Assembling viral channel forming proteins: Vpu from HIV-1

Biopolymers

Volumn 99, Issue 8, 2013, Pages 517-529

  Li, Li Hua ^a   Hsu, Hao Jen ^a   Fischer, Wolfgang B ^a  

^a NATIONAL YANG MING UNIVERSITY   (Taiwan)

Author keywords

assembly; docking approach; membrane protein; molecular dynamics simulations; Vpu HIV 1

Indexed keywords

CLASSICAL MOLECULAR DYNAMICS; HYDROPHOBIC RESIDUES; MEMBRANE PROTEINS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SEQUENTIAL ASSEMBLY; SHORT SEQUENCES; TRANSMEMBRANE DOMAIN; VPU HIV-1;

ACTIVATION ANALYSIS; AMINO ACIDS; ASSEMBLY; BIOLOGICAL MEMBRANES; FACINGS; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS;

DIMERS;

ALANINE; DIMER; HOST FACTOR; SERINE; TRYPTOPHAN; VPU PROTEIN; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEIN; VIRUS PROTEIN;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; HOST CELL; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; HYDROPHOBICITY; ION TRANSPORT; LIPID MEMBRANE; MOLECULAR DOCKING; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN STRUCTURE; VIRUS ASSEMBLY; VIRUS RELEASE; CHEMICAL PHENOMENA; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

HIV-1; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEINS; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; VIRAL REGULATORY AND ACCESSORY PROTEINS;

EID: 84878229193     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.22210     Document Type: Article

References (69)

1. Fischer, W. B.; Sansom, M. S. P., Biochim Biophys Acta 2002, 1561, 27-45.
2. Gonzales, M. E.; Carrasco, L., FEBS Lett 2003, 552, 28-34.
3. Fischer, W. B.; Wang, Y.-T.; Schindler, C.; Chen, C.-P., Int Rev Cell Mol Biol 2012, 294, 259-321.
4. Lamb, R. A.; Zebedee, S. L.; Richardson, C. D., Cell 1985, 40, 627-633.
5. Strebel, K.; Klimkait, T.; Martin, M. A., Science 1988, 241, 1221-1223.
6. Cohen, E. A.; Terwilliger, E. F.; Sodroski, J. G.; Haseltine, W. A., Nature 1988, 334, 532-534.
7. Chen, C.-Y.; Ping, Y.-H.; Lee, H.-C.; Chen, K.-H.; Lee, Y.-M.; Chan, Y.-J.; Lien, T.-C.; Jap, T.-S.; Lin, C.-H.; Kao, L.-S.; Chen, Y.-M. A., J Infect Diseases 2007, 196, 405-415.
8. Lin, C.; Lindenbach, B. D.; Pragai, B. M.; McCourt, D. W.; Rice, C. M., J Virol 1994, 68, 5063-5073.
9. van Kuppeveld, F. J.; Galama, J. M.; Zoll, J.; Melchers, W. J., J Virol 1995, 69, 7782-7790.
10. Lu, W.; Zheng, B.-J.; Xu, K.; Schwarz, W.; Du, L.; Wong, C. K. L.; Chen, J.; Duan, S.; Deubel, V.; Sun, B., Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 12540-12545.
11. Huet, T.; Cheynier, R.; Meyerhans, A.; Roelants, G., Nature 1990, 345, 356-359.
12. Klimkait, T.; Strebel, K.; Hoggan, M. D.; Martin, M. A.; Orenstein, J. M., J Virol 1990, 64, 621-629.
13. Miller, R. H.; Sarver, N., Nat Med 1997, 3, 389-394.
14. Malim, M. H.; Emerman, M., Cell Host Microbe 2008, 3, 388-398.
15. Greene, W. C.; Peterlin, B. M., Nat Med 2002, 8, 673-680.
16. Willey, R. L.; Maldarelli, F.; Martin, M. A.; Strebel, K., J Virol 1992, 66, 7193-7200.
17. van Damme, N.; Goff, D.; Katsura, C.; Jorgensen, R. L.; Mitchell, R.; Johnson, M. C.; Stephens, E. B.; Guatelli, J., Cell Host Microbe 2008, 3, 1-8.
18. Neil, S. J. D.; Zang, T.; Bieniasz, P. D., Nature 2008, 451, 425-431.
19. Hussain, A.; Wesley, C.; Khalid, M.; Chaudhry, A.; Jameel, S., J Virol 2008, 82, 893-902.
20. Shah, A. H.; Sowrirajan, B.; Davis, Z. B.; Ward, J. P.; Campbell, E. M.; Planelles, V.; Barker, E., Cell Host Microbe 2010, 8, 397-409.
21. Park, S. H.; Mrse, A. A.; Nevzorov, A. A.; Mesleh, M. F.; Oblatt-Montal, M.; Montal, M.; Opella, S. J., J Mol Biol 2003, 333, 409-424.
22. Maldarelli, F.; Chen, M. Y.; Willey, R. L.; Strebel, K., J Virol 1993, 67, 5056-5061.
23. Schubert, U.; Ferrer-Montiel, A. V.; Oblatt-Montal, M.; Henklein, P.; Strebel, K.; Montal, M., FEBS Lett 1996, 398, 12-18.
24. Hussain, A.; Das, S. R.; Tanwar, C.; Jameel, S., Virol J 2007, 4, 1-11.
25. Coady, M. J.; Daniel, N. G.; Tiganos, E.; Allain, B.; Friborg, J.; Lapointe, J.-Y.; Cohen, E. A., Virology 1998, 244, 39-49.
26. Ewart, G. D.; Sutherland, T.; Gage, P. W.; Cox, G. B., J Virol 1996, 70, 7108-7115.
27. Mehnert, T.; Lam, Y. H.; Judge, P. J.; Routh, A.; Fischer, D.; Watts, A.; Fischer, W. B., J Biomol Struct Dyn 2007, 24, 589-596.
28. Mehnert, T.; Routh, A.; Judge, P. J.; Lam, Y. H.; Fischer, D.; Watts, A.; Fischer, W. B., Proteins 2008, 70, 1488-1497.
29. Marassi, F. M.; Ma, C.; Gratkowski, H.; Straus, S. K.; Strebel, K.; Oblatt-Montal, M.; Montal, M.; Opella, S. J., Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 14336-14341.
30. Wray, V.; Kinder, R.; Federau, T.; Henklein, P.; Bechinger, B.; Schubert, U., Biochemistry 1999, 38, 5272-5282.
31. Henklein, P.; Kinder, R.; Schubert, U.; Bechinger, B., FEBS Lett 2000, 482, 220-224.
32. Wray, V.; Federau, T.; Henklein, P.; Klabunde, S.; Kunert, O.; Schomburg, D.; Schubert, U., Int J Peptide Protein Res 1995, 45, 35-43.
33. Willbold, D.; Hoffmann, S.; Rösch, P., Eur J Biochem 1997, 245, 581-588.
34. Coadou, G.; Evrard-Todeschi, N.; Gharbi-Benarous, J.; Benarous, R.; Girault, J.-P., C R Acad Sci-Series IIC-Chemistry 2001, 4, 751-758.
35. Ma, C.; Marassi, F. M.; Jones, D. H.; Straus, S. K.; Bour, S.; Strebel, K.; Schubert, U.; Oblatt-Montal, M.; Montal, M.; Opella, S. J., Prot Sci 2002, 11, 546-557.
36. Wittlich, M.; Koenig, B. W.; Stoldt, M.; Schmidt, H.; Willbold, D., FEBS J 2009, 276, 6560-6575.
37. Krüger, J.; Fischer, W. B., J Comp Chem 2008, 29, 2416-2424.
38. Fink, A.; Sal-Man, N.; Gerber, D.; Shai, Y., Biochim Biophys Acta 2012, 1818, 974-983.
39. Moore, P. B.; Zhong, Q.; Husslein, T.; Klein, M. L., FEBS Lett 1998, 431, 143-148.
40. Cordes, F.; Kukol, A.; Forrest, L. R.; Arkin, I. T.; Sansom, M. S. P.; Fischer, W. B., Biochim Biophys Acta 2001, 1512, 291-298.
41. Kukol, A.; Arkin, I. T., Biophys J 1999, 77, 1594-1601.
42. Krüger, J.; Fischer, W. B., J Chem Theory Comput 2009, 5, 2503-2513.
43. Hsu, H.-J.; Fischer, W. B., J Mol Mod 2011, 18, 501-514.
44. Imoto, K., FEBS Lett 1993, 325, 100-103.
45. Hilf, R. J. C.; Dutzler, R., Nature 2008, 452, 375-379.
46. Hilf, R. J. C.; Dutzler, R., Nature 2009, 457, 115-119.
47. Grice, A. L.; Kerr, I. D.; Sansom, M. S. P., FEBS Lett 1997, 405, 299-304.
48. Cordes, F. S.; Tustian, A. D.; Sansom, M. S.; Watts, A.; Fischer, W. B., Biochemistry 2002, 41, 7359-7365.
49. Patargias, G.; Martay, H.; Fischer, W. B., J Biomol Struct Dyn 2009, 26, 1-12.
50. Lopez, C. F.; Montal, M.; Blasie, J. K.; Klein, M. L.; Moore, P. B., Biophys J 2002, 83, 1259-1267.
51. Lu, J.-X.; Sharpe, S.; Ghirlando, R.; Yau, W.-M.; Tycko, R., Prot Sci 2010, 19, 1877-1896.
52. Lee, J.; Chen, J.; Brooks III, C. L.; Im, W., J Magn Res 2008, 193, 68-76.
53. Griffin, S. D. C.; Beales, L. P.; Clarke, D. S.; Worsfold, O.; Evans, S. D.; Jäger, J.; Harris, M. P. G.; Rowlands, D. J., FEBS Lett 2003, 535, 34-38.
54. Luik, P.; Chew, C.; Aittoniemi, J.; Chang, J.; Wentworth Jr., P.; Dwek, R.; Biggin, P. C.; Vénien-Bryan, C.; Zitzmann, N., Proc Natl Acad Sci USA 2009, 106, 12712-12716.
55. Clarke, D.; Griffin, S.; Beales, L.; Gelais, C. S.; Burgess, S.; Harris, M.; Rowlands, D., J Biol Chem 2006, 281, 37057-37068.
56. Sharpe, S.; Yau, W. M.; Tycko, R., Biochemistry 2006, 45, 918-933.
57. Krüger, J.; Fischer, W. B., Eur Biophys J 2010, 39, 1069-1077.
58. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz Jr., K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A., J Am Chem Soc 1995, 117, 5179-5197.
59. Schäfer, L. V.; de Jong, D. H.; Holt, A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Poolman, B.; Killian, J. A.; Marrink, S. J., Proc Natl Acad Sci USA 2011, 108, 1343-1348.
60. Ruiz, A.; Hill, M. S.; Schmitt, K.; Stephens, E. B., Virology 2010, 408, 89-102.
61. Efremov, R. G.; Vereshaga, Y. A.; Volynsky, P. E.; Nolde, D. E.; Arseniev, A. S., J Comput Aided Mol Des 2006, 20, 27-45.
62. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P., J Am Chem Soc 2006, 128, 2697-2704.
63. Vereshaga, Y. A.; Volynsky, P. E.; Pustovalova, J. E.; Nolde, D. E.; Arseniev, A. S.; Efremov, R. G., Proteins: Struct Funct Genet 2007, 69, 309-325.
64. Bu, L.; Im, W.; Brooks C. L. III., Biophys J 2007, 92, 854-863.
65. Psachoulia, E.; Marshall, D. P.; Sansom, M. S. P., Acc Chem Res 2010, 43, 388-396.
66. Yin, H.; Slusky, J. S.; Berger, B. W.; Walters, R. S.; Vilaire, G.; Litvinov, R. I.; Lear, J. D.; Caputo, G. A.; Bennett, J. S.; DeGrado, W. F., Science 2007, 315, 1817-1823.
67. Beckstein, O.; Biggin, P. C.; Sansom, M. S. P., J Phys Chem B 2001, 105, 12902-12905.
68. Beckstein, O.; Sansom, M. S. P., Phys Biol 2006, 3, 147-159.
69. Skasko, M.; Wang, Y.; Tian, Y.; Tokarev, A.; Munguia, J.; Ruiz, A.; Stephens, E. B.; Opella, S. J.; Guatelli, J., J Biol Chem 2012, 287, 58-67.