Eckstein, Science 1988,240,1520-1522
20. K. L. Nakamaye, G. Gish, F. Eckstein, H. P. Vosberg, Nucleic Acids Res. 1988,16,9947-9959
21. R. B. Waring, Nucleic Acids Res. 1989,17,10281-10293
22. D. E. Ruffner, O. C. Uhlenbeck, Nucleic Acids Res. 1990,18,6025-6029
23. K. L. Maschhoff, R. A. Padgett, Nucleic Acids Res. 1992,20,1949-1957
24. D. Schatz, R. Leberman, F. Eckstein, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991,88,6132-6136
25. F. Conrad, A. Hanne, R. K. Gaur, G. Krupp, Nucleic Acids Res. 1995,23,1845-1853
26. S. A. Strobel, K. Shetty, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997,94,2903-2908
27. L. Ortoleva-Donnelly, M. Kronman, S. A. Strobel, Biochemistry 1998,37,12933-12942
28. M. Boudvillain, A. M. Pyle, EMBO J. 1998,17,7091-7104
29. S. Ryder, S. A. Strobel, J. Mol. Biol. 1999,291,295-311
30. A. Schwartz, A. R. Rahmouni, M. Boudvillain, EMBO J. 2003,22,3385-3394
31. S. Strobel, Biochem. Soc. Trans. 2002,30,1126-1131
32. S. Basu, R. P. Rambo, J. Strauss-Soukup, J. H. Cate, A. R. Ferre-D'Amare, S. A. Strobel, J. A. Doudna, Nat. Struct. Biol. 1998,5,986-992
33. S. Basu, S. A. Strobel, RNA 1999,5,1399-1407
34. S. Ryder, A. K. Oyelere, J. L. Padilla, D. Klostermeier, D. P. Millar, S. A. Strobel, RNA 2001,7,1454-1463
35. A. Oyelere, J. R. Kardon, S. A. Strobel, Biochemistry 2002,41,3667-3675
36. F. Jones, S. A. Strobel, Biochemistry 2003,42,4265-4276
37. J. K. Strauss-Soukup, S. A. Strobel, J. Mol. Biol. 2000,302,339-358
38. F. Michel, K. Umesono, H. Ozeki, Gene 1989,82,5-30
39. F. Michel, E. Westhof, J. Mol. Biol. 1990,216,585-610
40. F. Michel, J.-L. Ferat, Annu. Rev. Biochem. 1995,64,435-461
41. A. Szewczak, L. Ortoleva-Donnelly, M. Zivarts, A. K. Oyelere, A. V. Kazantsev, S. A. Strobel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999,96,11183-11188
42. H. M. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature 1994,372,111-113
43. P. Nissen, J. A. Ippolito, N. Ban, P. B. Moore, T. A. Steitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001,98,4899-4903
44. A. Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science, Freeman, New York, 1999.
45. S. Nakano, D. M. Chadalavada, P. C. Bevilacqua, Science 2000,287,1493-1497
46. A. Ferre-D'Amare, K. Zhou, J. A. Doudna, Nature 1998,395,567-574
47. A. Perrotta, I. Shih, M. D. Been, Science 1999,286,123-126
48. A. Nesbitt, L. A. Hegg, M. J. Fedor, Chem. Biol. 1997,4,619-630
49. D. J. Earnshaw, M. J. Gait, Nucleic Acids Res. 1998,26,5551-5561
50. J. B. Murray, A. A. Seyhan, N. G. Walter, J. M. Burke, W. G. Scott, Chem. Biol. 1998,5,587-595
51. P. Gordon, E. Sontheimer, J. Piccirilli, Biochemistry 2000,39,12939-12952
52. P. Gordon, J. A. Piccirilli, Nat. Struct. Biol. 2001,8,893-898
53. J. M. Warnecke, J. P. Furste, W.-D. Hardt, V. A. Erdmann, R. K. Hartmann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996,93,8924-8928
54. J. M. Warnecke, R. Held, S. Busch, R. K. Hartmann, J. Mol. Biol. 1999,290,433-445
55. A. Pyle, J. Biol. Inorg. Chem. 2002,7,679-690
56. E. C. Christian, M. Yarus, Biochemistry 1993,32,4475-4480
57. G. Chanfreau, A. Jacquier, Science 1994,266,1383-1387
58. V. Sood, T. L. Beattie, R. A. Collins, J. Mol. Biol. 1998,282,741-750
59. J. H. Cate, R. L. Hanna, J. A. Doudna, Nat. Struct. Biol. 1997,4,553-558
60. T. Pfeiffer, A. Tekos, J. M. Warnecke, D. Drainas, D. R. Engelke, B. Seraphin, R. K. Hartmann, J. Mol. Biol. 2000,298,559-565
61. S. Basu, S. A. Strobel, Methods, 2001,23,264-275
62. J. Cochrane, R. T. Batey, S. A. Strobel, RNA 2003,9,1282-1289
63. J. Swisher, C. M. Duarte, L. J. Su, A. M. Pyle, EMBO J. 2001,20,2051-2061
64. A. Arabshahi, P. A. Frey, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994,204,150-155
65. J. Ludwig, F. Eckstein, J. Org. Chem. 1989,54,631-635
66. A. Oyelere, S. A. Strobel, J. Am. Chem. Soc. 2000,122,10259-10267
67. E. Schenborn, R. C. Mierendorf, Nucleic Acids Res. 1985,13,6223-6236
68. R. Sousa, R. Padilla, EMBO J. 1995,14,4609-4621
69. Z. Huang, J. W. Szostak, Nucleic Acids Res. 1996,24,4360-4361
70. A. M. Pyle, Nucleic Acids and Molecular Biology, F. Eckstein and D. M. J. Lilley (eds), Springer Verlag, New York, 1996, pp. 75-107
71. K. A. Jarrell, C. L. Peebles, R. C. Dietrich, S. L. Romiti, P. S. Perlman, J. Biol. Chem. 1988,263,3432-3439
72. D. Daniels, W. J. Michels, A. M. Pyle, J. Mol. Biol. 1996,256,31-49
73. P. Z. Qin, A. M. Pyle, Biochemistry 1997,36,4718-4730
74. J. De La Cruz, D. Kressler, P. Linder, Trends Biochem. Sci. 1999,24,192-198
75. E. Silverman, G. Edwalds-Gilbert, R. J. Lin, Gene, 2003,312,1-16
76. A. Gorbalenya, E. V. Koonin, Curr. Opin. Struct. Biol. 1993,3,419-429
77. S. Shuman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992,89,10935-10939
78. C. H. Gross, S. Shuman, J. Virol. 1996,70,2615-2619
79. E. Jankowsky, C. H. Gross, S. Shuman, A. M. Pyle, Nature 2000,403,447-451
80. E. Jankowsky, C. H. Gross, S. Shuman, A. M. Pyle, Science 2001,291,121-125
81. S. S. Velankar, P. Soultanas, M. S. Dillingham, H. S. Subramanya, D. B. Wigley, Cell 1999,97,75-84
82. P. R. Bianco, S. C. Kowalczykowski, Nature 2000,405,368-372
83. K. S. Murakami, S. A. Darst, Curr. Opin. Struct. Biol. 2003,13,31-39
84. R. Padilla, R. Sousa, Nucleic Acids Res. 2002, 30, e138.
85. M. Kashlev, N. Komissarova, J. Biol. Chem. 2002,277,14501-14508
86. V. Gopal, L. G. Brieba, R. Guajardo, W. T. McAllister, R. Sousa, J. Mol. Biol. 1999,290,411-431
87. L. E. Macdonald, Y. Zhou, W. T. McAllister, J. Mol. Biol. 1993,232,1030-1047
88. V. Epshtein, F. Toulme, A. R. Rahmouni, S. Borukhov, E. Nudler, EMBO J. 2003,22,4719-4727
89. F. Wincott, A. DiRenzo, C. Shaffer, S. Grimm, D. Tracz, C. Workman, D. Sweedler, C. Gonzalez, S. Scaringe, N. Usman, Nucleic Acids Res. 1995,23,2677-2684
90. O. Fedorova, T. Mitros, A. M. Pyle, J. Mol. Biol. 2003,330,197-209
91. M. Zuker, Nucleic Acids Res. 2003,31,3406-3415